| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 2,472,806 | C→T | 15.0% | D272D (GAC→GAT) | intS → | predicted prophage CPS‑53 integrase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 2,472,806 | 0 | C | T | 15.0% | 154.1 / 17.2 | 60 | D272D (GAC→GAT) | intS | predicted prophage CPS‑53 integrase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (23/28); new base T (7/2); total (30/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.45e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.50e-01 | |||||||||||
TAGGATTATCACCATCGACGCCAGTGTGATGAAAGGACGCAAAATTCATGTGGTTCCTATGTCAGACCAGGTAGTTGAACTTCTCACTACGCTAAGCTCCATCACCAAACCAGTCTCAGAGTTTGTTTTTGCC > W3110S.gb/2472740‑2472872 | tAGGATTATCACCATCGACGCCAGTGTGATGAAAGGACGCAAAATTCATGTGGTTCCTATGTCAGACCAgg > 1:4461466/1‑71 (MQ=255) ggATTATCACCATCGACGCCAGTGTGATGAAAGGACGCAAAATTCATGTGGTTCCTATGTCAGACCAGGt < 1:1491777/70‑1 (MQ=255) ggATTATCACCATCGACGCCAGTGTGATGAAAGGACGAAAAATTCATGTGGTTCCTATGTCAGACCAgg < 1:3738611/69‑1 (MQ=255) aTCACCATCGACGCCAGTGTGATGAAAGGACGCAAAATTCATGTGGTTCCTATGTCAGACCAGGTAGCTg < 1:1990420/70‑1 (MQ=255) tCACCATCGACGCCAGTGTGATGAAAGGACGCAAAATTCATGTGGTTCCTATGTCAGACCAGGTAGTTGaa < 1:1947832/71‑1 (MQ=255) cACCATCGACGCCAGTGTGATGAAAGGACGCAAAATTCATGTGGTTCCTATGTCAGAcc < 1:3461552/59‑1 (MQ=255) aCCATCGACGCCAGTGTGATGAAAGGACGCAAAATTCATGTGGTTCCTATGTCAGACCAGGTAGTTGAAc < 1:4435261/70‑1 (MQ=255) ccATCGACGCCAGTGTGATGAAAGGACGCAAAATTCATGTGGTTCCTATGTCAGACCAGGTAGTTg < 1:1652059/66‑1 (MQ=255) ccATCGACGCCAGTGTGATGAAAGGACGCAAAATTCATGTGGTTCCTATGTCAGACCAGGTAGTTGa < 1:759284/67‑1 (MQ=255) aTCGACGCCAGTGTGATGAAAGGACGCAAAATTCATGTGGTTCCTATGTCAGACCAGGTAGTTGAACTtct < 1:2723730/71‑1 (MQ=255) gACGCCAGTGTGATGAAAGGACGCAAAATTCATGTGGTTCCTATGTCAGATCAGGTAGTTGAACTTCTCAc > 1:4399/1‑71 (MQ=255) gACGCCAGTGTGATGAAAGGACGCAAAATTCATGTGGTTCCTATGTCAGATCAGGTAGTTGAACTTCTCAc > 1:3255460/1‑71 (MQ=255) gACGCCAGTGTGATGAAAGGACGCAAAATTCATGTGGTTCCTATGTCAGACCAg > 1:1611291/1‑54 (MQ=255) gACGCCAGTGTGATGAAAGGACGCAAAATTCATGTGGTTCCTATGTCAGACCAGGTAGTTGAACTtctc > 1:1425168/1‑69 (MQ=255) gACGCCAGTGTGATGAAAGGACGCAAAATTCATGTGGTTCCTATGTCAGACCAGGTAGTTGAACTTCTCAc > 1:757143/1‑71 (MQ=255) gACGCCAGTGTGATGAAAGGACGCAAAATTCATGTGGTTCCTATGTCAGACCAGGTAGTTGAACTTCTCAc > 1:762514/1‑71 (MQ=255) gtgtGATGAAAGGACGCAAAATTCATGTGGTTCCTATGTCAGACCAGGTAGTTGAACTTCTCACTACGCTa < 1:4455788/71‑1 (MQ=255) gtgtGATGAAAGGACGCAAAATTCATGTGGTTCCTATGTCAGACCAGGTAGTTGAACTTCTCACTACGCTa < 1:201013/71‑1 (MQ=255) tgtgATGAAAGGACGCAAAATTCATGTGGTTCCTATGTCAGAcc < 1:310165/44‑1 (MQ=255) tgtgATGAAAGGACGCAAAATTCATGTGGTTCCTATGTCAGACCAGGt < 1:3109437/48‑1 (MQ=255) gtgATGAAAGGACGCAAAATTCATGTGGTTCCTATGTCAGATCAGGTa > 1:2562006/1‑48 (MQ=255) gtgATGAAAGGACGCAAAATTCATGTGGTTCCTATGTCAGACCAGGTAGTTGAACTtc > 1:923151/1‑58 (MQ=255) tgatgaAAGGACTCAAAATTCATGTGGTTCCTATGTCAGACCAGGTAGTTGAACTTCTCAc < 1:2949505/61‑1 (MQ=255) tgatgaAAGGACGCAAAATTCATGTGGTTCCTATGTCAGACCAg > 1:2223681/1‑44 (MQ=255) tgatgaAAGGACGCAAAATTCATGTGGTTCCTATGTCAGACCAGGTAGTTGAACTTCTCACTACGCTAAg > 1:2756044/1‑70 (MQ=255) atgaAAGGACGCAAAATTCATGTGGTTCCTATGTCAGACCAg < 1:2545450/42‑1 (MQ=255) atgaAAGGACGCAAAATTCATGTGGTTCCTATGTCAGACCAGGt < 1:1164145/44‑1 (MQ=255) atgaAAGGACGCAAAATTCATGTGGTTCCTATGTCAGACCAGGTAGTTGAACTTCTCACTACTCTAAGCTc < 1:4592700/71‑1 (MQ=255) atgaAAGGACGCAAAATTCATGTGGTTCCTATGTCAGACCAGGTAGTTGAACTTCTCACTACGCTAAGCTc < 1:3845049/71‑1 (MQ=255) tgaAAGGACGCAAAATTCATGTGGTTCCTATGTCAGCCCAg > 1:4245475/1‑41 (MQ=255) gaAAGGACGCAAAATTCATGTGGTTCCTATGTCAGACCa > 1:4400361/1‑39 (MQ=255) gaAAGGACGCAAAATTCATGTGGTTCCTATGTCAGACCAGGt > 1:1993613/1‑42 (MQ=255) gaAAGGACGCAAAATTCATGTGGTTCCTATGTCAGACCAGGt > 1:3646560/1‑42 (MQ=255) gaAAGGACGCAAAATTCATGTGGTTCCTATGTCAGACCAGGTAGt > 1:1066459/1‑45 (MQ=255) aGGACGCAAAATTCATGTGGTTCCTATGTCAGCCCAGGTAGTTGAACTTCTCACTACGCTaa > 1:869615/1‑62 (MQ=255) aGGACGCAAAATTCATGTGGTTCCTATGTCAGATCAGGTAGTTGAACTTCTCACTACGCTaa > 1:2262084/1‑62 (MQ=255) aCGCAAAATTCATGTGGTTCCTATGTCAGATCAGGTAGTTGAACTTCTCACTACGCTAAGCTCCATCACCa < 1:3032986/71‑1 (MQ=255) aaaaTTCATGTGGTTCCTATGTCAGACCAGGTAGTTTAACTtc < 1:875977/43‑1 (MQ=255) aaaTTCATGTGGTTCCTATGTCAGACCAGGTAGTTg > 1:3790222/1‑36 (MQ=255) aaaTTCATGTGGTTCCTATGTCAGACCAGGTAGTTGAACt < 1:1573015/40‑1 (MQ=255) aaaTTCATGTGGTTCCTATGTCAGACCAGGTAGTTGAACt > 1:738629/1‑40 (MQ=255) tCATGTGGTTCCTATGTCAGATCAGGTAGTTGAACTTCTCACTACGCTAAGCTc > 1:2775430/1‑54 (MQ=255) tCATGTGGTTCCTATGTCAGACCAGGTAGTTGAACTTCTCACTACGCTAAGCTCCATCACCAAACCAGtct > 1:299725/1‑71 (MQ=255) tCATGTGGTTCCTATGTCAGACCAGGTAGTTGAACTTCTCACTACGCTAAGCTCCATCACCAAACCAGtct > 1:144967/1‑71 (MQ=255) cATGTGGTTCCTATGTCAGATCAGGTAGTTGAACTTCTCACTACGCTAAGCTCCATCACCAAACCAGtct > 1:2080991/1‑70 (MQ=255) cATGTGGTTCCTATGTCAGACCAGGTAGTTGAACTTCTCACTACGCTAAGCTCCATCACCAAACCAGtct > 1:370934/1‑70 (MQ=255) gtgGTTCCTATGTCAGACCAGGTAGTTGAACTTCTCACTACGCTAAGc < 1:4271275/48‑1 (MQ=255) gtgGTTCCTATGTCAGACCAGGTAGTTGAACTTCTCACTACGCTAAGCTCCATCACCAAACCAGTCTCa > 1:1481161/1‑69 (MQ=255) ggTTCCTATGTCAGACCAGGTAGTTGAACTTCTCACTACGCTAAGCTcc < 1:4025853/49‑1 (MQ=255) ccTATGTCAGATCAGGTAGTTGAACTTCTCACTACGCTAAGCTCCATCACCAAACCAGTCTCag > 1:3260258/1‑64 (MQ=255) ccTATGTCAGACCAGGTAGTTGAACTTCTCACTACGCTAAGCTCCATCACCAAACCAGTCTCaga > 1:878424/1‑65 (MQ=255) ccTATGTCAGACCAGGTAGTTGAACTTCTCACTACGCTAAGCTCCATCACCAAACCAGTCTCAGAgtttgt > 1:3344145/1‑71 (MQ=255) tATGTCAGACCAGTTAGTTGAACTTCTCACTACGCTAAGCTCCATCACCAAACCAGTCTCAGAgtttgtt < 1:1771283/70‑1 (MQ=255) aTGTCAGACCAGGTAGTTGAACTTCTCACTACGCTAAGCTCCATCACCAAACCAGTCTCa < 1:4408999/60‑1 (MQ=255) tGTCAGACCAGGTAGTTGAACTTCTCACTACGCTAAGCTCCATCACCAAACCAGTCTCagag < 1:2464355/62‑1 (MQ=255) tGTCAGACCAGGTAGTTGAACTTCTCACTACGCTAAGCTCCATCACCAAACCAGTCTCAGAGTTTGtttt < 1:3844702/70‑1 (MQ=255) gTCAGACCAGGTAGTTGAACTTCTCACTACGCTAAGc < 1:3127955/37‑1 (MQ=255) gTCAGACCAGGTAGTTGAACTTCTCACTACGCTAAGCTCCATCACCAAACCAGTCTCa < 1:2503471/58‑1 (MQ=255) tCAGATCAGGTAGTTGAACTTCTCACTACGCTAAg < 1:4368217/35‑1 (MQ=255) tCAGACCAGGTAGTTGAACTTCTCACTACGCTAAGc < 1:2550403/36‑1 (MQ=255) cAGACCAGGTAGTTGAACTTCTCACTACGCTAAGCTCCATCACCAAACCAGTCTCAGAGTTTGTTTTTGcc > 1:2220230/1‑71 (MQ=255) aCCAGGTAGTTGAACTTCTCACTACGCTAAGCTCCATCACCAAACCAGTCTCagag < 1:459268/56‑1 (MQ=255) | TAGGATTATCACCATCGACGCCAGTGTGATGAAAGGACGCAAAATTCATGTGGTTCCTATGTCAGACCAGGTAGTTGAACTTCTCACTACGCTAAGCTCCATCACCAAACCAGTCTCAGAGTTTGTTTTTGCC > W3110S.gb/2472740‑2472872 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |