Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	1,674,966	A→G	L84L (TTA→CTA)	mdtJ ←	multidrug efflux system transporter

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	1,674,966	0	A	G	100.0%	229.1 / NA	62	L84L (TTA→CTA)	mdtJ	multidrug efflux system transporter
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base G (0/62);  total (0/62)

TGGTTAACCCGGCAATTTTCATCAGCGATAAACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGTAATAA  >  W3110S.gb/1674936‑1675004                               |                                       tggtTAACCCGGCAATTTTCATCAGCTATAGACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGtaataa  <  1:98182/69‑1 (MQ=255) tggtTAACCCGGCAATTTTCATCAGCGATAGACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACGAGGtaataa  <  1:987677/69‑1 (MQ=255) tggtTAACCCGGCAATTTTCATCAGCGATAGACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGtaataa  <  1:576154/69‑1 (MQ=255) tggtTAACCCGGCAATTTTCATCAGCGATAGACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGtaataa  <  1:673313/69‑1 (MQ=255) tggtTAACCCGGCAATTTTCATCAGCGATAGACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGtaataa  <  1:647552/69‑1 (MQ=255) tggtTAACCCGGCAATTTTCATCAGCGATAGACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGtaataa  <  1:629360/69‑1 (MQ=255) tggtTAACCCGGCAATTTTCATCAGCGATAGACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGtaataa  <  1:628211/69‑1 (MQ=255) tggtTAACCCGGCAATTTTCATCAGCGATAGACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGtaataa  <  1:623804/69‑1 (MQ=255) tggtTAACCCGGCAATTTTCATCAGCGATAGACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGtaataa  <  1:620298/69‑1 (MQ=255) tggtTAACCCGGCAATTTTCATCAGCGATAGACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGtaataa  <  1:618734/69‑1 (MQ=255) tggtTAACCCGGCAATTTTCATCAGCGATAGACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGtaataa  <  1:618369/69‑1 (MQ=255) tggtTAACCCGGCAATTTTCATCAGCGATAGACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGtaataa  <  1:702669/69‑1 (MQ=255) tggtTAACCCGGCAATTTTCATCAGCGATAGACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGtaataa  <  1:571191/69‑1 (MQ=255) tggtTAACCCGGCAATTTTCATCAGCGATAGACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGtaataa  <  1:559870/69‑1 (MQ=255) tggtTAACCCGGCAATTTTCATCAGCGATAGACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGtaataa  <  1:5577/69‑1 (MQ=255) tggtTAACCCGGCAATTTTCATCAGCGATAGACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGtaataa  <  1:547100/69‑1 (MQ=255) tggtTAACCCGGCAATTTTCATCAGCGATAGACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGtaataa  <  1:530836/69‑1 (MQ=255) tggtTAACCCGGCAATTTTCATCAGCGATAGACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGtaataa  <  1:693050/69‑1 (MQ=255) tggtTAACCCGGCAATTTTCATCAGCGATAGACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGtaataa  <  1:517914/69‑1 (MQ=255) tggtTAACCCGGCAATTTTCATCAGCGATAGACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGtaataa  <  1:707906/69‑1 (MQ=255) tggtTAACCCGGCAATTTTCATCAGCGATAGACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGtaataa  <  1:741716/69‑1 (MQ=255) tggtTAACCCGGCAATTTTCATCAGCGATAGACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGtaataa  <  1:748851/69‑1 (MQ=255) tggtTAACCCGGCAATTTTCATCAGCGATAGACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGtaataa  <  1:799940/69‑1 (MQ=255) tggtTAACCCGGCAATTTTCATCAGCGATAGACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGtaataa  <  1:83924/69‑1 (MQ=255) tggtTAACCCGGCAATTTTCATCAGCGATAGACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGtaataa  <  1:881993/69‑1 (MQ=255) tggtTAACCCGGCAATTTTCATCAGCGATAGACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGtaataa  <  1:885545/69‑1 (MQ=255) tggtTAACCCGGCAATTTTCATCAGCGATAGACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGtaataa  <  1:898138/69‑1 (MQ=255) tggtTAACCCGGCAATTTTCATCAGCGATAGACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGtaataa  <  1:922860/69‑1 (MQ=255) tggtTAACCCGGCAATTTTCATCAGCGATAGACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGtaataa  <  1:938912/69‑1 (MQ=255) tggtTAACCCGGCAATTTTCATCAGCGATAGACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGtaataa  <  1:960894/69‑1 (MQ=255) tggtTAACCCGGCAATTTTCATCAGCGATAGACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGtaataa  <  1:992903/69‑1 (MQ=255) tggtTAACCCGGCAATTTTCATCAGCGATAGACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGtaataa  <  1:1352152/69‑1 (MQ=255) tggtTAACCCGGCAATTTTCATCAGCGATAGACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGtaataa  <  1:1010512/69‑1 (MQ=255) tggtTAACCCGGCAATTTTCATCAGCGATAGACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGtaataa  <  1:1017824/69‑1 (MQ=255) tggtTAACCCGGCAATTTTCATCAGCGATAGACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGtaataa  <  1:1032988/69‑1 (MQ=255) tggtTAACCCGGCAATTTTCATCAGCGATAGACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGtaataa  <  1:1047017/69‑1 (MQ=255) tggtTAACCCGGCAATTTTCATCAGCGATAGACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGtaataa  <  1:1127475/69‑1 (MQ=255) tggtTAACCCGGCAATTTTCATCAGCGATAGACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGtaataa  <  1:1151048/69‑1 (MQ=255) tggtTAACCCGGCAATTTTCATCAGCGATAGACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGtaataa  <  1:1169625/69‑1 (MQ=255) tggtTAACCCGGCAATTTTCATCAGCGATAGACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGtaataa  <  1:1202436/69‑1 (MQ=255) tggtTAACCCGGCAATTTTCATCAGCGATAGACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGtaataa  <  1:124384/69‑1 (MQ=255) tggtTAACCCGGCAATTTTCATCAGCGATAGACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGtaataa  <  1:1252566/69‑1 (MQ=255) tggtTAACCCGGCAATTTTCATCAGCGATAGACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGtaataa  <  1:1285272/69‑1 (MQ=255) tggtTAACCCGGCAATTTTCATCAGCGATAGACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGtaataa  <  1:1293410/69‑1 (MQ=255) tggtTAACCCGGCAATTTTCATCAGCGATAGACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGtaataa  <  1:1346581/69‑1 (MQ=255) tggtTAACCCGGCAATTTTCATCAGCGATAGACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGtaataa  <  1:1003214/69‑1 (MQ=255) tggtTAACCCGGCAATTTTCATCAGCGATAGACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGtaataa  <  1:1385141/69‑1 (MQ=255) tggtTAACCCGGCAATTTTCATCAGCGATAGACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGtaataa  <  1:1404393/69‑1 (MQ=255) tggtTAACCCGGCAATTTTCATCAGCGATAGACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGtaataa  <  1:1467122/69‑1 (MQ=255) tggtTAACCCGGCAATTTTCATCAGCGATAGACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGtaataa  <  1:1489412/69‑1 (MQ=255) tggtTAACCCGGCAATTTTCATCAGCGATAGACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGtaataa  <  1:1521231/69‑1 (MQ=255) tggtTAACCCGGCAATTTTCATCAGCGATAGACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGtaataa  <  1:1578861/69‑1 (MQ=255) tggtTAACCCGGCAATTTTCATCAGCGATAGACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGtaataa  <  1:1605860/69‑1 (MQ=255) tggtTAACCCGGCAATTTTCATCAGCGATAGACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGtaataa  <  1:192450/69‑1 (MQ=255) tggtTAACCCGGCAATTTTCATCAGCGATAGACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGtaataa  <  1:25568/69‑1 (MQ=255) tggtTAACCCGGCAATTTTCATCAGCGATAGACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGtaataa  <  1:26528/69‑1 (MQ=255) tggtTAACCCGGCAATTTTCATCAGCGATAGACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGtaataa  <  1:29229/69‑1 (MQ=255) tggtTAACCCGGCAATTTTCATCAGCGATAGACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGtaataa  <  1:317189/69‑1 (MQ=255) tggtTAACCCGGCAATTTTCATCAGCGATAGACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGtaataa  <  1:334142/69‑1 (MQ=255) tggtTAACCCGGCAATTTTCATCAGCGATAGACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGtaataa  <  1:470872/69‑1 (MQ=255)  ggtTAACCCGGCAATTTTCATCAGCGATAGACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGtaataa  <  1:1331775/68‑1 (MQ=255)  ggtTAACCCGGCAATTTTCATCAGCGATAGACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGtaataa  <  1:1055051/68‑1 (MQ=255)                               |                                       TGGTTAACCCGGCAATTTTCATCAGCGATAAACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGTAATAA  >  W3110S.gb/1674936‑1675004

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑