Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb3,237,9310TC66.4% 318.9 / 250.3 263T232T (ACT→ACC) alxpredicted inner membrane protein, part of terminus
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/88);  new base C (0/174);  total (0/263)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.01e-01
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold.

Only 100 of 263 total aligned reads displayed.

ATTCCGGCTATCTTCGCCGTGACCACTGACCCGTTCATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCTCGGCCTGCGT  >  W3110S.gb/3237905‑3237982
                          |                                                   
aTTCCGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:1066693/68‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACGTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:646860/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:1001637/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:644208/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:617260/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:556560/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:516153/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:508334/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:461771/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:445453/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:372236/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:332981/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:670778/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:27811/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:265116/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:227474/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:206381/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:174098/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:161943/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:1598681/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:1573357/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:795840/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:996850/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:988783/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:959021/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:936506/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:891035/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:876075/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:848974/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:806968/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:803717/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:309607/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:764521/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:759520/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:74423/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:740599/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:712567/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:698864/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:687708/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:677072/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:1203359/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:118287/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:1156726/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:103026/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:1149983/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:1142137/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:1299333/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:1044528/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:1091683/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:1083242/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:1276404/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:1079327/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:1273795/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:1385565/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:1399622/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:1414339/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:1416480/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:1076085/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:1425744/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:1465964/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:1493635/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:1021445/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGGGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCTATCCt            <  1:1168584/65‑1 (MQ=255)
    cGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:1348847/64‑1 (MQ=255)
         aTCTTCGCCGTGACCACTGACCCGTTCATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCTCGGCCtgcgt  <  1:69027/69‑1 (MQ=255)
         aTCTTCGCCGTGACCACTGACCCGTTCATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCTCGGCCtgcgt  <  1:1099372/69‑1 (MQ=255)
         aTCTTCGCCGTGACCACTGACCCGTTCATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCTCGGCCtgcgt  <  1:1180103/69‑1 (MQ=255)
         aTCTTCGCCGTGACCACTGACCCGTTCATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCTCGGCCtgcgt  <  1:724589/69‑1 (MQ=255)
         aTCTTCGCCGTGACCACTGACCCGTTCATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCTCGGCCtgcgt  <  1:731780/69‑1 (MQ=255)
         aTCTTCGCCGTGACCACTGACCCGTTCATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCTCGGCCtgcgt  <  1:774551/69‑1 (MQ=255)
         aTCTTCGCCGTGACCACTGACCCGTTCATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCTCGGCCtgcgt  <  1:581144/69‑1 (MQ=255)
         aTCTTCGCCGTGACCACTGACCCGTTCATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCTCGGCCtgcgt  <  1:82478/69‑1 (MQ=255)
         aTCTTCGCCGTGACCACTGACCCGTTCATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCTCGGCCtgcgt  <  1:87428/69‑1 (MQ=255)
         aTCTTCGCCGTGACCACTGACCCGTTCATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCTCGGCCtgcgt  <  1:906056/69‑1 (MQ=255)
         aTCTTCGCCGTGACCACTGACCCGTTCATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCTCGGCCtgcgt  <  1:1058739/69‑1 (MQ=255)
         aTCTTCGCCGTGACCACTGACCCGTTCATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCTCGGCCtgcgt  <  1:41805/69‑1 (MQ=255)
         aTCTTCGCCGTGACCACTGACCCGTTCATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCTCGGCCtgcgt  <  1:1553970/69‑1 (MQ=255)
         aTCTTCGCCGTGACCACTGACCCGTTCATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCTCGGCCtgcgt  <  1:14499/69‑1 (MQ=255)
         aTCTTCGCCGTGACCACTGACCCGTTCATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCTCGGCCtgcgt  <  1:241776/69‑1 (MQ=255)
         aTCTTCGCCGTGACCACTGACCCGTTCATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCTCGGCCtgcgt  <  1:339054/69‑1 (MQ=255)
         aTCTTCGCCGTGACCACTGACCCGTTCATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCTCGGCCtgcgt  <  1:344/69‑1 (MQ=255)
         aTCTTCGCCGTGACCACTGACCCGTTCATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCTCGGCCtgcgt  <  1:355820/69‑1 (MQ=255)
         aTCTTCGCCGTGACCACTGACCCGTTCATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCTCGGCCtgcgt  <  1:138392/69‑1 (MQ=255)
         aTCTTCGCCGTGACCACTGACCCGTTCATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCTCGGCCtgcgt  <  1:401069/69‑1 (MQ=255)
         aTCTTCGCCGTGACCACTGACCCGTTCATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCTCGGCCtgcgt  <  1:405721/69‑1 (MQ=255)
         aTCTTCGCCGTGACCACTGACCCGTTCATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCTCGGCCtgcgt  <  1:1219385/69‑1 (MQ=255)
         aTCTTCGCCGTGACCACTGACCCGTTCATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCTCGGCCtgcgt  <  1:430861/69‑1 (MQ=255)
         aTCTTCGCCGTGACCACTGACCCGTTCATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCTCGGCCtgcgt  <  1:1362192/69‑1 (MQ=255)
         aTCTTCGCCGTGACCACTGACCCGTTCATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCTCGGCCtgcgt  <  1:501552/69‑1 (MQ=255)
         aTCTTCGCCGTGACCACTGACCCGTTCATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCTCGGCCtgcgt  <  1:1332191/69‑1 (MQ=255)
         aTCTTCGCCGTGACCACTGACCCGTTCATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCTCGGCCtgcgt  <  1:531570/69‑1 (MQ=255)
         aTCTTCGCCGTGACCACTGACCCGTTCATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCTCGGCCtgcgt  <  1:1317366/69‑1 (MQ=255)
         aTCTTCGCCGTGACCACTGACCCGTTCATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCTCGGCCtgcgt  <  1:592342/69‑1 (MQ=255)
         aTCTTCGCCGTGACCACTGACCCGTTCATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCTCGGCCtgcgt  <  1:1259450/69‑1 (MQ=255)
          tCTTCGCCGTGACCACTGACCCGTTCATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCTCGGCCtgcgt  <  1:1579521/68‑1 (MQ=255)
          tCTTCGCCGTGACCACTGACCCGTTCATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCTCGGCCtgcgt  <  1:635396/68‑1 (MQ=255)
          tCTTCGCCGTGACCACTGACCCGTTCATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCTCGGCCtgcgt  <  1:1357830/68‑1 (MQ=255)
          tCTTCGCCGTGACCACTGACCCGTTCATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCTCGGCCtgcgt  <  1:1529479/68‑1 (MQ=255)
          gcTTCGCCGTGACCACTGACCCGTTCATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCTCGGCCtgcgt  <  1:1011406/67‑1 (MQ=255)
               gCCGTGACCACTGACCCGTTCATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCTCGGCCtgcgt  <  1:882845/63‑1 (MQ=255)
                          |                                                   
ATTCCGGCTATCTTCGCCGTGACCACTGACCCGTTCATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCTCGGCCTGCGT  >  W3110S.gb/3237905‑3237982

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑