Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	3619091	3619235	145	57 [0]	[0] 170	rmuC	predicted recombination limiting protein

ATCTGGCGAATTTTATCGTCAGCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGT  >  W3110S.gb/3619038‑3619090                                                     | atcTTGCGAATTTTATCGTCAGCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGt  >  1:1390445/1‑53 (MQ=255) atcTGGCGAATTTTATCGTCAGCTTGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGt  >  1:796941/1‑53 (MQ=255) atcTGGCGAATTTTATCGTCAGCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGt  >  1:686065/1‑53 (MQ=255) atcTGGCGAATTTTATCGTCAGCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGt  >  1:523757/1‑53 (MQ=255) atcTGGCGAATTTTATCGTCAGCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGt  >  1:527959/1‑53 (MQ=255) atcTGGCGAATTTTATCGTCAGCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGt  >  1:537673/1‑53 (MQ=255) atcTGGCGAATTTTATCGTCAGCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGt  >  1:555474/1‑53 (MQ=255) atcTGGCGAATTTTATCGTCAGCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGt  >  1:563106/1‑53 (MQ=255) atcTGGCGAATTTTATCGTCAGCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGt  >  1:571904/1‑53 (MQ=255) atcTGGCGAATTTTATCGTCAGCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGt  >  1:572656/1‑53 (MQ=255) atcTGGCGAATTTTATCGTCAGCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGt  >  1:594175/1‑53 (MQ=255) atcTGGCGAATTTTATCGTCAGCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGt  >  1:610945/1‑53 (MQ=255) atcTGGCGAATTTTATCGTCAGCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGt  >  1:612062/1‑53 (MQ=255) atcTGGCGAATTTTATCGTCAGCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGt  >  1:613764/1‑53 (MQ=255) atcTGGCGAATTTTATCGTCAGCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGt  >  1:626155/1‑53 (MQ=255) atcTGGCGAATTTTATCGTCAGCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGt  >  1:646388/1‑53 (MQ=255) atcTGGCGAATTTTATCGTCAGCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGt  >  1:670783/1‑53 (MQ=255) atcTGGCGAATTTTATCGTCAGCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGt  >  1:476362/1‑53 (MQ=255) atcTGGCGAATTTTATCGTCAGCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGt  >  1:688133/1‑53 (MQ=255) atcTGGCGAATTTTATCGTCAGCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGt  >  1:690265/1‑53 (MQ=255) atcTGGCGAATTTTATCGTCAGCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGt  >  1:692020/1‑53 (MQ=255) atcTGGCGAATTTTATCGTCAGCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGt  >  1:710870/1‑53 (MQ=255) atcTGGCGAATTTTATCGTCAGCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGt  >  1:786445/1‑53 (MQ=255) atcTGGCGAATTTTATCGTCAGCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGt  >  1:788150/1‑53 (MQ=255) atcTGGCGAATTTTATCGTCAGCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGt  >  1:792268/1‑53 (MQ=255) atcTGGCGAATTTTATCGTCAGCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGt  >  1:795075/1‑53 (MQ=255) atcTGGCGAATTTTATCGTCAGCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGt  >  1:848396/1‑53 (MQ=255) atcTGGCGAATTTTATCGTCAGCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGt  >  1:877596/1‑53 (MQ=255) atcTGGCGAATTTTATCGTCAGCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGt  >  1:938575/1‑53 (MQ=255) atcTGGCGAATTTTATCGTCAGCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGt  >  1:1462100/1‑53 (MQ=255) atcTGGCGAATTTTATCGTCAGCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGt  >  1:1035456/1‑53 (MQ=255) atcTGGCGAATTTTATCGTCAGCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGt  >  1:1037284/1‑53 (MQ=255) atcTGGCGAATTTTATCGTCAGCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGt  >  1:107429/1‑53 (MQ=255) atcTGGCGAATTTTATCGTCAGCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGt  >  1:1117545/1‑53 (MQ=255) atcTGGCGAATTTTATCGTCAGCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGt  >  1:1166995/1‑53 (MQ=255) atcTGGCGAATTTTATCGTCAGCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGt  >  1:1276547/1‑53 (MQ=255) atcTGGCGAATTTTATCGTCAGCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGt  >  1:128478/1‑53 (MQ=255) atcTGGCGAATTTTATCGTCAGCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGt  >  1:1300543/1‑53 (MQ=255) atcTGGCGAATTTTATCGTCAGCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGt  >  1:1342504/1‑53 (MQ=255) atcTGGCGAATTTTATCGTCAGCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGt  >  1:1388026/1‑53 (MQ=255) atcTGGCGAATTTTATCGTCAGCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGt  >  1:1416953/1‑53 (MQ=255) atcTGGCGAATTTTATCGTCAGCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGt  >  1:1417297/1‑53 (MQ=255) atcTGGCGAATTTTATCGTCAGCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGt  >  1:1447340/1‑53 (MQ=255) atcTGGCGAATTTTATCGTCAGCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGt  >  1:1022727/1‑53 (MQ=255) atcTGGCGAATTTTATCGTCAGCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGt  >  1:1469366/1‑53 (MQ=255) atcTGGCGAATTTTATCGTCAGCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGt  >  1:1535336/1‑53 (MQ=255) atcTGGCGAATTTTATCGTCAGCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGt  >  1:1592893/1‑53 (MQ=255) atcTGGCGAATTTTATCGTCAGCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGt  >  1:20156/1‑53 (MQ=255) atcTGGCGAATTTTATCGTCAGCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGt  >  1:253487/1‑53 (MQ=255) atcTGGCGAATTTTATCGTCAGCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGt  >  1:328438/1‑53 (MQ=255) atcTGGCGAATTTTATCGTCAGCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGt  >  1:353391/1‑53 (MQ=255) atcTGGCGAATTTTATCGTCAGCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGt  >  1:361798/1‑53 (MQ=255) atcTGGCGAATTTTATCGTCAGCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGt  >  1:441533/1‑53 (MQ=255) atcTGGCGAATTTTATCGTCAGCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGt  >  1:447933/1‑53 (MQ=255) atcTGGCGAATTTTATCGTCAGCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGt  >  1:459842/1‑53 (MQ=255) atcTGGCGAATTTTATCGTCAGCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGAGGt  >  1:546710/1‑53 (MQ=255) atcTGGAGAATTTTATCGTCAGCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGt  >  1:2359/1‑53 (MQ=255)                                                     | ATCTGGCGAATTTTATCGTCAGCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGT  >  W3110S.gb/3619038‑3619090

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑