Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb3,237,9400CT66.4% 317.5 / 257.2 265F235F (TTC→TTT) alxpredicted inner membrane protein, part of terminus
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/89);  new base T (0/176);  total (0/265)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold.

Only 100 of 265 total aligned reads displayed.

ATTCCGGCTATCTTCGCCGTGACCACTGACCCGTTCATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCTCGGCCTGCGT  >  W3110S.gb/3237905‑3237982
                                   |                                          
aTTCCGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:1273040/68‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:372236/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:609653/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:572784/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:546542/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:514038/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:506194/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:48181/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:457085/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:445453/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:40980/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:644208/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:332981/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:1001637/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:27811/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:265116/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:227474/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:206381/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:174098/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:1599225/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:1598681/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:791910/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:996850/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:988783/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:959021/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:936506/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:891035/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:876075/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:848974/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:806968/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:803717/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:309607/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:764521/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:749893/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:74423/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:735088/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:712180/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:698864/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:677072/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:670778/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:645673/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:1573357/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:118287/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:1202063/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:1168115/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:1276404/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:1156726/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:1310816/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:1356837/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:1369515/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:1083877/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:1385565/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:108123/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:1077133/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:1399622/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:1408540/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:1416480/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:1425744/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:1035796/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:143950/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:1058027/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:1465964/65‑1 (MQ=255)
   ccGGCTATCTTCGCCGTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:1493635/65‑1 (MQ=255)
         aTCTTCGCCGTGACCACTGACCCGTTCATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCTCGGCCtgcgt  <  1:1144747/69‑1 (MQ=255)
         aTCTTCGCCGTGACCACTGACCCGTTCATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCTCGGCCtgcgt  <  1:69027/69‑1 (MQ=255)
         aTCTTCGCCGTGACCACTGACCCGTTCATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCTCGGCCtgcgt  <  1:627807/69‑1 (MQ=255)
         aTCTTCGCCGTGACCACTGACCCGTTCATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCTCGGCCtgcgt  <  1:1174707/69‑1 (MQ=255)
         aTCTTCGCCGTGACCACTGACCCGTTCATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCTCGGCCtgcgt  <  1:906056/69‑1 (MQ=255)
         aTCTTCGCCGTGACCACTGACCCGTTCATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCTCGGCCtgcgt  <  1:724589/69‑1 (MQ=255)
         aTCTTCGCCGTGACCACTGACCCGTTCATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCTCGGCCtgcgt  <  1:731780/69‑1 (MQ=255)
         aTCTTCGCCGTGACCACTGACCCGTTCATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCTCGGCCtgcgt  <  1:1074574/69‑1 (MQ=255)
         aTCTTCGCCGTGACCACTGACCCGTTCATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCTCGGCCtgcgt  <  1:1109832/69‑1 (MQ=255)
         aTCTTCGCCGTGACCACTGACCCGTTCATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCTCGGCCtgcgt  <  1:1099372/69‑1 (MQ=255)
         aTCTTCGCCGTGACCACTGACCCGTTCATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCTCGGCCtgcgt  <  1:774551/69‑1 (MQ=255)
         aTCTTCGCCGTGACCACTGACCCGTTCATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCTCGGCCtgcgt  <  1:1064601/69‑1 (MQ=255)
         aTCTTCGCCGTGACCACTGACCCGTTCATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCTCGGCCtgcgt  <  1:87428/69‑1 (MQ=255)
         aTCTTCGCCGTGACCACTGACCCGTTCATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCTCGGCCtgcgt  <  1:1219385/69‑1 (MQ=255)
         aTCTTCGCCGTGACCACTGACCCGTTCATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCTCGGCCtgcgt  <  1:241776/69‑1 (MQ=255)
         aTCTTCGCCGTGACCACTGACCCGTTCATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCTCGGCCtgcgt  <  1:1553970/69‑1 (MQ=255)
         aTCTTCGCCGTGACCACTGACCCGTTCATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCTCGGCCtgcgt  <  1:339054/69‑1 (MQ=255)
         aTCTTCGCCGTGACCACTGACCCGTTCATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCTCGGCCtgcgt  <  1:344/69‑1 (MQ=255)
         aTCTTCGCCGTGACCACTGACCCGTTCATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCTCGGCCtgcgt  <  1:355820/69‑1 (MQ=255)
         aTCTTCGCCGTGACCACTGACCCGTTCATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCTCGGCCtgcgt  <  1:686252/69‑1 (MQ=255)
         aTCTTCGCCGTGACCACTGACCCGTTCATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCTCGGCCtgcgt  <  1:405721/69‑1 (MQ=255)
         aTCTTCGCCGTGACCACTGACCCGTTCATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCTCGGCCtgcgt  <  1:420368/69‑1 (MQ=255)
         aTCTTCGCCGTGACCACTGACCCGTTCATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCTCGGCCtgcgt  <  1:1362192/69‑1 (MQ=255)
         aTCTTCGCCGTGACCACTGACCCGTTCATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCTCGGCCtgcgt  <  1:134825/69‑1 (MQ=255)
         aTCTTCGCCGTGACCACTGACCCGTTCATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCTCGGCCtgcgt  <  1:1332191/69‑1 (MQ=255)
         aTCTTCGCCGTGACCACTGACCCGTTCATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCTCGGCCtgcgt  <  1:531570/69‑1 (MQ=255)
         aTCTTCGCCGTGACCACTGACCCGTTCATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCTCGGCCtgcgt  <  1:1286773/69‑1 (MQ=255)
         aTCTTCGCCGTGACCACTGACCCGTTCATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCTCGGCCtgcgt  <  1:592342/69‑1 (MQ=255)
         aTCTTCGCCGTGACCACTGACCCGTTCATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCTCGGCCtgcgt  <  1:1259450/69‑1 (MQ=255)
          tCTTCGCCGTGACCCCTGACCCGTTCATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCTCGGCCtgcgt  <  1:1029999/68‑1 (MQ=255)
          tCTTCGCCGTGACCACTGACCCGTTCATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCTCGGCCtgcgt  <  1:1579521/68‑1 (MQ=255)
          tCTTCGCCGTGACCACTGACCCGTTCATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCTCGGCCtgcgt  <  1:1529479/68‑1 (MQ=255)
          gcTTCGCCGTGACCACTGACCCGTTCATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCTCGGCCtgcgt  <  1:1011406/67‑1 (MQ=255)
               gCCGTGACCACTGACCCGTTCATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCTCGGCCtgcgt  <  1:882845/63‑1 (MQ=255)
                  gTGACCACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:399898/50‑1 (MQ=38)
                      ccACCGATCCGTTTATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCt            <  1:820752/46‑1 (MQ=37)
                                  tCATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCTCGGCCtgcgt  <  1:1021279/44‑1 (MQ=255)
                                   |                                          
ATTCCGGCTATCTTCGCCGTGACCACTGACCCGTTCATTGTGCTGACCTCAAACCTGTTTGCGATCCTCGGCCTGCGT  >  W3110S.gb/3237905‑3237982

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑