| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 2,142,256 | G→A | 6.2% | T498T (ACC→ACT) | asmA ← | predicted assembly protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 2,142,256 | 0 | G | A | 6.2% | 304.4 / 6.3 | 97 | T498T (ACC→ACT) | asmA | predicted assembly protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (61/29); new base A (4/2); total (65/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
AGCGCCAGCACAGGCGATTGACCTTGCATGTCGTTTAACGTCACGACGCCATCCTTCAACGTCAAATCGGTGGTAAAGCGGTCAAGCCGCGTCACGTTATCAAAGTTTTCAGCGGCCTTCACATCACCGCCATTACGCT > W3110S.gb/2142188‑2142326 | aGCGCCAGCACAGGCGATTGACCTAGCATGTCGTTTAACGTCACGACGCCATCCTTCAACGTCAAATCggt > 1:1018911/1‑71 (MQ=255) agcCAGCACAGGCGATTGACCTTGCATGTCGTTTAACGTCACGACGCCATCCTTCAACGTCAAATCggtgg > 1:3716233/2‑71 (MQ=255) gcCAGCACAGGCGATTGACCTTGCATGTCGTTTAACGTCACGACGCCATCCTTCAACGTCAAATCagtggt < 1:211133/71‑1 (MQ=255) aGCACAGGCGATTGACCTTGCATGTCGTTTAACGTCACGACGCCATCCTTCAACGTCAAATCGGTGGTaaa < 1:838613/71‑1 (MQ=255) aGCACAGGCGATTGACCTTGCATGTCGTTTAACGTCACGACGCCATCCTTCAACGTCAAATCGGTGGTa > 1:3170073/1‑69 (MQ=255) cacaGGCGATTGACCTTGCATGTCGTTTAACGTCACGACGCCATCCTTCAACGTCAAATCGGTGGTAAAGc < 1:4143537/71‑1 (MQ=255) acaGGCGATTGACCTTGCATGTCGTTTAACGTCACGACGCCATCCTTCAACGTCAAATCGGTGGTAAAGCg < 1:4327199/71‑1 (MQ=255) caGGCGATTGACCTTGAATGTCGTTTAACGTCACGACGCCATCCTTCAACGTCAAATCGGTGGTAAAGCgg > 1:735467/1‑71 (MQ=255) aGGCGATTGACCTTGCATGTCGTTTAACGTCACGACGCCATCCTTCAACGTCAAATCGGTGGTAAAGCGGt > 1:1409026/1‑71 (MQ=255) gCGATTGACCTTGCATGTCGTTTAACGTCACGACGCCATCCTTCAACGTCAAATCgg < 1:4523049/57‑1 (MQ=255) gCGATTGACCTTGCATGTCGTTTAACGTCACGACGCCATCCTTCAACGTCAAATCAGTGGTAAAGCGGt > 1:1608084/1‑69 (MQ=255) gCGATTGACCTTGCATGTCGTTTAACGTCACGACGCCATCCTTCAACGTCAAATCAGTGGTAAAGCGGt > 1:693390/1‑69 (MQ=255) aTTGACCTTGCATGTCGTTTAAGGTCACGACGCCATCCTTCAACGTCAAATCGGTGGTAAAGCGGTCAAGc < 1:3053982/71‑1 (MQ=255) aTTGACCTTGCATGTCGTTTAACGTCACGACGCCATCCTTCAACGTCAAATCggt < 1:2119703/55‑1 (MQ=255) ttGACCTTGCATGTCGTTTAACGTCACGACGCCATCCTTCAACGTCAAATCGGTGGTAAAGCGGTCAAGcc > 1:2732316/1‑71 (MQ=255) tGACCTTGCATGTCGTTTAACGTCACGACGCCATCCTTCAACGTCAAATCGGTGGTAAAGCGGTCa > 1:3978973/1‑66 (MQ=255) tGACCTTGCATGTCGTTTAACGTCACGACGCCATCCTTCAACGTCAAATCGGTGGTAAAGCGGTCa > 1:3855505/1‑66 (MQ=255) tGACCTTGCATGTCGTTTAACGTCACGACGCCATCCTTCAACGTCAAATCGGTGGTAAAGCGGTCAAGcc > 1:478125/1‑70 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |