| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | 566000 = | NA (NA) | 51 (1.110) | 31/96 | NT | 100% | intergenic (+90/‑56) | ybcD/insE | DLP12 prophage region; ECK0532:JW0527:b4508; predicted replication protein fragment/IS3 element protein InsE |
| ? | W3110S.gb | = 576913 | 0 (0.000) | coding (78/498 nt) | ybcS | predicted lysozyme | |||||
TGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < W3110S.gb/566065‑566000‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCGTAATGA < W3110S.gb/576913‑576845 TGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGT < 1:3049790/69‑1 TGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATT < 1:2547330/71‑1 ACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACT > 1:4223780/1‑71 ACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACT < 1:2197924/71‑1 ACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACT < 1:3806159/71‑1 ACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACT > 1:1233380/1‑71 CCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACT < 1:4489850/70‑1 CTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTG < 1:1016577/70‑1 CTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATG > 1:3887441/1‑71 TGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGC > 1:3875218/1‑71 TGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGC > 1:3433813/1‑71 TGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGT > 1:143151/1‑56 ACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAA < 1:1522499/52‑1 ACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAA < 1:3041205/52‑1 TGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCATGTGATT < 1:601324/56‑1 AGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGC < 1:4496353/71‑1 GTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAAT < 1:1467422/71‑1 GTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAG < 1:1194087/46‑1 GTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAG < 1:245157/46‑1 TTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGT < 1:4564586/46‑1 TACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGA > 1:3560388/1‑56 TACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGA > 1:907248/1‑56 TACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAA > 1:702857/1‑42 CTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGC < 1:2797791/57‑1 CACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCG > 1:2945182/1‑71 CACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATG < 1:3415252/54‑1 CTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAAT > 1:15218/1‑62 CTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGC < 1:2004711/59‑1 TTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAA > 1:2936355/1‑60 TTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAA < 1:4498548/35‑1 TTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAA < 1:1011956/35‑1 TTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAA < 1:3515283/35‑1 TAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACAC > 1:4498278/1‑45 AGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGC > 1:1184332/1‑67 CCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAA < 1:497353/71‑1 GCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACT < 1:798400/41‑1 TGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCAGCCACCAATAGC < 1:4386309/70‑1 TGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGC < 1:1961400/49‑1 TCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGC > 1:2069032/1‑47 TCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATA < 1:4095138/45‑1 CACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGATATAGCAATTGC > 1:3869902/1‑51 ACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTC < 1:817646/52‑1 CTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCA < 1:896347/71‑1 CTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGC > 1:3527975/1‑54 TATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATT < 1:709074/46‑1 TATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGC < 1:712342/42‑1 TATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGC < 1:765875/42‑1 ATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAAC > 1:2493485/1‑71 ATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAA > 1:4272979/1‑70 TTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGGAG < 1:3365421/66‑1 TTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAA > 1:1138953/1‑57 TTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAA > 1:3167839/1‑57 TTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGC > 1:3982070/1‑46 TTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGC > 1:4432277/1‑46 GCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCAC > 1:2402603/1‑52 GCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCAC > 1:4639845/1‑52 GGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAAT < 1:1221848/37‑1 TAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTG > 1:742618/1‑37 TAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTG > 1:4208584/1‑37 AAGCTCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCG > 1:1469083/1‑70 AAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCG > 1:1987649/1‑70 AGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTC > 1:1921789/1‑68 GATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACC < 1:3740607/44‑1 ATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCGTAAT < 1:4258505/71‑1 ATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCGTAAT < 1:3161500/71‑1 ATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGG > 1:4221936/1‑60 TCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCGTAAT > 1:4102029/1‑70 TCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAA > 1:3678428/1‑44 TCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCC > 1:3300263/1‑36 CAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCGTAATGA > 1:1439811/1‑71 CAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTT > 1:3642851/1‑62 CAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTT > 1:93123/1‑62 TGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < W3110S.gb/566065‑566000‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCGTAATGA < W3110S.gb/576913‑576845 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |