| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 1,706,087 | T→C | 13.6% | intergenic (‑65/‑178) | ydgJ ← / → blr | predicted oxidoreductase/beta‑lactam resistance membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 1,706,087 | 0 | T | C | 13.6% | 106.9 / 10.1 | 44 | intergenic (‑65/‑178) | ydgJ/blr | predicted oxidoreductase/beta‑lactam resistance membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (20/18); new base C (2/4); total (22/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.64e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.37e-01 | |||||||||||
GCTCATGTCATTGCCTCTCATTGAAGTATGATGGCTATTTGACACTATCCTTTACCCACGCTCAACAGTTTAATAACCTGCCAGCAATAAGGGATGTTGTTTAACTTAAGTCAAAAAAATAGCGAATTTTCCAACGACA > W3110S.gb/1706017‑1706155 | gCTCATGTCATTGCCTCTCATTGAAGTATGATGGCTATTTGACACTATCCTTTACCCACGCTCAACAGttt < 1:3981960/71‑1 (MQ=255)gCTCATGTCATTGCCTCTCATTGAAGTATGATGGCTATTTGACACTATCCTTTACCCACGCTCAACAGttt < 1:3378443/71‑1 (MQ=255) aTGTCATTGCCTCTCATTGAAGTATGATGGCTATTTGACACTATCCTTTACCCACGCTCAACAGTTtaata < 1:2548021/71‑1 (MQ=255) aTGTCATTGCCTCTCATTGAAGTATGATGGCTATTTGACACTATCCTTTACCCACGCTCAACAGTTtaat < 1:2868792/70‑1 (MQ=255) tGTCATTGCCTCTCATTGAAGTATGATGGCTATTTGACACTATCCTTTACCCACGCTCAACAGTTtaat < 1:2038135/69‑1 (MQ=255) tCATTGCCTCTCATTGAAGTATGATGGCTATTTGACACTATCCTTTACCCACGCTCAACAGTTtaataa > 1:1986562/1‑69 (MQ=255) cATTGCCTCTCATTGAAGTATGATGGCTATTTGACACTATCCTTTACCCACGCTCAACAGTTTAATAACCt > 1:3793268/1‑71 (MQ=255) aTTGCCTCTCATTGAAGTATGATGGCTATTTGACACTATCCTTTACCCACGCTCAACAGTTtaa > 1:1395157/1‑64 (MQ=255) ttGCCTCTCATTGAAGTATGATGGCTATTTGACACTATCCTTTACCCACGCTCAACAGTTcaat < 1:4256596/64‑1 (MQ=255) ttGCCTCTCATTGAAGTATGATGGCTATTTGACACTATCCTTTACCCACGCTCAACAGTTTAATAACCTGc < 1:402675/71‑1 (MQ=255) tctcATTGAAGTATGATGGCTATTTGACACTATCCTTTACCCACGCTCAACAGttt < 1:2396338/56‑1 (MQ=255) aTTGAAGTATGATGGCTATTTGACACTATCCTTTACCCACGCTCAACAGTTTAATAACCTGCCAGCAAt > 1:3668114/1‑69 (MQ=255) aTTGAAGTATGATGGCTATTTGACACTATCCTTTACCCACGCTCAACAGTTTAATAACCTGCCAGCAAt < 1:1666594/69‑1 (MQ=255) aTTGAAGTATGATGGCTATTTGACACTATCCTTTACCCACGCTCAACAGTTTAATAACCTGCCAGCAATa < 1:1355571/70‑1 (MQ=255) aTTGAAGTATGATGGCTATTTGACACTATCCTTTACCCACGCTCAACAGTTCAATAACCTGCCAGCaa < 1:1630891/68‑1 (MQ=255) ttGAAGTATGATGGCTATTTGACACTATCCTTTACCCACGCTCAACAGTTTAATAACCTGCCAGCAATAAg > 1:3539663/1‑71 (MQ=255) aaGTATGATGGCTATTTGACACTATCCTTTACCCACGCTCAACAGTTtaat < 1:2973272/51‑1 (MQ=255) tgatgGCTATTTGACACTATCCTTTACCCACGCTCAACAGTTtaata < 1:2396110/47‑1 (MQ=255) tgatgGCTATTTGACACTATCCTTTACCCACGCTCAACAGTTtaata < 1:3071857/47‑1 (MQ=255) gatgGCTATTTGACACTATCCTTTACCCACGCTCAACAGTTta < 1:718309/43‑1 (MQ=255) atgGCTATTTGACACTATCCTTTACCCACGCTCAACAGTTCAATAACCTGCCAGCAATAAGGGAtgttgt < 1:4447320/70‑1 (MQ=255) atgGCTATTTGACACTATCCTTTACCCACGCT‑AACAGTTtaa > 1:3958467/1‑42 (MQ=39) tgGCTATTTGACACTATCCTTTACCCACGCTCAACAGTTTAATAACCTGCCAGCAATAAGGGATGTTGttt < 1:4614160/71‑1 (MQ=255) tgGCTATTTGACACTATCCTTTACCCACGCTCAACAGTTTAATAACCTGCCAGCAATAAGGGATGTTGttt < 1:1205453/71‑1 (MQ=255) tgGCTATTTGACACTATCCTTTACCCACGCTCAACAGTTCAATAACCTGCCAGCAATAAGGGATGTTGttt < 1:3019636/71‑1 (MQ=255) gCTATTTGACACTATCCTTTACCCACGCTCAACAGTTtaa > 1:2063215/1‑40 (MQ=255) cTATTTGACACTATCCTTTACCCACGCTCAACAGTTTAATAACCTGCCAGCAAt > 1:673169/1‑54 (MQ=255) tATTTGACACTATCCTTTACCCACGCTCAACAGTTTAATAACCTg > 1:1130013/1‑45 (MQ=255) tATTTGACACTATCCTTTACCCACGCTCAACAGTTTAATAACCTGCCAGc < 1:2419803/50‑1 (MQ=255) aTTTGACACTATCCTTTACCCACGCTCAACAGTTtaata < 1:3927613/39‑1 (MQ=255) tttGACACTATCCTTTACCCACGCTCAACAGTTTAATAACCTGCCAGCAAt < 1:1650389/51‑1 (MQ=255) tttGACACTATCCTTTACCCACGCTCAACAGTTTAATAACCTGCCAGCAAt < 1:2018427/51‑1 (MQ=255) tttGACACTATCCTTTACCCACGCTCAACAGTTTAATAACCTGCCAGCAAt < 1:337760/51‑1 (MQ=255) tttGACACTATCCTTTACCCACGCTCAACAGTTTAATAACCTCCCAGCAAt < 1:1669928/51‑1 (MQ=255) tttGACACTATCCTTTACCCACGCTCAACAGTTCAATAACCTGcc > 1:4265925/1‑45 (MQ=255) ttGACACTATCCTTTACCCACGCTCAACAGTTTAATATCCTGCCAGCAAt < 1:1075522/50‑1 (MQ=255) tGACACTATCCTTTACCCACGCTCAACAGTTTAATAACCTGCCAGCAATaa > 1:2418324/1‑51 (MQ=255) tGACACTATCCTTTACCCACGCTCAACAGTTTAATAACCTGCCAGCAATAAGGGATGTTGTTTAACTTAAg > 1:1996918/1‑71 (MQ=255) gACACTATGCTTTACCCACGCTCAACAGTTTAATAACCTGCCAGCAATAAGGGATGTTGTTTAACTTAAg < 1:3359072/70‑1 (MQ=255) tATCCTTTACCCACGCTCAACAGTTTAATAACCTGCCAGc < 1:1972167/40‑1 (MQ=255) tCCTTTACCCACGCTCAACAGTTTAATAACCTGCCAGCaa > 1:538836/1‑40 (MQ=255) tCCTTTACCCACGCTCAACAGTTTAATAACCTGCCAGCAATAAGGGAtgttgt > 1:4009492/1‑53 (MQ=255) tCCTTTACCCACGCTCAACAGTTTAATAACCTGCCAGCAATAAGGGATGTTGTTTAACTTAAGTCaaaaaa < 1:2308488/71‑1 (MQ=255) tCCTTTACCCACGCTCAACAGTTTAATAACCTGCCAGCAATAACGGATGTTGTTTAACTTAAGTCaaaaa < 1:1595615/70‑1 (MQ=255) tttACCCACGCTCAACAGTTTAATAACCTGCCAGCAATAAGGGATGTTGTTTAACTTAAGTCaaaaaaa > 1:4508295/1‑69 (MQ=255) aCGCTCAACAGTTTAATAACCTGCCAGCAATAAggg > 1:213169/1‑36 (MQ=255) cGCTCAACAGTTTAATAACCTGCCAGCAATAAGGGATGTTGTTTAACTTAAGTCAAAAAAATAGCGAAttt > 1:1726956/1‑71 (MQ=255) cGCTCAACAGTTTAATAACCTGCCAGCAATAAGGGATGTTGTTTAACTTAAGTCAAAAAAATAGCGAAttt > 1:450578/1‑71 (MQ=255) gCTCAACAGTTTAATAACCTGCCAGCAATAAGGGATGTTGTTTAACTTAAGTCAAAAAAATAGCGAAtt > 1:778386/1‑69 (MQ=255) cTCAACAGTTTAATAACCTGCCAGCAATAAGGGATgttgtt > 1:2504223/1‑41 (MQ=255) cTCAACAGTTTAATAACCTGCCAGCAATAAGGGATgttgtt > 1:2268681/1‑41 (MQ=255) cAACAGTTCAATAACCTGCCAGCAATAAGGGATGTTGTTTAACTTAAGTCaaaaaaa < 1:126634/57‑1 (MQ=255) aaCAGTTTAATAACCTGCCAGCAATAAGGGATGTTGTTTAACTTAAGTCAAAAAAATAGCGAATTTTcc < 1:1234731/69‑1 (MQ=255) aaCAGTTTAATAACCTGCCAGCAATAAGGGATGTTGTTTAACTTAAGTCAAAAAAATAGCGAATTTTCCaa > 1:1770289/1‑71 (MQ=255) aaCAGTTTAATAACCTGCCAGCAATAAGGGATGTTGTTTAACTTAAGTCAAAAAAATAGCGAATTTTCCa < 1:1412923/70‑1 (MQ=255) cAGTTTAATAACCTGCCAGCAATAAGGGATGTTGTTTAACTTAAGTCAAAAAAATAGCGAATTTTCCaa > 1:2999576/1‑69 (MQ=255) cAGTTTAATAACCTGCCAGCAATAAGGGATGTTGTTTAACTTAAGTCAAAAAAATAGCGAATTTTCCAAc > 1:2367096/1‑70 (MQ=255) cAGTTTAATAAACTGCCAGCAATAAGGGATGTTGTTTAACTTAAGTCAAAAAAATAGCGAATTTTCCAAc > 1:1637314/1‑70 (MQ=255) aGTTCAATAACCTGCCAGCAATAAGGGATGTTGTTTAACTTAAGTCAAAAAAATAg > 1:2534319/1‑56 (MQ=255) gTTTAATAACCTGCCAGCAATAAGGGATGTTGTTTAACTTAAGTCaaaaa < 1:3342336/50‑1 (MQ=255) tttAATAACCTGCCAGCAATAAGGGATGTTGTTTAACtt < 1:2385112/39‑1 (MQ=255) tttAATAACCTGCCAGCAATAAGGGATGTTGTTTAACTTAAGTCaaaaa < 1:2794322/49‑1 (MQ=255) ttAATAACCTGCCAGCAATAAGGGATGTTGTTTAACTTAAGTCAAAAAAATAGCGAATTTTCCAACGACa > 1:4251204/1‑70 (MQ=255) ttAATAACCTGCCAGCAATAAGGGATGTTGTTTAACTTAAGTCAAAAAAATAGCGAATTTTCCAACGACa > 1:743067/1‑70 (MQ=255) | GCTCATGTCATTGCCTCTCATTGAAGTATGATGGCTATTTGACACTATCCTTTACCCACGCTCAACAGTTTAATAACCTGCCAGCAATAAGGGATGTTGTTTAACTTAAGTCAAAAAAATAGCGAATTTTCCAACGACA > W3110S.gb/1706017‑1706155 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |