Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	2678999	2679336	338	112 [0]	[0] 51	yphG	conserved hypothetical protein

CGTTCAGCATCTCTGCCGCCAGGGTGGGCATTCCCCAGTTAATCAGTTGCCCGGCGGTC  >  W3110S.gb/2679337‑2679395 |                                                           cGTTCAGCATCTCTGCCGCCAGGGTGGGCATTCCCCAGTTAATCAg               >  1:466251/1‑46 (MQ=255) cGTTCAGCATCTCTGCCGCCAGGGTGGGCATTCCCCAGTTAATCAGTTGCCGGGCGGtc  <  1:984629/59‑1 (MQ=255) cGTTCAGCATCTCTGCCGCCAGGGTGGGCATTCCCCAGTTAATCAGTTGCCCTGCGGtc  <  1:207835/59‑1 (MQ=255) cGTTCAGCATCTCTGCCGCCAGGGTGGGCATTCCCCAGTTAATCAGTTGCCCGGCGGtc  >  1:292068/1‑59 (MQ=255) cGTTCAGCATCTCTGCCGCCAGGGTGGGCATTCCCCAGTTAATCAGTTGCCCGGCGGtc  <  1:242130/59‑1 (MQ=255) cGTTCAGCATCTCTGCCGCCAGGGTGGGCATTCCCCAGTTAATCAGTTGCCCGGCGGtc  <  1:314009/59‑1 (MQ=255) cGTTCAGCATCTCTGCCGCCAGGGTGGGCATTCCCCAGTTAATCAGTTGCCCGGCGGtc  >  1:319768/1‑59 (MQ=255) cGTTCAGCATCTCTGCCGCCAGGGTGGGCATTCCCCAGTTAATCAGTTGCCCGGCGGtc  >  1:326930/1‑59 (MQ=255) cGTTCAGCATCTCTGCCGCCAGGGTGGGCATTCCCCAGTTAATCAGTTGCCCGGCGGtc  >  1:352971/1‑59 (MQ=255) cGTTCAGCATCTCTGCCGCCAGGGTGGGCATTCCCCAGTTAATCAGTTGCCCGGCGGtc  <  1:390630/59‑1 (MQ=255) cGTTCAGCATCTCTGCCGCCAGGGTGGGCATTCCCCAGTTAATCAGTTGCCCGGCGGtc  <  1:401994/59‑1 (MQ=255) cGTTCAGCATCTCTGCCGCCAGGGTGGGCATTCCCCAGTTAATCAGTTGCCCGGCGGtc  >  1:404315/1‑59 (MQ=255) cGTTCAGCATCTCTGCCGCCAGGGTGGGCATTCCCCAGTTAATCAGTTGCCCGGCGGtc  <  1:461583/59‑1 (MQ=255) cGTTCAGCATCTCTGCCGCCAGGGTGGGCATTCCCCAGTTAATCAGTTGCCCGGCGGtc  >  1:484587/1‑59 (MQ=255) cGTTCAGCATCTCTGCCGCCAGGGTGGGCATTCCCCAGTTAATCAGTTGCCCGGCGGtc  >  1:555696/1‑59 (MQ=255) cGTTCAGCATCTCTGCCGCCAGGGTGGGCATTCCCCAGTTAATCAGTTGCCCGGCGGtc  <  1:732397/59‑1 (MQ=255) cGTTCAGCATCTCTGCCGCCAGGGTGGGCATTCCCCAGTTAATCAGTTGCCCGGCGGtc  <  1:747325/59‑1 (MQ=255) cGTTCAGCATCTCTGCCGCCAGGGTGGGCATTCCCCAGTTAATCAGTTGCCCGGCGGtc  <  1:752562/59‑1 (MQ=255) cGTTCAGCATCTCTGCCGCCAGGGTGGGCATTCCCCAGTTAATCAGTTGCCCGGCGGtc  <  1:752781/59‑1 (MQ=255) cGTTCAGCATCTCTGCCGCCAGGGTGGGCATTCCCCAGTTAATCAGTTGCCCGGCGGtc  <  1:764883/59‑1 (MQ=255) cGTTCAGCATCTCTGCCGCCAGGGTGGGCATTCCCCAGTTAATCAGTTGCCCGGCGGtc  <  1:803193/59‑1 (MQ=255) cGTTCAGCATCTCTGCCGCCAGGGTGGGCATTCCCCAGTTAATCAGTTGCCCGGCGGtc  <  1:817421/59‑1 (MQ=255) cGTTCAGCATCTCTGCCGCCAGGGTGGGCATTCCCCAGTTAATCAGTTGCCCGGCGGtc  <  1:831100/59‑1 (MQ=255) cGTTCAGCATCTCTGCCGCCAGGGTGGGCATTCCCCAGTTAATCAGTTGCCCGGCGGtc  >  1:870818/1‑59 (MQ=255) cGTTCAGCATCTCTGCCGCCAGGGTGGGCATTCCCCAGTTAATCAGTTGCCCGGCGGtc  <  1:874951/59‑1 (MQ=255) cGTTCAGCATCTCTGCCGCCAGGGTGGGCATTCCCCAGTTAATCAGTTGCCCGGCGGtc  <  1:979076/59‑1 (MQ=255) cGTTCAGCATCTCTGCCGCCAGGGTGGGCATTCCCCAGTTAATCAGTTGCCCGGCGGtc  <  1:1409984/59‑1 (MQ=255) cGTTCAGCATCTCTGCCGCCAGGGTGGGCATTCCCCAGTTAATCAGTTGCCCGGCGGtc  >  1:1096270/1‑59 (MQ=255) cGTTCAGCATCTCTGCCGCCAGGGTGGGCATTCCCCAGTTAATCAGTTGCCCGGCGGtc  >  1:1103766/1‑59 (MQ=255) cGTTCAGCATCTCTGCCGCCAGGGTGGGCATTCCCCAGTTAATCAGTTGCCCGGCGGtc  <  1:1131169/59‑1 (MQ=255) cGTTCAGCATCTCTGCCGCCAGGGTGGGCATTCCCCAGTTAATCAGTTGCCCGGCGGtc  <  1:1143182/59‑1 (MQ=255) cGTTCAGCATCTCTGCCGCCAGGGTGGGCATTCCCCAGTTAATCAGTTGCCCGGCGGtc  >  1:1166559/1‑59 (MQ=255) cGTTCAGCATCTCTGCCGCCAGGGTGGGCATTCCCCAGTTAATCAGTTGCCCGGCGGtc  <  1:1178843/59‑1 (MQ=255) cGTTCAGCATCTCTGCCGCCAGGGTGGGCATTCCCCAGTTAATCAGTTGCCCGGCGGtc  <  1:1293258/59‑1 (MQ=255) cGTTCAGCATCTCTGCCGCCAGGGTGGGCATTCCCCAGTTAATCAGTTGCCCGGCGGtc  <  1:1308384/59‑1 (MQ=255) cGTTCAGCATCTCTGCCGCCAGGGTGGGCATTCCCCAGTTAATCAGTTGCCCGGCGGtc  <  1:1343768/59‑1 (MQ=255) cGTTCAGCATCTCTGCCGCCAGGGTGGGCATTCCCCAGTTAATCAGTTGCCCGGCGGtc  <  1:1375549/59‑1 (MQ=255) cGTTCAGCATCTCTGCCGCCAGGGTGGGCATTCCCCAGTTAATCAGTTGCCCGGCGGtc  <  1:1402988/59‑1 (MQ=255) cGTTCAGCATCTCTGCCGCCAGGGTGGGCATTCCCCAGTTAATCAGTTGCCCGGCGGtc  <  1:1404755/59‑1 (MQ=255) cGTTCAGCATCTCTGCCGCCAGGGTGGGCATTCCCCAGTTAATCAGTTGCCCGGCGGtc  <  1:269590/59‑1 (MQ=255) cGTTCAGCATCTCTGCCGCCAGGGTGGGCATTCCCCAGTTAATCAGTTGCCCGGCGGtc  >  1:148658/1‑59 (MQ=255) cGTTCAGCATCTCTGCCGCCAGGGTGGGCATTCCCCAGTTAATCAGTTGCCCGGCGGtc  <  1:1505142/59‑1 (MQ=255) cGTTCAGCATCTCTGCCGCCAGGGTGGGCATTCCCCAGTTAATCAGTTGCCCGGCGGtc  <  1:1526721/59‑1 (MQ=255) cGTTCAGCATCTCTGCCGCCAGGGTGGGCATTCCCCAGTTAATCAGTTGCCCGGCGGtc  <  1:1532959/59‑1 (MQ=255) cGTTCAGCATCTCTGCCGCCAGGGTGGGCATTCCCCAGTTAATCAGTTGCCCGGCGGtc  <  1:1533102/59‑1 (MQ=255) cGTTCAGCATCTCTGCCGCCAGGGTGGGCATTCCCCAGTTAATCAGTTGCCCGGCGGtc  <  1:1566034/59‑1 (MQ=255) cGTTCAGCATCTCTGCCGCCAGGGTGGGCATTCCCCAGTTAATCAGTTGCCCGGCGGtc  <  1:1566981/59‑1 (MQ=255) cGTTCAGCATCTCTGCCGCCAGGGTGGGCATTCCCCAGTTAATCAGTTGCCCGGCGGtc  <  1:1593286/59‑1 (MQ=255) cGTTCAGCATCTCTGCCGCCAGGGTGGGCATTCCCCAGTTAATCAGTTGCCCGGCGGtc  <  1:1600241/59‑1 (MQ=255) cGTTCAGCATCTCTGCCGCCAGGGTGGGCATTCCCCAGTTAATCAGTTGCCCGGCGGtc  <  1:1601962/59‑1 (MQ=255) cGTTCAGCATCTCTGCCGCCAGGGTGGGCATTCCCCAGTTAATCAGTTGCCCGGCGGtc  >  1:1072225/1‑59 (MQ=255) |                                                           CGTTCAGCATCTCTGCCGCCAGGGTGGGCATTCCCCAGTTAATCAGTTGCCCGGCGGTC  >  W3110S.gb/2679337‑2679395

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑