Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	569227	569275	49	165 [0]	[0] 62	ybcK	predicted recombinase

TCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCGCTATAGCAGAGAA  >  W3110S.gb/569276‑569344 |                                                                     tCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATtgtctgtc                               >  1:1526174/1‑40 (MQ=255) tCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCGCTATAGCAgagag  >  1:1470252/1‑68 (MQ=255) tCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCGCTATAGCAgaga   >  1:248118/1‑68 (MQ=255) tCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCGCTATAGCAgaga   >  1:973158/1‑68 (MQ=255) tCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCGCTATAGCAgaga   >  1:252593/1‑68 (MQ=255) tCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCGCTATAGCAgaga   >  1:396817/1‑68 (MQ=255) tCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCGCTATAGCAgaga   >  1:1418456/1‑68 (MQ=255) tCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCGCTATAGCAgaga   >  1:1256822/1‑68 (MQ=255) tCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCGCTATAGCAGAGaa  >  1:543473/1‑69 (MQ=255) tCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCGCTATAGCAGAGaa  >  1:611870/1‑69 (MQ=255) tCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCGCTATAGCAGAGaa  >  1:502016/1‑69 (MQ=255) tCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCGCTATAGCAGAGaa  >  1:501987/1‑69 (MQ=255) tCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCGCTATAGCAGAGaa  >  1:464390/1‑69 (MQ=255) tCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCGCTATAGCAGAGaa  >  1:461333/1‑69 (MQ=255) tCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCGCTATAGCAGAGaa  >  1:432667/1‑69 (MQ=255) tCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCGCTATAGCAGAGaa  >  1:431199/1‑69 (MQ=255) tCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCGCTATAGCAGAGaa  >  1:430371/1‑69 (MQ=255) tCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCGCTATAGCAGAGaa  >  1:428662/1‑69 (MQ=255) tCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCGCTATAGCAGAGaa  >  1:564020/1‑69 (MQ=255) tCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCGCTATAGCAGAGaa  >  1:222733/1‑69 (MQ=255) tCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCGCTATAGCAGAGaa  >  1:636307/1‑69 (MQ=255) tCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCGCTATAGCAGAGaa  >  1:639187/1‑69 (MQ=255) tCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCGCTATAGCAGAGaa  >  1:649528/1‑69 (MQ=255) tCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCGCTATAGCAGAGaa  >  1:655574/1‑69 (MQ=255) tCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCGCTATAGCAGAGaa  >  1:742017/1‑69 (MQ=255) tCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCGCTATAGCAGAGaa  >  1:789712/1‑69 (MQ=255) tCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCGCTATAGCAGAGaa  >  1:795025/1‑69 (MQ=255) tCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCGCTATAGCAGAGaa  >  1:823384/1‑69 (MQ=255) tCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCGCTATAGCAGAGaa  >  1:863378/1‑69 (MQ=255) tCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCGCTATAGCAGAGaa  >  1:941201/1‑69 (MQ=255) tCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCGCTATAGCAGAGaa  >  1:944428/1‑69 (MQ=255) tCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCGCTATAGCAGAGaa  >  1:960778/1‑69 (MQ=255) tCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCGCTATAGCAGAGaa  >  1:993511/1‑69 (MQ=255) tCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCGCTATAGCAGAGaa  >  1:1317250/1‑69 (MQ=255) tCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCGCTATAGCAGAGaa  >  1:110897/1‑69 (MQ=255) tCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCGCTATAGCAGAGaa  >  1:1125958/1‑69 (MQ=255) tCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCGCTATAGCAGAGaa  >  1:1151367/1‑69 (MQ=255) tCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCGCTATAGCAGAGaa  >  1:1156365/1‑69 (MQ=255) tCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCGCTATAGCAGAGaa  >  1:1171702/1‑69 (MQ=255) tCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCGCTATAGCAGAGaa  >  1:1177661/1‑69 (MQ=255) tCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCGCTATAGCAGAGaa  >  1:1179638/1‑69 (MQ=255) tCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCGCTATAGCAGAGaa  >  1:1181501/1‑69 (MQ=255) tCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCGCTATAGCAGAGaa  >  1:1200821/1‑69 (MQ=255) tCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCGCTATAGCAGAGaa  >  1:1236691/1‑69 (MQ=255) tCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCGCTATAGCAGAGaa  >  1:1249897/1‑69 (MQ=255) tCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCGCTATAGCAGAGaa  >  1:1275749/1‑69 (MQ=255) tCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCGCTATAGCAGAGaa  >  1:1298099/1‑69 (MQ=255) tCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCGCTATAGCAGAGaa  >  1:1314686/1‑69 (MQ=255) tCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCGCTATAGCAGAGaa  >  1:235680/1‑69 (MQ=255) tCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCGCTATAGCAGAGaa  >  1:1366587/1‑69 (MQ=255) tCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCGCTATAGCAGAGaa  >  1:1392929/1‑69 (MQ=255) tCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCGCTATAGCAGAGaa  >  1:1413532/1‑69 (MQ=255) tCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCGCTATAGCAGAGaa  >  1:1478546/1‑69 (MQ=255) tCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCGCTATAGCAGAGaa  >  1:1495478/1‑69 (MQ=255) tCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCGCTATAGCAGAGaa  >  1:1506268/1‑69 (MQ=255) tCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCGCTATAGCAGAGaa  >  1:153424/1‑69 (MQ=255) tCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCGCTATAGCAGAGaa  >  1:1585267/1‑69 (MQ=255) tCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCGCTATAGCAGAGaa  >  1:1600353/1‑69 (MQ=255) tCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCGCTATAGCAGAGaa  >  1:21513/1‑69 (MQ=255) tCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCGCTATAGCAGAGaa  >  1:1062675/1‑69 (MQ=255) tCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCGCTATAGCAGAGaa  >  1:226820/1‑69 (MQ=255) tCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATCGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCGCTATAGCAGAGaa  >  1:1405693/1‑69 (MQ=255) |                                                                     TCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCGCTATAGCAGAGAA  >  W3110S.gb/569276‑569344

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑