| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 2,405,632 | G→A | 15.9% | R198R (CGC→CGT) | nuoF ← | NADH:ubiquinone oxidoreductase, chain F |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 2,405,632 | 0 | G | A | 15.9% | 111.4 / 10.9 | 44 | R198R (CGC→CGT) | nuoF | NADH:ubiquinone oxidoreductase, chain F |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (20/17); new base A (5/2); total (25/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.80e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGGTTTCGACGTTGTTGACACAGGTCGGTTTACCCCATGCGCCGGAGGTTGCCGGGAAGGGTGGCTTCGAGCGTGGGTTAGCACGACGTCCTTCCAGGGAGTTGATTAACGCTGTTTCTTCCCCGCAGATGTAGCG > W3110S.gb/2405562‑2405697 | gggTTTCGACGTTGTTGACACAGGTCGGTTTACCCCATGCGCCGGAGGTTGCCGGGAAGGGTGGCTTCGAg < 1:501243/71‑1 (MQ=255)gggTTTCGACGTTGTTGACACAGGTCGGTTTACCCCATGCGCCGGAGGTTGCCGGGAAGGGTGGCTTCGAg < 1:1622819/71‑1 (MQ=255)gggTTTCGACGTTGTTGACACAGGTCGGTTTACCCCATGCGCCGGAGGTTGCCGGGAAGGGTGGCTTCGAg < 1:3089356/71‑1 (MQ=255) tttCGACGTTGTTGACACAGGTCGGTTTACCCCATGCGCCGGAGGTTGCCGGGAAGGGTGGCTTCGAGCGt > 1:1164895/1‑71 (MQ=255) tttCGACGTTGTTGACACAGGTCGGTTTACCCCATGCGCCGGAGGTTGCCGGGAAGGGTGGCTTCGAACGt > 1:3274888/1‑71 (MQ=255) tCGACGTTGTTGACACAGGTCGGTTTACCCCATGCGCCGGAGGTTGCCGGGAAGGGTGGCTTCGAGCGTgg > 1:4545452/1‑71 (MQ=255) tCGACGTTGTTGACACAGGTCGGTTTACCCCATGCGCCGGAGGTTGCCGGGAAGGGTGGCTTCGAGCGTgg > 1:2330332/1‑71 (MQ=255) gACGTTGTTGACACAGGTCGGTTTACCCCATGCGCCGGAGGTTGCCGGGAAGGGTGGCTTCGAGCGTGGGt < 1:1016814/71‑1 (MQ=255) cGTTGTTGACACAGGTCGGTTTACCCCATGCGCCGGAGGTTGCCGGGAAGGGTGGCTTCGAGCGTGGGTTa < 1:3402695/71‑1 (MQ=255) gttgACACAGGTCGGTTTACCCCATGCGCCGGAGGTTGCCGGGAAGGGTGGCTTCGAGCGTGGGTTAGCac > 1:1407986/1‑71 (MQ=255) gttgACACAGGTCGGTTTACCCCATGCGCCGGAGGTTGCCGGGAAGGGTGGCTTCGAGCGTGGGTTAGCac > 1:4379990/1‑71 (MQ=255) gttgACACAGGTCGGTTTACCCAATGCGCCGGAGGTTGCCGGGAAGGGTGGCTTCGAGCGTGGGTTAGCac > 1:556846/1‑71 (MQ=255) ttgACACAGGTCGGTTTACCCCATGCGCCGGAGGTTGCCGGGAAGGGTGGCTTCGAGCGTGGGTTAGCacg < 1:4441154/71‑1 (MQ=255) acacAGGTCGGTTTACCCCATGCGCCGGAGGTTGCCGGGAAGGGTGGCTTCGAGCGTGGGTTAGCacgacg < 1:2023147/71‑1 (MQ=255) ggTTTACCCCATGCGCCGGAGGTTGCCGGGAAGGGTGGCTTCGAACGTGGGTTAGCacg > 1:3001073/1‑59 (MQ=255) tttACCCCATGCGCCGGAGGTTGCCGGGAAGGGTGGCTTCGAGCGTGGGTTAGCACGACGTCCTTCCAggg < 1:853035/71‑1 (MQ=255) ccccATGCGCCGGAGGTTGCCGGGAAGGGTGGCTTCGAACGTGGGTTAGCACGACGTCCTTCCAGGGAGtt < 1:4317693/71‑1 (MQ=255) tGCGCCGGAGGTTGCCGGGAAGGGTGGCTTCGAGCGTGGGt < 1:32805/41‑1 (MQ=255) tGCGCCGGAGGTTGCCGGGAAGGGTGGCTTCGAACGTGGGTTAgaa > 1:559993/1‑44 (MQ=255) tGCGCCGGAGGTTGCCGGGAAGGGTGGCTTCGAACGTGGGTTAGCa > 1:3118793/1‑46 (MQ=255) tGCGCCGGAGGTTGCCGGGAAGGGTGGCTTCGAACGTGGGTTAGCa > 1:2947621/1‑46 (MQ=255) gcgcCGGAGGTTGCCGGGAAGGGTGGCTTCGAGCGTGGGTTAGCACGACGTCCTTCCAGGGAGTTGATTaa > 1:3034389/1‑71 (MQ=255) gcgcCGGAGGTTGCCGGGAAGGGTGGCTTCGAGCGTGGGTTAGCACGACGTCCTTCCAGGGAGTTGATTaa > 1:1704209/1‑71 (MQ=255) cgcCGGAGGTTGCCGGGAAGGGTGGCTTCGAGCGTGGGTTAGCa > 1:4228515/1‑44 (MQ=255) cgcCGGAGGTTGCCGGGAAGGGTGGCTTCGAGCGTGGGTTAGCa > 1:2195540/1‑44 (MQ=255) ccGGAGGTTGCCGGGAAGGGTGGCTTCGAGCGTGGGTTAGCACGACGTCCTTCCAGGGAGTTGATTAActc < 1:3154387/71‑3 (MQ=255) ccGGAGGTTGCCGGGAAGGGTGGCTTCGAGCGTGGGTTAGCACGACGTCCTTCCAGGGAGTTGATTAACGc > 1:2143665/1‑71 (MQ=255) cGGAGGTTGCCGGGAAGGGTGGCTTCGAGCGTGGGTTAGCacga > 1:1536400/1‑44 (MQ=255) cGGAGGTTGCCGGGAAGGGTGGCTTCGAGCGTGGGTTAGCACGACGTCCTTCCAGGGAGTTGATTAACGCt < 1:2965793/71‑1 (MQ=255) cGGAGGTTGCCGGGAAGGGTGGCTTCGAGCGTGGGTTAGCACGACGTCCTTCCAGGGAGTTGATTAACGCt < 1:2922507/71‑1 (MQ=255) gTTGCCGGGAAGGGTGGCTTCGAGCGTGGGTTAGCACGACGTCCTTCCAGGGAGTTGATTAACGCTGt < 1:3797990/68‑1 (MQ=255) tGCCGGGAAGGGTGGCTTCGAGCGTGGGTTAGCACGACGTCCTTCCAGGGAGTTGATTAACGCTGTttctt > 1:3077091/1‑71 (MQ=255) ggAAGGGTGGCTTCGAGCGTGGGTTAGCACGACGTCCTTCCAGGGAGTTGATTAACGc < 1:1898209/58‑1 (MQ=255) aaGGGTGGCTTCGAGCGTGGGTTAGCACGACGTCCTTCCAGGGAGTTGATTAACGCTGTTTCTTCCCCg > 1:1936895/1‑69 (MQ=255) aGGGTGGCTTCGAGCGTGGGTTAGCACGACGTCCTTCCAGGGAGTTGATTAACGCTGTTTCTTCCCCGCa < 1:4625670/70‑1 (MQ=255) ggTGGCTTCGAGCGTGGGTTAGCACGACGTCCTTCCAGGGAGt < 1:1989751/43‑1 (MQ=255) gTGGCTTCGAGCGTGGGTTAGCACGACGTCCTTCCAGGGAGTTGATTaa > 1:1982651/1‑49 (MQ=255) gTGGCTTCGAGCGTGGGTTAGCACGACGTCCTTCCAGGGAGTTGATTa > 1:2857236/1‑48 (MQ=255) gTGGCTTCGAGCGTGGGTTAGCACGACGTCCTTCCAGGGAGTTGATTAACGCTGTTTCTTCCCCGCAGATg < 1:785290/71‑1 (MQ=255) gTGGCTTCGAACGTGGGTTAGCACGACGTCCTTcc < 1:1815588/35‑1 (MQ=255) tGGCTTCGAGCGTGGGTTAGCACGACGTCCTTCCAGGGAGTTGATTAACGCTGtt > 1:1776934/1‑55 (MQ=255) tGGCTTCGAGCGTGGGTTAGCACGACGTCCTTCCAGGGAGTTGATTAACGCTGTTTCTTCCCCGCAGATGt < 1:809621/71‑1 (MQ=255) tGGCTTCGAGCGTGGGTTAGCACGACGTCCTTCCAGGGAGTTGATTAACGCTGTTTCTTCCCCGCAGATGt < 1:2247484/71‑1 (MQ=255) ttCGAGCGTGGGTTAGCACGACGTCCTTCCAGGGAGTTGATTAACGCTGTTTCTTCCCCGCAGa > 1:2530866/1‑64 (MQ=255) tCGAGCGTGGGTTAGCACGACGTCCTTCCAGGGAGTTGATTAACGCTGTttc > 1:1294571/1‑52 (MQ=255) tCGAGCGTGGGTTAGCACGACGTCCTTCCAGGGAGTTGATTAACGATGTttc > 1:3443339/1‑52 (MQ=255) cGAGCGTGGGTTAGCACGACGTCCTTCCAGGGAGTTGATTAACGCTGTTTCTTCCCCGCAGATGTAgcg < 1:3872671/69‑1 (MQ=255) | GGGTTTCGACGTTGTTGACACAGGTCGGTTTACCCCATGCGCCGGAGGTTGCCGGGAAGGGTGGCTTCGAGCGTGGGTTAGCACGACGTCCTTCCAGGGAGTTGATTAACGCTGTTTCTTCCCCGCAGATGTAGCG > W3110S.gb/2405562‑2405697 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |