Missing coverage evidence...
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GTCAATTGGGTGGCGATTCTGGCGGTCGCCTTGGGGATTGC  >  W3110S.gb/355226‑355266                                         | gtCAATTGGGTGGCGATTCTGGCGGTCGCCTTGGTGATtgc  <  1:205780/41‑1 (MQ=255) gtCAATTGGGTGGCGATTCTGGCGGTCGCCTTGGGGATtgc  <  1:567112/41‑1 (MQ=255) gtCAATTGGGTGGCGATTCTGGCGGTCGCCTTGGGGATtgc  <  1:283548/41‑1 (MQ=255) gtCAATTGGGTGGCGATTCTGGCGGTCGCCTTGGGGATtgc  <  1:283570/41‑1 (MQ=255) gtCAATTGGGTGGCGATTCTGGCGGTCGCCTTGGGGATtgc  <  1:318669/41‑1 (MQ=255) gtCAATTGGGTGGCGATTCTGGCGGTCGCCTTGGGGATtgc  <  1:323093/41‑1 (MQ=255) gtCAATTGGGTGGCGATTCTGGCGGTCGCCTTGGGGATtgc  <  1:34443/41‑1 (MQ=255) gtCAATTGGGTGGCGATTCTGGCGGTCGCCTTGGGGATtgc  <  1:405955/41‑1 (MQ=255) gtCAATTGGGTGGCGATTCTGGCGGTCGCCTTGGGGATtgc  <  1:491196/41‑1 (MQ=255) gtCAATTGGGTGGCGATTCTGGCGGTCGCCTTGGGGATtgc  <  1:521580/41‑1 (MQ=255) gtCAATTGGGTGGCGATTCTGGCGGTCGCCTTGGGGATtgc  <  1:548693/41‑1 (MQ=255) gtCAATTGGGTGGCGATTCTGGCGGTCGCCTTGGGGATtgc  <  1:249573/41‑1 (MQ=255) gtCAATTGGGTGGCGATTCTGGCGGTCGCCTTGGGGATtgc  <  1:588863/41‑1 (MQ=255) gtCAATTGGGTGGCGATTCTGGCGGTCGCCTTGGGGATtgc  <  1:603594/41‑1 (MQ=255) gtCAATTGGGTGGCGATTCTGGCGGTCGCCTTGGGGATtgc  <  1:669337/41‑1 (MQ=255) gtCAATTGGGTGGCGATTCTGGCGGTCGCCTTGGGGATtgc  <  1:777021/41‑1 (MQ=255) gtCAATTGGGTGGCGATTCTGGCGGTCGCCTTGGGGATtgc  <  1:793359/41‑1 (MQ=255) gtCAATTGGGTGGCGATTCTGGCGGTCGCCTTGGGGATtgc  <  1:826098/41‑1 (MQ=255) gtCAATTGGGTGGCGATTCTGGCGGTCGCCTTGGGGATtgc  <  1:921985/41‑1 (MQ=255) gtCAATTGGGTGGCGATTCTGGCGGTCGCCTTGGGGATtgc  <  1:953526/41‑1 (MQ=255) gtCAATTGGGTGGCGATTCTGGCGGTCGCCTTGGGGATtgc  <  1:984497/41‑1 (MQ=255) gtCAATTGGGTGGCGATTCTGGCGGTCGCCTTGGGGATtgc  <  1:984858/41‑1 (MQ=255) gtCAATTGGGTGGCGATTCTGGCGGTCGCCTTGGGGATtgc  <  1:1027978/41‑1 (MQ=255) gtCAATTGGGTGGCGATTCTGGCGGTCGCCTTGGGGATtgc  <  1:1096556/41‑1 (MQ=255) gtCAATTGGGTGGCGATTCTGGCGGTCGCCTTGGGGATtgc  <  1:109816/41‑1 (MQ=255) gtCAATTGGGTGGCGATTCTGGCGGTCGCCTTGGGGATtgc  <  1:1158407/41‑1 (MQ=255) gtCAATTGGGTGGCGATTCTGGCGGTCGCCTTGGGGATtgc  <  1:1173209/41‑1 (MQ=255) gtCAATTGGGTGGCGATTCTGGCGGTCGCCTTGGGGATtgc  <  1:1212226/41‑1 (MQ=255) gtCAATTGGGTGGCGATTCTGGCGGTCGCCTTGGGGATtgc  <  1:126602/41‑1 (MQ=255) gtCAATTGGGTGGCGATTCTGGCGGTCGCCTTGGGGATtgc  <  1:127862/41‑1 (MQ=255) gtCAATTGGGTGGCGATTCTGGCGGTCGCCTTGGGGATtgc  <  1:1314829/41‑1 (MQ=255) gtCAATTGGGTGGCGATTCTGGCGGTCGCCTTGGGGATtgc  <  1:1315268/41‑1 (MQ=255) gtCAATTGGGTGGCGATTCTGGCGGTCGCCTTGGGGATtgc  <  1:1406459/41‑1 (MQ=255) gtCAATTGGGTGGCGATTCTGGCGGTCGCCTTGGGGATtgc  <  1:1441633/41‑1 (MQ=255) gtCAATTGGGTGGCGATTCTGGCGGTCGCCTTGGGGATtgc  <  1:1501161/41‑1 (MQ=255) gtCAATTGGGTGGCGATTCTGGCGGTCGCCTTGGGGATtgc  <  1:1515715/41‑1 (MQ=255) gtCAATTGGGTGGCGATTCTGGCGGTCGCCTTGGGGATtgc  <  1:161124/41‑1 (MQ=255) gtCAATTGGGTGGCGATTCTGGCGGTCGCCTTGGGGATtgc  <  1:184981/41‑1 (MQ=255) gtCAATTGGGTGGCGATTCTGGCGGTCGCCTTGGGGATtgc  <  1:208551/41‑1 (MQ=255) gtCAATTGGGTGGCGATTCTGGCGGTCGCCTTGGGGATtgc  <  1:211854/41‑1 (MQ=255) gtCAATTGGGTGGCGATTCTGGCGGTCGCCTTGGGGATtgc  <  1:254661/41‑1 (MQ=255) gtCAATAGGGTGGCGATTCTGGCGGTCGCCTTGGGGATtgc  <  1:1103681/41‑1 (MQ=255)   cAATTGGGTGGCGATTCTGGCGGTCGCCTTGGGGATtgc  <  1:1057706/39‑1 (MQ=255)                                         | GTCAATTGGGTGGCGATTCTGGCGGTCGCCTTGGGGATTGC  >  W3110S.gb/355226‑355266

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑