| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 2,413,837 | T→C | 32.3% | C277C (TGT→TGC) | yfbQ → | predicted aminotransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 2,413,837 | 0 | T | C | 32.3% | 70.1 / 53.2 | 62 | C277C (TGT→TGC) | yfbQ | predicted aminotransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (19/23); new base C (3/17); total (22/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.46e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.92e-01 | |||||||||||
TGAACGGGCCGAAAAAACACGCCAAAGGCTACATCGAAGGTCTGGAAATGCTGGCTTCAATGCGCCTGTGTGCTAACGTTCCTGCGCAACACGCCATTCAGACCGCGCTAGGTGGTTATCAGAGCATCAGTGAATTTAT > W3110S.gb/2413767‑2413905 | tGAACGGGCCGAAAAAACACGCCAAAGGCTACATCGAAGGTCTGGAAATGCTGGCTTCAATGCGCCtgtgt > 1:2058800/1‑71 (MQ=255) aaCGGGCCGAAAAAACACGCCAAAGGCTACATCGAAGGTCTGGAAATGCTGGCTTCAATGCGCCTGTGTGc > 1:3400444/1‑71 (MQ=255) cGGGCCGAAAAAACACGCCAAAGGCTACATCGAAGGTCTGGAAATGCTGGCTTCAATGCGCCTGTGTGCt > 1:1202076/1‑70 (MQ=255) gggCCGAAAAAACACGCCAAAGGCTACATCGAAGGTCTGGAAATGCTGGCTTCAATGCGCCTGTGTGCTaa > 1:1686245/1‑71 (MQ=255) gggCCGAAAAAACACGCCAAAGGCTACATCGAAGGTCTGGAAATGCTGGCTTCAATGCGCCTGTGTGCTaa > 1:1646261/1‑71 (MQ=255) cGAAAAAACACGCCAAAGGCTACATCGAAGGTCTGGAAATGCTGGCTTCAATGCGCCTGTGTGCTAACGtt > 1:3241516/1‑71 (MQ=255) aaaaaaCACGCCAAAGGCTACATCGAAGGTCTGGAAATGCTGGCTTCAATGCGCCTGTGTGCTAACGTTcc > 1:2118607/1‑71 (MQ=255) aaaaaaCACGCCAAAGGCTACATCGAAGGTCTGGAAATGCTGGCTTCAATGCGCCTGTGTGCTAACGTTcc < 1:1676260/71‑1 (MQ=255) acacGCCAAAGGCTACATCGAAGGTCTGGAAATGCTGGCTTCAATGCGCCTGTGTGCTAACGTTCCTgcgc < 1:3111599/71‑1 (MQ=255) acGCCAAAGGCTACATCGAAGGTCTGGAAATGCTGGCTTCAATGCGGCTGTGCGCTa < 1:252662/57‑1 (MQ=39) acGCCAAAGGCTACATCGAAGGTCTGGAAATGCTGGCTTCAATGCGCCTGTGTGCTAACGTTCCTGCGCaa < 1:3723667/71‑1 (MQ=255) acGCCAAAGGCTACATCGAAGGTCTGGAAATGCTGGCTTCAATGCGCCTGTGCGCTa < 1:1537331/57‑1 (MQ=255) acGCCAAAGGCTACATCGAAGGTCTGGAAATGCTGGCTTCAATGCGCCTGTGCGCTAACGTTCCTGCGCaa < 1:1654897/71‑1 (MQ=255) acGCCAAAGGCTACATCGAAGGTCTGGAAATGCTGGCTTCAATGCGCCTGTGCGCTAACGTTCCTGCGCaa < 1:3729916/71‑1 (MQ=255) cAAAGGCTACATCGAAGGTCTGGAAATGCTGGCTTCAATGCGCCTGTGCGCTAACGTTCCTGCGCAACACg < 1:197126/71‑1 (MQ=255) aaGGCTACATCGAAGGTCTGGAAATGCTGGCTTCAATGCGCCTGTGTGCTAACGTTCCTGCGCAACACGcc < 1:1202979/71‑1 (MQ=255) aGGCTACATCGAAGGTCTGGAAATGCTGGCTTCAATGCGCCTGTGTGCTAACGTTCCTGCGCaa > 1:3274796/1‑64 (MQ=255) gCTACATCGAAGGTCTGGAAATGCTGGCTTCAATGCGCCTGTGCGCTAACGTTCCTGCGCAACACGCCAtt < 1:3356881/71‑1 (MQ=255) gCTACATCGAAGGTCTGGAAATGCTGGCTTCAATGCGCCTGTGCGCTAACGTTCCTGCGCAACACGCCAtt < 1:1547878/71‑1 (MQ=255) cTACATCGAAGGTCTGGAAATGCTGGCTTCAATGCGCCTGTGTGCTAACGTTCCTgcgc < 1:1042872/59‑1 (MQ=255) cTACATCGAAGGTCTGGAAATGCTGGCTTCAATGCGCCTGTGTGCTAACGTTCCTGCGCAACACGCCATTc < 1:3532752/71‑1 (MQ=255) cATCGAAGGTCTGGAAATGCTGGCTTCAATGCGCCTGTGTGCTAACGTTCCTGCGCAACACGCCATTCAg < 1:2599707/70‑1 (MQ=255) aTCGAAGGTCTGGAAATGCTGGCTTCAATGCGCCTGTGCGCt < 1:2710861/42‑1 (MQ=255) gAAGGTCTGGAAATGCTGGCTTCAATGCGCCTGTGTGCTAACGTTCCTGCGCAACACGCCa > 1:2716336/1‑61 (MQ=255) gAAGGTCTGGAAATGCTGGCTTCAATGCGCCTGTGTGCTAACGTTCCTGCGCAACACGCCa > 1:4385379/1‑61 (MQ=255) gAAGGTCTGGAAATGCTGGCTTCAATGCGCCTGTGTGCTAACGTTCCTGCGCAACACGCCATTCAGACcgc < 1:1340536/71‑1 (MQ=255) gAAGGTCTGGAAATGCTGGCTTCAATGCGCCTGTGTGCTAACGTTCCTGCGCAACACGCCATTCAGACcgc < 1:2079938/71‑1 (MQ=255) gAAGGTCTGGAAATGCTGGCTTCAATGCGCCTGTGTGCTAACGTTCCTGCGCAACACGCCATTCAGACcgc < 1:1214131/71‑1 (MQ=255) gAAGGTCTGGAAATGCTGGCTTCAATGCGCCTGTGCGCTAACGTTCCTGCGCAACACGCCATTCAGACagc > 1:3206291/1‑71 (MQ=255) ggTCTGGAAATGCTGGCTTCAATGCGCCTGTGTGCTAACGTTCCTGCGCAACACGCCATTCAGACCGCGCt < 1:3095314/71‑1 (MQ=255) ggTCTGGAAATGCTGGCTTCAATGCGCCTGTGTGCTAACGTTCCTGCGCAACACGCCATTCAGACCGCGCt < 1:2678261/71‑1 (MQ=255) ggTCTGGAAATGCTGGCTTCAATGCGCCTGTGTGCTAACGTTCCTGCGCAACACGCCATTCAGACCGCGCt < 1:980036/71‑1 (MQ=255) cTGGAAATGCTGGCTTCAATGCGCCTGTGTGCTAACg > 1:1338312/1‑37 (MQ=255) cTGGAAATGCTGGCTTCAATGCGCCTGTGTGCTAACGTTCCTGCGCAACACGCCATTCa > 1:2560911/1‑59 (MQ=255) cTGGAAATGCTGGCTTCAATGCGCCTGTGTGCTAACGTTCCTGCGCAACACGCCATTCa > 1:4487770/1‑59 (MQ=255) tGGAAATGCTGGCTTCAATGCGCCTGTGTGCTAAc < 1:1836622/35‑1 (MQ=255) tGGAAATGCTGGCTTCAATGCGCCTGTGTGCTAACGTTCCTGCGCAACACGCCa < 1:1649821/54‑1 (MQ=255) tGGAAATGCTGGCTTCAATGCGCCTGTGTGCTAACGTTCCTGCGCAACACGCCATTCAGACCGCGCTa < 1:3701504/68‑1 (MQ=255) ggAAATGCTGTCTTCAATGCGCCTGTGTGCTAACGTTCCTGCGCAACACGCCa < 1:762218/53‑1 (MQ=255) ggAAATGCTGGCTTCAATGCGCCTGTGTGCTAACGTTCCTGCGCaa < 1:4155144/46‑1 (MQ=255) gAAATGCTGGCTTCAATGCGCCTGTGCGCTAACGTTCCTGCGCAACACGCCATTCAGACCGCGCTAggtgg > 1:2609350/1‑71 (MQ=255) gAAATGCTGGCTTCAATGCGCCTGTGCGCTAACGTTCCTGCGCAACACGCCATTCAGACCGCGCTAggt < 1:3193562/69‑1 (MQ=255) gAAATGCTGGCTTCAATGCGCCTGTGCGCTAACGTTCCTGCGCAACACGCCATTCAGACCGCGCTAgg < 1:3581902/68‑1 (MQ=255) aaaTGCTGGCTTCAATGCGCCTGTGTGCTAACGTTCCTGCGCAACACGc > 1:2012941/1‑49 (MQ=255) aaTGCTGGCTTCAATGCGCCTGTGTGCTAACGTTCCTGCGCAACACGCCATTCAGACCGCGCTAggtggt > 1:3697805/1‑70 (MQ=255) aTGCTGGCTTCAATGCGCCTGTGCGCTAACGTTCCTGCGCAACACGCCATTCAGACCGCGCTAgg < 1:1623665/65‑1 (MQ=255) aTGCTGGCTTCAATGCGCCTGTGCGCTAACGTTCCTGCGCAACACGCCATTCAGACCGCGCTAgg < 1:1470265/65‑1 (MQ=255) aTGCTGGCTTCAATGCGCCTGTGCGCTAACGTTCCTGCGCAACACGCCATTCAGACCGCGCTAgg < 1:3609467/65‑1 (MQ=255) tGCTGGCTTCAATGCGCCTGTGTGCTAACGTTCCTGCGCAACACGCCATTCAGACCGCGCTAGGTGGTTAt < 1:1435078/71‑1 (MQ=255) tGCTGGCTTCAATGCGCCTGTGCGCTAACGTTCCTGCGCAACACGCCATTCAGACCGCGCTAgg < 1:1667088/64‑1 (MQ=255) tGCTGGCTTCAATGCGCCTGTGCGCTAACGTTCCTGCGCAACACGCCATTCAGACCGCGCTAGGTGGTTAt < 1:1945848/71‑1 (MQ=255) gCTGGCTTCAATGCGCCTGTTCGCTAACGTTCCTGCGCAACACGCCATTCAGACCGCGCTAGGTGGTTAt > 1:553523/1‑70 (MQ=255) ggCTTCAATGCGCCTGTGTGCTAACGTTCCTGCGCAACACGCCATTCAGACCGCGCTAGGTGGTTATCa > 1:4534901/1‑69 (MQ=255) ggCTTCAATGCGCCTGTGTGCTAACGTTCCTGCGCAACACGCCATTCAGACCGCGCTAGGTGGTTATCa > 1:289533/1‑69 (MQ=255) gCTTCAATGCGCCTGTGCGCTAACGTTCCTGCGCAACACGCCATTCAGACCGCGCTAGGTGGTTATCag < 1:971060/69‑1 (MQ=255) cTTCAATGCGCCTGTGTGCTAACGTTCCTGCGCAACACGCCATTCAGACCGCGCTAGGTGGTTATCAGAGc < 1:2978616/71‑1 (MQ=255) cAATGCGCCTGTGTGCTAACGTTCCTGCGCAACACGCCATTCAGAc > 1:2322476/1‑46 (MQ=255) aaTGCGCCTGTGTGCTAACGTTCCTGCGCAACACGCCATTc < 1:4609003/41‑1 (MQ=255) aTGCGCCTGTGTGCTAACGTTCCTGCGCAACACGCCATTCAGACCGCGCTAGGTGGTTATCAGAGCATCAg < 1:1915642/71‑1 (MQ=255) cgcCTGTGTGCTAACGTTCCTGCGCAACACGCCATTCAGACCGCGCTAGGTGGTTATCAGAGCATCAg > 1:2348760/1‑68 (MQ=255) ccTGTGTGCTAACGTTCCTGCGCAACACGCCATTCAGACCGCGCTAGGTGGTTATc > 1:475666/1‑56 (MQ=255) cTGTGTGCTAACGTTCCTGCGCAACACGCCATTCAGACCGCGCTAGGTGGTTATCAGAGCATCAGTGAAtt < 1:416142/71‑1 (MQ=255) cTGTGCGCTAACGTTCCTGCGCAACACGCCATTCAGACCGCGCTAGGTGGTTATCAGAGCATCAGTGAAtt < 1:3940351/71‑1 (MQ=255) tgtgtgCTAACGTTCCTGCGCAACACGCCATTCAGACCGCGCTAgg < 1:3206183/46‑1 (MQ=255) tgtgtgCTAACGTTCCTGCGCAACACGCCATTCAGACCGCGCTAGGTGGTTATCAGAGCATCAGTGAAtt > 1:3496917/1‑70 (MQ=255) tgtgCTAACGTTCCTGCGCAACACGCCATTCAGACCGCGCTAggtg < 1:1603503/46‑1 (MQ=255) tgtgCTAACGTTCCTGCGCAACACGCCATTCAGACCGCGCTAg > 1:3361045/1‑43 (MQ=255) tgtgCTAACGTTCCTGCGCAACACGCCATTCAGACCGCGCTAGGTGGTTAt < 1:4525588/51‑1 (MQ=255) tgtgCTAACGTTCCTGCGCAACACGCCATTCAGACCGCGCTAGGTGGTTATCAGAGCATCAGTGAAtt < 1:2601429/68‑1 (MQ=255) tgtgCTAACGTTCCTGCGCAACACGCCATTCAGACCGCGCTAGGTGGTTATCAGAGCATCAGTGAAtt < 1:3822184/68‑1 (MQ=255) tgtgCTAACGTTCCTGCGCAACACGCCATTCAGACCGCGCTAGGTGGTTATCAGAGCATCAGTGAATttat > 1:1356163/1‑71 (MQ=255) | TGAACGGGCCGAAAAAACACGCCAAAGGCTACATCGAAGGTCTGGAAATGCTGGCTTCAATGCGCCTGTGTGCTAACGTTCCTGCGCAACACGCCATTCAGACCGCGCTAGGTGGTTATCAGAGCATCAGTGAATTTAT > W3110S.gb/2413767‑2413905 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |