| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 2,682,462 | C→G | 5.9% | A315G (GCC→GGC) | yphH → | predicted DNA‑binding transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 2,682,462 | 0 | C | G | 5.9% | 197.4 / 2.2 | 67 | A315G (GCC→GGC) | yphH | predicted DNA‑binding transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (33/30); new base G (2/2); total (35/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.61e-01 | |||||||||||
GCAGTTAATCGCTGCCTGGCAAAGTGGAGAACCGTGGATCACCAGCTGGGTTGATCGCTCTGCCAATGCCATTGGTTTGAGTCTGTATAACTTCCTCAACATCCTCAATATTAATCAGATTTGGTTGTACGGTCGCAGT > W3110S.gb/2682394‑2682532 | gcAGTTAATCGCTGCCTGGCAAAGTGGAGAACCGTGGATCACCAGCTGGGTTGATCGCTCTGCCAATGCCa > 1:1526326/1‑71 (MQ=255) ttAATCGCTGCCTGGCAAAGTGGAGAACCGTGGATCACCAGCTGGGTTGATCGCTCTGCCAATGCCAt < 1:3374771/68‑1 (MQ=255) tAATCGCTGCCTGGCAAAGTGGAGAACCGTGGATCACCAGCTGGGTTGATCGCTCTGCCAATGCCATTGGt > 1:1007325/1‑71 (MQ=255) aaTCGCTGCCTGGCAAAGTGGAGAACCGTGGATCACCAGCTTGGTTGATCGCTCTGCCAATGCCATTGGtt > 1:1900256/1‑71 (MQ=255) aaTCGCTGCCTGGCAAAGTGGAGAACCGTGGATCACCAGCTGGGTTGATCGCTCTGCCAATGCCATTGGtt > 1:593830/1‑71 (MQ=255) aaTCGCTGCCTGGCAAAGTGGAGAACCGTGGATCACCAGCTGGGTTGATCGCTCTGCCAATGCCATTGGt > 1:78372/1‑70 (MQ=255) tCGCTGCCTGGCAAAGTGGAGAACCGTGGATCACCAGCTGGGTTGATCGCTCTGCCAATGCCATTGGttt > 1:4222055/1‑70 (MQ=255) gCTGCCTGGCAAAGTGGAGAACCGTGGATCACCAGCTGGGTTGATCGCTCTGCCAATGCCATTGGTTTGAg > 1:2190544/1‑71 (MQ=255) tGCCTGGCAAAGTGGAGAACCGTGGATCACCAGCTGGGTTGATCGCTCTGCCAATGc > 1:1017743/1‑57 (MQ=255) tGCCTGGCAAAGTGGAGAACCGTGGATCACCAGCTGGGTTGATCGCTCTGCCAATGc > 1:831855/1‑57 (MQ=255) tGCCTGGCAAAGTGGAGAACCGTGGATCACCACCTGGGTTGATCGCTCTGCCAATGCCATTGGTTTGAGt < 1:1040125/70‑1 (MQ=255) ccTGGCAAAGTGGAGAACCGTGGATCACCAGCTGGGTTGATCGCTCTGCCAATGCCATTGGTTTGAGTCTg < 1:4542860/71‑1 (MQ=255) ccTGGCAAAGTGGAGAACCGTGGATCACCAGCTGGGTTGATCGCTCTGCCAATGCCATTGGTTTGAGTCTg < 1:444437/71‑1 (MQ=255) ccTGGCAAAGTGGAGAACCGTGGATCACCAGCTCGGTTGATCGCTCTGCCAATGCCATTGGTTTGAGTc < 1:3646909/69‑1 (MQ=255) cTGGCAAAGTGGAGAACCGTGGATCACCAGCTGGGTTGATCGCTCTGCCAATGCCATTGGTTTGAGTCTg > 1:1494808/1‑70 (MQ=255) cTGGCAAAGTGGAGAACCGTGGATCACCAGCTGGGTTGATCGCTCTGCCAATGCCATTGGTTTGAGTCTGt < 1:1039690/71‑1 (MQ=255) gCAAAGTGGAGAACCGTGGATCACCAGCTGGGTTGATCGCTCTGCCAATGCCATTGGTTTGAGTCTGtat < 1:3983928/70‑1 (MQ=255) gCAAAGTGGAGAACCGTGGATCACCAGCTGGGTTGATCGCTCTGCCAATGCCATTGGTTTGAGTCTGtat > 1:1774324/1‑70 (MQ=255) gCAAAGTGGAGAACCGTGGATCACCAGCTGGGTTGATCGCTCTGCCAATGCCATTGGTTTGAGTCTGtat > 1:1853172/1‑70 (MQ=255) aaGTGGAGAACCGTGGATCACCAGCTGGGTTGATCGCTCTGCCAATGCCATTGGTTTGAGTCTGTATAACt > 1:1322982/1‑71 (MQ=255) aGTGGAGAACCGTGGATCACCAGCTGGGTTGATCGCTCTGCCAATGCCAt < 1:693923/50‑1 (MQ=255) tGGAGAACCGTGGATCACCAGCTGGGTTGATCGCTCTGCCAATGCCATTGGTTTGAg > 1:869177/1‑57 (MQ=255) tGGAGAACCGTGGATCACCAGCTGGGTTGATCGCTCTGCCAATGCCATTGGTTTGAGTCTGTATAACTTcc > 1:1081753/1‑71 (MQ=255) tGGAGAACCGTGGATCACCAGCTGGGTTGATCGCTCTACCAATGGCa < 1:4526743/47‑1 (MQ=255) tGGAGAACCGTGGATCACCAGCTGGGTTGATCGCTCTACCAATGGCa < 1:2802444/47‑1 (MQ=255) gagaACCGTGGATCACCAGCTGGGTTGATCGCTCTACCAATGGCAtt > 1:1919928/1‑47 (MQ=255) gagaACCGTGGATCACCAGCTGGGTTGATCGCTCTACCAATGGCAtt > 1:227599/1‑47 (MQ=255) ccGTGGATCACCAGCTGGGTTGATCGCTCTGCCAATTCCATTGGTTTGAGTCTGTATAACTTCCTCAACAt > 1:3109617/1‑71 (MQ=255) tGGATCACCAGCTGGGTTGATCGCTCTGCCAATGCCAtt < 1:3134629/39‑1 (MQ=255) tGGATCACCAGCTGGGTTGATCGCTCTGCCAATGCCAtt < 1:2863361/39‑1 (MQ=255) ggATCACCAGCTGGGTTGATCGCTCTGCCAATGCCAtt < 1:3207992/38‑1 (MQ=255) ggATCACCAGCTGGGTTGATCGCTCTGCCAATGCCATTGGTTTGa < 1:3004391/45‑1 (MQ=255) aTCACCAGCTGGGTTGATCGCTCTGCCAATGCCATTGGTTTGAGTCTGTATAACTTCCTCAACATCCTc < 1:2508804/69‑1 (MQ=255) aTCACCAGCTGGGTTGATCGCTCTGCCAATGCCATTGGTTTGAGTCTGTATAACTTCCTCAACATCCTc < 1:1367804/69‑1 (MQ=255) tCACCAGCTGGGTTGATCGCTCTGCCAATGCCATTGGttt < 1:4145909/40‑1 (MQ=255) tCACCAGCTGGGTTGATCGCTCTGCCAATGCCATTGGTTTGAGTCTGtat > 1:1088316/1‑50 (MQ=255) tCACCAGCTGGGTTGATCGCTCTGCCAATGCCATTGGTTTGAGTCTGTATAACTTCCTCAACATCCTCaa > 1:4541186/1‑70 (MQ=255) cACCAGCTGGGTTGATCGCTCTGCCAATGCCATTGGtt > 1:1744072/1‑38 (MQ=255) aCCAGCTGGGTTGATCGCTCTGCCAATGCCATTGGTTTGAGTCTGTATAACTTCCTCaa > 1:4644083/1‑59 (MQ=255) aCCAGCTGGGTTGATCGCTCTGCCAATGCCATTGGTTTGAGTCTGTATAACTTCCTCaa > 1:3487526/1‑59 (MQ=255) aCCAGCTGGGTTGATCGCTCTGCCAATGCCATTGGTTTGAGTCTGTATAACTTCCTCaa > 1:75525/1‑59 (MQ=255) ccAGCTGGGTTGATCGCTCTGCCAATGCCATTGGTTTTAGTCTGTATAACTTCCTCAACATCCTCaa < 1:668387/67‑1 (MQ=255) ccAGCTGGGTTGATCGCTCTGCCAATGCCATTGGTTTGAGTCTGTATAACTTCCTCAACATCCTCaa < 1:4524502/67‑1 (MQ=255) ccAGCTGGGTTGATCGCTCTGCCAATGCCATTGGTTTGAGTCTGTATAACTTCCTCAACATCCTCAata > 1:2019885/1‑69 (MQ=255) ccAGCTGGGTTGATCACTCTGCCAATGCCATTGGTTTGAGTCTGTATAACTTCCTc < 1:635222/56‑1 (MQ=255) cAGCTGGGTTGATCGCTCTGCCAATGCCATTGGTTTGAGTCTGTATAACTTCCTCAACATCCTCAata > 1:448108/1‑68 (MQ=255) aGCTGGGTTGATCGCTCTGCCAATGCCATTGGTTTGAGTCTGTATAACTTCCTCAACATCCTCAATATTaa > 1:37235/1‑71 (MQ=255) tGGGTTGATCGCTCTGCCAATGCCATTGGTTTGAGTCTGt < 1:4093324/40‑1 (MQ=255) tGGGTTGATCGCTCTGCCAATGCCATTGGTTTGAGTCTGt < 1:1396846/40‑1 (MQ=255) tGGGTTGATCGCTCTGCCAATGCCATTGGTTTGAGTCTGt < 1:2934914/40‑1 (MQ=255) tGGGTTGATCGCTCTGCCAATGCCATTGGTTTGAGTCTGTATaa > 1:1010485/1‑44 (MQ=255) ttGATCGCTCTGCCAATGCCATTGGTTTGAGTCTGTATAACTTCCTCAACATCCTCAATATTAATCAGAtt < 1:3706572/71‑1 (MQ=255) tGATCGCTCTGCCAATGCCATTGGTTTGAGTCTGTATAACTTCCTCAACATCCt > 1:1447453/1‑54 (MQ=255) tGATCGCTCTGCCAATGCCATTGGTTTGAGTCTGTATAACTTCCTCAACATCCt > 1:3391490/1‑54 (MQ=255) aTCGCTCTGCCAATGCCATTGGTTTGAGTCTGTATAACTTcc < 1:51645/42‑1 (MQ=255) cGCTCTGCCAATGCCATTGGTTTGAGTCTGTATAACTTCCTc > 1:370929/1‑42 (MQ=255) cGCTCTGCCAATGCCATTGGTTTGAGTCTGTATAACTTCCTCAACATCCTCAATATTAATCAg < 1:1595187/63‑1 (MQ=255) cGCTCTGCCAATGCCATTGGTTTGAGTATGTATAACTTCCTc > 1:2266268/1‑42 (MQ=255) gCTCTGCCAATGCCATTGGTTTGAGTCTGTATAACTTCCTCAACATCCTCAATATTAATCAGATTTGGTTg < 1:1262795/71‑1 (MQ=255) ctctGCCAATGCCATTGGTTTGAGTCTGTATAACTTCCTCAACATCCTCAATATTAATCAGATTTGGTTGt < 1:3958584/71‑1 (MQ=255) gCCAATGCCATTGGTTTGAGTCTGTATAACTTCCTCAACATCCTCAATATTAATCAGATTTGGTTGTACgg > 1:1168965/1‑71 (MQ=255) ccAATGCCATTGGTTTGAGTCTGTATAACTTCCTCAACATCCTCAATATTAATCAGATTTGGTTGTACGGt > 1:2138006/1‑71 (MQ=255) cAATGCCATTGGTTTGAGTCTGTATAACTTCCTCAACATCCTCAATATTAATCAGATTTGGTTGTACGGTc > 1:650210/1‑71 (MQ=255) aaTGCCATTGGTTTGAGTCTGTATAACTTCCTCAACATCCTCa < 1:355238/43‑1 (MQ=255) aTGCCATTGGTTTGAGTCTGTATAACTTCCTCAACATCCTc < 1:4578494/41‑1 (MQ=255) aTGCCATTGGTTTGAGTCTGTATAACTTCCTCAACATCCTc < 1:334154/41‑1 (MQ=255) tGCCATTGGTTTGAGTCTGTATAACTTCCTCAACATCCTCAATATTAATCAGa < 1:266373/53‑1 (MQ=255) gCCATTGGTTTGAGTCTGTATAACTTCCTCAACATCCTCAATATTAATCAGATTTGGt > 1:82138/1‑58 (MQ=255) gCCATTGGTTTGAGTCTGTATAACTTCCTCAACATCCTCAATATTAATCAGATTTGGTTGTACGGTCGCAg > 1:2096876/1‑71 (MQ=255) ccATTGGTTTGAGTCTGTATAACTTCCTCAACATCCTc < 1:1277179/38‑1 (MQ=255) ccATTGGTTTGAGTCTGTATAACTTCCTCAACATCCTCAATATTAATCAGATTTGGTTGTACGGTCGCAGt > 1:575863/1‑71 (MQ=255) ccATTGGTTTGAGTCTGTATAACTTCCTCAACATCCTCAATATTAATCAGATTTGGTTGTACGGTCGCAGt < 1:3505121/71‑1 (MQ=255) ccATTGGTTTGAGTCTGTATAACTTCCTCAACATCCTCAATATTAATCAGATTTGGTTGTACGGTCGCAGt < 1:3664823/71‑1 (MQ=255) | GCAGTTAATCGCTGCCTGGCAAAGTGGAGAACCGTGGATCACCAGCTGGGTTGATCGCTCTGCCAATGCCATTGGTTTGAGTCTGTATAACTTCCTCAACATCCTCAATATTAATCAGATTTGGTTGTACGGTCGCAGT > W3110S.gb/2682394‑2682532 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |