Missing coverage evidence...
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TTATGGGGCATCAGGAAATTTTAGGCACGCGCCCGTTACCGCCGCTGCGGATGCCTTTTCGCGATGTGA  >  W3110S.gb/4130858‑4130926                                                                     | ttATGGGGCATCAGGAAATTTTAGGCACGCGCCCGTTACCGCCGCTTCGGATGCCTTTTCGCGATGTGa  <  1:1433713/69‑1 (MQ=255) ttATGGGGCATCAGGAAATTTTAGGCACGCGCCCGTTACCGCCGCTGCGGATGCCTTTTCGCGATGTGa  <  1:1548803/69‑1 (MQ=255) ttATGGGGCATCAGGAAATTTTAGGCACGCGCCCGTTACCGCCGCTGCGGATGCCTTTTCGCGATGTGa  <  1:987435/69‑1 (MQ=255) ttATGGGGCATCAGGAAATTTTAGGCACGCGCCCGTTACCGCCGCTGCGGATGCCTTTTCGCGATGTGa  <  1:855014/69‑1 (MQ=255) ttATGGGGCATCAGGAAATTTTAGGCACGCGCCCGTTACCGCCGCTGCGGATGCCTTTTCGCGATGTGa  <  1:747291/69‑1 (MQ=255) ttATGGGGCATCAGGAAATTTTAGGCACGCGCCCGTTACCGCCGCTGCGGATGCCTTTTCGCGATGTGa  <  1:652162/69‑1 (MQ=255) ttATGGGGCATCAGGAAATTTTAGGCACGCGCCCGTTACCGCCGCTGCGGATGCCTTTTCGCGATGTGa  <  1:558666/69‑1 (MQ=255) ttATGGGGCATCAGGAAATTTTAGGCACGCGCCCGTTACCGCCGCTGCGGATGCCTTTTCGCGATGTGa  <  1:509546/69‑1 (MQ=255) ttATGGGGCATCAGGAAATTTTAGGCACGCGCCCGTTACCGCCGCTGCGGATGCCTTTTCGCGATGTGa  <  1:428768/69‑1 (MQ=255) ttATGGGGCATCAGGAAATTTTAGGCACGCGCCCGTTACCGCCGCTGCGGATGCCTTTTCGCGATGTGa  <  1:411130/69‑1 (MQ=255) ttATGGGGCATCAGGAAATTTTAGGCACGCGCCCGTTACCGCCGCTGCGGATGCCTTTTCGCGATGTGa  <  1:335221/69‑1 (MQ=255) ttATGGGGCATCAGGAAATTTTAGGCACGCGCCCGTTACCGCCGCTGCGGATGCCTTTTCGCGATGTGa  <  1:303510/69‑1 (MQ=255) ttATGGGGCATCAGGAAATTTTAGGCACGCGCCCGTTACCGCCGCTGCGGATGCCTTTTCGCGATGTGa  <  1:294525/69‑1 (MQ=255) ttATGGGGCATCAGGAAATTTTAGGCACGCGCCCGTTACCGCCGCTGCGGATGCCTTTTCGCGATGTGa  <  1:276949/69‑1 (MQ=255) ttATGGGGCATCAGGAAATTTTAGGCACGCGCCCGTTACCGCCGCTGCGGATGCCTTTTCGCGATGTGa  <  1:1002337/69‑1 (MQ=255) ttATGGGGCATCAGGAAATTTTAGGCACGCGCCCGTTACCGCCGCTGCGGATGCCTTTTCGCGATGTGa  <  1:1501442/69‑1 (MQ=255) ttATGGGGCATCAGGAAATTTTAGGCACGCGCCCGTTACCGCCGCTGCGGATGCCTTTTCGCGATGTGa  <  1:1476803/69‑1 (MQ=255) ttATGGGGCATCAGGAAATTTTAGGCACGCGCCCGTTACCGCCGCTGCGGATGCCTTTTCGCGATGTGa  <  1:1387617/69‑1 (MQ=255) ttATGGGGCATCAGGAAATTTTAGGCACGCGCCCGTTACCGCCGCTGCGGATGCCTTTTCGCGATGTGa  <  1:1357348/69‑1 (MQ=255) ttATGGGGCATCAGGAAATTTTAGGCACGCGCCCGTTACCGCCGCTGCGGATGCCTTTTCGCGATGTGa  <  1:134618/69‑1 (MQ=255) ttATGGGGCATCAGGAAATTTTAGGCACGCGCCCGTTACCGCCGCTGCGGATGCCTTTTCGCGATGTGa  <  1:1339893/69‑1 (MQ=255) ttATGGGGCATCAGGAAATTTTAGGCACGCGCCCGTTACCGCCGCTGCGGATGCCTTTTCGCGATGTGa  <  1:1336446/69‑1 (MQ=255) ttATGGGGCATCAGGAAATTTTAGGCACGCGCCCGTTACCGCCGCTGCGGATGCCTTTTCGCGATGTGa  <  1:1202025/69‑1 (MQ=255) ttATGGGGCATCAGGAAATTTTAGGCACGCGCCCGTTACCGCCGCTGCGGATGCCTTTTCGCGATGTGa  <  1:1169771/69‑1 (MQ=255) ttATGGGGCATCAGGAAATTTTAGGCACGCGCCCGTTACCGCCGCTGCGGATGCCTTTTCGCGATGTGa  <  1:1073275/69‑1 (MQ=255) ttAGGGGGCATCAGGAAATTTTAGGCACGCGCCCGTTACCGCCGCTGCGGATGCCTTTTCGCGATGTGa  <  1:659944/69‑1 (MQ=255)  tATGGGGCATCAGGAAATTTTAGGCACGCGCCCGTTACCGCCGCTGCGGATGCCTTTTCGCGATGTGa  <  1:1527951/68‑1 (MQ=255)                                                                     | TTATGGGGCATCAGGAAATTTTAGGCACGCGCCCGTTACCGCCGCTGCGGATGCCTTTTCGCGATGTGA  >  W3110S.gb/4130858‑4130926

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑