| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 2,989,682 | C→T | 16.0% | intergenic (+26/‑242) | ygeF → / → ygeG | hypothetical protein/predicted chaperone |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 2,989,682 | 0 | C | T | 16.0% | 123.8 / 15.0 | 50 | intergenic (+26/‑242) | ygeF/ygeG | hypothetical protein/predicted chaperone |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (26/16); new base T (4/4); total (30/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.97e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.27e-01 | |||||||||||
GACATTCTACCCTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGTGAATATTAGTAA > W3110S.gb/2989613‑2989751 | gACATTCTACCCTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATcc < 1:3244478/71‑1 (MQ=255) tCTACCCTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGt > 1:1544186/1‑70 (MQ=255) cccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGTCATa < 1:6096/70‑1 (MQ=255) ctcAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATAcaca < 1:4489045/69‑1 (MQ=255) cAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACAtt > 1:3610935/1‑69 (MQ=255) aaaaaTCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACAtt < 1:1399577/68‑1 (MQ=255) aaaaaTCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACAtt < 1:4052399/68‑1 (MQ=255) aaaaaTCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAg > 1:1770652/1‑71 (MQ=255) aaaaTCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAgg > 1:3799858/1‑71 (MQ=255) aaaTCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCAAGGTCATACACATTAAgg > 1:2850334/1‑70 (MQ=255) aaTCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCa < 1:4420683/71‑1 (MQ=255) cccTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGTCATACACATTAAGGCATTTa > 1:4443173/1‑71 (MQ=255) ttttAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGt > 1:2848574/1‑70 (MQ=255) tttAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGt < 1:66828/69‑1 (MQ=255) tttAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGt < 1:20429/69‑1 (MQ=255) ttAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATAcaca > 1:4027953/1‑53 (MQ=255) ttAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATAcaca > 1:1763727/1‑53 (MQ=255) tAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATa > 1:1751243/1‑48 (MQ=255) ttttCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGTCATACACATTAAGGCAtt < 1:3498660/59‑1 (MQ=255) tttCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCg > 1:4061323/1‑70 (MQ=255) tCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTaa > 1:1973469/1‑71 (MQ=255) cATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGTCATACACATTaa > 1:4517846/1‑49 (MQ=255) aTTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATaca < 1:2143214/42‑1 (MQ=255) tGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATAcaca > 1:402663/1‑42 (MQ=255) gAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATa > 1:2589409/1‑37 (MQ=255) gAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAAt > 1:4001408/1‑67 (MQ=255) aaaaaaTGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAAt > 1:1861816/1‑66 (MQ=255) aaaaaaTGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTa < 1:30501/68‑1 (MQ=255) aaaaaTGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGAt < 1:3090424/71‑1 (MQ=255) aaTGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAAt > 1:28465/1‑54 (MQ=255) aaTTGATACTATGAATTCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACtaataa < 1:3073304/71‑1 (MQ=255) ttGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGAt < 1:14419/60‑1 (MQ=255) gATACTATGAATTCAGGTCATACACATTAAGGCATTTa > 1:580912/1‑38 (MQ=255) gATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTa > 1:3349687/1‑38 (MQ=255) gATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGt > 1:2234656/1‑49 (MQ=255) gATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGt > 1:3789048/1‑70 (MQ=255) gATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGt > 1:4066292/1‑70 (MQ=255) aTACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGTGa < 1:361482/71‑1 (MQ=255) aCTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGTGaa > 1:2951438/1‑70 (MQ=255) cTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGt < 1:2457406/37‑1 (MQ=255) cTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGTGaa < 1:577458/69‑1 (MQ=255) tATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGt < 1:4098330/41‑1 (MQ=255) aTGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCTTAATTAAGATAACTAATAAGGTGAatat > 1:2106964/1‑70 (MQ=255) tGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGTGAatat > 1:3910941/1‑69 (MQ=255) tGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGTGAatat > 1:516292/1‑69 (MQ=255) tGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGTGAatat > 1:2737299/1‑69 (MQ=255) tGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGTGAATAtt < 1:1963432/70‑1 (MQ=255) aaTCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACtaataa > 1:3056234/1‑58 (MQ=255) aaTCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGTGAATATTAg > 1:2744390/1‑70 (MQ=255) tCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAg < 1:1161425/45‑1 (MQ=255) tCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGTGAATATTAGTaa < 1:1417207/71‑1 (MQ=255) | GACATTCTACCCTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGTGAATATTAGTAA > W3110S.gb/2989613‑2989751 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |