Missing coverage evidence...
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ACGGACAACTTAGTCGCAGCGATGGTATCTTTCTCCTCTTTCTGGCTGT  >  W3110S.gb/3340491‑3340539 |                                                 aCGGATAACTTAGTCGCAGCGATGGTATCTTTCTCCTCTTTCTGGCtgt  <  1:318883/49‑1 (MQ=255) aCGGACAACTTAGTCTCAGCGATGGTATCTTTCTCCTCTTTCTGGCt    >  1:153227/1‑47 (MQ=255) aCGGACAACTTAGTCGCAGCGATGGTATCTTTCTCCTCTTTCTGGCtgt  >  1:6826/1‑49 (MQ=255) aCGGACAACTTAGTCGCAGCGATGGTATCTTTCTCCTCTTTCTGGCtgt  <  1:239131/49‑1 (MQ=255) aCGGACAACTTAGTCGCAGCGATGGTATCTTTCTCCTCTTTCTGGCtgt  <  1:241155/49‑1 (MQ=255) aCGGACAACTTAGTCGCAGCGATGGTATCTTTCTCCTCTTTCTGGCtgt  >  1:352908/1‑49 (MQ=255) aCGGACAACTTAGTCGCAGCGATGGTATCTTTCTCCTCTTTCTGGCtgt  <  1:461157/49‑1 (MQ=255) aCGGACAACTTAGTCGCAGCGATGGTATCTTTCTCCTCTTTCTGGCtgt  <  1:51014/49‑1 (MQ=255) aCGGACAACTTAGTCGCAGCGATGGTATCTTTCTCCTCTTTCTGGCtgt  <  1:514330/49‑1 (MQ=255) aCGGACAACTTAGTCGCAGCGATGGTATCTTTCTCCTCTTTCTGGCtgt  >  1:55138/1‑49 (MQ=255) aCGGACAACTTAGTCGCAGCGATGGTATCTTTCTCCTCTTTCTGGCtgt  <  1:566531/49‑1 (MQ=255) aCGGACAACTTAGTCGCAGCGATGGTATCTTTCTCCTCTTTCTGGCtgt  <  1:642193/49‑1 (MQ=255) aCGGACAACTTAGTCGCAGCGATGGTATCTTTCTCCTCTTTCTGGCtgt  >  1:218569/1‑49 (MQ=255) aCGGACAACTTAGTCGCAGCGATGGTATCTTTCTCCTCTTTCTGGCtgt  >  1:713415/1‑49 (MQ=255) aCGGACAACTTAGTCGCAGCGATGGTATCTTTCTCCTCTTTCTGGCtgt  >  1:720885/1‑49 (MQ=255) aCGGACAACTTAGTCGCAGCGATGGTATCTTTCTCCTCTTTCTGGCtgt  >  1:723945/1‑49 (MQ=255) aCGGACAACTTAGTCGCAGCGATGGTATCTTTCTCCTCTTTCTGGCtgt  <  1:735174/49‑1 (MQ=255) aCGGACAACTTAGTCGCAGCGATGGTATCTTTCTCCTCTTTCTGGCtgt  >  1:736183/1‑49 (MQ=255) aCGGACAACTTAGTCGCAGCGATGGTATCTTTCTCCTCTTTCTGGCtgt  <  1:799285/49‑1 (MQ=255) aCGGACAACTTAGTCGCAGCGATGGTATCTTTCTCCTCTTTCTGGCtgt  >  1:804098/1‑49 (MQ=255) aCGGACAACTTAGTCGCAGCGATGGTATCTTTCTCCTCTTTCTGGCtgt  <  1:857711/49‑1 (MQ=255) aCGGACAACTTAGTCGCAGCGATGGTATCTTTCTCCTCTTTCTGGCtgt  >  1:927556/1‑49 (MQ=255) aCGGACAACTTAGTCGCAGCGATGGTATCTTTCTCCTCTTTCTGGCtgt  >  1:98820/1‑49 (MQ=255) aCGGACAACTTAGTCGCAGCGATGGTATCTTTCTCCTCTTTCTGGCtgt  <  1:1448206/49‑1 (MQ=255) aCGGACAACTTAGTCGCAGCGATGGTATCTTTCTCCTCTTTCTGGCtgt  <  1:1122792/49‑1 (MQ=255) aCGGACAACTTAGTCGCAGCGATGGTATCTTTCTCCTCTTTCTGGCtgt  <  1:1132432/49‑1 (MQ=255) aCGGACAACTTAGTCGCAGCGATGGTATCTTTCTCCTCTTTCTGGCtgt  >  1:1195518/1‑49 (MQ=255) aCGGACAACTTAGTCGCAGCGATGGTATCTTTCTCCTCTTTCTGGCtgt  <  1:1219318/49‑1 (MQ=255) aCGGACAACTTAGTCGCAGCGATGGTATCTTTCTCCTCTTTCTGGCtgt  <  1:1244351/49‑1 (MQ=255) aCGGACAACTTAGTCGCAGCGATGGTATCTTTCTCCTCTTTCTGGCtgt  <  1:1256860/49‑1 (MQ=255) aCGGACAACTTAGTCGCAGCGATGGTATCTTTCTCCTCTTTCTGGCtgt  >  1:1272584/1‑49 (MQ=255) aCGGACAACTTAGTCGCAGCGATGGTATCTTTCTCCTCTTTCTGGCtgt  <  1:1432940/49‑1 (MQ=255) aCGGACAACTTAGTCGCAGCGATGGTATCTTTCTCCTCTTTCTGGCtgt  <  1:1434408/49‑1 (MQ=255) aCGGACAACTTAGTCGCAGCGATGGTATCTTTCTCCTCTTTCTGGCtgt  <  1:144187/49‑1 (MQ=255) aCGGACAACTTAGTCGCAGCGATGGTATCTTTCTCCTCTTTCTGGCtgt  <  1:1098902/49‑1 (MQ=255) aCGGACAACTTAGTCGCAGCGATGGTATCTTTCTCCTCTTTCTGGCtgt  <  1:1450516/49‑1 (MQ=255) aCGGACAACTTAGTCGCAGCGATGGTATCTTTCTCCTCTTTCTGGCtgt  <  1:1461317/49‑1 (MQ=255) aCGGACAACTTAGTCGCAGCGATGGTATCTTTCTCCTCTTTCTGGCtgt  <  1:1485562/49‑1 (MQ=255) aCGGACAACTTAGTCGCAGCGATGGTATCTTTCTCCTCTTTCTGGCtgt  <  1:1536434/49‑1 (MQ=255) aCGGACAACTTAGTCGCAGCGATGGTATCTTTCTCCTCTTTCTGGCtgt  <  1:1604118/49‑1 (MQ=255) aCGGACAACTTAGTCGCAGCGATGGTATCTTTCTCCTCTTTCTGGCtgt  <  1:191985/49‑1 (MQ=255) aCGGACAACTTAGTCGCAGCGATGGTATCTTTCTCCTCTTTCTGGCtgt  <  1:198579/49‑1 (MQ=255) aCGGACAACTTAGTCGCAGCGATGGTATCTTTCTCCTCTTTCTGGCtgt  <  1:203564/49‑1 (MQ=255) aCGGACAACTTAGTCGCAGCGATGGTATCTTTCTCCTCTTTCTGGCtgt  <  1:206071/49‑1 (MQ=255) |                                                 ACGGACAACTTAGTCGCAGCGATGGTATCTTTCTCCTCTTTCTGGCTGT  >  W3110S.gb/3340491‑3340539

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑