Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	1190533	1190736	204	105 [0]	[0] 71	phoQ	sensory histidine kinase in two‑compoent regulatory system with PhoP

ACTAACAGCAGATTGGCTGAGAGCACATAGATAAACCAGCTCCAGACCATATAGGAACTTTTTAGCTCC  >  W3110S.gb/1190737‑1190805 |                                                                     aCTTACAGCAGATTGGCTGAGAGCACATAGATAAACCAGCTCCAGACCATATAGGAACTTTTTAGCTcc  <  1:1582417/69‑1 (MQ=255) aCTTACAGCAGATTGGCTGAGAGCACATAGATAAACCAGCTCCAGACCATATAGGAACTTTTTAGCTcc  <  1:1532236/69‑1 (MQ=255) aCTAACAGCAGATTGGCTGAGAGCACATAGATAAACCAGCTCCAGACCATATAGGAACTTTTTAGCTcc  <  1:540914/69‑1 (MQ=255) aCTAACAGCAGATTGGCTGAGAGCACATAGATAAACCAGCTCCAGACCATATAGGAACTTTTTAGCTcc  <  1:549445/69‑1 (MQ=255) aCTAACAGCAGATTGGCTGAGAGCACATAGATAAACCAGCTCCAGACCATATAGGAACTTTTTAGCTcc  <  1:500109/69‑1 (MQ=255) aCTAACAGCAGATTGGCTGAGAGCACATAGATAAACCAGCTCCAGACCATATAGGAACTTTTTAGCTcc  <  1:483645/69‑1 (MQ=255) aCTAACAGCAGATTGGCTGAGAGCACATAGATAAACCAGCTCCAGACCATATAGGAACTTTTTAGCTcc  <  1:460898/69‑1 (MQ=255) aCTAACAGCAGATTGGCTGAGAGCACATAGATAAACCAGCTCCAGACCATATAGGAACTTTTTAGCTcc  <  1:457297/69‑1 (MQ=255) aCTAACAGCAGATTGGCTGAGAGCACATAGATAAACCAGCTCCAGACCATATAGGAACTTTTTAGCTcc  <  1:456720/69‑1 (MQ=255) aCTAACAGCAGATTGGCTGAGAGCACATAGATAAACCAGCTCCAGACCATATAGGAACTTTTTAGCTcc  <  1:444443/69‑1 (MQ=255) aCTAACAGCAGATTGGCTGAGAGCACATAGATAAACCAGCTCCAGACCATATAGGAACTTTTTAGCTcc  <  1:42346/69‑1 (MQ=255) aCTAACAGCAGATTGGCTGAGAGCACATAGATAAACCAGCTCCAGACCATATAGGAACTTTTTAGCTcc  <  1:388363/69‑1 (MQ=255) aCTAACAGCAGATTGGCTGAGAGCACATAGATAAACCAGCTCCAGACCATATAGGAACTTTTTAGCTcc  <  1:363617/69‑1 (MQ=255) aCTAACAGCAGATTGGCTGAGAGCACATAGATAAACCAGCTCCAGACCATATAGGAACTTTTTAGCTcc  <  1:342756/69‑1 (MQ=255) aCTAACAGCAGATTGGCTGAGAGCACATAGATAAACCAGCTCCAGACCATATAGGAACTTTTTAGCTcc  <  1:323893/69‑1 (MQ=255) aCTAACAGCAGATTGGCTGAGAGCACATAGATAAACCAGCTCCAGACCATATAGGAACTTTTTAGCTcc  <  1:258107/69‑1 (MQ=255) aCTAACAGCAGATTGGCTGAGAGCACATAGATAAACCAGCTCCAGACCATATAGGAACTTTTTAGCTcc  <  1:231240/69‑1 (MQ=255) aCTAACAGCAGATTGGCTGAGAGCACATAGATAAACCAGCTCCAGACCATATAGGAACTTTTTAGCTcc  <  1:22750/69‑1 (MQ=255) aCTAACAGCAGATTGGCTGAGAGCACATAGATAAACCAGCTCCAGACCATATAGGAACTTTTTAGCTcc  <  1:226446/69‑1 (MQ=255) aCTAACAGCAGATTGGCTGAGAGCACATAGATAAACCAGCTCCAGACCATATAGGAACTTTTTAGCTcc  <  1:725499/69‑1 (MQ=255) aCTAACAGCAGATTGGCTGAGAGCACATAGATAAACCAGCTCCAGACCATATAGGAACTTTTTAGCTcc  <  1:956993/69‑1 (MQ=255) aCTAACAGCAGATTGGCTGAGAGCACATAGATAAACCAGCTCCAGACCATATAGGAACTTTTTAGCTcc  <  1:938088/69‑1 (MQ=255) aCTAACAGCAGATTGGCTGAGAGCACATAGATAAACCAGCTCCAGACCATATAGGAACTTTTTAGCTcc  <  1:937683/69‑1 (MQ=255) aCTAACAGCAGATTGGCTGAGAGCACATAGATAAACCAGCTCCAGACCATATAGGAACTTTTTAGCTcc  <  1:915734/69‑1 (MQ=255) aCTAACAGCAGATTGGCTGAGAGCACATAGATAAACCAGCTCCAGACCATATAGGAACTTTTTAGCTcc  <  1:886219/69‑1 (MQ=255) aCTAACAGCAGATTGGCTGAGAGCACATAGATAAACCAGCTCCAGACCATATAGGAACTTTTTAGCTcc  <  1:869403/69‑1 (MQ=255) aCTAACAGCAGATTGGCTGAGAGCACATAGATAAACCAGCTCCAGACCATATAGGAACTTTTTAGCTcc  <  1:778300/69‑1 (MQ=255) aCTAACAGCAGATTGGCTGAGAGCACATAGATAAACCAGCTCCAGACCATATAGGAACTTTTTAGCTcc  <  1:726166/69‑1 (MQ=255) aCTAACAGCAGATTGGCTGAGAGCACATAGATAAACCAGCTCCAGACCATATAGGAACTTTTTAGCTcc  <  1:159828/69‑1 (MQ=255) aCTAACAGCAGATTGGCTGAGAGCACATAGATAAACCAGCTCCAGACCATATAGGAACTTTTTAGCTcc  <  1:696522/69‑1 (MQ=255) aCTAACAGCAGATTGGCTGAGAGCACATAGATAAACCAGCTCCAGACCATATAGGAACTTTTTAGCTcc  <  1:692522/69‑1 (MQ=255) aCTAACAGCAGATTGGCTGAGAGCACATAGATAAACCAGCTCCAGACCATATAGGAACTTTTTAGCTcc  <  1:687722/69‑1 (MQ=255) aCTAACAGCAGATTGGCTGAGAGCACATAGATAAACCAGCTCCAGACCATATAGGAACTTTTTAGCTcc  <  1:673465/69‑1 (MQ=255) aCTAACAGCAGATTGGCTGAGAGCACATAGATAAACCAGCTCCAGACCATATAGGAACTTTTTAGCTcc  <  1:625815/69‑1 (MQ=255) aCTAACAGCAGATTGGCTGAGAGCACATAGATAAACCAGCTCCAGACCATATAGGAACTTTTTAGCTcc  <  1:605441/69‑1 (MQ=255) aCTAACAGCAGATTGGCTGAGAGCACATAGATAAACCAGCTCCAGACCATATAGGAACTTTTTAGCTcc  <  1:591209/69‑1 (MQ=255) aCTAACAGCAGATTGGCTGAGAGCACATAGATAAACCAGCTCCAGACCATATAGGAACTTTTTAGCTcc  <  1:570766/69‑1 (MQ=255) aCTAACAGCAGATTGGCTGAGAGCACATAGATAAACCAGCTCCAGACCATATAGGAACTTTTTAGCTcc  <  1:122529/69‑1 (MQ=255) aCTAACAGCAGATTGGCTGAGAGCACATAGATAAACCAGCTCCAGACCATATAGGAACTTTTTAGCTcc  <  1:1364601/69‑1 (MQ=255) aCTAACAGCAGATTGGCTGAGAGCACATAGATAAACCAGCTCCAGACCATATAGGAACTTTTTAGCTcc  <  1:1348611/69‑1 (MQ=255) aCTAACAGCAGATTGGCTGAGAGCACATAGATAAACCAGCTCCAGACCATATAGGAACTTTTTAGCTcc  <  1:1314826/69‑1 (MQ=255) aCTAACAGCAGATTGGCTGAGAGCACATAGATAAACCAGCTCCAGACCATATAGGAACTTTTTAGCTcc  <  1:1279276/69‑1 (MQ=255) aCTAACAGCAGATTGGCTGAGAGCACATAGATAAACCAGCTCCAGACCATATAGGAACTTTTTAGCTcc  <  1:1255556/69‑1 (MQ=255) aCTAACAGCAGATTGGCTGAGAGCACATAGATAAACCAGCTCCAGACCATATAGGAACTTTTTAGCTcc  <  1:1245692/69‑1 (MQ=255) aCTAACAGCAGATTGGCTGAGAGCACATAGATAAACCAGCTCCAGACCATATAGGAACTTTTTAGCTcc  <  1:1244600/69‑1 (MQ=255) aCTAACAGCAGATTGGCTGAGAGCACATAGATAAACCAGCTCCAGACCATATAGGAACTTTTTAGCTcc  <  1:123246/69‑1 (MQ=255) aCTAACAGCAGATTGGCTGAGAGCACATAGATAAACCAGCTCCAGACCATATAGGAACTTTTTAGCTcc  <  1:1374341/69‑1 (MQ=255) aCTAACAGCAGATTGGCTGAGAGCACATAGATAAACCAGCTCCAGACCATATAGGAACTTTTTAGCTcc  <  1:1180159/69‑1 (MQ=255) aCTAACAGCAGATTGGCTGAGAGCACATAGATAAACCAGCTCCAGACCATATAGGAACTTTTTAGCTcc  <  1:1160343/69‑1 (MQ=255) aCTAACAGCAGATTGGCTGAGAGCACATAGATAAACCAGCTCCAGACCATATAGGAACTTTTTAGCTcc  <  1:1151370/69‑1 (MQ=255) aCTAACAGCAGATTGGCTGAGAGCACATAGATAAACCAGCTCCAGACCATATAGGAACTTTTTAGCTcc  <  1:1129606/69‑1 (MQ=255) aCTAACAGCAGATTGGCTGAGAGCACATAGATAAACCAGCTCCAGACCATATAGGAACTTTTTAGCTcc  <  1:1127623/69‑1 (MQ=255) aCTAACAGCAGATTGGCTGAGAGCACATAGATAAACCAGCTCCAGACCATATAGGAACTTTTTAGCTcc  <  1:1087732/69‑1 (MQ=255) aCTAACAGCAGATTGGCTGAGAGCACATAGATAAACCAGCTCCAGACCATATAGGAACTTTTTAGCTcc  <  1:1050541/69‑1 (MQ=255) aCTAACAGCAGATTGGCTGAGAGCACATAGATAAACCAGCTCCAGACCATATAGGAACTTTTTAGCTcc  <  1:1502304/69‑1 (MQ=255) aCTAACAGCAGATTGGCTGAGAGCACATAGATAAACCAGCTCCAGACCATATAGGAACTTTTTAGCTcc  <  1:103469/69‑1 (MQ=255) aCTAACAGCAGATTGGCTGAGAGCACATAGATAAACCAGCTCCAGACCATATAGGAACTTTTTAGCTcc  <  1:1595679/69‑1 (MQ=255) aCTAACAGCAGATTGGCTGAGAGCACATAGATAAACCAGCTCCAGACCATATAGGAACTTTTTAGCTcc  <  1:1591229/69‑1 (MQ=255) aCTAACAGCAGATTGGCTGAGAGCACATAGATAAACCAGCTCCAGACCATATAGGAACTTTTTAGCTcc  <  1:1565265/69‑1 (MQ=255) aCTAACAGCAGATTGGCTGAGAGCACATAGATAAACCAGCTCCAGACCATATAGGAACTTTTTAGCTcc  <  1:1538572/69‑1 (MQ=255) aCTAACAGCAGATTGGCTGAGAGCACATAGATAAACCAGCTCCAGACCATATAGGAACTTTTTAGCTcc  <  1:1536789/69‑1 (MQ=255) aCTAACAGCAGATTGGCTGAGAGCACATAGATAAACCAGCTCCAGACCATATAGGAACTTTTTAGCTcc  <  1:1519269/69‑1 (MQ=255) aCTAACAGCAGATTGGCTGAGAGCACATAGATAAACCAGCTCCAGACCATATAGGAACTTTTTAGCTcc  <  1:1510245/69‑1 (MQ=255) aCTAACAGCAGATTGGCTGAGAGCACATAGATAAACCAGCTCCAGACCATATAGGAACTTTTTAGCTcc  <  1:2232/69‑1 (MQ=255) aCTAACAGCAGATTGGCTGAGAGCACATAGATAAACCAGCTCCAGACCATATAGGAACTTTTTAGCTcc  <  1:1487388/69‑1 (MQ=255) aCTAACAGCAGATTGGCTGAGAGCACATAGATAAACCAGCTCCAGACCATATAGGAACTTTTTAGCTcc  <  1:1486432/69‑1 (MQ=255) aCTAACAGCAGATTGGCTGAGAGCACATAGATAAACCAGCTCCAGACCATATAGGAACTTTTTAGCTcc  <  1:1463780/69‑1 (MQ=255) aCTAACAGCAGATTGGCTGAGAGCACATAGATAAACCAGCTCCAGACCATATAGGAACTTTTTAGCTcc  <  1:1430183/69‑1 (MQ=255) aCTAACAGCAGATTGGCTGAGAGCACATAGATAAACCAGCTCCAGACCATATAGGAACTTTTTAGCTcc  <  1:1425133/69‑1 (MQ=255) aCTAACAGCAGATTGGCTGAGAGCACATAGATAAACCAGCTCCAGACCATATAGGAACTTTTTAGCTcc  <  1:1393259/69‑1 (MQ=255) aCTAACAGCAGATTGGCTGAGAGCACATAGATAAACCAGCTCCAGACCATATAGGAACTTTTTAGCTcc  <  1:1385131/69‑1 (MQ=255) |                                                                     ACTAACAGCAGATTGGCTGAGAGCACATAGATAAACCAGCTCCAGACCATATAGGAACTTTTTAGCTCC  >  W3110S.gb/1190737‑1190805

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑