Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	3434831	3434884	54	210 [0]	[0] 79	zraS/zraP	sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with ZraR/Zn‑binding periplasmic protein

GAGTCATTTTTACTCGTTTATCATGCCAGATTACCCGTCATATCAGCGTTTCATCGTTGGCACGGAAGA  >  W3110S.gb/3434885‑3434953 |                                                                     gAGTCATTTTTACTCTTTTATCATGCCAGATTACCCGTCATATCAGCGTTTCATCGTTGGCACGGAAGa  <  1:527590/69‑1 (MQ=255) gAGTCATTTTTACTCGTTTATCATGCCAGATTACCCGTCATATCAGCGTTTCATCGTTGGCACGGAAGa  <  1:461650/69‑1 (MQ=255) gAGTCATTTTTACTCGTTTATCATGCCAGATTACCCGTCATATCAGCGTTTCATCGTTGGCACGGAAGa  <  1:646343/69‑1 (MQ=255) gAGTCATTTTTACTCGTTTATCATGCCAGATTACCCGTCATATCAGCGTTTCATCGTTGGCACGGAAGa  <  1:627345/69‑1 (MQ=255) gAGTCATTTTTACTCGTTTATCATGCCAGATTACCCGTCATATCAGCGTTTCATCGTTGGCACGGAAGa  <  1:59221/69‑1 (MQ=255) gAGTCATTTTTACTCGTTTATCATGCCAGATTACCCGTCATATCAGCGTTTCATCGTTGGCACGGAAGa  <  1:569074/69‑1 (MQ=255) gAGTCATTTTTACTCGTTTATCATGCCAGATTACCCGTCATATCAGCGTTTCATCGTTGGCACGGAAGa  <  1:518130/69‑1 (MQ=255) gAGTCATTTTTACTCGTTTATCATGCCAGATTACCCGTCATATCAGCGTTTCATCGTTGGCACGGAAGa  <  1:507860/69‑1 (MQ=255) gAGTCATTTTTACTCGTTTATCATGCCAGATTACCCGTCATATCAGCGTTTCATCGTTGGCACGGAAGa  <  1:491435/69‑1 (MQ=255) gAGTCATTTTTACTCGTTTATCATGCCAGATTACCCGTCATATCAGCGTTTCATCGTTGGCACGGAAGa  <  1:470731/69‑1 (MQ=255) gAGTCATTTTTACTCGTTTATCATGCCAGATTACCCGTCATATCAGCGTTTCATCGTTGGCACGGAAGa  <  1:670553/69‑1 (MQ=255) gAGTCATTTTTACTCGTTTATCATGCCAGATTACCCGTCATATCAGCGTTTCATCGTTGGCACGGAAGa  <  1:397238/69‑1 (MQ=255) gAGTCATTTTTACTCGTTTATCATGCCAGATTACCCGTCATATCAGCGTTTCATCGTTGGCACGGAAGa  <  1:350170/69‑1 (MQ=255) gAGTCATTTTTACTCGTTTATCATGCCAGATTACCCGTCATATCAGCGTTTCATCGTTGGCACGGAAGa  <  1:349002/69‑1 (MQ=255) gAGTCATTTTTACTCGTTTATCATGCCAGATTACCCGTCATATCAGCGTTTCATCGTTGGCACGGAAGa  <  1:342422/69‑1 (MQ=255) gAGTCATTTTTACTCGTTTATCATGCCAGATTACCCGTCATATCAGCGTTTCATCGTTGGCACGGAAGa  <  1:314550/69‑1 (MQ=255) gAGTCATTTTTACTCGTTTATCATGCCAGATTACCCGTCATATCAGCGTTTCATCGTTGGCACGGAAGa  <  1:306313/69‑1 (MQ=255) gAGTCATTTTTACTCGTTTATCATGCCAGATTACCCGTCATATCAGCGTTTCATCGTTGGCACGGAAGa  <  1:296668/69‑1 (MQ=255) gAGTCATTTTTACTCGTTTATCATGCCAGATTACCCGTCATATCAGCGTTTCATCGTTGGCACGGAAGa  <  1:262589/69‑1 (MQ=255) gAGTCATTTTTACTCGTTTATCATGCCAGATTACCCGTCATATCAGCGTTTCATCGTTGGCACGGAAGa  <  1:262339/69‑1 (MQ=255) gAGTCATTTTTACTCGTTTATCATGCCAGATTACCCGTCATATCAGCGTTTCATCGTTGGCACGGAAGa  <  1:799991/69‑1 (MQ=255) gAGTCATTTTTACTCGTTTATCATGCCAGATTACCCGTCATATCAGCGTTTCATCGTTGGCACGGAAGa  <  1:976377/69‑1 (MQ=255) gAGTCATTTTTACTCGTTTATCATGCCAGATTACCCGTCATATCAGCGTTTCATCGTTGGCACGGAAGa  <  1:929788/69‑1 (MQ=255) gAGTCATTTTTACTCGTTTATCATGCCAGATTACCCGTCATATCAGCGTTTCATCGTTGGCACGGAAGa  <  1:91780/69‑1 (MQ=255) gAGTCATTTTTACTCGTTTATCATGCCAGATTACCCGTCATATCAGCGTTTCATCGTTGGCACGGAAGa  <  1:891518/69‑1 (MQ=255) gAGTCATTTTTACTCGTTTATCATGCCAGATTACCCGTCATATCAGCGTTTCATCGTTGGCACGGAAGa  <  1:877037/69‑1 (MQ=255) gAGTCATTTTTACTCGTTTATCATGCCAGATTACCCGTCATATCAGCGTTTCATCGTTGGCACGGAAGa  <  1:869776/69‑1 (MQ=255) gAGTCATTTTTACTCGTTTATCATGCCAGATTACCCGTCATATCAGCGTTTCATCGTTGGCACGGAAGa  <  1:842936/69‑1 (MQ=255) gAGTCATTTTTACTCGTTTATCATGCCAGATTACCCGTCATATCAGCGTTTCATCGTTGGCACGGAAGa  <  1:830574/69‑1 (MQ=255) gAGTCATTTTTACTCGTTTATCATGCCAGATTACCCGTCATATCAGCGTTTCATCGTTGGCACGGAAGa  <  1:815458/69‑1 (MQ=255) gAGTCATTTTTACTCGTTTATCATGCCAGATTACCCGTCATATCAGCGTTTCATCGTTGGCACGGAAGa  <  1:208450/69‑1 (MQ=255) gAGTCATTTTTACTCGTTTATCATGCCAGATTACCCGTCATATCAGCGTTTCATCGTTGGCACGGAAGa  <  1:79767/69‑1 (MQ=255) gAGTCATTTTTACTCGTTTATCATGCCAGATTACCCGTCATATCAGCGTTTCATCGTTGGCACGGAAGa  <  1:772362/69‑1 (MQ=255) gAGTCATTTTTACTCGTTTATCATGCCAGATTACCCGTCATATCAGCGTTTCATCGTTGGCACGGAAGa  <  1:768175/69‑1 (MQ=255) gAGTCATTTTTACTCGTTTATCATGCCAGATTACCCGTCATATCAGCGTTTCATCGTTGGCACGGAAGa  <  1:765068/69‑1 (MQ=255) gAGTCATTTTTACTCGTTTATCATGCCAGATTACCCGTCATATCAGCGTTTCATCGTTGGCACGGAAGa  <  1:748857/69‑1 (MQ=255) gAGTCATTTTTACTCGTTTATCATGCCAGATTACCCGTCATATCAGCGTTTCATCGTTGGCACGGAAGa  <  1:747109/69‑1 (MQ=255) gAGTCATTTTTACTCGTTTATCATGCCAGATTACCCGTCATATCAGCGTTTCATCGTTGGCACGGAAGa  <  1:713125/69‑1 (MQ=255) gAGTCATTTTTACTCGTTTATCATGCCAGATTACCCGTCATATCAGCGTTTCATCGTTGGCACGGAAGa  <  1:677200/69‑1 (MQ=255) gAGTCATTTTTACTCGTTTATCATGCCAGATTACCCGTCATATCAGCGTTTCATCGTTGGCACGGAAGa  <  1:676721/69‑1 (MQ=255) gAGTCATTTTTACTCGTTTATCATGCCAGATTACCCGTCATATCAGCGTTTCATCGTTGGCACGGAAGa  <  1:1157554/69‑1 (MQ=255) gAGTCATTTTTACTCGTTTATCATGCCAGATTACCCGTCATATCAGCGTTTCATCGTTGGCACGGAAGa  <  1:1325358/69‑1 (MQ=255) gAGTCATTTTTACTCGTTTATCATGCCAGATTACCCGTCATATCAGCGTTTCATCGTTGGCACGGAAGa  <  1:1302922/69‑1 (MQ=255) gAGTCATTTTTACTCGTTTATCATGCCAGATTACCCGTCATATCAGCGTTTCATCGTTGGCACGGAAGa  <  1:1268489/69‑1 (MQ=255) gAGTCATTTTTACTCGTTTATCATGCCAGATTACCCGTCATATCAGCGTTTCATCGTTGGCACGGAAGa  <  1:1259502/69‑1 (MQ=255) gAGTCATTTTTACTCGTTTATCATGCCAGATTACCCGTCATATCAGCGTTTCATCGTTGGCACGGAAGa  <  1:1242059/69‑1 (MQ=255) gAGTCATTTTTACTCGTTTATCATGCCAGATTACCCGTCATATCAGCGTTTCATCGTTGGCACGGAAGa  <  1:1239932/69‑1 (MQ=255) gAGTCATTTTTACTCGTTTATCATGCCAGATTACCCGTCATATCAGCGTTTCATCGTTGGCACGGAAGa  <  1:1172929/69‑1 (MQ=255) gAGTCATTTTTACTCGTTTATCATGCCAGATTACCCGTCATATCAGCGTTTCATCGTTGGCACGGAAGa  <  1:1160756/69‑1 (MQ=255) gAGTCATTTTTACTCGTTTATCATGCCAGATTACCCGTCATATCAGCGTTTCATCGTTGGCACGGAAGa  <  1:1159265/69‑1 (MQ=255) gAGTCATTTTTACTCGTTTATCATGCCAGATTACCCGTCATATCAGCGTTTCATCGTTGGCACGGAAGa  <  1:133135/69‑1 (MQ=255) gAGTCATTTTTACTCGTTTATCATGCCAGATTACCCGTCATATCAGCGTTTCATCGTTGGCACGGAAGa  <  1:1129957/69‑1 (MQ=255) gAGTCATTTTTACTCGTTTATCATGCCAGATTACCCGTCATATCAGCGTTTCATCGTTGGCACGGAAGa  <  1:1129010/69‑1 (MQ=255) gAGTCATTTTTACTCGTTTATCATGCCAGATTACCCGTCATATCAGCGTTTCATCGTTGGCACGGAAGa  <  1:1113765/69‑1 (MQ=255) gAGTCATTTTTACTCGTTTATCATGCCAGATTACCCGTCATATCAGCGTTTCATCGTTGGCACGGAAGa  <  1:1101702/69‑1 (MQ=255) gAGTCATTTTTACTCGTTTATCATGCCAGATTACCCGTCATATCAGCGTTTCATCGTTGGCACGGAAGa  <  1:1095850/69‑1 (MQ=255) gAGTCATTTTTACTCGTTTATCATGCCAGATTACCCGTCATATCAGCGTTTCATCGTTGGCACGGAAGa  <  1:1083961/69‑1 (MQ=255) gAGTCATTTTTACTCGTTTATCATGCCAGATTACCCGTCATATCAGCGTTTCATCGTTGGCACGGAAGa  <  1:1076993/69‑1 (MQ=255) gAGTCATTTTTACTCGTTTATCATGCCAGATTACCCGTCATATCAGCGTTTCATCGTTGGCACGGAAGa  <  1:106408/69‑1 (MQ=255) gAGTCATTTTTACTCGTTTATCATGCCAGATTACCCGTCATATCAGCGTTTCATCGTTGGCACGGAAGa  <  1:1034924/69‑1 (MQ=255) gAGTCATTTTTACTCGTTTATCATGCCAGATTACCCGTCATATCAGCGTTTCATCGTTGGCACGGAAGa  <  1:1477244/69‑1 (MQ=255) gAGTCATTTTTACTCGTTTATCATGCCAGATTACCCGTCATATCAGCGTTTCATCGTTGGCACGGAAGa  <  1:20205/69‑1 (MQ=255) gAGTCATTTTTACTCGTTTATCATGCCAGATTACCCGTCATATCAGCGTTTCATCGTTGGCACGGAAGa  <  1:201977/69‑1 (MQ=255) gAGTCATTTTTACTCGTTTATCATGCCAGATTACCCGTCATATCAGCGTTTCATCGTTGGCACGGAAGa  <  1:19274/69‑1 (MQ=255) gAGTCATTTTTACTCGTTTATCATGCCAGATTACCCGTCATATCAGCGTTTCATCGTTGGCACGGAAGa  <  1:191324/69‑1 (MQ=255) gAGTCATTTTTACTCGTTTATCATGCCAGATTACCCGTCATATCAGCGTTTCATCGTTGGCACGGAAGa  <  1:179890/69‑1 (MQ=255) gAGTCATTTTTACTCGTTTATCATGCCAGATTACCCGTCATATCAGCGTTTCATCGTTGGCACGGAAGa  <  1:166316/69‑1 (MQ=255) gAGTCATTTTTACTCGTTTATCATGCCAGATTACCCGTCATATCAGCGTTTCATCGTTGGCACGGAAGa  <  1:1601682/69‑1 (MQ=255) gAGTCATTTTTACTCGTTTATCATGCCAGATTACCCGTCATATCAGCGTTTCATCGTTGGCACGGAAGa  <  1:1596550/69‑1 (MQ=255) gAGTCATTTTTACTCGTTTATCATGCCAGATTACCCGTCATATCAGCGTTTCATCGTTGGCACGGAAGa  <  1:152844/69‑1 (MQ=255) gAGTCATTTTTACTCGTTTATCATGCCAGATTACCCGTCATATCAGCGTTTCATCGTTGGCACGGAAGa  <  1:1021304/69‑1 (MQ=255) gAGTCATTTTTACTCGTTTATCATGCCAGATTACCCGTCATATCAGCGTTTCATCGTTGGCACGGAAGa  <  1:1466355/69‑1 (MQ=255) gAGTCATTTTTACTCGTTTATCATGCCAGATTACCCGTCATATCAGCGTTTCATCGTTGGCACGGAAGa  <  1:1438354/69‑1 (MQ=255) gAGTCATTTTTACTCGTTTATCATGCCAGATTACCCGTCATATCAGCGTTTCATCGTTGGCACGGAAGa  <  1:1426005/69‑1 (MQ=255) gAGTCATTTTTACTCGTTTATCATGCCAGATTACCCGTCATATCAGCGTTTCATCGTTGGCACGGAAGa  <  1:1412169/69‑1 (MQ=255) gAGTCATTTTTACTCGTTTATCATGCCAGATTACCCGTCATATCAGCGTTTCATCGTTGGCACGGAAGa  <  1:1399900/69‑1 (MQ=255) gAGTCATTTTTACTCGTTTATCATGCCAGATTACCCGTCATATCAGCGTTTCATCGTTGGCACGGAAGa  <  1:1397021/69‑1 (MQ=255) gAGTCATTTTTACTCGTTTATCATGCCAGATTACCCGTCATATCAGCGTTTCATCGTTGGCACGGAAGa  <  1:138936/69‑1 (MQ=255) gAGTCATTTTTACTCGTTTATCATGCCAGATTACCCGTCATATCAGCGTTTCATCGTTGGCACGGAAGa  <  1:135786/69‑1 (MQ=255) |                                                                     GAGTCATTTTTACTCGTTTATCATGCCAGATTACCCGTCATATCAGCGTTTCATCGTTGGCACGGAAGA  >  W3110S.gb/3434885‑3434953

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑