Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb2,821,4800TC32.5% 674.6 / inf 573T316A (ACC→GCC) recADNA strand exchange and recombination protein with protease and nuclease activity
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/386);  new base C (0/186);  total (0/573)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.29e-06
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold.

Only 100 of 575 total aligned reads displayed.

TCGCGGTTTCCGGGTTATCTTTCAGCCAGGCAGTCGCATTCGCTTTACCCTGACCGATCTTCTCACCTTT  >  W3110S.gb/2821474‑2821543
      |                                                               
tCGCGGCTTCCGGGTTATCTTTCAGCCAGGCAGTCGCATTCGCTTTACCCTGACCGATCTTCTCAc      <  1:1559638/66‑1 (MQ=255)
tCGCGGCTTCCGGGTTATCTTTCAGCCAGGCAGTCGCATTCGCTTTACCCTGACCGATCTTCTCAc      <  1:702614/66‑1 (MQ=255)
tCGCGGCTTCCGGGTTATCTTTCAGCCAGGCAGTCGCATTCGCTTTACCCTGACCGATCTTCTCAc      <  1:1394159/66‑1 (MQ=255)
tCGCGGCTTCCGGGTTATCTTTCAGCCAGGCAGTCGCATTCGCTTTACCCTGACCGATCTTCTCAc      <  1:627443/66‑1 (MQ=255)
tCGCGGCTTCCGGGTTATCTTTCAGCCAGGCAGTCGCATTCGCTTTACCCTGACCGATCTTCTCAc      <  1:1455700/66‑1 (MQ=255)
tCGCGGCTTCCGGGTTATCTTTCAGCCAGGCAGTCGCATTCGCTTTACCCTGACCGATCTTCTCAc      <  1:592454/66‑1 (MQ=255)
tCGCGGCTTCCGGGTTATCTTTCAGCCAGGCAGTCGCATTCGCTTTACCCTGACCGATCTTCTCAc      <  1:1491071/66‑1 (MQ=255)
tCGCGGCTTCCGGGTTATCTTTCAGCCAGGCAGTCGCATTCGCTTTACCCTGACCGATCTTCTCAc      <  1:570074/66‑1 (MQ=255)
tCGCGGCTTCCGGGTTATCTTTCAGCCAGGCAGTCGCATTCGCTTTACCCTGACCGATCTTCTCAc      <  1:1519287/66‑1 (MQ=255)
tCGCGGCTTCCGGGTTATCTTTCAGCCAGGCAGTCGCATTCGCTTTACCCTGACCGATCTTCTCAc      <  1:556426/66‑1 (MQ=255)
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tCGCGGCTTCCGGGTTATCTTTCAGCCAGGCAGTCGCATTCGCTTTACCCTGACCGATCTTCTCAc      <  1:1598504/66‑1 (MQ=255)
tCGCGGCTTCCGGGTTATCTTTCAGCCAGGCAGTCGCATTCGCTTTACCCTGACCGATCTTCTCAc      <  1:4837/66‑1 (MQ=255)
tCGCGGCTTCCGGGTTATCTTTCAGCCAGGCAGTCGCATTCGCTTTACCCTGACCGATCTTCTCAc      <  1:220503/66‑1 (MQ=255)
tCGCGGCTTCCGGGTTATCTTTCAGCCAGGCAGTCGCATTCGCTTTACCCTGACCGATCTTCTCAc      <  1:232547/66‑1 (MQ=255)
tCGCGGCTTCCGGGTTATCTTTCAGCCAGGCAGTCGCATTCGCTTTACCCTGACCGATCTTCTCAc      <  1:245838/66‑1 (MQ=255)
tCGCGGCTTCCGGGTTATCTTTCAGCCAGGCAGTCGCATTCGCTTTACCCTGACCGATCTTCTCAc      <  1:258776/66‑1 (MQ=255)
tCGCGGCTTCCGGGTTATCTTTCAGCCAGGCAGTCGCATTCGCTTTACCCTGACCGATCTTCTCAc      <  1:469113/66‑1 (MQ=255)
tCGCGGCTTCCGGGTTATCTTTCAGCCAGGCAGTCGCATTCGCTTTACCCTGACCGATCTTCTCAc      <  1:386683/66‑1 (MQ=255)
tCGCGGCTTCCGGGTTATCTTTCAGCCAGGCAGTCGCATTCGCTTTACCCTGACCGATCTTCTCAc      <  1:36959/66‑1 (MQ=255)
tCGCGGCTTCCGGGTTATCTTTCAGCCAGGCAGTCGCATTCGCTTTACCCTGACCGATCTTCTCAc      <  1:956055/66‑1 (MQ=255)
tCGCGGCTTCCGGGTTATCTTTCAGCCAGGCAGTCGCATTCGCTTTACCCTGACCGATCTTCTCAc      <  1:866192/66‑1 (MQ=255)
tCGCGGCTTCCGGGTTATCTTTCAGCCAGGCAGTCGCATTCGCTTTACCCTGACCGATCTTCTCAc      <  1:1266351/66‑1 (MQ=255)
tCGCGGCTTCCGGGTTATCTTTCAGCCAGGCAGTCGCATTCGCTTTACCCTGACCGATCTTCTCAc      <  1:1163127/66‑1 (MQ=255)
tCGCGGCTTCCGGGTTATCTTTCAGCCAGGCAGTCGCATTCGCTTTACCCTGACCGATCTTCTCAc      <  1:1063668/66‑1 (MQ=255)
tCGCGGCTTCCGGGTTATCTTTCAGCCAGGCAGTCGCATTCGCTTTACCCTGACCGATCTTCTCAc      <  1:1247498/66‑1 (MQ=255)
tCGCGGCTTCCGGGTTATCTTTCAGCCAGGCAGTCGCATTCGCTTTACCCTGACCGATCTTCTCAc      <  1:1185196/66‑1 (MQ=255)
tCGCGGCTTCCGGGTTATCTTTCAGCCAGGCAGTCGCATTCGCTTTACCCTGACCGATCTTCTCAc      <  1:1223392/66‑1 (MQ=255)
tCGCGGCTTCCGGGTTATCTTTCAGCCAGGCAGTCGCATTCGCTTTACCCTGACCGATCTTCTCAc      <  1:1092474/66‑1 (MQ=255)
tCGCGGCTTCCGGGTTATCTTTCAGCCAGGCAGTCGCATTCGCTTTACCCTGACCGATCTTCTCAc      <  1:879625/66‑1 (MQ=255)
tCGCGGCTTCCGGGTTATCTTTCAGCCAGGCAGTCGCATTAGCTTTACCCTGACCGATCTTCTCAc      <  1:785570/66‑1 (MQ=255)
tCGCGGCTCCCGGGTTATCTTTCAGCCAGGCAGGCGCATTCGCTTTACCCTGACCGATCTTCTCAc      <  1:204114/66‑1 (MQ=255)
  gcgGTTTCCTGGTTATCTTTCAGCCAGGCAGGCGCATTCGCTTTACCCTGACCGATCTTCTCACCttt  <  1:1145440/68‑1 (MQ=255)
  gcgGTTTCCGGGTTATCTTTCAGCCAGGCAGTCGCATTCGCTTTACCCTGACCGATCTTCTCACCttt  <  1:930178/68‑1 (MQ=255)
  gcgGTTTCCGGGTTATCTTTCAGCCAGGCAGTCGCATTCGCTTTACCCTGACCGATCTTCTCACCttt  <  1:503033/68‑1 (MQ=255)
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  gcgGTTTCCGGGTTATCTTTCAGCCAGGCAGTCGCATTCGCTTTACCCTGACCGATCTTCTCACCttt  <  1:546892/68‑1 (MQ=255)
  gcgGTTTCCGGGTTATCTTTCAGCCAGGCAGTCGCATTCGCTTTACCCTGACCGATCTTCTCACCttt  <  1:946098/68‑1 (MQ=255)
  gcgGTTTCCGGGTTATCTTTCAGCCAGGCAGTCGCATTCGCTTTACCCTGACCGATCTTCTCACCttt  <  1:457898/68‑1 (MQ=255)
  gcgGTTTCCGGGTTATCTTTCAGCCAGGCAGTCGCATTCGCTTTACCCTGACCGATCTTCTCACCttt  <  1:44534/68‑1 (MQ=255)
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  gcgGTTTCCGGGTTATCTTTCAGCCAGGCAGTCGCATTCGCTTTACCCTGACCGATCTTCTCACCttt  <  1:1337209/68‑1 (MQ=255)
  gcgGTTTCCGGGTTATCTTTCAGCCAGGCAGTCGCATTCGCTTTACCCTGACCGATCTTCTCACCttt  <  1:1331462/68‑1 (MQ=255)
  gcgGTTTCCGGGTTATCTTTCAGCCAGGCAGTCGCATTCGCTTTACCCTGACCGATCTTCTCACCttt  <  1:1323817/68‑1 (MQ=255)
  gcgGTTTCCGGGTTATCTTTCAGCCAGGCAGTCGCATTCGCTTTACCCTGACCGATCTTCTCACCttt  <  1:130324/68‑1 (MQ=255)
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  gcgGTTTCCGGGTTATCTTTCAGCCAGGCAGTCGCATTCGCTTTACCCTGACCGATCTTCTCACCttt  <  1:1001253/68‑1 (MQ=255)
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  gcgGTTTCCGGGTTATCTTTCAGCCAGGCAGTCGCATTCGCTTTACCCTGACCGATCTTCTCACCttt  <  1:289070/68‑1 (MQ=255)
  gcgGTTTCCGGGTTATCTTTCAGCCAGGCAGTCGCATTCGCTTTACCCTGACCGATCTTCTCACCttt  <  1:208008/68‑1 (MQ=255)
  gcgGTTTCCGGGTTATCTTTCAGCCAGGCAGTCGCATTCGCTTTACCCTGACCGATCTTCTCACCttt  <  1:19092/68‑1 (MQ=255)
  gcgGTTTCCGGGTTATCTTTCAGCCAGGCAGTCGCATTCGCTTTACCCTGACCGATCTTCTCACCttt  <  1:178219/68‑1 (MQ=255)
  gcgGTTTCCGGGTTATCTTTCAGCCAGGCAGTCGCATTCGCTTTACCCTGACCGATCTTCTCACCttt  <  1:1587106/68‑1 (MQ=255)
  gcgGTTTCCGGGTTATCTTTCAGCCAGGCAGTCGCATTCGCTTTACCCTGACCGATCTTCTCACCttt  <  1:1549730/68‑1 (MQ=255)
  gcgGTTTCCGGGTTATCTTTCAGCCAGGCAGTCGCATTCGCTTTACCCTGACCGATCTTCTCACCttt  <  1:1532897/68‑1 (MQ=255)
  gcgGTTTCCGGGTTATCTTTCAGCCAGGCAGTCGCATTCGCTTTACCCTGACCGATCTTCTCACCttt  <  1:1514204/68‑1 (MQ=255)
  gcgGTTTCCGGGTTATCTTTCAGCCAGGCAGTCGCATTCGCTTTACCCTGACCGATCTTCTCACCttt  <  1:1509097/68‑1 (MQ=255)
  gcgGTTTCCGGGTTATCTTTCAGCCAGGCAGTCGCATTCGCTTTACCCTGACCGATCTTCTCACCttt  <  1:1481350/68‑1 (MQ=255)
  gcgGTTTCCGGGTTATCTTTCAGCCAGGCAGTCGCATTCGCTTTACCCTGACCGATCTTCTCACCttt  <  1:1468707/68‑1 (MQ=255)
  gcgGCTTCCGGGTTATCTTTCAGCCAGGCAGTCGCATTCGCTTTACCCTGACCGATCTTCTCAc      <  1:934919/64‑1 (MQ=255)
   cgGTTTCCGGGTTATCTTTCGGCCAGGCAGTCGCATTCGCTTTACCCTGACCGATCTTCTCACCttt  <  1:747887/67‑1 (MQ=255)
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   cgGTTTCCGGGTTATCTTTCAGCCAGGCAGTCGCATTCGCTTTACCCTGACCGATCTTCTCACCttt  <  1:1153470/67‑1 (MQ=255)
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   cgGTTTCCGGGTTATCTTTCAGCCAGGCAGTCGCATTCGCTTTACCCTGACCGATCTTCTCACCttt  <  1:400570/67‑1 (MQ=255)
      |                                                               
TCGCGGTTTCCGGGTTATCTTTCAGCCAGGCAGTCGCATTCGCTTTACCCTGACCGATCTTCTCACCTTT  >  W3110S.gb/2821474‑2821543

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑