Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	1,049,915	0	G	T	69.1%	65.6 / 53.4	55	D84E (GAC→GAA)	ymcD	hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (17/0);  new base T (38/0);  total (55/0)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.94e-01
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold.

GCCACTGTCATTTGCTGCAACAACTGCCAACGTCGCCACACCAACAGCCGTT  >  W3110S.gb/1049909‑1049960       |                                              gCCACTTTCATTTGCTGCAACAACTGCCAACGTCGCCACACCAACAGCCGtt  >  1:297015/1‑52 (MQ=255) gCCACTTTCATTTGCTGCAACAACTGCCAACGTCGCCACACCAACAGCCGtt  >  1:799346/1‑52 (MQ=255) gCCACTTTCATTTGCTGCAACAACTGCCAACGTCGCCACACCAACAGCCGtt  >  1:1517173/1‑52 (MQ=255) gCCACTTTCATTTGCTGCAACAACTGCCAACGTCGCCACACCAACAGCCGtt  >  1:1551631/1‑52 (MQ=255) gCCACTTTCATTTGCTGCAACAACTGCCAACGTCGCCACACCAACAGCCGtt  >  1:1552327/1‑52 (MQ=255) gCCACTTTCATTTGCTGCAACAACTGCCAACGTCGCCACACCAACAGCCGtt  >  1:7022/1‑52 (MQ=255) gCCACTTTCATTTGCTGCAACAACTGCCAACGTCGCCACACCAACAGCCGtt  >  1:1579305/1‑52 (MQ=255) gCCACTTTCATTTGCTGCAACAACTGCCAACGTCGCCACACCAACAGCCGtt  >  1:665036/1‑52 (MQ=255) gCCACTTTCATTTGCTGCAACAACTGCCAACGTCGCCACACCAACAGCCGtt  >  1:265202/1‑52 (MQ=255) gCCACTTTCATTTGCTGCAACAACTGCCAACGTCGCCACACCAACAGCCGtt  >  1:755343/1‑52 (MQ=255) gCCACTTTCATTTGCTGCAACAACTGCCAACGTCGCCACACCAACAGCCGtt  >  1:338744/1‑52 (MQ=255) gCCACTTTCATTTGCTGCAACAACTGCCAACGTCGCCACACCAACAGCCGtt  >  1:641417/1‑52 (MQ=255) gCCACTTTCATTTGCTGCAACAACTGCCAACGTCGCCACACCAACAGCCGtt  >  1:387136/1‑52 (MQ=255) gCCACTTTCATTTGCTGCAACAACTGCCAACGTCGCCACACCAACAGCCGtt  >  1:434685/1‑52 (MQ=255) gCCACTTTCATTTGCTGCAACAACTGCCAACGTCGCCACACCAACAGCCGtt  >  1:575141/1‑52 (MQ=255) gCCACTTTCATTTGCTGCAACAACTGCCAACGTCGCCACACCAACAGCCGtt  >  1:452239/1‑52 (MQ=255) gCCACTTTCATTTGCTGCAACAACTGCCAACGTCGCCACACCAACAGCCGtt  >  1:493133/1‑52 (MQ=255) gCCACTTTCATTTGCTGCAACAACTGCCAACGTCGCCACACCAACAGCCGtt  >  1:535911/1‑52 (MQ=255) gCCACTTTCATTTGCTGCAACAACTGCCAACGTCGCCACACCAACAGCCGtt  >  1:960439/1‑52 (MQ=255) gCCACTTTCATTTGCTGCAACAACTGCCAACGTCGCCACACCAACAGCCGtt  >  1:970319/1‑52 (MQ=255) gCCACTTTCATTTGCTGCAACAACTGCCAACGTCGCCACACCAACAGCCGtt  >  1:105114/1‑52 (MQ=255) gCCACTTTCATTTGCTGCAACAACTGCCAACGTCGCCACACCAACAGCCGtt  >  1:1053876/1‑52 (MQ=255) gCCACTTTCATTTGCTGCAACAACTGCCAACGTCGCCACACCAACAGCCGtt  >  1:1071707/1‑52 (MQ=255) gCCACTTTCATTTGCTGCAACAACTGCCAACGTCGCCACACCAACAGCCGtt  >  1:1190205/1‑52 (MQ=255) gCCACTTTCATTTGCTGCAACAACTGCCAACGTCGCCACACCAACAGCCGtt  >  1:119905/1‑52 (MQ=255) gCCACTTTCATTTGCTGCAACAACTGCCAACGTCGCCACACCAACAGCCGtt  >  1:1218811/1‑52 (MQ=255) gCCACTTTCATTTGCTGCAACAACTGCCAACGTCGCCACACCAACAGCCGtt  >  1:968386/1‑52 (MQ=255) gCCACTTTCATTTGCTGCAACAACTGCCAACGTCGCCACACCAACAGCCGtt  >  1:965993/1‑52 (MQ=255) gCCACTTTCATTTGCTGCAACAACTGCCAACGTCGCCACACCAACAGCCGtt  >  1:132674/1‑52 (MQ=255) gCCACTTTCATTTGCTGCAACAACTGCCAACGTCGCCACACCAACAGCCGtt  >  1:1371983/1‑52 (MQ=255) gCCACTTTCATTTGCTGCAACAACTGCCAACGTCGCCACACCAACAGCCGtt  >  1:1420224/1‑52 (MQ=255) gCCACTTTCATTTGCTGCAACAACTGCCAACGTCGCCACACCAACAGCCGtt  >  1:1452621/1‑52 (MQ=255) gCCACTTTCATTTGCTGCAACAACTGCCAACGTCGCCACACCAACAGCCGtt  >  1:147824/1‑52 (MQ=255) gCCACTTTCATTTGCTGCAACAACTGCCAACGTCGCCACACCAACAGCCGtt  >  1:1479267/1‑52 (MQ=255) gCCACTTTCATTTGCTGCAACAACTGCCAACGTCGCCACACCAACAGCCGtt  >  1:930962/1‑52 (MQ=255) gCCACTTTCATTTGCTGCAACAACTGCCAACGGCGCCACACCAACAGCCGtt  >  1:173774/1‑52 (MQ=255) gCCACTTTCATTTGCTGCAACAACTGCAAACGTCGCCACACCAACAGCCGtt  >  1:405749/1‑52 (MQ=255) gCCACTTTCATATGCTGCAACAACTGCCAACGTCGCCACACCAACAGCCGtt  >  1:684291/1‑52 (MQ=255) gCCACTGTCATTTGCTGCAACAACTGCCAACGTCGCCACACCAACAGCCGtt  >  1:657397/1‑52 (MQ=255) gCCACTGTCATTTGCTGCAACAACTGCCAACGTCGCCACACCAACAGCCGtt  >  1:610024/1‑52 (MQ=255) gCCACTGTCATTTGCTGCAACAACTGCCAACGTCGCCACACCAACAGCCGtt  >  1:201131/1‑52 (MQ=255) gCCACTGTCATTTGCTGCAACAACTGCCAACGTCGCCACACCAACAGCCGtt  >  1:436477/1‑52 (MQ=255) gCCACTGTCATTTGCTGCAACAACTGCCAACGTCGCCACACCAACAGCCGtt  >  1:415749/1‑52 (MQ=255) gCCACTGTCATTTGCTGCAACAACTGCCAACGTCGCCACACCAACAGCCGtt  >  1:356532/1‑52 (MQ=255) gCCACTGTCATTTGCTGCAACAACTGCCAACGTCGCCACACCAACAGCCGtt  >  1:289768/1‑52 (MQ=255) gCCACTGTCATTTGCTGCAACAACTGCCAACGTCGCCACACCAACAGCCGtt  >  1:1029058/1‑52 (MQ=255) gCCACTGTCATTTGCTGCAACAACTGCCAACGTCGCCACACCAACAGCCGtt  >  1:193219/1‑52 (MQ=255) gCCACTGTCATTTGCTGCAACAACTGCCAACGTCGCCACACCAACAGCCGtt  >  1:1554522/1‑52 (MQ=255) gCCACTGTCATTTGCTGCAACAACTGCCAACGTCGCCACACCAACAGCCGtt  >  1:1540237/1‑52 (MQ=255) gCCACTGTCATTTGCTGCAACAACTGCCAACGTCGCCACACCAACAGCCGtt  >  1:1513253/1‑52 (MQ=255) gCCACTGTCATTTGCTGCAACAACTGCCAACGTCGCCACACCAACAGCCGtt  >  1:1481914/1‑52 (MQ=255) gCCACTGTCATTTGCTGCAACAACTGCCAACGTCGCCACACCAACAGCCGtt  >  1:1480065/1‑52 (MQ=255) gCCACTGTCATTTGCTGCAACAACTGCCAACGTCGCCACACCAACAGCCGtt  >  1:1310883/1‑52 (MQ=255) gCCACTGTCATTTGCTGCAACAACTGCCAACGTCGCCACACCAACAGCCGtt  >  1:1269234/1‑52 (MQ=255) gCCACTGTCATTTGCTGCAACAACTGCCAACGTCGCCACACCAACAGCCGtt  >  1:104461/1‑52 (MQ=255)       |                                              GCCACTGTCATTTGCTGCAACAACTGCCAACGTCGCCACACCAACAGCCGTT  >  W3110S.gb/1049909‑1049960

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑