Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	3839733	3839835	103	71 [0]	[1] 76	rfaY	lipopolysaccharide core biosynthesis protein

TAGAGTTGTGTGATATGCCCGATATTGATGATGCGCTAAAAAATAAAATTCAGCAATCAATTAATGCCT  >  W3110S.gb/3839834‑3839902   |                                                                   tAGAGTTGTGTGATATGCCCGATATTGATGATGCGCTAAAAAATAAAATTCAGCAATCAATTAATGCCt  <  1:1033516/69‑1 (MQ=255)   gagTTGTGTGATATGCCCGATATTGATGATGCGCTAAAAAATATAATTCAGCAATCAATTAATGCCt  <  1:1111536/67‑1 (MQ=255)   gagTTGTGTGATATGCCCGATATTGATGATGCGCTAAAAAATAAAATTCATCAATCAATTAATGCCt  <  1:1064189/67‑1 (MQ=255)   gagTTGTGTGATATGCCCGATATTGATGATGCGCTAAAAAATAAAATTCAGCAATCAATTAATGCCt  <  1:344413/67‑1 (MQ=255)   gagTTGTGTGATATGCCCGATATTGATGATGCGCTAAAAAATAAAATTCAGCAATCAATTAATGCCt  <  1:571147/67‑1 (MQ=255)   gagTTGTGTGATATGCCCGATATTGATGATGCGCTAAAAAATAAAATTCAGCAATCAATTAATGCCt  <  1:567699/67‑1 (MQ=255)   gagTTGTGTGATATGCCCGATATTGATGATGCGCTAAAAAATAAAATTCAGCAATCAATTAATGCCt  <  1:54313/67‑1 (MQ=255)   gagTTGTGTGATATGCCCGATATTGATGATGCGCTAAAAAATAAAATTCAGCAATCAATTAATGCCt  <  1:50188/67‑1 (MQ=255)   gagTTGTGTGATATGCCCGATATTGATGATGCGCTAAAAAATAAAATTCAGCAATCAATTAATGCCt  <  1:47332/67‑1 (MQ=255)   gagTTGTGTGATATGCCCGATATTGATGATGCGCTAAAAAATAAAATTCAGCAATCAATTAATGCCt  <  1:468389/67‑1 (MQ=255)   gagTTGTGTGATATGCCCGATATTGATGATGCGCTAAAAAATAAAATTCAGCAATCAATTAATGCCt  <  1:416018/67‑1 (MQ=255)   gagTTGTGTGATATGCCCGATATTGATGATGCGCTAAAAAATAAAATTCAGCAATCAATTAATGCCt  <  1:399275/67‑1 (MQ=255)   gagTTGTGTGATATGCCCGATATTGATGATGCGCTAAAAAATAAAATTCAGCAATCAATTAATGCCt  <  1:381058/67‑1 (MQ=255)   gagTTGTGTGATATGCCCGATATTGATGATGCGCTAAAAAATAAAATTCAGCAATCAATTAATGCCt  <  1:609155/67‑1 (MQ=255)   gagTTGTGTGATATGCCCGATATTGATGATGCGCTAAAAAATAAAATTCAGCAATCAATTAATGCCt  <  1:315707/67‑1 (MQ=255)   gagTTGTGTGATATGCCCGATATTGATGATGCGCTAAAAAATAAAATTCAGCAATCAATTAATGCCt  <  1:182272/67‑1 (MQ=255)   gagTTGTGTGATATGCCCGATATTGATGATGCGCTAAAAAATAAAATTCAGCAATCAATTAATGCCt  <  1:1595331/67‑1 (MQ=255)   gagTTGTGTGATATGCCCGATATTGATGATGCGCTAAAAAATAAAATTCAGCAATCAATTAATGCCt  <  1:1565947/67‑1 (MQ=255)   gagTTGTGTGATATGCCCGATATTGATGATGCGCTAAAAAATAAAATTCAGCAATCAATTAATGCCt  <  1:1563977/67‑1 (MQ=255)   gagTTGTGTGATATGCCCGATATTGATGATGCGCTAAAAAATAAAATTCAGCAATCAATTAATGCCt  <  1:1556511/67‑1 (MQ=255)   gagTTGTGTGATATGCCCGATATTGATGATGCGCTAAAAAATAAAATTCAGCAATCAATTAATGCCt  <  1:1543773/67‑1 (MQ=255)   gagTTGTGTGATATGCCCGATATTGATGATGCGCTAAAAAATAAAATTCAGCAATCAATTAATGCCt  <  1:72850/67‑1 (MQ=255)   gagTTGTGTGATATGCCCGATATTGATGATGCGCTAAAAAATAAAATTCAGCAATCAATTAATGCCt  <  1:995057/67‑1 (MQ=255)   gagTTGTGTGATATGCCCGATATTGATGATGCGCTAAAAAATAAAATTCAGCAATCAATTAATGCCt  <  1:975201/67‑1 (MQ=255)   gagTTGTGTGATATGCCCGATATTGATGATGCGCTAAAAAATAAAATTCAGCAATCAATTAATGCCt  <  1:963092/67‑1 (MQ=255)   gagTTGTGTGATATGCCCGATATTGATGATGCGCTAAAAAATAAAATTCAGCAATCAATTAATGCCt  <  1:960328/67‑1 (MQ=255)   gagTTGTGTGATATGCCCGATATTGATGATGCGCTAAAAAATAAAATTCAGCAATCAATTAATGCCt  <  1:942373/67‑1 (MQ=255)   gagTTGTGTGATATGCCCGATATTGATGATGCGCTAAAAAATAAAATTCAGCAATCAATTAATGCCt  <  1:898396/67‑1 (MQ=255)   gagTTGTGTGATATGCCCGATATTGATGATGCGCTAAAAAATAAAATTCAGCAATCAATTAATGCCt  <  1:828147/67‑1 (MQ=255)   gagTTGTGTGATATGCCCGATATTGATGATGCGCTAAAAAATAAAATTCAGCAATCAATTAATGCCt  <  1:805474/67‑1 (MQ=255)   gagTTGTGTGATATGCCCGATATTGATGATGCGCTAAAAAATAAAATTCAGCAATCAATTAATGCCt  <  1:571499/67‑1 (MQ=255)   gagTTGTGTGATATGCCCGATATTGATGATGCGCTAAAAAATAAAATTCAGCAATCAATTAATGCCt  <  1:71004/67‑1 (MQ=255)   gagTTGTGTGATATGCCCGATATTGATGATGCGCTAAAAAATAAAATTCAGCAATCAATTAATGCCt  <  1:701273/67‑1 (MQ=255)   gagTTGTGTGATATGCCCGATATTGATGATGCGCTAAAAAATAAAATTCAGCAATCAATTAATGCCt  <  1:657489/67‑1 (MQ=255)   gagTTGTGTGATATGCCCGATATTGATGATGCGCTAAAAAATAAAATTCAGCAATCAATTAATGCCt  <  1:647739/67‑1 (MQ=255)   gagTTGTGTGATATGCCCGATATTGATGATGCGCTAAAAAATAAAATTCAGCAATCAATTAATGCCt  <  1:634401/67‑1 (MQ=255)   gagTTGTGTGATATGCCCGATATTGATGATGCGCTAAAAAATAAAATTCAGCAATCAATTAATGCCt  <  1:63285/67‑1 (MQ=255)   gagTTGTGTGATATGCCCGATATTGATGATGCGCTAAAAAATAAAATTCAGCAATCAATTAATGCCt  <  1:1519410/67‑1 (MQ=255)   gagTTGTGTGATATGCCCGATATTGATGATGCGCTAAAAAATAAAATTCAGCAATCAATTAATGCCt  <  1:597891/67‑1 (MQ=255)   gagTTGTGTGATATGCCCGATATTGATGATGCGCTAAAAAATAAAATTCAGCAATCAATTAATGCCt  <  1:109431/67‑1 (MQ=255)   gagTTGTGTGATATGCCCGATATTGATGATGCGCTAAAAAATAAAATTCAGCAATCAATTAATGCCt  <  1:1186438/67‑1 (MQ=255)   gagTTGTGTGATATGCCCGATATTGATGATGCGCTAAAAAATAAAATTCAGCAATCAATTAATGCCt  <  1:1183323/67‑1 (MQ=255)   gagTTGTGTGATATGCCCGATATTGATGATGCGCTAAAAAATAAAATTCAGCAATCAATTAATGCCt  <  1:1159271/67‑1 (MQ=255)   gagTTGTGTGATATGCCCGATATTGATGATGCGCTAAAAAATAAAATTCAGCAATCAATTAATGCCt  <  1:1127725/67‑1 (MQ=255)   gagTTGTGTGATATGCCCGATATTGATGATGCGCTAAAAAATAAAATTCAGCAATCAATTAATGCCt  <  1:1104137/67‑1 (MQ=255)   gagTTGTGTGATATGCCCGATATTGATGATGCGCTAAAAAATAAAATTCAGCAATCAATTAATGCCt  <  1:1100419/67‑1 (MQ=255)   gagTTGTGTGATATGCCCGATATTGATGATGCGCTAAAAAATAAAATTCAGCAATCAATTAATGCCt  <  1:1096861/67‑1 (MQ=255)   gagTTGTGTGATATGCCCGATATTGATGATGCGCTAAAAAATAAAATTCAGCAATCAATTAATGCCt  <  1:1095658/67‑1 (MQ=255)   gagTTGTGTGATATGCCCGATATTGATGATGCGCTAAAAAATAAAATTCAGCAATCAATTAATGCCt  <  1:1223724/67‑1 (MQ=255)   gagTTGTGTGATATGCCCGATATTGATGATGCGCTAAAAAATAAAATTCAGCAATCAATTAATGCCt  <  1:1089344/67‑1 (MQ=255)   gagTTGTGTGATATGCCCGATATTGATGATGCGCTAAAAAATAAAATTCAGCAATCAATTAATGCCt  <  1:1083532/67‑1 (MQ=255)   gagTTGTGTGATATGCCCGATATTGATGATGCGCTAAAAAATAAAATTCAGCAATCAATTAATGCCt  <  1:1081508/67‑1 (MQ=255)   gagTTGTGTGATATGCCCGATATTGATGATGCGCTAAAAAATAAAATTCAGCAATCAATTAATGCCt  <  1:1080640/67‑1 (MQ=255)   gagTTGTGTGATATGCCCGATATTGATGATGCGCTAAAAAATAAAATTCAGCAATCAATTAATGCCt  <  1:10699/67‑1 (MQ=255)   gagTTGTGTGATATGCCCGATATTGATGATGCGCTAAAAAATAAAATTCAGCAATCAATTAATGCCt  <  1:1069492/67‑1 (MQ=255)   gagTTGTGTGATATGCCCGATATTGATGATGCGCTAAAAAATAAAATTCAGCAATCAATTAATGCCt  <  1:1054311/67‑1 (MQ=255)   gagTTGTGTGATATGCCCGATATTGATGATGCGCTAAAAAATAAAATTCAGCAATCAATTAATGCCt  <  1:1023427/67‑1 (MQ=255)   gagTTGTGTGATATGCCCGATATTGATGATGCGCTAAAAAATAAAATTCAGCAATCAATTAATGCCt  <  1:1329745/67‑1 (MQ=255)   gagTTGTGTGATATGCCCGATATTGATGATGCGCTAAAAAATAAAATTCAGCAATCAATTAATGCCt  <  1:100003/67‑1 (MQ=255)   gagTTGTGTGATATGCCCGATATTGATGATGCGCTAAAAAATAAAATTCAGCAATCAATTAATGCCt  <  1:1519340/67‑1 (MQ=255)   gagTTGTGTGATATGCCCGATATTGATGATGCGCTAAAAAATAAAATTCAGCAATCAATTAATGCCt  <  1:1414633/67‑1 (MQ=255)   gagTTGTGTGATATGCCCGATATTGATGATGCGCTAAAAAATAAAATTCAGCAATCAATTAATGCCt  <  1:1409763/67‑1 (MQ=255)   gagTTGTGTGATATGCCCGATATTGATGATGCGCTAAAAAATAAAATTCAGCAATCAATTAATGCCt  <  1:140359/67‑1 (MQ=255)   gagTTGTGTGATATGCCCGATATTGATGATGCGCTAAAAAATAAAATTCAGCAATCAATTAATGCCt  <  1:1395428/67‑1 (MQ=255)   gagTTGTGTGATATGCCCGATATTGATGATGCGCTAAAAAATAAAATTCAGCAATCAATTAATGCCt  <  1:1359283/67‑1 (MQ=255)   gagTTGTGTGATATGCCCGATATTGATGATGCGCTAAAAAATAAAATTCAGCAATCAATTAATGCCt  <  1:1354658/67‑1 (MQ=255)   gagTTGTGTGATATGCCCGATATTGATGATGCGCTAAAAAATAAAATTCAGCAATCAATTAATGCCt  <  1:1539356/67‑1 (MQ=255)   gagTTGTGTGATATGCCCGATATTGATGATGCGCTAAAAAATAAAATTCAGCAATCAATTAATGCCt  <  1:1299850/67‑1 (MQ=255)   gagTTGTGTGATATGCCCGATATTGATGATGCGCTAAAAAATAAAATTCAGCAATCAATTAATGCCt  <  1:1289814/67‑1 (MQ=255)   gagTTGTGTGATATGCCCGATATTGATGATGCGCTAAAAAATAAAATTCAGCAATCAATTAATGCCt  <  1:1284882/67‑1 (MQ=255)   gagTTGTGTGATATGCCCGATATTGATGATGCGCTAAAAAATAAAATTCAGCAATCAATTAATGCCt  <  1:1274147/67‑1 (MQ=255)   gagTTGTGTGATATGCCCGATATTGATGATGCGCTAAAAAATAAAATTCAGCAATCAATTAATGCCt  <  1:1273451/67‑1 (MQ=255)   gagTTGTGTGATATGCCCGATATTGATGATGCGCTAAAAAATAAAATTCAGCAATCAATTAATGCCt  <  1:1252322/67‑1 (MQ=255)   gagTTGTGTGATATGCCCGATATTGATGATGCGCTAAAAAATAAAATTCAGCAATCAATTAATGCCt  <  1:1249081/67‑1 (MQ=255)   gagTTGTGTGATATGCCCGATATTGATGATGCGCTAAAAAATAAAATTCAGCAATCAATAAATGCCt  <  1:1597853/67‑1 (MQ=255)   gagTTGTGTGATATCCCCGATATTGATGATGCGCTAAAAAATAAAATTCAGCAATCAATTAATGCCt  <  1:1199644/67‑1 (MQ=255)   |                                                                   TAGAGTTGTGTGATATGCCCGATATTGATGATGCGCTAAAAAATAAAATTCAGCAATCAATTAATGCCT  >  W3110S.gb/3839834‑3839902

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑