Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	2076302	2076349	48	101 [0]	[0] 57	flu	antigen 43 (Ag43) phase‑variable biofilm formation autotransporter

CCTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTG  >  W3110S.gb/2076350‑2076418 |                                                                     ccTGGCAGGGAGTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTg  >  1:303808/1‑69 (MQ=255) ccTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGc                               >  1:648669/1‑40 (MQ=255) ccTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGtt                          >  1:674851/1‑45 (MQ=255) ccTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGt   >  1:990979/1‑68 (MQ=255) ccTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGt   >  1:1462186/1‑68 (MQ=255) ccTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGt   >  1:605585/1‑68 (MQ=255) ccTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTg  >  1:514524/1‑69 (MQ=255) ccTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTg  >  1:1551174/1‑69 (MQ=255) ccTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTg  >  1:209029/1‑69 (MQ=255) ccTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTg  >  1:221893/1‑69 (MQ=255) ccTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTg  >  1:1498622/1‑69 (MQ=255) ccTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTg  >  1:346454/1‑69 (MQ=255) ccTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTg  >  1:986912/1‑69 (MQ=255) ccTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTg  >  1:393014/1‑69 (MQ=255) ccTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTg  >  1:410622/1‑69 (MQ=255) ccTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTg  >  1:438575/1‑69 (MQ=255) ccTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTg  >  1:44037/1‑69 (MQ=255) ccTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTg  >  1:80324/1‑69 (MQ=255) ccTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTg  >  1:564338/1‑69 (MQ=255) ccTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTg  >  1:973598/1‑69 (MQ=255) ccTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTg  >  1:918784/1‑69 (MQ=255) ccTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTg  >  1:661796/1‑69 (MQ=255) ccTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTg  >  1:66894/1‑69 (MQ=255) ccTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTg  >  1:671508/1‑69 (MQ=255) ccTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTg  >  1:875083/1‑69 (MQ=255) ccTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTg  >  1:724934/1‑69 (MQ=255) ccTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTg  >  1:75456/1‑69 (MQ=255) ccTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTg  >  1:793952/1‑69 (MQ=255) ccTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTg  >  1:1309831/1‑69 (MQ=255) ccTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTg  >  1:1018153/1‑69 (MQ=255) ccTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTg  >  1:1027315/1‑69 (MQ=255) ccTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTg  >  1:1062/1‑69 (MQ=255) ccTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTg  >  1:1077634/1‑69 (MQ=255) ccTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTg  >  1:1126974/1‑69 (MQ=255) ccTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTg  >  1:1172363/1‑69 (MQ=255) ccTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTg  >  1:1174533/1‑69 (MQ=255) ccTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTg  >  1:1220076/1‑69 (MQ=255) ccTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTg  >  1:1223198/1‑69 (MQ=255) ccTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTg  >  1:123574/1‑69 (MQ=255) ccTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTg  >  1:1262731/1‑69 (MQ=255) ccTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTg  >  1:1264202/1‑69 (MQ=255) ccTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTg  >  1:1278755/1‑69 (MQ=255) ccTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTg  >  1:1001413/1‑69 (MQ=255) ccTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTg  >  1:1363631/1‑69 (MQ=255) ccTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTg  >  1:1397524/1‑69 (MQ=255) ccTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTg  >  1:1399506/1‑69 (MQ=255) ccTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTg  >  1:1406924/1‑69 (MQ=255) ccTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTg  >  1:141608/1‑69 (MQ=255) ccTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTg  >  1:1450466/1‑69 (MQ=255) ccTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTg  >  1:1476645/1‑69 (MQ=255) ccTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTg  >  1:1477056/1‑69 (MQ=255) ccTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTg  >  1:1477078/1‑69 (MQ=255) ccTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTg  >  1:1489296/1‑69 (MQ=255) ccTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTg  >  1:1494771/1‑69 (MQ=255) ccTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGAAGTg  >  1:845893/1‑69 (MQ=255) ccTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATCTGAAGTTCGGGCATGGCAGTg  >  1:468665/1‑69 (MQ=255) ccTGGCAGGGACTTTCACTGGATGACGGTAAGGACa                                   >  1:1459619/1‑36 (MQ=255) |                                                                     CCTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTG  >  W3110S.gb/2076350‑2076418

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑