| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 2,117,348 | C→T | 44.4% | G229D (GGC→GAC) | wcaM ← | predicted colanic acid biosynthesis protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 2,117,348 | 0 | C | T | 44.4% | 15.0 / 56.3 | 45 | G229D (GGC→GAC) | wcaM | predicted colanic acid biosynthesis protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (17/8); new base T (12/8); total (29/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.55e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.64e-01 | |||||||||||
ATTCGCCACGACAAAGTTTTTCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGTTGATGCGCTCGATGACATGGTCA > W3110S.gb/2117278‑2117410 | atTCGCCACGACAAAGTTTTTCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGc > 1:2613981/1‑71 (MQ=255) cGCCACGACAAAGTTTTTCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTa > 1:2454386/1‑71 (MQ=255) aCGACAAAGTTTTTCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGcc > 1:14842/1‑71 (MQ=255) cGACAAAGTTTTTCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTATGCCg < 1:96200/71‑1 (MQ=255) aCAAAGTTTTTCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGAt > 1:1399446/1‑71 (MQ=255) aCAAAGTTTTTCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGAt > 1:2707833/1‑71 (MQ=255) aCAAAGTTTTTCAATGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTATGCCGAt > 1:55282/1‑71 (MQ=255) cAAAGTTTTTCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTATGCCGa > 1:1594977/1‑69 (MQ=255) aGTTTTTCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGccc > 1:2001821/1‑71 (MQ=255) aGTTTTTCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGcc > 1:1883495/1‑70 (MQ=255) gTTTTTCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTATGCCGATGccc > 1:1337215/1‑70 (MQ=255) gTTTTTCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTATGCCGATGccc > 1:2680280/1‑70 (MQ=255) tCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGtt > 1:4340045/1‑70 (MQ=255) tCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTACCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGtt > 1:2452752/1‑70 (MQ=255) aCTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGcc < 1:3752268/50‑1 (MQ=255) gCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTATGCCGATGCCCCAGTTGAtttt > 1:875342/1‑71 (MQ=255) ccTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTATGCCGATGCCCCAGTTGAttt < 1:3343674/69‑1 (MQ=255) ggTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTATGCCGa > 1:3804912/1‑51 (MQ=255) gTCTTCGGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCTAGTTGTTTTTGcc < 1:2225594/69‑1 (MQ=255) gTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCg < 1:785270/70‑1 (MQ=255) gTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGt > 1:602501/1‑71 (MQ=255) ttCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGa < 1:2001702/59‑1 (MQ=255) cGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTAc < 1:258842/71‑1 (MQ=255) gggTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGcc < 1:199586/41‑1 (MQ=255) ggTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAg < 1:4242502/71‑1 (MQ=255) tAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGtt < 1:2368332/71‑1 (MQ=255) tAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGtt < 1:4191782/71‑1 (MQ=255) gttgttATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTg > 1:106466/1‑61 (MQ=255) ttgttATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGt < 1:3741861/58‑1 (MQ=255) tgttATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGtt < 1:2676999/67‑1 (MQ=255) gttATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCg > 1:3641369/1‑55 (MQ=255) gttATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTg > 1:1371066/1‑58 (MQ=255) gttATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGTTGATgc > 1:544424/1‑71 (MQ=255) gttATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAg > 1:2368398/1‑43 (MQ=255) gttATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGTTGATgc > 1:2430333/1‑71 (MQ=255) tCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGTTGATGCGCTc > 1:3449005/1‑71 (MQ=255) tAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGTTGATGCGCTCGAt < 1:2153025/71‑1 (MQ=255) aGTGCTTCCCGCAAGGTCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGTTGATGCGCTCGATGa > 1:1573175/1‑71 (MQ=255) aGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGTTGATGCGCTCGATGa > 1:2534716/1‑71 (MQ=255) aGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGTTGATGCGCTCGATGa < 1:4395378/71‑1 (MQ=255) cccGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTa > 1:1659675/1‑45 (MQ=255) cccGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTa > 1:1491648/1‑45 (MQ=255) cccGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGTTGATGCGCTCGATGACATGGt > 1:1796219/1‑70 (MQ=255) ccGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGTTGATGCGCTCGATGACATGGTc < 1:1574208/70‑1 (MQ=255) ccGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGTTGATGCGCTCGATGACATGGTCa < 1:456257/71‑1 (MQ=255) cGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTAc > 1:2415499/1‑44 (MQ=255) cAAGGTCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGTTGATGCGCTCGATGACATg > 1:701296/1‑64 (MQ=255) ccTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGTTGATGCGCTCGATGACa > 1:2111517/1‑57 (MQ=255) | ATTCGCCACGACAAAGTTTTTCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGTTGATGCGCTCGATGACATGGTCA > W3110S.gb/2117278‑2117410 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |