Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	1,345,899	A→T	A54A (GCT→GCA)	yciT ←	predicted DNA‑binding transcriptional regulator

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	1,345,899	0	A	T	100.0%	246.2 / NA	67	A54A (GCT→GCA)	yciT	predicted DNA‑binding transcriptional regulator
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base T (67/0);  total (67/0)

TCGACGTCATCACTATCAAGCGAAACAGCAAAGCCATGTG  >  W3110S.gb/1345873‑1345912                           |              tCGACGTCATCACTATCAAGCGAAACTGCAAAACCAtgtg  >  1:435308/1‑40 (MQ=255) tCGACGTCATCACTATCAAGCGAAACTGCAAAACCAtgtg  >  1:614321/1‑40 (MQ=255) tCGACGTCATCACTATCAAGCGAAACTGCAAAACCAtgtg  >  1:602002/1‑40 (MQ=255) tCGACGTCATCACTATCAAGCGAAACTGCAAAACCAtgtg  >  1:595044/1‑40 (MQ=255) tCGACGTCATCACTATCAAGCGAAACTGCAAAACCAtgtg  >  1:574919/1‑40 (MQ=255) tCGACGTCATCACTATCAAGCGAAACTGCAAAACCAtgtg  >  1:560922/1‑40 (MQ=255) tCGACGTCATCACTATCAAGCGAAACTGCAAAACCAtgtg  >  1:526380/1‑40 (MQ=255) tCGACGTCATCACTATCAAGCGAAACTGCAAAACCAtgtg  >  1:487031/1‑40 (MQ=255) tCGACGTCATCACTATCAAGCGAAACTGCAAAACCAtgtg  >  1:480887/1‑40 (MQ=255) tCGACGTCATCACTATCAAGCGAAACTGCAAAACCAtgtg  >  1:629217/1‑40 (MQ=255) tCGACGTCATCACTATCAAGCGAAACTGCAAAACCAtgtg  >  1:42209/1‑40 (MQ=255) tCGACGTCATCACTATCAAGCGAAACTGCAAAACCAtgtg  >  1:420239/1‑40 (MQ=255) tCGACGTCATCACTATCAAGCGAAACTGCAAAACCAtgtg  >  1:405664/1‑40 (MQ=255) tCGACGTCATCACTATCAAGCGAAACTGCAAAACCAtgtg  >  1:380421/1‑40 (MQ=255) tCGACGTCATCACTATCAAGCGAAACTGCAAAACCAtgtg  >  1:377030/1‑40 (MQ=255) tCGACGTCATCACTATCAAGCGAAACTGCAAAACCAtgtg  >  1:364343/1‑40 (MQ=255) tCGACGTCATCACTATCAAGCGAAACTGCAAAACCAtgtg  >  1:308834/1‑40 (MQ=255) tCGACGTCATCACTATCAAGCGAAACTGCAAAACCAtgtg  >  1:256298/1‑40 (MQ=255) tCGACGTCATCACTATCAAGCGAAACTGCAAAACCAtgtg  >  1:647038/1‑40 (MQ=255) tCGACGTCATCACTATCAAGCGAAACTGCAAAACCAtgtg  >  1:649442/1‑40 (MQ=255) tCGACGTCATCACTATCAAGCGAAACTGCAAAACCAtgtg  >  1:701871/1‑40 (MQ=255) tCGACGTCATCACTATCAAGCGAAACTGCAAAACCAtgtg  >  1:716227/1‑40 (MQ=255) tCGACGTCATCACTATCAAGCGAAACTGCAAAACCAtgtg  >  1:743411/1‑40 (MQ=255) tCGACGTCATCACTATCAAGCGAAACTGCAAAACCAtgtg  >  1:756720/1‑40 (MQ=255) tCGACGTCATCACTATCAAGCGAAACTGCAAAACCAtgtg  >  1:758706/1‑40 (MQ=255) tCGACGTCATCACTATCAAGCGAAACTGCAAAACCAtgtg  >  1:772206/1‑40 (MQ=255) tCGACGTCATCACTATCAAGCGAAACTGCAAAACCAtgtg  >  1:782396/1‑40 (MQ=255) tCGACGTCATCACTATCAAGCGAAACTGCAAAACCAtgtg  >  1:796480/1‑40 (MQ=255) tCGACGTCATCACTATCAAGCGAAACTGCAAAACCAtgtg  >  1:885086/1‑40 (MQ=255) tCGACGTCATCACTATCAAGCGAAACTGCAAAACCAtgtg  >  1:90929/1‑40 (MQ=255) tCGACGTCATCACTATCAAGCGAAACTGCAAAACCAtgtg  >  1:940091/1‑40 (MQ=255) tCGACGTCATCACTATCAAGCGAAACTGCAAAACCAtgtg  >  1:9742/1‑40 (MQ=255) tCGACGTCATCACTATCAAGCGAAACTGCAAAACCAtgtg  >  1:979683/1‑40 (MQ=255) tCGACGTCATCACTATCAAGCGAAACTGCAAAACCAtgtg  >  1:1127803/1‑40 (MQ=255) tCGACGTCATCACTATCAAGCGAAACTGCAAAACCAtgtg  >  1:10196/1‑40 (MQ=255) tCGACGTCATCACTATCAAGCGAAACTGCAAAACCAtgtg  >  1:1224709/1‑40 (MQ=255) tCGACGTCATCACTATCAAGCGAAACTGCAAAACCAtgtg  >  1:1204524/1‑40 (MQ=255) tCGACGTCATCACTATCAAGCGAAACTGCAAAACCAtgtg  >  1:1179887/1‑40 (MQ=255) tCGACGTCATCACTATCAAGCGAAACTGCAAAACCAtgtg  >  1:1159879/1‑40 (MQ=255) tCGACGTCATCACTATCAAGCGAAACTGCAAAACCAtgtg  >  1:1156765/1‑40 (MQ=255) tCGACGTCATCACTATCAAGCGAAACTGCAAAACCAtgtg  >  1:1151391/1‑40 (MQ=255) tCGACGTCATCACTATCAAGCGAAACTGCAAAACCAtgtg  >  1:1143042/1‑40 (MQ=255) tCGACGTCATCACTATCAAGCGAAACTGCAAAACCAtgtg  >  1:1242513/1‑40 (MQ=255) tCGACGTCATCACTATCAAGCGAAACTGCAAAACCAtgtg  >  1:1127179/1‑40 (MQ=255) tCGACGTCATCACTATCAAGCGAAACTGCAAAACCAtgtg  >  1:1079652/1‑40 (MQ=255) tCGACGTCATCACTATCAAGCGAAACTGCAAAACCAtgtg  >  1:1075404/1‑40 (MQ=255) tCGACGTCATCACTATCAAGCGAAACTGCAAAACCAtgtg  >  1:1066563/1‑40 (MQ=255) tCGACGTCATCACTATCAAGCGAAACTGCAAAACCAtgtg  >  1:1033760/1‑40 (MQ=255) tCGACGTCATCACTATCAAGCGAAACTGCAAAACCAtgtg  >  1:1029497/1‑40 (MQ=255) tCGACGTCATCACTATCAAGCGAAACTGCAAAACCAtgtg  >  1:1024665/1‑40 (MQ=255) tCGACGTCATCACTATCAAGCGAAACTGCAAAACCAtgtg  >  1:133681/1‑40 (MQ=255) tCGACGTCATCACTATCAAGCGAAACTGCAAAACCAtgtg  >  1:240202/1‑40 (MQ=255) tCGACGTCATCACTATCAAGCGAAACTGCAAAACCAtgtg  >  1:229684/1‑40 (MQ=255) tCGACGTCATCACTATCAAGCGAAACTGCAAAACCAtgtg  >  1:200109/1‑40 (MQ=255) tCGACGTCATCACTATCAAGCGAAACTGCAAAACCAtgtg  >  1:186274/1‑40 (MQ=255) tCGACGTCATCACTATCAAGCGAAACTGCAAAACCAtgtg  >  1:1598508/1‑40 (MQ=255) tCGACGTCATCACTATCAAGCGAAACTGCAAAACCAtgtg  >  1:1577628/1‑40 (MQ=255) tCGACGTCATCACTATCAAGCGAAACTGCAAAACCAtgtg  >  1:154844/1‑40 (MQ=255) tCGACGTCATCACTATCAAGCGAAACTGCAAAACCAtgtg  >  1:1546140/1‑40 (MQ=255) tCGACGTCATCACTATCAAGCGAAACTGCAAAACCAtgtg  >  1:1503833/1‑40 (MQ=255) tCGACGTCATCACTATCAAGCGAAACTGCAAAACCAtgtg  >  1:1472662/1‑40 (MQ=255) tCGACGTCATCACTATCAAGCGAAACTGCAAAACCAtgtg  >  1:1453417/1‑40 (MQ=255) tCGACGTCATCACTATCAAGCGAAACTGCAAAACCAtgtg  >  1:143027/1‑40 (MQ=255) tCGACGTCATCACTATCAAGCGAAACTGCAAAACCAtgtg  >  1:1365912/1‑40 (MQ=255) tCGACGTCATCACTATCAAGCGAAACTGCAAAACCAtgtg  >  1:1348008/1‑40 (MQ=255) tCGACGTCATCACTATCAAGCGAAACTGCAAAACCAtgtg  >  1:1308402/1‑40 (MQ=255) tCGACGTCATCACTATCAAGCGAAACTGCAAAACCAtgt   >  1:770403/1‑39 (MQ=38)                           |              TCGACGTCATCACTATCAAGCGAAACAGCAAAGCCATGTG  >  W3110S.gb/1345873‑1345912

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑