| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 2,562,915 | T→C | 10.9% | Y404C (TAC→TGC) | eutB ← | ethanolamine ammonia‑lyase, large subunit, heavy chain |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 2,562,915 | 0 | T | C | 10.9% | 239.7 / 19.9 | 92 | Y404C (TAC→TGC) | eutB | ethanolamine ammonia‑lyase, large subunit, heavy chain |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (39/43); new base C (8/2); total (47/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.09e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.09e-01 | |||||||||||
AAACTCCGGTGACGGGCGCAGGTTGAGTAACTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGTAGTTGCAGCCTGCGGTGGCGAGCAG > W3110S.gb/2562845‑2562982 | aaaCTCCGGTGACGGGCGCAGGTTGAGTAACTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGt < 1:1874274/71‑1 (MQ=255)aaaCTCCGGTGACGGGCGCAGGTTGAGTAACTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGt < 1:3044705/71‑1 (MQ=255) aaCTCCGGTGACGGGCGCAGGTTGAGTAACTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTa < 1:4601157/71‑1 (MQ=255) aaCTCCGGTGACGGGCGCAGGTTGAGTAACTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTa < 1:3997735/71‑1 (MQ=255) cGGTGACGGGCGCAGGTTGAGTAACTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGtt > 1:1013621/1‑69 (MQ=255) aCGGGCGCAGGTTGAGTAACTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCat < 1:3049442/70‑1 (MQ=255) aCGGGCGCAGGTTGAGTAACTGACGCACAGTGGCGGAATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCat > 1:1735371/1‑70 (MQ=255) gcgcAGGTTGAGTAACTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGt < 1:3288205/71‑1 (MQ=255) cgcAGGTTGAGTAACTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGtc < 1:3016601/71‑1 (MQ=255) cgcAGGTTGAGTAACTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGt > 1:2708925/1‑70 (MQ=255) cAGGTTGAGTAACTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGtcat < 1:90687/71‑1 (MQ=255) cAGGTTGAGTAACTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGtcat < 1:1464322/71‑1 (MQ=255) cAGGTTGAGTAACTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGtcat < 1:91306/71‑1 (MQ=255) cAGGTTGAGTAACTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGtcat < 1:4600634/71‑1 (MQ=255) aGGTTGAGTAACTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGtcatc < 1:1877297/71‑1 (MQ=255) aGGTTGAGTAACTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGCAGTTGAg > 1:891936/1‑59 (MQ=255) ttGAGTAACTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCAcc > 1:1025386/1‑71 (MQ=255) tGAGTAACTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCAcc > 1:4000737/1‑70 (MQ=255) gAGTAACTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCAcc > 1:3603376/1‑69 (MQ=255) gTAACTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTTGCAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGc > 1:4294775/1‑71 (MQ=255) gTAACTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCat < 1:159216/55‑1 (MQ=255) gTAACTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCat < 1:502533/55‑1 (MQ=255) gTAACTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGCAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGc > 1:205374/1‑71 (MQ=255) tAACTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCAccc > 1:793109/1‑67 (MQ=255) tAACTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCAccc > 1:2114564/1‑67 (MQ=255) tAACTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGCAGTTGAGCat < 1:2924842/54‑1 (MQ=255) aCTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCgg > 1:3173882/1‑70 (MQ=255) aCTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCgg > 1:3176469/1‑70 (MQ=255) aCTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCgg > 1:4100731/1‑70 (MQ=255) aCTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCgg > 1:2657573/1‑70 (MQ=255) aCTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCgg > 1:2540669/1‑70 (MQ=255) aCTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGCAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCgg > 1:2589196/1‑70 (MQ=255) aCTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGGCTGGTAGTTg < 1:4241977/47‑1 (MQ=255) cTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCa > 1:668046/1‑71 (MQ=255) tGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCatga > 1:722873/1‑52 (MQ=255) tGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCAt > 1:4183652/1‑71 (MQ=255) tGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCAt > 1:54837/1‑71 (MQ=255) tGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCACCAAGCGGCa > 1:4189193/1‑70 (MQ=255) gACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGtt > 1:1340421/1‑43 (MQ=255) aCGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATc < 1:753692/70‑1 (MQ=255) cacaGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATcccc > 1:3351406/1‑70 (MQ=255) cacaGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATcccc < 1:1918439/70‑1 (MQ=255) acaGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCat < 1:4254653/71‑1 (MQ=255) acaGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCat < 1:1173834/71‑1 (MQ=255) acaGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCat < 1:3275437/71‑1 (MQ=255) caGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCa > 1:1608816/1‑69 (MQ=255) gTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGt < 1:1820331/46‑1 (MQ=255) gTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGt < 1:3147274/46‑1 (MQ=255) gTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGt < 1:1953091/46‑1 (MQ=255) tGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATccc < 1:2746694/64‑1 (MQ=255) tGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTATGGTAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCatgatg < 1:1801158/71‑1 (MQ=255) gctgTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGt < 1:2442734/67‑1 (MQ=255) gCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGACCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCatgatg > 1:4186832/1‑69 (MQ=255) ggTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCat < 1:2868449/36‑1 (MQ=255) ggTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGTAGt < 1:791874/71‑1 (MQ=255) gTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCat < 1:4630656/35‑1 (MQ=255) gTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCgg < 1:109699/53‑1 (MQ=255) tATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCAATGATGTAGTTg < 1:1875709/71‑1 (MQ=255) aTCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCatga > 1:4314348/1‑35 (MQ=255) aTCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCatgat > 1:3003952/1‑63 (MQ=255) tCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGtc < 1:1026072/38‑1 (MQ=255) tCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCAcc < 1:3100118/44‑1 (MQ=255) tCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCatgatg < 1:623458/63‑1 (MQ=255) tCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCatgatg < 1:617903/63‑1 (MQ=255) tCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGTAGTTGc > 1:4199174/1‑70 (MQ=255) tCGTGGAATGCGGTGGTCTGGCAGTTGAGCATGATGtcat < 1:3030660/40‑1 (MQ=255) gTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGtca > 1:4052881/1‑37 (MQ=255) gTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGtca > 1:3055707/1‑37 (MQ=255) gTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCAt > 1:3318539/1‑51 (MQ=255) gTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGTAg > 1:3410981/1‑64 (MQ=255) gTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGTAg > 1:747028/1‑64 (MQ=255) gTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGTAGTTGCAGc > 1:2079142/1‑71 (MQ=255) gTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGTAGTTGCAGc > 1:1434472/1‑71 (MQ=255) gAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGTAGTTGCAGCCt > 1:184455/1‑70 (MQ=255) gAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGTAGTTGCAGCCTg > 1:1947223/1‑71 (MQ=255) gAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGTAGTTGCAGCCTg > 1:1182702/1‑71 (MQ=255) gAATGCGGTGGTCTGGCAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGTa > 1:3570901/1‑60 (MQ=255) aaTGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGTAGTTGCAGCCTGc < 1:4246162/71‑1 (MQ=255) aaTGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGTAGTTGCAGCCTGc < 1:206812/71‑1 (MQ=255) tGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCAt < 1:2977744/45‑1 (MQ=255) tGCGGTGGTCTGGCAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGTAGTTGCa > 1:1908101/1‑63 (MQ=255) cGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGTAGTTGCAGCCTGCGGt < 1:4268890/70‑1 (MQ=255) cGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGTAGTTGCAGCCTGCGGTg < 1:1945804/71‑1 (MQ=255) cGGTGGTCTGGCAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCat > 1:41107/1‑49 (MQ=255) tggtCTTGTAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATcc < 1:4291970/42‑1 (MQ=255) tggtCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGTAGTTGCAGc > 1:4579974/1‑60 (MQ=255) tggtCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGTAGTTGCAGCCTGCGGTg < 1:628255/68‑1 (MQ=255) tggtCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGTAGTTGCAGCCTGCGGTGGCg < 1:94458/71‑1 (MQ=255) ggtCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGTAGTTGCAGCCTGCGGTGGc > 1:4596669/1‑69 (MQ=255) gtCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGTAGTTGCAGCCTGCGGTGGCGAg > 1:2684141/1‑71 (MQ=255) tCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGTAGTTGCAGCCTGCGGTGGCGAGc < 1:1184269/71‑1 (MQ=255) tGGTAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCatga > 1:2661125/1‑43 (MQ=255) tGGCAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGTAGTTGCAGCCTGCGGTGGCGAGCAg > 1:2433787/1‑71 (MQ=255) gTAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGTAGTTGCAGCCTGCGGTGGCGAGCa < 1:1251220/68‑1 (MQ=255) | AAACTCCGGTGACGGGCGCAGGTTGAGTAACTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGTAGTTGCAGCCTGCGGTGGCGAGCAG > W3110S.gb/2562845‑2562982 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |