Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	4200292	4200835	544	174 [0]	[0] 45	[rpoA]–rplQ	[rpoA],rplQ

GTTTTTTTATACCCGTAGTATCCCCACTTATCTACAATAGCTGTACTCTTTTTGTTCATCCCCTGGAGT  >  W3110S.gb/4200836‑4200904 |                                                                     gTTTTTTTATACCCGTAGTATCCCCACTTATCTACAATAGCTGTACTCTTTTTGTTCATCCCCTGGAGt  <  1:658304/69‑1 (MQ=255) gTTTTTTTATACCCGTAGTATCCCCACTTATCTACAATAGCTGTACTCTTTTTGTTCATCCCCTGGAGt  <  1:296202/69‑1 (MQ=255) gTTTTTTTATACCCGTAGTATCCCCACTTATCTACAATAGCTGTACTCTTTTTGTTCATCCCCTGGAGt  <  1:33201/69‑1 (MQ=255) gTTTTTTTATACCCGTAGTATCCCCACTTATCTACAATAGCTGTACTCTTTTTGTTCATCCCCTGGAGt  <  1:357997/69‑1 (MQ=255) gTTTTTTTATACCCGTAGTATCCCCACTTATCTACAATAGCTGTACTCTTTTTGTTCATCCCCTGGAGt  <  1:450492/69‑1 (MQ=255) gTTTTTTTATACCCGTAGTATCCCCACTTATCTACAATAGCTGTACTCTTTTTGTTCATCCCCTGGAGt  <  1:464608/69‑1 (MQ=255) gTTTTTTTATACCCGTAGTATCCCCACTTATCTACAATAGCTGTACTCTTTTTGTTCATCCCCTGGAGt  <  1:47206/69‑1 (MQ=255) gTTTTTTTATACCCGTAGTATCCCCACTTATCTACAATAGCTGTACTCTTTTTGTTCATCCCCTGGAGt  <  1:545659/69‑1 (MQ=255) gTTTTTTTATACCCGTAGTATCCCCACTTATCTACAATAGCTGTACTCTTTTTGTTCATCCCCTGGAGt  <  1:547008/69‑1 (MQ=255) gTTTTTTTATACCCGTAGTATCCCCACTTATCTACAATAGCTGTACTCTTTTTGTTCATCCCCTGGAGt  <  1:613263/69‑1 (MQ=255) gTTTTTTTATACCCGTAGTATCCCCACTTATCTACAATAGCTGTACTCTTTTTGTTCATCCCCTGGAGt  <  1:623399/69‑1 (MQ=255) gTTTTTTTATACCCGTAGTATCCCCACTTATCTACAATAGCTGTACTCTTTTTGTTCATCCCCTGGAGt  <  1:631438/69‑1 (MQ=255) gTTTTTTTATACCCGTAGTATCCCCACTTATCTACAATAGCTGTACTCTTTTTGTTCATCCCCTGGAGt  <  1:285478/69‑1 (MQ=255) gTTTTTTTATACCCGTAGTATCCCCACTTATCTACAATAGCTGTACTCTTTTTGTTCATCCCCTGGAGt  <  1:714241/69‑1 (MQ=255) gTTTTTTTATACCCGTAGTATCCCCACTTATCTACAATAGCTGTACTCTTTTTGTTCATCCCCTGGAGt  <  1:742004/69‑1 (MQ=255) gTTTTTTTATACCCGTAGTATCCCCACTTATCTACAATAGCTGTACTCTTTTTGTTCATCCCCTGGAGt  <  1:791009/69‑1 (MQ=255) gTTTTTTTATACCCGTAGTATCCCCACTTATCTACAATAGCTGTACTCTTTTTGTTCATCCCCTGGAGt  <  1:799958/69‑1 (MQ=255) gTTTTTTTATACCCGTAGTATCCCCACTTATCTACAATAGCTGTACTCTTTTTGTTCATCCCCTGGAGt  <  1:863815/69‑1 (MQ=255) gTTTTTTTATACCCGTAGTATCCCCACTTATCTACAATAGCTGTACTCTTTTTGTTCATCCCCTGGAGt  <  1:873060/69‑1 (MQ=255) gTTTTTTTATACCCGTAGTATCCCCACTTATCTACAATAGCTGTACTCTTTTTGTTCATCCCCTGGAGt  <  1:9142/69‑1 (MQ=255) gTTTTTTTATACCCGTAGTATCCCCACTTATCTACAATAGCTGTACTCTTTTTGTTCATCCCCTGGAGt  <  1:918621/69‑1 (MQ=255) gTTTTTTTATACCCGTAGTATCCCCACTTATCTACAATAGCTGTACTCTTTTTGTTCATCCCCTGGAGt  <  1:931650/69‑1 (MQ=255) gTTTTTTTATACCCGTAGTATCCCCACTTATCTACAATAGCTGTACTCTTTTTGTTCATCCCCTGGAGt  <  1:973849/69‑1 (MQ=255) gTTTTTTTATACCCGTAGTATCCCCACTTATCTACAATAGCTGTACTCTTTTTGTTCATCCCCTGGAGt  <  1:1331741/69‑1 (MQ=255) gTTTTTTTATACCCGTAGTATCCCCACTTATCTACAATAGCTGTACTCTTTTTGTTCATCCCCTGGAGt  <  1:102752/69‑1 (MQ=255) gTTTTTTTATACCCGTAGTATCCCCACTTATCTACAATAGCTGTACTCTTTTTGTTCATCCCCTGGAGt  <  1:1102983/69‑1 (MQ=255) gTTTTTTTATACCCGTAGTATCCCCACTTATCTACAATAGCTGTACTCTTTTTGTTCATCCCCTGGAGt  <  1:1115769/69‑1 (MQ=255) gTTTTTTTATACCCGTAGTATCCCCACTTATCTACAATAGCTGTACTCTTTTTGTTCATCCCCTGGAGt  <  1:1119318/69‑1 (MQ=255) gTTTTTTTATACCCGTAGTATCCCCACTTATCTACAATAGCTGTACTCTTTTTGTTCATCCCCTGGAGt  <  1:1127895/69‑1 (MQ=255) gTTTTTTTATACCCGTAGTATCCCCACTTATCTACAATAGCTGTACTCTTTTTGTTCATCCCCTGGAGt  <  1:1173036/69‑1 (MQ=255) gTTTTTTTATACCCGTAGTATCCCCACTTATCTACAATAGCTGTACTCTTTTTGTTCATCCCCTGGAGt  <  1:1205198/69‑1 (MQ=255) gTTTTTTTATACCCGTAGTATCCCCACTTATCTACAATAGCTGTACTCTTTTTGTTCATCCCCTGGAGt  <  1:1244793/69‑1 (MQ=255) gTTTTTTTATACCCGTAGTATCCCCACTTATCTACAATAGCTGTACTCTTTTTGTTCATCCCCTGGAGt  <  1:126592/69‑1 (MQ=255) gTTTTTTTATACCCGTAGTATCCCCACTTATCTACAATAGCTGTACTCTTTTTGTTCATCCCCTGGAGt  <  1:1327941/69‑1 (MQ=255) gTTTTTTTATACCCGTAGTATCCCCACTTATCTACAATAGCTGTACTCTTTTTGTTCATCCCCTGGAGt  <  1:1020395/69‑1 (MQ=255) gTTTTTTTATACCCGTAGTATCCCCACTTATCTACAATAGCTGTACTCTTTTTGTTCATCCCCTGGAGt  <  1:1361706/69‑1 (MQ=255) gTTTTTTTATACCCGTAGTATCCCCACTTATCTACAATAGCTGTACTCTTTTTGTTCATCCCCTGGAGt  <  1:1370330/69‑1 (MQ=255) gTTTTTTTATACCCGTAGTATCCCCACTTATCTACAATAGCTGTACTCTTTTTGTTCATCCCCTGGAGt  <  1:1386854/69‑1 (MQ=255) gTTTTTTTATACCCGTAGTATCCCCACTTATCTACAATAGCTGTACTCTTTTTGTTCATCCCCTGGAGt  <  1:1452800/69‑1 (MQ=255) gTTTTTTTATACCCGTAGTATCCCCACTTATCTACAATAGCTGTACTCTTTTTGTTCATCCCCTGGAGt  <  1:1461746/69‑1 (MQ=255) gTTTTTTTATACCCGTAGTATCCCCACTTATCTACAATAGCTGTACTCTTTTTGTTCATCCCCTGGAGt  <  1:1542715/69‑1 (MQ=255) gTTTTTTTATACCCGTAGTATCCCCACTTATCTACAATAGCTGTACTCTTTTTGTTCATCCCCTGGAGt  <  1:1589427/69‑1 (MQ=255) gTTTTTTTATACCCGTAGTATCCCCACTTATCTACAATAGCTGTACTCTTTTTGTTCATCCCCTGGAGt  <  1:191470/69‑1 (MQ=255) gTTTTTTTATACCCGTAGTATCCCCACTTATCTACAATAGCTGTACTCTTTTTGTTCATCCCCTGGAGt  <  1:242598/69‑1 (MQ=255) gTTTTTTTATACCCGTAGTATCCCCACTTATCTACAATAGCTGTACTCTTTTTGTTCATCCCCTGGAGt  <  1:258563/69‑1 (MQ=255) |                                                                     GTTTTTTTATACCCGTAGTATCCCCACTTATCTACAATAGCTGTACTCTTTTTGTTCATCCCCTGGAGT  >  W3110S.gb/4200836‑4200904

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑