Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	1648624	1648863	240	46 [0]	[0] 48	flxA/ydfW	hypothetical protein/hypothetical protein

CACTCAACCGAATCGATCTTGGTTTCAATCTTTTTTATCGGGATCAGGCTTCTT  >  W3110S.gb/1648864‑1648917 |                                                      cACTCAGCCGAATCGATCTTGGTTTCAATCTTTTTTATCGGGATCAGGcttctt  >  1:93/1‑54 (MQ=255) cACTCAACCGAATCGATCTTGGTTTCAATCtttttt                    >  1:1041557/1‑36 (MQ=255) cACTCAACCGAATCGATCTTGGTTTCAATCtttttt                    >  1:376842/1‑36 (MQ=255) cACTCAACCGAATCGATCTTGGTTTCAATCtttttt                    >  1:503424/1‑36 (MQ=255) cACTCAACCGAATCGATCTTGGTTTCAATCttttt                     >  1:169226/1‑35 (MQ=255) cACTCAACCGAATCGATCTTGGTTTCAATCTTTTTTAt                  >  1:700917/1‑38 (MQ=255) cACTCAACCGAATCGATCTTGGTTTCAATCTTTTTTATCTGGATCAGGct      >  1:599969/1‑50 (MQ=255) cACTCAACCGAATCGATCTTGGTTTCAATCTTTTTTATCGGGAt            >  1:1305653/1‑44 (MQ=255) cACTCAACCGAATCGATCTTGGTTTCAATCTTTTTTATCGGGAt            >  1:780884/1‑44 (MQ=255) cACTCAACCGAATCGATCTTGGTTTCAATCTTTTTTATCGGGATCAGGcttctt  >  1:934234/1‑54 (MQ=255) cACTCAACCGAATCGATCTTGGTTTCAATCTTTTTTATCGGGATCAGGcttctt  >  1:927976/1‑54 (MQ=255) cACTCAACCGAATCGATCTTGGTTTCAATCTTTTTTATCGGGATCAGGcttctt  >  1:435951/1‑54 (MQ=255) cACTCAACCGAATCGATCTTGGTTTCAATCTTTTTTATCGGGATCAGGcttctt  >  1:500943/1‑54 (MQ=255) cACTCAACCGAATCGATCTTGGTTTCAATCTTTTTTATCGGGATCAGGcttctt  >  1:103667/1‑54 (MQ=255) cACTCAACCGAATCGATCTTGGTTTCAATCTTTTTTATCGGGATCAGGcttctt  >  1:61195/1‑54 (MQ=255) cACTCAACCGAATCGATCTTGGTTTCAATCTTTTTTATCGGGATCAGGcttctt  >  1:613652/1‑54 (MQ=255) cACTCAACCGAATCGATCTTGGTTTCAATCTTTTTTATCGGGATCAGGcttctt  >  1:616559/1‑54 (MQ=255) cACTCAACCGAATCGATCTTGGTTTCAATCTTTTTTATCGGGATCAGGcttctt  >  1:621925/1‑54 (MQ=255) cACTCAACCGAATCGATCTTGGTTTCAATCTTTTTTATCGGGATCAGGcttctt  >  1:639733/1‑54 (MQ=255) cACTCAACCGAATCGATCTTGGTTTCAATCTTTTTTATCGGGATCAGGcttctt  >  1:666164/1‑54 (MQ=255) cACTCAACCGAATCGATCTTGGTTTCAATCTTTTTTATCGGGATCAGGcttctt  >  1:786021/1‑54 (MQ=255) cACTCAACCGAATCGATCTTGGTTTCAATCTTTTTTATCGGGATCAGGcttctt  >  1:811460/1‑54 (MQ=255) cACTCAACCGAATCGATCTTGGTTTCAATCTTTTTTATCGGGATCAGGcttctt  >  1:814530/1‑54 (MQ=255) cACTCAACCGAATCGATCTTGGTTTCAATCTTTTTTATCGGGATCAGGcttctt  >  1:841831/1‑54 (MQ=255) cACTCAACCGAATCGATCTTGGTTTCAATCTTTTTTATCGGGATCAGGcttctt  >  1:868859/1‑54 (MQ=255) cACTCAACCGAATCGATCTTGGTTTCAATCTTTTTTATCGGGATCAGGcttctt  >  1:87005/1‑54 (MQ=255) cACTCAACCGAATCGATCTTGGTTTCAATCTTTTTTATCGGGATCAGGcttctt  >  1:1528041/1‑54 (MQ=255) cACTCAACCGAATCGATCTTGGTTTCAATCTTTTTTATCGGGATCAGGcttctt  >  1:1101930/1‑54 (MQ=255) cACTCAACCGAATCGATCTTGGTTTCAATCTTTTTTATCGGGATCAGGcttctt  >  1:1151756/1‑54 (MQ=255) cACTCAACCGAATCGATCTTGGTTTCAATCTTTTTTATCGGGATCAGGcttctt  >  1:115258/1‑54 (MQ=255) cACTCAACCGAATCGATCTTGGTTTCAATCTTTTTTATCGGGATCAGGcttctt  >  1:1222257/1‑54 (MQ=255) cACTCAACCGAATCGATCTTGGTTTCAATCTTTTTTATCGGGATCAGGcttctt  >  1:1240286/1‑54 (MQ=255) cACTCAACCGAATCGATCTTGGTTTCAATCTTTTTTATCGGGATCAGGcttctt  >  1:1369984/1‑54 (MQ=255) cACTCAACCGAATCGATCTTGGTTTCAATCTTTTTTATCGGGATCAGGcttctt  >  1:1441929/1‑54 (MQ=255) cACTCAACCGAATCGATCTTGGTTTCAATCTTTTTTATCGGGATCAGGcttctt  >  1:1508198/1‑54 (MQ=255) cACTCAACCGAATCGATCTTGGTTTCAATCTTTTTTATCGGGATCAGGcttctt  >  1:324442/1‑54 (MQ=255) cACTCAACCGAATCGATCTTGGTTTCAATCTTTTTTATCGGGATCAGGcttctt  >  1:163856/1‑54 (MQ=255) cACTCAACCGAATCGATCTTGGTTTCAATCTTTTTTATCGGGATCAGGcttctt  >  1:220436/1‑54 (MQ=255) cACTCAACCGAATCGATCTTGGTTTCAATCTTTTTTATCGGGATCAGGcttctt  >  1:221119/1‑54 (MQ=255) cACTCAACCGAATCGATCTTGGTTTCAATCTTTTTTATCGGGATCAGGcttctt  >  1:229660/1‑54 (MQ=255) cACTCAACCGAATCGATCTTGGTTTCAATCTTTTTTATCGGGATCAGGcttctt  >  1:238792/1‑54 (MQ=255) cACTCAACCGAATCGATCTTGGTTTCAATCTTTTTTATCGGGATCAGGcttctt  >  1:241583/1‑54 (MQ=255) cACTCAACCGAATCGATCTTGGTTTCAATCTTTTTTATCGGGATCAGGcttctt  >  1:282816/1‑54 (MQ=255) cACTCAACCGAATCGATCTTGGTTTCAATCTTTTTTATCGGGATCAGGcttctt  >  1:289237/1‑54 (MQ=255) cACTCAACCGAATCGATCTTGGTTTCAATCTTTTTTATCGGGATCAGGcttctt  >  1:308028/1‑54 (MQ=255) cACTCAACCGAATCGATCTTGGTTTCAATCTTTTTTATCGGGATCAGGcttcta  >  1:1224262/1‑53 (MQ=255) cACTCAACCGAATCGATCTTGGTTTCAATCTTTTTTATCGGGATCAGGcttct   >  1:1418780/1‑53 (MQ=255) cACTCAACCGAATCGATCTTGGTTTCAATCTTTTTTATCGGGATCAGGcttct   >  1:596439/1‑53 (MQ=255) |                                                      CACTCAACCGAATCGATCTTGGTTTCAATCTTTTTTATCGGGATCAGGCTTCTT  >  W3110S.gb/1648864‑1648917

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑