Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	1140305	1140720	416	39 [0]	[0] 47	flgK	flagellar hook‑filament junction protein 1

CGACTGTCGCTTATGTTGATGGGACGGCAGGCAATATTGAGATCCCGGAGAAATTACTGAATACCGGGT  >  W3110S.gb/1140721‑1140789 |                                                                     cGACTGTCGCTTATGTTGATGGGACGGCAGGCAatat                                  >  1:1493166/1‑37 (MQ=255) cGACTGTCGCTTATGTTGATGGGACGGCAGGCAATATTGAGATCCCGGAGAAATTACTGAATACCggg   >  1:89767/1‑68 (MQ=255) cGACTGTCGCTTATGTTGATGGGACGGCAGGCAATATTGAGATCCCGGAGAAATTACTGAATACCggg   >  1:1246191/1‑68 (MQ=255) cGACTGTCGCTTATGTTGATGGGACGGCAGGCAATATTGAGATCCCGGAGAAATTACTGAATACCggg   >  1:692510/1‑68 (MQ=255) cGACTGTCGCTTATGTTGATGGGACGGCAGGCAATATTGAGATCCCGGAGAAATTACTGAATACCGGGt  >  1:733159/1‑69 (MQ=255) cGACTGTCGCTTATGTTGATGGGACGGCAGGCAATATTGAGATCCCGGAGAAATTACTGAATACCGGGt  >  1:168472/1‑69 (MQ=255) cGACTGTCGCTTATGTTGATGGGACGGCAGGCAATATTGAGATCCCGGAGAAATTACTGAATACCGGGt  >  1:198084/1‑69 (MQ=255) cGACTGTCGCTTATGTTGATGGGACGGCAGGCAATATTGAGATCCCGGAGAAATTACTGAATACCGGGt  >  1:209635/1‑69 (MQ=255) cGACTGTCGCTTATGTTGATGGGACGGCAGGCAATATTGAGATCCCGGAGAAATTACTGAATACCGGGt  >  1:364712/1‑69 (MQ=255) cGACTGTCGCTTATGTTGATGGGACGGCAGGCAATATTGAGATCCCGGAGAAATTACTGAATACCGGGt  >  1:503896/1‑69 (MQ=255) cGACTGTCGCTTATGTTGATGGGACGGCAGGCAATATTGAGATCCCGGAGAAATTACTGAATACCGGGt  >  1:543982/1‑69 (MQ=255) cGACTGTCGCTTATGTTGATGGGACGGCAGGCAATATTGAGATCCCGGAGAAATTACTGAATACCGGGt  >  1:588373/1‑69 (MQ=255) cGACTGTCGCTTATGTTGATGGGACGGCAGGCAATATTGAGATCCCGGAGAAATTACTGAATACCGGGt  >  1:598626/1‑69 (MQ=255) cGACTGTCGCTTATGTTGATGGGACGGCAGGCAATATTGAGATCCCGGAGAAATTACTGAATACCGGGt  >  1:711705/1‑69 (MQ=255) cGACTGTCGCTTATGTTGATGGGACGGCAGGCAATATTGAGATCCCGGAGAAATTACTGAATACCGGGt  >  1:1019895/1‑69 (MQ=255) cGACTGTCGCTTATGTTGATGGGACGGCAGGCAATATTGAGATCCCGGAGAAATTACTGAATACCGGGt  >  1:733959/1‑69 (MQ=255) cGACTGTCGCTTATGTTGATGGGACGGCAGGCAATATTGAGATCCCGGAGAAATTACTGAATACCGGGt  >  1:751909/1‑69 (MQ=255) cGACTGTCGCTTATGTTGATGGGACGGCAGGCAATATTGAGATCCCGGAGAAATTACTGAATACCGGGt  >  1:764/1‑69 (MQ=255) cGACTGTCGCTTATGTTGATGGGACGGCAGGCAATATTGAGATCCCGGAGAAATTACTGAATACCGGGt  >  1:772874/1‑69 (MQ=255) cGACTGTCGCTTATGTTGATGGGACGGCAGGCAATATTGAGATCCCGGAGAAATTACTGAATACCGGGt  >  1:798409/1‑69 (MQ=255) cGACTGTCGCTTATGTTGATGGGACGGCAGGCAATATTGAGATCCCGGAGAAATTACTGAATACCGGGt  >  1:840677/1‑69 (MQ=255) cGACTGTCGCTTATGTTGATGGGACGGCAGGCAATATTGAGATCCCGGAGAAATTACTGAATACCGGGt  >  1:892402/1‑69 (MQ=255) cGACTGTCGCTTATGTTGATGGGACGGCAGGCAATATTGAGATCCCGGAGAAATTACTGAATACCGGGt  >  1:905079/1‑69 (MQ=255) cGACTGTCGCTTATGTTGATGGGACGGCAGGCAATATTGAGATCCCGGAGAAATTACTGAATACCGGGt  >  1:1421821/1‑69 (MQ=255) cGACTGTCGCTTATGTTGATGGGACGGCAGGCAATATTGAGATCCCGGAGAAATTACTGAATACCGGGt  >  1:1008663/1‑69 (MQ=255) cGACTGTCGCTTATGTTGATGGGACGGCAGGCAATATTGAGATCCCGGAGAAATTACTGAATACCGGGt  >  1:1155505/1‑69 (MQ=255) cGACTGTCGCTTATGTTGATGGGACGGCAGGCAATATTGAGATCCCGGAGAAATTACTGAATACCGGGt  >  1:1216332/1‑69 (MQ=255) cGACTGTCGCTTATGTTGATGGGACGGCAGGCAATATTGAGATCCCGGAGAAATTACTGAATACCGGGt  >  1:1264875/1‑69 (MQ=255) cGACTGTCGCTTATGTTGATGGGACGGCAGGCAATATTGAGATCCCGGAGAAATTACTGAATACCGGGt  >  1:1284697/1‑69 (MQ=255) cGACTGTCGCTTATGTTGATGGGACGGCAGGCAATATTGAGATCCCGGAGAAATTACTGAATACCGGGt  >  1:1302904/1‑69 (MQ=255) cGACTGTCGCTTATGTTGATGGGACGGCAGGCAATATTGAGATCCCGGAGAAATTACTGAATACCGGGt  >  1:1303497/1‑69 (MQ=255) cGACTGTCGCTTATGTTGATGGGACGGCAGGCAATATTGAGATCCCGGAGAAATTACTGAATACCGGGt  >  1:1312397/1‑69 (MQ=255) cGACTGTCGCTTATGTTGATGGGACGGCAGGCAATATTGAGATCCCGGAGAAATTACTGAATACCGGGt  >  1:1336860/1‑69 (MQ=255) cGACTGTCGCTTATGTTGATGGGACGGCAGGCAATATTGAGATCCCGGAGAAATTACTGAATACCGGGt  >  1:1401713/1‑69 (MQ=255) cGACTGTCGCTTATGTTGATGGGACGGCAGGCAATATTGAGATCCCGGAGAAATTACTGAATACCGGGt  >  1:1422453/1‑69 (MQ=255) cGACTGTCGCTTATGTTGATGGGACGGCAGGCAATATTGAGATCCCGGAGAAATTACTGAATACCGGGt  >  1:143343/1‑69 (MQ=255) cGACTGTCGCTTATGTTGATGGGACGGCAGGCAATATTGAGATCCCGGAGAAATTACTGAATACCGGGt  >  1:1436333/1‑69 (MQ=255) cGACTGTCGCTTATGTTGATGGGACGGCAGGCAATATTGAGATCCCGGAGAAATTACTGAATACCGGGt  >  1:1436700/1‑69 (MQ=255) cGACTGTCGCTTATGTTGATGGGACGGCAGGCAATATTGAGATCCCGGAGAAATTACTGAATACCGGGt  >  1:151349/1‑69 (MQ=255) cGACTGTCGCTTATGTTGATGGGACGGCAGGCAATATTGAGATCCCGGAGAAATTACTGAATACCGGGt  >  1:1533296/1‑69 (MQ=255) cGACTGTCGCTTATGTTGATGGGACGGCAGGCAATATTGAGATCCCGGAGAAATTACTGAATACCGGGt  >  1:1535976/1‑69 (MQ=255) cGACTGTCGCTTATGTTGATGGGACGGCAGGCAATATTGAGATCCCGGAGAAATTACTGAATACCGGGt  >  1:1537318/1‑69 (MQ=255) cGACTGTCGCTTATGTTGATGGGACGGCAGGCAATATTGAGATCCCGGAGAAATTACTGAATACCGGGt  >  1:1544449/1‑69 (MQ=255) cGACTGTCGCTTATGTTGATGGGACGGCAGGCAATATTGAGATCACGGAGAAATTACTGAATACCGGGt  >  1:407080/1‑69 (MQ=255) cGACTGTCGCTTATGTTGATGGGACAGCAGGCAatat                                  >  1:858966/1‑37 (MQ=255) cGACTGACGCTTATGTTGATGGGACGGCAGGCAATATTGAGATCCCGGAGAAATTACTGAATACCGGGt  >  1:1608/1‑69 (MQ=255) cGACTGACGCTTATGTTGATGGGACGGCAGGCAATATTGAGATCCCGGAGAAATTACTGAATACCGGGt  >  1:649/1‑69 (MQ=255) |                                                                     CGACTGTCGCTTATGTTGATGGGACGGCAGGCAATATTGAGATCCCGGAGAAATTACTGAATACCGGGT  >  W3110S.gb/1140721‑1140789

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑