Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	2003755	2003916	162	44 [0]	[0] 36	fliA	RNA polymerase, sigma 28 (sigma F) factor

GTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTT  >  W3110S.gb/2003917‑2003984 |                                                                    gTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGttt  >  1:669306/1‑68 (MQ=255) gTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGttt  >  1:107114/1‑68 (MQ=255) gTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGttt  >  1:400822/1‑68 (MQ=255) gTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGttt  >  1:436428/1‑68 (MQ=255) gTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGttt  >  1:462263/1‑68 (MQ=255) gTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGttt  >  1:53998/1‑68 (MQ=255) gTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGttt  >  1:578722/1‑68 (MQ=255) gTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGttt  >  1:608660/1‑68 (MQ=255) gTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGttt  >  1:622963/1‑68 (MQ=255) gTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGttt  >  1:341272/1‑68 (MQ=255) gTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGttt  >  1:670791/1‑68 (MQ=255) gTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGttt  >  1:671828/1‑68 (MQ=255) gTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGttt  >  1:708442/1‑68 (MQ=255) gTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGttt  >  1:760966/1‑68 (MQ=255) gTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGttt  >  1:803681/1‑68 (MQ=255) gTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGttt  >  1:816363/1‑68 (MQ=255) gTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGttt  >  1:915049/1‑68 (MQ=255) gTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGttt  >  1:140935/1‑68 (MQ=255) gTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGttt  >  1:1077503/1‑68 (MQ=255) gTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGttt  >  1:1172711/1‑68 (MQ=255) gTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGttt  >  1:1188566/1‑68 (MQ=255) gTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGttt  >  1:1280718/1‑68 (MQ=255) gTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGttt  >  1:1315816/1‑68 (MQ=255) gTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGttt  >  1:1334251/1‑68 (MQ=255) gTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGttt  >  1:1392199/1‑68 (MQ=255) gTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGttt  >  1:236753/1‑68 (MQ=255) gTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGttt  >  1:1520838/1‑68 (MQ=255) gTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGttt  >  1:1531211/1‑68 (MQ=255) gTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGttt  >  1:158037/1‑68 (MQ=255) gTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGttt  >  1:1597595/1‑68 (MQ=255) gTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGttt  >  1:17637/1‑68 (MQ=255) gTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGttt  >  1:235486/1‑68 (MQ=255) gTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGtt   >  1:718310/1‑67 (MQ=255) gTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGtt   >  1:420989/1‑67 (MQ=255) gTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGtt   >  1:212384/1‑67 (MQ=255) gTGAATTCACGATAAACAGCCCAGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGtt   >  1:1348675/1‑67 (MQ=255) |                                                                    GTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTT  >  W3110S.gb/2003917‑2003984

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑