Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb790,2941.G60.7% 719.0 / inf 339coding (108/1149 nt)galKgalactokinase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base . (0/133);  new base G (0/205);  total (0/339)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold.

Only 100 of 340 total aligned reads displayed.

CAGAACGAAACCGTCGTTGTAGTCG‑‑GTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGGTGTG  >  W3110S.gb/790270‑790341
                         |                                                
cAGAACGAAACCGTCGTTGTAGTCG‑‑GTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGgt     <  1:1496289/69‑1 (MQ=255)
cAGAACGAAACCGTCGTTGTAGTCG‑‑GTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGgt     <  1:944787/69‑1 (MQ=255)
cAGAACGAAACCGTCGTTGTAGTCG‑‑GTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGgt     <  1:52378/69‑1 (MQ=255)
cAGAACGAAACCGTCGTTGTAGTCG‑‑GTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGgt     <  1:1345317/69‑1 (MQ=255)
cAGAACGAAACCGTCGTTGTAGTCG‑‑GTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGgt     <  1:927880/69‑1 (MQ=255)
cAGAACGAAACCGTCGTTGTAGTCG‑‑GTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGgt     <  1:797664/69‑1 (MQ=255)
cAGAACGAAACCGTCGTTGTAGTCG‑‑GTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGgt     <  1:1403890/69‑1 (MQ=255)
cAGAACGAAACCGTCGTTGTAGTCG‑‑GTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGgt     <  1:1434442/69‑1 (MQ=255)
cAGAACGAAACCGTCGTTGTAGTCG‑‑GTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGgt     <  1:89427/69‑1 (MQ=255)
cAGAACGAAACCGTCGTTGTAGTCG‑‑GTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGgt     <  1:884039/69‑1 (MQ=255)
cAGAACGAAACCGTCGTTGTAGTCG‑‑GTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGgt     <  1:688289/69‑1 (MQ=255)
cAGAACGAAACCGTCGTTGTAGTCG‑‑GTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGgt     <  1:1579334/69‑1 (MQ=255)
cAGAACGAAACCGTCGTTGTAGTCG‑‑GTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGgt     <  1:1595552/69‑1 (MQ=255)
cAGAACGAAACCGTCGTTGTAGTCG‑‑GTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGgt     <  1:164379/69‑1 (MQ=255)
cAGAACGAAACCGTCGTTGTAGTCG‑‑GTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGgt     <  1:35169/69‑1 (MQ=255)
cAGAACGAAACCGTCGTTGTAGTCG‑‑GTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGgt     <  1:339125/69‑1 (MQ=255)
cAGAACGAAACCGTCGTTGTAGTCG‑‑GTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGgt     <  1:219474/69‑1 (MQ=255)
cAGAACGAAACCGTCGTTGTAGTCG‑‑GTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGgt     <  1:230385/69‑1 (MQ=255)
cAGAACGAAACCGTCGTTGTAGTCG‑‑GTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGgt     <  1:295398/69‑1 (MQ=255)
cAGAACGAAACCGTCGTTGTAGTCG‑‑GTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGgt     <  1:562404/69‑1 (MQ=255)
cAGAACGAAACCGTCGTTGTAGTCG‑‑GTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGgt     <  1:1039073/69‑1 (MQ=255)
cAGAACGAAACCGTCGTTGTAGTCG‑‑GTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGgt     <  1:670220/69‑1 (MQ=255)
cAGAACGAAACCGTCGTTGTAGTCG‑‑GTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGgt     <  1:737545/69‑1 (MQ=255)
cAGAACGAAACCGTCGTTGTAGTCG‑‑GTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGgt     <  1:1109553/69‑1 (MQ=255)
cAGAACGAAACCGTCGTTGTAGTCG‑‑GTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGgt     <  1:1145280/69‑1 (MQ=255)
cAGAACGAAACCGTCGTTGTAGTCG‑‑GTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGgt     <  1:750726/69‑1 (MQ=255)
cAGAACGAAACCGTCGTTGTAGTCG‑‑GTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGgt     <  1:1163661/69‑1 (MQ=255)
cAGAACGAAACCGTCGTTGTAGTCG‑‑GTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGgt     <  1:1177257/69‑1 (MQ=255)
cAGAACGAAACCGTCGTTGTAGTCG‑‑GTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGgt     <  1:1209984/69‑1 (MQ=255)
cAGAACGAAACCGTCGTTGTAGTCG‑‑GTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGgt     <  1:763355/69‑1 (MQ=255)
cAGAACGAAACCGTCGTTGTAGTCG‑‑GTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGgt     <  1:124877/69‑1 (MQ=255)
     cGAAACCGTCGTTGTAGTCGGTGTGTGTTCACCAATCAAATTCGCGCGGCCAGGCGCCTGAATGGtgtg  <  1:1584336/69‑1 (MQ=255)
     cGAAACCGTCGTTGTAGTCGGTGTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGGtgtg  <  1:281934/69‑1 (MQ=255)
     cGAAACCGTCGTTGTAGTCGGTGTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGGtgtg  <  1:457931/69‑1 (MQ=255)
     cGAAACCGTCGTTGTAGTCGGTGTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGGtgtg  <  1:693667/69‑1 (MQ=255)
     cGAAACCGTCGTTGTAGTCGGTGTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGGtgtg  <  1:305417/69‑1 (MQ=255)
     cGAAACCGTCGTTGTAGTCGGTGTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGGtgtg  <  1:713458/69‑1 (MQ=255)
     cGAAACCGTCGTTGTAGTCGGTGTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGGtgtg  <  1:528781/69‑1 (MQ=255)
     cGAAACCGTCGTTGTAGTCGGTGTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGGtgtg  <  1:573941/69‑1 (MQ=255)
     cGAAACCGTCGTTGTAGTCGGTGTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGGtgtg  <  1:486191/69‑1 (MQ=255)
     cGAAACCGTCGTTGTAGTCGGTGTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGGtgtg  <  1:372515/69‑1 (MQ=255)
     cGAAACCGTCGTTGTAGTCGGTGTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGGtgtg  <  1:634184/69‑1 (MQ=255)
     cGAAACCGTCGTTGTAGTCGGTGTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGGtgtg  <  1:389256/69‑1 (MQ=255)
     cGAAACCGTCGTTGTAGTCGGTGTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGGtgtg  <  1:396133/69‑1 (MQ=255)
     cGAAACCGTCGTTGTAGTCGGTGTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGGtgtg  <  1:402611/69‑1 (MQ=255)
     cGAAACCGTCGTTGTAGTCGGTGTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGGtgtg  <  1:417626/69‑1 (MQ=255)
     cGAAACCGTCGTTGTAGTCGGTGTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGGtgtg  <  1:601640/69‑1 (MQ=255)
     cGAAACCGTCGTTGTAGTCGGTGTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGGtgtg  <  1:467958/69‑1 (MQ=255)
     cGAAACCGTCGTTGTAGTCGGTGTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGGtgtg  <  1:447540/69‑1 (MQ=255)
     cGAAACCGTCGTTGTAGTCGGTGTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGGtgtg  <  1:758956/69‑1 (MQ=255)
     cGAAACCGTCGTTGTAGTCGGTGTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGGtgtg  <  1:1382014/69‑1 (MQ=255)
     cGAAACCGTCGTTGTAGTCGGTGTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGGtgtg  <  1:1074137/69‑1 (MQ=255)
     cGAAACCGTCGTTGTAGTCGGTGTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGGtgtg  <  1:1130763/69‑1 (MQ=255)
     cGAAACCGTCGTTGTAGTCGGTGTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGGtgtg  <  1:115476/69‑1 (MQ=255)
     cGAAACCGTCGTTGTAGTCGGTGTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGGtgtg  <  1:1055422/69‑1 (MQ=255)
     cGAAACCGTCGTTGTAGTCGGTGTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGGtgtg  <  1:1198727/69‑1 (MQ=255)
     cGAAACCGTCGTTGTAGTCGGTGTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGGtgtg  <  1:1225473/69‑1 (MQ=255)
     cGAAACCGTCGTTGTAGTCGGTGTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGGtgtg  <  1:1253048/69‑1 (MQ=255)
     cGAAACCGTCGTTGTAGTCGGTGTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGGtgtg  <  1:1260349/69‑1 (MQ=255)
     cGAAACCGTCGTTGTAGTCGGTGTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGGtgtg  <  1:1034921/69‑1 (MQ=255)
     cGAAACCGTCGTTGTAGTCGGTGTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGGtgtg  <  1:1272562/69‑1 (MQ=255)
     cGAAACCGTCGTTGTAGTCGGTGTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGGtgtg  <  1:1306108/69‑1 (MQ=255)
     cGAAACCGTCGTTGTAGTCGGTGTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGGtgtg  <  1:1333310/69‑1 (MQ=255)
     cGAAACCGTCGTTGTAGTCGGTGTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGGtgtg  <  1:910674/69‑1 (MQ=255)
     cGAAACCGTCGTTGTAGTCGGTGTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGGtgtg  <  1:90265/69‑1 (MQ=255)
     cGAAACCGTCGTTGTAGTCGGTGTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGGtgtg  <  1:1439150/69‑1 (MQ=255)
     cGAAACCGTCGTTGTAGTCGGTGTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGGtgtg  <  1:1490165/69‑1 (MQ=255)
     cGAAACCGTCGTTGTAGTCGGTGTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGGtgtg  <  1:1512774/69‑1 (MQ=255)
     cGAAACCGTCGTTGTAGTCGGTGTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGGtgtg  <  1:1525942/69‑1 (MQ=255)
     cGAAACCGTCGTTGTAGTCGGTGTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGGtgtg  <  1:872552/69‑1 (MQ=255)
     cGAAACCGTCGTTGTAGTCGGTGTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGGtgtg  <  1:182703/69‑1 (MQ=255)
     cGAAACCGTCGTTGTAGTCGGTGTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGGtgtg  <  1:863841/69‑1 (MQ=255)
     cGAAACCGTCGTTGTAGTCGGTGTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGGtgtg  <  1:20383/69‑1 (MQ=255)
     cGAAACCGTCGTTGTAGTCGGTGTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGGtgtg  <  1:1005555/69‑1 (MQ=255)
     cGAAACCGTCGTTGTAGTCGGTGTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGGtgtg  <  1:260560/69‑1 (MQ=255)
      gAAACCGTCGTTGTAGTCGGTGTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGGtgtg  <  1:980326/68‑1 (MQ=255)
      gAAACCGTCGTTGTAGTCGGTGTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGGtgtg  <  1:961918/68‑1 (MQ=255)
      gAAACCGTCGTTGTAGTCGGTGTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGGtgtg  <  1:789883/68‑1 (MQ=255)
      gAAACCGTCGTTGTAGTCGGTGTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGGtgtg  <  1:841227/68‑1 (MQ=255)
      gAAACCGTCGTTGTAGTCGGTGTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGGtgtg  <  1:829885/68‑1 (MQ=255)
      gAAACCGTCGTTGTAGTCGGTGTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGGtgtg  <  1:191049/68‑1 (MQ=255)
      gAAACCGTCGTTGTAGTCGGTGTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGGtgtg  <  1:1012558/68‑1 (MQ=255)
      gAAACCGTCGTTGTAGTCGGTGTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGGtgtg  <  1:1161330/68‑1 (MQ=255)
      gAAACCGTCGTTGTAGTCGGTGTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGGtgtg  <  1:1357236/68‑1 (MQ=255)
      gAAACCGTCGTTGTAGTCGGTGTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGGtgtg  <  1:1397011/68‑1 (MQ=255)
      gAAACCGTCGTTGTAGTCGGTGTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGGtgtg  <  1:1422729/68‑1 (MQ=255)
      gAAACCGTCGTTGTAGTCGGTGTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGGtgtg  <  1:1454534/68‑1 (MQ=255)
      gAAACCGTCGTTGTAGTCGGTGTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGGtgtg  <  1:1484830/68‑1 (MQ=255)
      gAAACCGTCGTTGTAGTCGGTGTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGGtgtg  <  1:1557415/68‑1 (MQ=255)
      gAAACCGTCGTTGTAGTCGGTGTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGGtgtg  <  1:675673/68‑1 (MQ=255)
      gAAACCGTCGTTGTAGTCGGTGTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGGtgtg  <  1:239550/68‑1 (MQ=255)
      gAAACCGTCGTTGTAGTCGGTGTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGGtgtg  <  1:253832/68‑1 (MQ=255)
      gAAACCGTCGTTGTAGTCGGTGTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGGtgtg  <  1:479605/68‑1 (MQ=255)
      gAAACCGTCGTTGTAGTCGGTGTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGGtgtg  <  1:548283/68‑1 (MQ=255)
      gAAACCGTCGTTGTAGTCGGTGTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGGtgtg  <  1:583758/68‑1 (MQ=255)
      gAAACCGTCGTTGTAGTCGGTGTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGGtgtg  <  1:625471/68‑1 (MQ=255)
      gAAACCGTCGTTGTAGTCGGTGTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGGtgtg  <  1:661860/68‑1 (MQ=255)
       aaaCCGTCGTTGTAGTCG‑‑GTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGgt     <  1:593834/62‑1 (MQ=255)
              cgtTGTAGTCGGTGTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGGtgtg  <  1:1293998/60‑1 (MQ=255)
                        g‑‑gTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGgt     <  1:818164/45‑1 (MQ=255)
                         |                                                
CAGAACGAAACCGTCGTTGTAGTCG‑‑GTGTGTTCACCAATCAAATTCACGCGGCCAGGCGCCTGAATGGTGTG  >  W3110S.gb/790270‑790341

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑