Missing coverage evidence...
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GCAACGAAGACGGAACCGACCAGGTTACCCAGCCAGGTTTGCGGCAGG  >  W3110S.gb/4143057‑4143104                                                | gCAACGAAGACGGAACCGACCAGGTTACCCAGCGAGGTTTGCGGCAgg  <  1:410169/48‑1 (MQ=255) gCAACGAAGACGGAACCGACCAGGTTACCCAGCCAGGTTTGCGGCAgg  <  1:607578/48‑1 (MQ=255) gCAACGAAGACGGAACCGACCAGGTTACCCAGCCAGGTTTGCGGCAgg  <  1:371348/48‑1 (MQ=255) gCAACGAAGACGGAACCGACCAGGTTACCCAGCCAGGTTTGCGGCAgg  <  1:386570/48‑1 (MQ=255) gCAACGAAGACGGAACCGACCAGGTTACCCAGCCAGGTTTGCGGCAgg  <  1:403220/48‑1 (MQ=255) gCAACGAAGACGGAACCGACCAGGTTACCCAGCCAGGTTTGCGGCAgg  <  1:425184/48‑1 (MQ=255) gCAACGAAGACGGAACCGACCAGGTTACCCAGCCAGGTTTGCGGCAgg  <  1:42776/48‑1 (MQ=255) gCAACGAAGACGGAACCGACCAGGTTACCCAGCCAGGTTTGCGGCAgg  <  1:462842/48‑1 (MQ=255) gCAACGAAGACGGAACCGACCAGGTTACCCAGCCAGGTTTGCGGCAgg  <  1:509728/48‑1 (MQ=255) gCAACGAAGACGGAACCGACCAGGTTACCCAGCCAGGTTTGCGGCAgg  <  1:338057/48‑1 (MQ=255) gCAACGAAGACGGAACCGACCAGGTTACCCAGCCAGGTTTGCGGCAgg  <  1:718833/48‑1 (MQ=255) gCAACGAAGACGGAACCGACCAGGTTACCCAGCCAGGTTTGCGGCAgg  <  1:726903/48‑1 (MQ=255) gCAACGAAGACGGAACCGACCAGGTTACCCAGCCAGGTTTGCGGCAgg  <  1:749248/48‑1 (MQ=255) gCAACGAAGACGGAACCGACCAGGTTACCCAGCCAGGTTTGCGGCAgg  <  1:806369/48‑1 (MQ=255) gCAACGAAGACGGAACCGACCAGGTTACCCAGCCAGGTTTGCGGCAgg  <  1:869446/48‑1 (MQ=255) gCAACGAAGACGGAACCGACCAGGTTACCCAGCCAGGTTTGCGGCAgg  <  1:90255/48‑1 (MQ=255) gCAACGAAGACGGAACCGACCAGGTTACCCAGCCAGGTTTGCGGCAgg  <  1:908457/48‑1 (MQ=255) gCAACGAAGACGGAACCGACCAGGTTACCCAGCCAGGTTTGCGGCAgg  <  1:964038/48‑1 (MQ=255) gCAACGAAGACGGAACCGACCAGGTTACCCAGCCAGGTTTGCGGCAgg  <  1:274984/48‑1 (MQ=255) gCAACGAAGACGGAACCGACCAGGTTACCCAGCCAGGTTTGCGGCAgg  <  1:1042200/48‑1 (MQ=255) gCAACGAAGACGGAACCGACCAGGTTACCCAGCCAGGTTTGCGGCAgg  <  1:1058688/48‑1 (MQ=255) gCAACGAAGACGGAACCGACCAGGTTACCCAGCCAGGTTTGCGGCAgg  <  1:1236307/48‑1 (MQ=255) gCAACGAAGACGGAACCGACCAGGTTACCCAGCCAGGTTTGCGGCAgg  <  1:1319972/48‑1 (MQ=255) gCAACGAAGACGGAACCGACCAGGTTACCCAGCCAGGTTTGCGGCAgg  <  1:1322269/48‑1 (MQ=255) gCAACGAAGACGGAACCGACCAGGTTACCCAGCCAGGTTTGCGGCAgg  <  1:1335030/48‑1 (MQ=255) gCAACGAAGACGGAACCGACCAGGTTACCCAGCCAGGTTTGCGGCAgg  <  1:1335205/48‑1 (MQ=255) gCAACGAAGACGGAACCGACCAGGTTACCCAGCCAGGTTTGCGGCAgg  <  1:1440748/48‑1 (MQ=255) gCAACGAAGACGGAACCGACCAGGTTACCCAGCCAGGTTTGCGGCAgg  <  1:1448599/48‑1 (MQ=255) gCAACGAAGACGGAACCGACCAGGTTACCCAGCCAGGTTTGCGGCAgg  <  1:1451649/48‑1 (MQ=255) gCAACGAAGACGGAACCGACCAGGTTACCCAGCCAGGTTTGCGGCAgg  <  1:1456664/48‑1 (MQ=255) gCAACGAAGACGGAACCGACCAGGTTACCCAGCCAGGTTTGCGGCAgg  <  1:1602438/48‑1 (MQ=255) gCAACGAAGACGGAACCGACCAGGTTACCCAGCCAGGTTTGCGGCAgg  <  1:215113/48‑1 (MQ=255) gCAACGAAGACGGAACCGACCAGGTTACCCAGCCAGGTTTGCGGCAgg  <  1:233848/48‑1 (MQ=255) gCAACGAAGACGGAACCGACCAGGTTACCCAGCCAGGTTTGCGGCAgg  <  1:1006742/48‑1 (MQ=255)  cAACGAAGACGGAACCGACCAGGTTACCCAGCCAGGTTTGCGGCAgg  <  1:594134/47‑1 (MQ=255)  cAACGAAGACGGAACCGACCAGGTTACCCAGCCAGGTTTGCGGCAgg  <  1:139176/47‑1 (MQ=255)       aaGACGGAACCGACCAGGTTACCCAGCCAGGTTTGCGGCAgg  <  1:14557/42‑1 (MQ=255)                                                | GCAACGAAGACGGAACCGACCAGGTTACCCAGCCAGGTTTGCGGCAGG  >  W3110S.gb/4143057‑4143104

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑