| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | 2018571 = | 4 (0.090) | 45 (1.040) | 26/90 | NT | 92.3% | coding (567/687 nt) | fliH | flagellar biosynthesis protein |
| ? | W3110S.gb | 2519723 = | NA (NA) | intergenic (+33/‑54) | nupC/insL | nucleoside (except guanosine) transporter/predicted transposase | |||||
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
ACCCGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAGTGTCG > W3110S.gb/2018501‑2018641 | cgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatg < 1:3429090‑M1/1‑1 (MQ=255) cccGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCggg < 1:814684/71‑1 (MQ=255) cccGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCggg < 1:1108234/71‑1 (MQ=255) cccGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCggg < 1:1172996/71‑1 (MQ=255) tgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatggg > 1:3271172‑M1/69‑71 (MQ=255) tgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatgg > 1:4186229‑M1/69‑70 (MQ=255) gagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGc < 1:1484826‑M1/4‑1 (MQ=255) ggATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCg < 1:4463807/71‑1 (MQ=255) ggATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCg < 1:3430187/71‑1 (MQ=255) agagtaattcatcgtcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGc > 1:1282039‑M1/67‑70 (MQ=255) agagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGc > 1:662997‑M1/67‑70 (MQ=255) gatCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGa < 1:1122165/68‑1 (MQ=255) ttcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatggg > 1:970348‑M1/60‑62 (MQ=255) tcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCAcc < 1:3594719‑M1/13‑1 (MQ=255) catcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatggg < 1:1543232‑M1/3‑1 (MQ=255) catcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCAccc < 1:2518140‑M1/14‑1 (MQ=255) cAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATcc > 1:887453/1‑65 (MQ=255) tcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTc > 1:2244513‑M1/56‑71 (MQ=255) ggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatggg < 1:4254891‑M1/3‑1 (MQ=255) ggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCa < 1:2137424‑M1/18‑1 (MQ=255) cacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATc > 1:1287507‑M1/52‑71 (MQ=255) cacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATc > 1:3375432‑M1/52‑71 (MQ=255) acgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATcc > 1:1622781‑M1/51‑71 (MQ=255) ggATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgct > 1:1961824‑M1/1‑61 (MQ=255) ttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatggg > 1:4549207‑M1/48‑50 (MQ=255) gatgatATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgcta < 1:4633711‑M1/70‑11 (MQ=255) taaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGAt < 1:3323613‑M1/7‑1 (MQ=255) tgatATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCgg > 1:2701416/1‑46 (MQ=255) tgatATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaact > 1:3953019‑M1/1‑58 (MQ=255) aaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTggcg < 1:1018930‑M1/26‑1 (MQ=255) aaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTg < 1:1863976‑M1/23‑1 (MQ=255) gatATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaact > 1:4306268‑M1/1‑57 (MQ=255) aatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTggcgg < 1:1229161‑M1/27‑1 (MQ=255) atatGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATcc < 1:3124722/52‑1 (MQ=255) atatGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaactt > 1:4648744‑M1/1‑56 (MQ=255) tatGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaactt > 1:3850509‑M1/1‑55 (MQ=255) atGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaag > 1:737726‑M1/1‑54 (MQ=255) tGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaag < 1:2862417‑M1/70‑18 (MQ=255) atatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTg < 1:2276458‑M1/30‑1 (MQ=255) atatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTg < 1:434849‑M1/30‑1 (MQ=255) atatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTg < 1:3409568‑M1/30‑1 (MQ=255) tatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatgg > 1:2178747‑M1/40‑41 (MQ=255) cTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggt > 1:1839316‑M1/1‑51 (MQ=255) ggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatgg < 1:3680536‑M1/2‑1 (MQ=255) cgcTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaac > 1:3641180‑M1/1‑46 (MQ=255) gcTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaacc < 1:3626933‑M1/71‑27 (MQ=255) taataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCt > 1:385029‑M1/31‑52 (MQ=255) taataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGt > 1:4558790‑M1/31‑61 (MQ=255) taataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGt > 1:681466‑M1/31‑61 (MQ=255) taataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTccg < 1:4485712‑M1/41‑1 (MQ=255) taataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTcc < 1:1968179‑M1/40‑1 (MQ=255) aCCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatc > 1:1231234‑M1/1‑42 (MQ=255) ataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTccgcc > 1:2362229‑M1/29‑71 (MQ=255) ataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTccgcc < 1:1393948‑M1/43‑1 (MQ=255) ataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTccgc < 1:1483976‑M1/42‑1 (MQ=255) taccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATc < 1:490813‑M1/8‑1 (MQ=255) cTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttga < 1:2672670‑M1/63‑24 (MQ=255) tAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaac > 1:2193235‑M1/1‑38 (MQ=255) tAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaac > 1:3374451‑M1/1‑38 (MQ=255) tAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaactta > 1:2830204‑M1/1‑38 (MQ=255) tAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataa > 1:810619‑M1/1‑38 (MQ=255) ccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCa < 1:1238800‑M1/11‑1 (MQ=255) ccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTcc < 1:2496416‑M1/17‑1 (MQ=255) ccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCt < 1:4159595‑M1/22‑1 (MQ=255) ccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGt < 1:1220704‑M1/36‑1 (MQ=255) ccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGAt < 1:3634955‑M1/46‑1 (MQ=255) ccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGAt < 1:3874865‑M1/46‑1 (MQ=255) gTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaact < 1:2923253‑M1/48‑14 (MQ=255) gTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaact < 1:2140224‑M1/48‑14 (MQ=255) tttGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaact < 1:3054791‑M1/47‑14 (MQ=255) ttGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccat > 1:1383332‑M1/1‑33 (MQ=255) cccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGc > 1:4526112‑M1/20‑71 (MQ=255) gCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgc < 1:792525‑M1/70‑40 (MQ=255) ccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCg > 1:2562788‑M1/19‑71 (MQ=255) ccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCg > 1:76937‑M1/19‑71 (MQ=255) cttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCg < 1:2231048‑M1/53‑1 (MQ=255) cATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcga < 1:589695‑M1/71‑42 (MQ=255) ttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTa > 1:2541410‑M1/17‑48 (MQ=255) aagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTGCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGAtct < 1:4364830‑M1/57‑1 (MQ=255) gctggcGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaa > 1:1232095‑M1/1‑26 (MQ=255) gttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTaa > 1:4220215‑M1/13‑45 (MQ=255) ttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTaa > 1:2546786‑M1/12‑44 (MQ=255) ttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTaa > 1:2541427‑M1/12‑44 (MQ=255) tagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGaa < 1:4142016‑M1/49‑1 (MQ=255) gcgcTTGCGGGGCTATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctc < 1:3544539‑M1/69‑48 (MQ=255) gcgcTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcgg > 1:3382801‑M1/1‑22 (MQ=255) gcgcTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcg < 1:3671762‑M1/70‑49 (MQ=255) agcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTccgccg < 1:3813603‑M1/44‑1 (MQ=255) gcTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaa > 1:1014919‑M1/1‑20 (MQ=255) gcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTccgcc > 1:1410654‑M1/7‑49 (MQ=255) gcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTccgcc > 1:4327983‑M1/7‑49 (MQ=255) ttGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaag < 1:2023584‑M1/35‑18 (MQ=255) tatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATg > 1:3849305‑M1/4‑50 (MQ=255) tatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATg > 1:1983945‑M1/4‑50 (MQ=255) gCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccat > 1:1105807‑M1/1‑16 (MQ=255) atGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAgtgt < 1:1449046‑M1/69‑1 (MQ=255) tGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAgtgt < 1:1056518‑M1/69‑1 (MQ=255) tGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAGTGTc < 1:796705‑M1/70‑1 (MQ=255) gggCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgtt < 1:3790707‑M1/71‑59 (MQ=255) gggCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgt > 1:1004074‑M1/1‑13 (MQ=255) | ACCCGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAGTGTCG > W3110S.gb/2018501‑2018641 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |