Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 2,163,626 G→A R9H (CGT→CAT)  mdtD → multidrug efflux system protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb2,163,6260GA99.3% 500.2 / ‑4.6 136R9H (CGT→CAT) mdtDmultidrug efflux system protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/1);  new base A (0/135);  total (0/136)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01

Only 100 of 136 total aligned reads displayed.

TCTTCCCGACAGCACCCGTTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGACAC  >  W3110S.gb/2163609‑2163677
                 |                                                   
tCTTCCCGACAGCACCCGTTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:882431/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTTGacac  <  1:896130/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:425680/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:598755/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:58213/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:574503/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:56757/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:56302/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:533772/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:53151/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:501529/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:473295/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:452827/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:450745/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:439139/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:641399/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:423859/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:395422/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:388327/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:36429/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:343802/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:33023/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:10102/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:304943/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:301942/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:762107/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:989474/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:868132/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:865612/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:864833/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:854083/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:845189/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:844125/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:808123/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:801926/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:777890/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:630986/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:757111/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:740923/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:736393/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:72273/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:672786/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:665463/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:660678/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:655110/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:64927/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:318005/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:1179237/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:1417962/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:140988/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:1396524/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:1355282/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:1328992/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:1263971/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:1257227/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:123049/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:1207490/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:1205260/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:1196884/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:274090/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:1176543/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:1158001/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:1157083/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:1148865/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:1139880/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:113899/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:1130278/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:1086781/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:1077229/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:1026541/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:1020016/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:1606538/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:275480/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:273923/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:212879/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:211596/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:204368/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:189928/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:181373/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:174733/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:171390/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:1606784/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:1470848/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:1531069/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:1476792/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:1489858/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:1523189/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:1564011/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:153844/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:1554051/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:1556265/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATCCAGTCGCTGGacac  <  1:537747/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCCTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:740007/69‑1 (MQ=255)
tCTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCGTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:956411/69‑1 (MQ=255)
 cTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:1093584/68‑1 (MQ=255)
 cTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:24797/68‑1 (MQ=255)
 cTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:924946/68‑1 (MQ=255)
 cTTCCCGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:1583090/68‑1 (MQ=255)
    cccGACAGCACCCATTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:640389/65‑1 (MQ=255)
             aCCCATTGGCAATTGTGTATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGacac  <  1:4940/56‑1 (MQ=255)
                 |                                                   
TCTTCCCGACAGCACCCGTTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGACAC  >  W3110S.gb/2163609‑2163677

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: