Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	3477543	3477544	2	39 [0]	[0] 49	oxyR	DNA‑binding transcriptional dual regulator

GCTACCTGCCGCCACCATGTTGCGCAGAGTTTCCAGGCTGGTCGCGCGGAAGTGTG  >  W3110S.gb/3477487‑3477542                                                        | gCTACCTGCCGCCACCATGTTGCGCAGAGTTTCCAGGCTGGTCGCGCGGAAgtgtg  <  1:574415/56‑1 (MQ=255) gCTACCTGCCGCCACCATGTTGCGCAGAGTTTCCAGGCTGGTCGCGCGGAAgtgtg  <  1:402497/56‑1 (MQ=255) gCTACCTGCCGCCACCATGTTGCGCAGAGTTTCCAGGCTGGTCGCGCGGAAgtgtg  <  1:424678/56‑1 (MQ=255) gCTACCTGCCGCCACCATGTTGCGCAGAGTTTCCAGGCTGGTCGCGCGGAAgtgtg  <  1:425141/56‑1 (MQ=255) gCTACCTGCCGCCACCATGTTGCGCAGAGTTTCCAGGCTGGTCGCGCGGAAgtgtg  <  1:427540/56‑1 (MQ=255) gCTACCTGCCGCCACCATGTTGCGCAGAGTTTCCAGGCTGGTCGCGCGGAAgtgtg  <  1:427572/56‑1 (MQ=255) gCTACCTGCCGCCACCATGTTGCGCAGAGTTTCCAGGCTGGTCGCGCGGAAgtgtg  <  1:466867/56‑1 (MQ=255) gCTACCTGCCGCCACCATGTTGCGCAGAGTTTCCAGGCTGGTCGCGCGGAAgtgtg  <  1:476441/56‑1 (MQ=255) gCTACCTGCCGCCACCATGTTGCGCAGAGTTTCCAGGCTGGTCGCGCGGAAgtgtg  <  1:541992/56‑1 (MQ=255) gCTACCTGCCGCCACCATGTTGCGCAGAGTTTCCAGGCTGGTCGCGCGGAAgtgtg  <  1:549641/56‑1 (MQ=255) gCTACCTGCCGCCACCATGTTGCGCAGAGTTTCCAGGCTGGTCGCGCGGAAgtgtg  <  1:367207/56‑1 (MQ=255) gCTACCTGCCGCCACCATGTTGCGCAGAGTTTCCAGGCTGGTCGCGCGGAAgtgtg  <  1:590050/56‑1 (MQ=255) gCTACCTGCCGCCACCATGTTGCGCAGAGTTTCCAGGCTGGTCGCGCGGAAgtgtg  <  1:598360/56‑1 (MQ=255) gCTACCTGCCGCCACCATGTTGCGCAGAGTTTCCAGGCTGGTCGCGCGGAAgtgtg  <  1:631836/56‑1 (MQ=255) gCTACCTGCCGCCACCATGTTGCGCAGAGTTTCCAGGCTGGTCGCGCGGAAgtgtg  <  1:640650/56‑1 (MQ=255) gCTACCTGCCGCCACCATGTTGCGCAGAGTTTCCAGGCTGGTCGCGCGGAAgtgtg  <  1:726234/56‑1 (MQ=255) gCTACCTGCCGCCACCATGTTGCGCAGAGTTTCCAGGCTGGTCGCGCGGAAgtgtg  <  1:751074/56‑1 (MQ=255) gCTACCTGCCGCCACCATGTTGCGCAGAGTTTCCAGGCTGGTCGCGCGGAAgtgtg  <  1:790923/56‑1 (MQ=255) gCTACCTGCCGCCACCATGTTGCGCAGAGTTTCCAGGCTGGTCGCGCGGAAgtgtg  <  1:866392/56‑1 (MQ=255) gCTACCTGCCGCCACCATGTTGCGCAGAGTTTCCAGGCTGGTCGCGCGGAAgtgtg  <  1:866898/56‑1 (MQ=255) gCTACCTGCCGCCACCATGTTGCGCAGAGTTTCCAGGCTGGTCGCGCGGAAgtgtg  <  1:358295/56‑1 (MQ=255) gCTACCTGCCGCCACCATGTTGCGCAGAGTTTCCAGGCTGGTCGCGCGGAAgtgtg  <  1:1093822/56‑1 (MQ=255) gCTACCTGCCGCCACCATGTTGCGCAGAGTTTCCAGGCTGGTCGCGCGGAAgtgtg  <  1:1156388/56‑1 (MQ=255) gCTACCTGCCGCCACCATGTTGCGCAGAGTTTCCAGGCTGGTCGCGCGGAAgtgtg  <  1:1162863/56‑1 (MQ=255) gCTACCTGCCGCCACCATGTTGCGCAGAGTTTCCAGGCTGGTCGCGCGGAAgtgtg  <  1:1180452/56‑1 (MQ=255) gCTACCTGCCGCCACCATGTTGCGCAGAGTTTCCAGGCTGGTCGCGCGGAAgtgtg  <  1:1185831/56‑1 (MQ=255) gCTACCTGCCGCCACCATGTTGCGCAGAGTTTCCAGGCTGGTCGCGCGGAAgtgtg  <  1:1343923/56‑1 (MQ=255) gCTACCTGCCGCCACCATGTTGCGCAGAGTTTCCAGGCTGGTCGCGCGGAAgtgtg  <  1:1351176/56‑1 (MQ=255) gCTACCTGCCGCCACCATGTTGCGCAGAGTTTCCAGGCTGGTCGCGCGGAAgtgtg  <  1:1376105/56‑1 (MQ=255) gCTACCTGCCGCCACCATGTTGCGCAGAGTTTCCAGGCTGGTCGCGCGGAAgtgtg  <  1:1459879/56‑1 (MQ=255) gCTACCTGCCGCCACCATGTTGCGCAGAGTTTCCAGGCTGGTCGCGCGGAAgtgtg  <  1:1588916/56‑1 (MQ=255) gCTACCTGCCGCCACCATGTTGCGCAGAGTTTCCAGGCTGGTCGCGCGGAAgtgtg  <  1:1589919/56‑1 (MQ=255) gCTACCTGCCGCCACCATGTTGCGCAGAGTTTCCAGGCTGGTCGCGCGGAAgtgtg  <  1:218898/56‑1 (MQ=255) gCTACCTGCCGCCACCATGTTGCGCAGAGTTTCCAGGCTGGTCGCGCGGAAgtgtg  <  1:246207/56‑1 (MQ=255) gCTACCTGCCGCCACCATGTTGCGCAGAGTTTCCAGGCTGGTCGCGCGGAAgtgtg  <  1:291462/56‑1 (MQ=255) gCTACCTGCCGCCACCATGTTGCGCAGAGTTTCCAGGCTGGTCGCGCGGAAgtgtg  <  1:313048/56‑1 (MQ=255) gCTACCTGCCGCCACCATGTTGCGCAGAGTTTCCAGGCTGGTCGCGCGGAAgtgtg  <  1:1020543/56‑1 (MQ=255)  cTACCTGCCGCCACCATGTTGCGCAGAGTTTCCAGGCTGGTCGCGCGGAAgtgtg  <  1:320391/55‑1 (MQ=255)                caTGTTGCGCAGAGTTTCCAGGCTGGTCGCGCGGAAgtgtg  <  1:1543280/41‑1 (MQ=255)                                                        | GCTACCTGCCGCCACCATGTTGCGCAGAGTTTCCAGGCTGGTCGCGCGGAAGTGTG  >  W3110S.gb/3477487‑3477542

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑