| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | = 713954 | 35 (0.760) | 689 (15.000) | 100/96 | NT | 93.8% | coding (546/546 nt) | seqA | regulatory protein for replication initiation |
| ? | W3110S.gb | 2809398 = | 56 (1.220) | intergenic (+63/‑28) | ygaH/mprA | predicted inner membrane protein/DNA‑binding transcriptional regulator | |||||
Only 100 of 900 total aligned reads displayed.
TTATATAACCCACAAGAATCATTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAATTTC > W3110S.gb/2809328‑2809468 | atcgaacacatcatgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaac < 1:4006620‑M2/1‑1 (MQ=255) atcgaacacatcatgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCg > 1:957342‑M2/70‑71 (MQ=255) atataACCCACAAGAATCATTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCTCTGTCGTTACTATATCg < 1:1256697/70‑1 (MQ=255) cgaacacatcatgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGc > 1:1284326‑M2/68‑71 (MQ=255) acacatcatgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTg > 1:174518‑M2/65‑70 (MQ=255) atcatgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAAtt < 1:3696323‑M2/11‑1 (MQ=255) tcatgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTa < 1:2100342‑M2/12‑1 (MQ=255) atgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAAt > 1:4393054‑M2/58‑71 (MQ=255) atgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAAt > 1:1097693‑M2/58‑71 (MQ=255) atgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAAt > 1:3240387‑M2/58‑71 (MQ=255) atgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAAt < 1:1000055‑M2/14‑1 (MQ=255) atgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAAt < 1:2142988‑M2/14‑1 (MQ=255) atgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAAt > 1:160180‑M2/58‑71 (MQ=255) tgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATg < 1:2663943‑M2/15‑1 (MQ=255) tgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATg < 1:2956319‑M2/15‑1 (MQ=255) cagtcgattcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcgtaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAg > 1:2263309‑M2/55‑71 (MQ=255) gtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGt < 1:1479109‑M2/19‑1 (MQ=255) tcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAAt < 1:578296‑M2/14‑1 (MQ=255) tcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATg < 1:516807‑M2/15‑1 (MQ=255) tcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTc < 1:648678‑M2/20‑1 (MQ=255) tcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTc < 1:1381161‑M2/20‑1 (MQ=255) cgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTaa > 1:3912257‑M2/51‑63 (MQ=255) cgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGa > 1:1361759‑M2/51‑66 (MQ=255) aTTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCa > 1:4333277/1‑71 (MQ=255) gatgcaattccctgcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCg > 1:2627557‑M2/50‑51 (MQ=255) gatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTc > 1:1523682‑M2/50‑69 (MQ=255) gatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCa < 1:4584564‑M2/21‑1 (MQ=255) gatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCa < 1:795431‑M2/21‑1 (MQ=255) gatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCAt < 1:3305267‑M2/22‑1 (MQ=255) gcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCa > 1:2566013‑M2/47‑67 (MQ=255) gcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATAcc > 1:1136941‑M2/47‑71 (MQ=255) gcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATAcc > 1:4533076‑M2/47‑71 (MQ=255) gcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATAcc > 1:2000167‑M2/47‑71 (MQ=255) aattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCg < 1:3972417‑M2/2‑1 (MQ=255) aattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCa < 1:1233474‑M2/27‑1 (MQ=255) attcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGt < 1:3623343‑M2/19‑1 (MQ=255) attcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCaa < 1:2204982‑M2/28‑1 (MQ=255) ttcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCg < 1:105887‑M2/2‑1 (MQ=255) ttcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTa < 1:1169607‑M2/12‑1 (MQ=255) ttcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGt < 1:3346391‑M2/19‑1 (MQ=255) ttcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCaa < 1:4060054‑M2/28‑1 (MQ=255) tgccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCaaa > 1:1895251‑M2/42‑70 (MQ=255) tcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATa > 1:744254‑M2/42‑64 (MQ=255) cggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTa < 1:766497‑M2/12‑1 (MQ=255) cggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCa < 1:3651331‑M2/21‑1 (MQ=255) ggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGaaa > 1:706522‑M2/38‑46 (MQ=255) ggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAAt < 1:3443456‑M2/14‑1 (MQ=255) ggcggaattaattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGa > 1:2866798‑M2/38‑70 (MQ=255) cATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGATAtt < 1:258999/44‑1 (MQ=255) attgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGa > 1:1638989‑M2/32‑64 (MQ=255) ttgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGa < 1:2517147‑M2/7‑1 (MQ=255) ttgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTaa > 1:2300346‑M2/31‑43 (MQ=255) ttgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGt > 1:3040429‑M2/31‑71 (MQ=255) ttACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAAt < 1:3585731/44‑1 (MQ=255) tACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGt < 1:2476773/70‑1 (MQ=255) gattgagaaggtttgctgaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGtt > 1:2173126‑M2/29‑70 (MQ=255) gattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGtt < 1:3527714‑M2/42‑1 (MQ=255) gattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGtt > 1:2240506‑M2/29‑70 (MQ=255) gattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGtt > 1:13300‑M2/29‑70 (MQ=255) gattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGtt < 1:4435725‑M2/42‑1 (MQ=255) gattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAAT‑GATAGTTCGTTTa > 1:1942793‑M2/29‑71 (MQ=255) attgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTaa > 1:870734‑M2/28‑40 (MQ=255) attgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGtt < 1:2917458‑M2/42‑1 (MQ=255) ttgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGtt < 1:3385222‑M2/42‑1 (MQ=255) tgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAAtt < 1:4239979‑M2/11‑1 (MQ=255) tATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTa > 1:606168/1‑68 (MQ=255) gagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAg > 1:425962‑M2/25‑41 (MQ=255) agaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGcc < 1:3775210‑M2/48‑1 (MQ=255) aaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATATTTCGtt < 1:5344‑M2/42‑1 (MQ=255) gtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGa < 1:3005308‑M2/33‑1 (MQ=255) gtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTg < 1:2053807‑M2/53‑1 (MQ=255) tttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATg < 1:4482216‑M2/31‑1 (MQ=255) ttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAAt > 1:2394393‑M2/17‑46 (MQ=255) ttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGtt > 1:184059‑M2/17‑58 (MQ=255) ttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGt > 1:930110‑M2/17‑57 (MQ=255) ttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTa > 1:1677129‑M2/17‑60 (MQ=255) tgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCaaa > 1:2543400‑M2/16‑44 (MQ=255) tgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGaa > 1:2735163‑M2/16‑70 (MQ=255) cGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACaaa < 1:2812201/70‑1 (MQ=255) aactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGtt < 1:317435‑M2/42‑1 (MQ=255) actatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCaaa > 1:4626227‑M2/10‑38 (MQ=255) ctatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACa < 1:3121060‑M2/57‑1 (MQ=255) atctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGAt < 1:2440295‑M2/34‑1 (MQ=255) atctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTa > 1:1795202‑M2/7‑50 (MQ=255) atctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTa > 1:4169742‑M2/7‑70 (MQ=255) atctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTa > 1:902525‑M2/7‑70 (MQ=255) atctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTa > 1:3561775‑M2/7‑70 (MQ=255) tctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTa > 1:823687‑M2/6‑49 (MQ=255) ctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCg < 1:3851363‑M2/40‑1 (MQ=255) ctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTaaaa > 1:3942619‑M2/5‑71 (MQ=255) tatCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGtt < 1:4295259/45‑1 (MQ=255) taaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAAc > 1:3816817‑M2/4‑59 (MQ=255) taaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACaaa > 1:1023506‑M2/4‑62 (MQ=255) taaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTaa < 1:1424669‑M2/65‑1 (MQ=255) aaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTa > 1:4115025‑M2/3‑46 (MQ=255) aaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAAtt > 1:3738324‑M2/3‑71 (MQ=255) aaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAAt > 1:2369730‑M2/3‑70 (MQ=255) aaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGAAAGTTCGTTTACGCCCATTg > 1:2708209‑M2/3‑55 (MQ=255) tCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTc < 1:3275122/40‑1 (MQ=255) aCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAAt < 1:483323‑M2/68‑1 (MQ=255) | TTATATAACCCACAAGAATCATTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAATTTC > W3110S.gb/2809328‑2809468 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |