| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 2,860,149 | G→T | 10.2% | A22S (GCA→TCA) | ygbJ → | predicted dehydrogenase, with NAD(P)‑binding Rossmann‑fold domain |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 2,860,149 | 0 | G | T | 10.2% | 247.1 / 8.8 | 78 | A22S (GCA→TCA) | ygbJ | predicted dehydrogenase, with NAD(P)‑binding Rossmann‑fold domain |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (28/42); new base T (6/2); total (34/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.27e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.89e-01 | |||||||||||
AGAGCAGATGAAAACGGGATCTGAGTTTCATGTCGGTATCGTTGGCTTAGGGTCAATGGGAATGGGAGCAGCACTGTCATATGTCCGCGCAGGTCTTTCTACCTGGGGCGCAGACCTGAACAGCAATGCCTGCGCTAC > W3110S.gb/2860079‑2860216 | agagCAGATGAAAACGGGATCTGAGTTTCATGTCGGTATCGTTGGCTTAGGGTCAATGGGAATGGGagcag < 1:3322660/71‑1 (MQ=255) gagCAGATGAAAACGGGATCTGAGTTTCATGTCGGTATCGTTGGCTTAGGGTCAATGGGAATGGGagcagc < 1:438439/71‑1 (MQ=255) gCAGATGAAAACGGGATCTGAGTTTCATGTCGGTATCGTTGGCTTAGGGTCAATGGGAATGGGAGCAGCAc > 1:382430/1‑71 (MQ=255) gATGAAAACGGGATCTGAGTTTCATGTCGGTATCGTTGGCTTAGGGTCAATGGGAATGGGAGCATCACTGt < 1:599364/71‑1 (MQ=255) tGAAAACGGGATCTGAGTTTCATGTCGGTATCGTTGGCTCAGGGTCAATGGGAATGGGAGCAGCACTGTc < 1:3024830/70‑1 (MQ=255) tGAAAACGGGATCTGAGTTTCATGTCGGTATCGTTGGCTCAGGGTCAATGGGAATGGGAGCAGCACTGTc < 1:3019458/70‑1 (MQ=255) gAAAACGGGATCTGAGTTTCATGTCGGTATCGTTGGCTTAGGGTCAATGGGAATGGGAGCAGCACTGTCa > 1:2662983/1‑70 (MQ=255) aaaaCGGGATCTGAGTTTCATGTCGGTATCGTTGGCTTAGGGTCAATGGGAATGGGAGCAGCACTg < 1:3941501/66‑1 (MQ=255) aaaaCGGGATCTGAGTTTCATGTCGGTATCGTTGGCTTAGGGTCAATGGGAATGGGAGCAGCACTg < 1:4456012/66‑1 (MQ=255) aaaaCGGGATCTGAGTTTCATGTCGGTATCGTTGGCTTAGGGTCAATGGGAATGGGAGCAGCACTGTCata > 1:2747099/1‑71 (MQ=255) aaaCGGGATCTGAGTTTCATGTCGGTATCGTTGGCTTAGGGTCAATGGGAATGGGAGCAGCACTGTCatat < 1:4024290/71‑1 (MQ=255) aaCGGGATCTGAGTTTCATGTCGGTATCGTTGGCTTAGGGTCAATGGGAATGGGAGCAGCACTGTCATATg > 1:3366610/1‑71 (MQ=255) cGGGATCTGAGTTTCATGTCGGTATCGTTGGCTTAGGGTCAATGGGAATGGGAGCATCACTGTCa > 1:3780102/1‑65 (MQ=255) cGGGATCTGAGTTTCATGTCGGTATCGTTGGCTTAGGGTCAATGGGAATGGGAGCATCACTGTCa > 1:1685156/1‑65 (MQ=255) cGGGATCTGAGTTTCATGTCGGTATCGTTGGCTTAGGGTCAATGGGAATGGGAGCATCACTGTCa > 1:2449906/1‑65 (MQ=255) aTCTGAGTTTCATGTCGGTATCGTTGGCTTAGGGTCAATGGGAATGGGAGCAGCACTGt < 1:1231010/59‑1 (MQ=255) aTCTGAGTTTCATGTCGGTATCGTTGGCTTAGGGTCAATGGGAATGGGAGCAGCACTGt < 1:233641/59‑1 (MQ=255) tCTGAGTTTCATGTCGGTATCGTTGGCTTAGGGTCAATGGGAATGGGAGCAGCACTGTCATATGTCcg > 1:1826064/1‑68 (MQ=255) cTGAGTTTCATGTCGGTATCGTTGGCTTAGGGTCAATGGGAATGGGAGCAGCACTGTCATATGTCcgcg > 1:3023022/1‑69 (MQ=255) cTGAGTTTCATGTCGGTATCGTTGGCTTAGGGTCAATGGGAATGGGAGCAGCACTGTCATATGTCcgcg > 1:2629979/1‑69 (MQ=255) gAGTTTCATGTCGGTATCGTTGGCTTAGGGTCAATGGGAATGGGAGCAGCACTGTCATATGTCCGCGCAg > 1:3774799/1‑70 (MQ=255) aGTTTCATGTCGGTATCGTTGGCTTAGGGTCAATGGGAATGGGagcag > 1:2332197/1‑48 (MQ=255) aGTTTCATGTCGGTATCGTTGGCTTAGGGTCAATGGGAATGGGAGCAGCACTGTCATTTGTCCgcgc < 1:154765/67‑1 (MQ=255) aGTTTCATGTCGGTATCGTTGGCTTAGGGTCAATGGGAATGGGAGCAGCACTGTCATATGTCCgcgc < 1:887119/67‑1 (MQ=255) aGTTTCATGTCGGTATCGTTGGCTTAGGGTCAATGGGAATGGGAGCAGCACTGTCATATGTCCgcgc < 1:1404821/67‑1 (MQ=255) aGTTTCATGTCGGTATCGTTGGCTTAGGGTCAATGGGAATGGGAGCAGCACTGTCATATGTCCgcgc < 1:4640292/67‑1 (MQ=255) aGTTTCATGTCGGTATCGTTGGCTTAGGGTCAATGGGAATGGGAGCAGCACTGTCATATGTCCgcgc < 1:791381/67‑1 (MQ=255) aGTTTCATGTCGGTATCGTTGGCTTAGGGTCAATGGGAATGGGAGCAGCACTGTCATATGTCCGCGCAGGt < 1:1603304/71‑1 (MQ=255) gTTTCATGTCGGTATCGTTGGCTTAGGGTCAATGGGAATGGGAGCAGCACTGTCATATGTCCGCGCAGGTc > 1:2777110/1‑71 (MQ=255) gTTTCATGTCGGTATCGTTGGCTTAGGGTCAATGGGAATGGGAGCAGCACTGTCATATGTCCGCGCAGGTc > 1:4347677/1‑71 (MQ=255) tttCATGTCGGTATCGTTGGCTTAGGGTCAATGGGAATGGGAGCAGCACTGTCa < 1:2298762/54‑1 (MQ=255) tttCATGTCGGTATCGTTGGCTTAGGGTCAATGGGAATGGGAGCAGCACTGTCATATGTCCGCGCAGGTCt < 1:4217267/71‑1 (MQ=255) tttCATGTCGGTATCGTTGGCTTAGGGTCAATGGGAATGGGAGCAGCACTGTCATATGTCCGCGCAGGTCt < 1:2592391/71‑1 (MQ=255) ttCATGTCGGTATCGTTGGCTTAGGGTCAATGGGAATGGGAGCATCACTGTCa > 1:2414577/1‑53 (MQ=255) tCATGTCGGTATCGTTGGCTTAGGGTCAATGGGAATGGGAGCAGCACTGTCATATGTCCGCGCAGGTCtt < 1:951275/70‑1 (MQ=255) aTGTCGGTATCGTTGGCTTAGGGTCAATGGGAATGGGAGCAGCACTGTCATATGTCCGCGCAGGTCTTTCt < 1:4013171/71‑1 (MQ=255) aTGTCGGTATCGTTGGCTTAGGGTCAATGGGAATGGGAGCAGCACTGTCATATGTCCGCGCAGGTCTTTCt < 1:980267/71‑1 (MQ=255) aTGTCGGTATCGTTGGCTTAGGGTCAATGGGAATGGGAGCAGCACTCTCATATGTCCGCGCAGGTCTTTc < 1:541851/70‑1 (MQ=255) tGTCGGTATCGTTGGCTTAGGGTCAATGGGAATGGGAGCATCAc < 1:2211512/44‑1 (MQ=255) tCGGTATCGTTGGCTTAGGGTCAATGGGAATGGGAGCAGCACTGTCa < 1:1030127/47‑1 (MQ=255) cGGTATCGTTGGCTTAGGGTCAATGGGAATGGGAGCAGCAc > 1:79800/1‑41 (MQ=255) cGGTATCGTTGGCTTAGGGTCAATGGGAATGGGAGCAGCAc > 1:1377275/1‑41 (MQ=255) ggTATCGTTGGCTTAGGGTCAATGGGAATGGGAGCAGCACTGTCATATGTCCGCGCAGGTCt < 1:4535010/62‑1 (MQ=255) ggTATCGTTGGCTTAGGGTCAATGGGAATGGGAGCAGCACTGTCATATGTCCGCGCAGGTCTTTCTACCTg < 1:2919572/71‑1 (MQ=255) tttCGTTGGCTTAGGGTCAATGGGAATGGGAGCAGCACTGTCATATGTCCGCGCAGGTCt < 1:4095913/58‑1 (MQ=255) tCGTTGGCTTAGGGTCAATGGGAATGGGAGCAGCACTGTCATATGTCCGCGCAGGTCt < 1:4406768/58‑1 (MQ=255) tCGTTGGCTTAGGGTCAATGGGAATGGGAGCAGCACTGTCATATGTCCGCGCAGGTCTTTCt < 1:1092677/62‑1 (MQ=255) gTTGGCTTAGGGTCAATGGGAATGGGAGCAGCACTGTCATATGTCCGCGCAGGTCttt > 1:1147502/1‑58 (MQ=255) gTTGGCTTAGGGTCAATGGGAATGGGAGCAGCACTGTCATATGTCCGCGCAGGTCTTTCTACCTGGGgcg < 1:738466/70‑1 (MQ=255) gTTGGCTTAGGGTCAATGGGAATGGGAGCAGCACTGTCATATGTCCGCGCAGGTCTTTCTACCTGGGgcg < 1:393176/70‑1 (MQ=255) ttGGCTTAGGGTCAATGGGAATGGGAGCAGCACTGTCATATGTTCGCGCAGGTCTTTCTACCTGGGGCGCa < 1:695710/71‑1 (MQ=255) ggCTTAGGGTCAATGGGAATGGGAGCAGCACTGTCATATGTCCGCGCAGGTCTTTCTACCTGGGGCGCAg < 1:3548045/70‑1 (MQ=255) ggCTTAGGGTCAATGGGAATGGGAGCAGCACTGTCATATGTCCGCGCAGGTCTTTCTACCTGGGGCGCAGa > 1:663217/1‑71 (MQ=255) ggCTTAGGGTCAATGGGAATGGGAGCAGCACTGTCATATGTCCGCGCAGGTCTTTCTACCTGGGGCGCAGa > 1:3866647/1‑71 (MQ=255) cTTAGGGTCAATGGGAATGGGAGCAGCACTGTCATATGTCCGCGCAGGTCTTTCTAc < 1:665275/57‑1 (MQ=255) aGGGTCAATGGGAATGGGAGCATCACTGTCATATGTCCGCGCAGGTCTTTCTACCTGGGGCGCa > 1:3058154/1‑64 (MQ=255) aGGGTCAATGGGAATGGGAGCAGCACTGTCATATGTCCGCGCAGGTCttt > 1:1244446/1‑50 (MQ=255) gggTCAATGGGAATGGGAGCAGCACTGTCATATGTCCGCGCAGGTCTTTCTACCTGGGGCGCAGACCTGa < 1:960798/70‑1 (MQ=255) ggTCAATGGGAATGGGAGCAGCACTGTCACATGTCcgc < 1:3901526/38‑1 (MQ=255) tCAATGGGAATGGGAGCATCACTGTCATATGTCCGCGCAGGt > 1:3967518/1‑42 (MQ=255) tCAATGGGAATGGGAGCAGCACTGTCATATGTCCGCGCAGGTCTTTCt < 1:4212940/48‑1 (MQ=255) aatgggaatgggAGCAGCACTGTCATATGTCCGCGCAgg > 1:3507170/1‑39 (MQ=255) aatgggaatgggAGCAGCACTGTCATATGTCCGCGCAGGTCt < 1:2822127/42‑1 (MQ=255) aatgggaatgggAGCAGCACTGTCATATGTCCGCGCAGGTCTTTCTACCTGGGGCGCAGACCTGAACAGc < 1:1276436/70‑1 (MQ=255) aatgggaatgggAGCAGCACTGTCATATGTCCGCGCAGGTCTTTCTACCTGGGGCGCAGACCTGAACAGc < 1:3016486/70‑1 (MQ=255) aatgggaatgggAGCAGCACTGTCATATGTCCGCGCAGGTCTTTCTACCTGGGGCGCAGACCTGAACAGc > 1:4000285/1‑70 (MQ=255) tgggaatgggaGCAGCACTGTCATATGTCCGCGCa < 1:3222838/35‑1 (MQ=255) tgggaatgggaGCAGCACTGTCATATGTCCGCGCAGGTCTTTCTACCTGGGGCGCAGACCTGAACAGCaa < 1:4620310/70‑1 (MQ=255) gggaatgggaGCAGCACTGTCATATGTCCGCGCAGGTCTTTCTACCTggg < 1:4116161/50‑1 (MQ=255) gggaatgggaGCAGCACTGTCATATGTCCGCGCAGGTCTTTCTACCTggg < 1:1817537/50‑1 (MQ=255) ggaatgggaGCAGCACTGTCATATGTCCGCGCAGGTCt > 1:984721/1‑38 (MQ=255) ggaatgggaGCAGCACTGTCATATGTCCGCGCAGGTCTTTCTACCTGGGGCGCa > 1:269268/1‑54 (MQ=255) ggaatgggaGCAGCACTGTCATATGTCCGCGCAGGTCTTTCTACCTGGGGCGCa > 1:1649850/1‑54 (MQ=255) ggaatgggaGCAGCACTGTCATATGTCCGCGCAGGTCTTTCTACCTGGGGCGCAGAc > 1:2625028/1‑57 (MQ=255) ggaatgggaGCAGCACTGTCATATGTCCGCGAAGGTCTTTCt > 1:2360034/1‑42 (MQ=255) atgggaGCAGCACTGTCATATGTCCGCGCAGGTCTTTCTACCTGGGGCGCAGACCTGAACAGCAATGCCTg > 1:3490936/1‑71 (MQ=255) gggaGCAGCACTGTCATATGTCCGCGCAGGTCttt > 1:815107/1‑35 (MQ=255) gggaGCAGCACTGTCATATGTCCGCGCAGGTCTTTCTAcc < 1:2352252/40‑1 (MQ=255) ggaGCAGCACTGTCATATGTCCGCGCAGGTCTTTCTACCTGGGGCGCAGACCt > 1:1539743/1‑53 (MQ=255) ggaGCAGCACTGTCATATGTCCGCGCAGGTCTTTCTACCTGGGGCGCAGACCTGAACAGCAATGCCTgcgc > 1:4520648/1‑71 (MQ=255) ggaGCAGCACTGTCATATGTCCGCGCAGGTCTTTCTACCTGGGGCGCAGACCTGAACAGCAATGCCTgcgc > 1:404276/1‑71 (MQ=255) gcatcaCTGTCATATGTCCGCGCAGGTCTTTCTACCTGGGGCGCAGACCTGAACAGCAATGCCTGCGCTAc < 1:1781755/71‑1 (MQ=255) cagcaCTGTCATATGTCCGCGCAGGTCTTTCTACCTGGGGCGCAGAc > 1:40755/1‑47 (MQ=255) | AGAGCAGATGAAAACGGGATCTGAGTTTCATGTCGGTATCGTTGGCTTAGGGTCAATGGGAATGGGAGCAGCACTGTCATATGTCCGCGCAGGTCTTTCTACCTGGGGCGCAGACCTGAACAGCAATGCCTGCGCTAC > W3110S.gb/2860079‑2860216 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |