| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 3,019,020 | A→G | 16.6% | S402G (AGC→GGC) | ssnA → | predicted chlorohydrolase/aminohydrolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 3,019,020 | 0 | A | G | 16.6% | 171.7 / 26.3 | 72 | S402G (AGC→GGC) | ssnA | predicted chlorohydrolase/aminohydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (23/37); new base G (5/7); total (28/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CCGACGCCGCTGCTGGCAGACAATATCGCCGGGCATATCGCTTTCGGTATGGGCTCAGGCAGCGTTCACAGCGTGATGGTCAATGGTGTGATGGTCTATGAAGACCGTCAGTTTAACTTCGATTGCGATTCCATTTA > W3110S.gb/3018951‑3019087 | ccGACGCCGCTGCTGGCAGACAATATCGCCGGGCATATCGCTTTCGGTATGGGCTCAGGCAGCGTTCACAg < 1:1210279/71‑1 (MQ=255) cGACGCCGCTGCTGGCAGACAATATCGCCGGGCATATCGCTTTCGGTATGGGCTCAGGCAGCGTTCACAGc < 1:4446523/71‑1 (MQ=255) gACGCCGCTGCTGGCAGACAATATCGCCGGGCATATCGCTTTCGGTATGGGCTCAGGCAGCGTTCACAGCg > 1:3359653/1‑71 (MQ=255) aCGCCGCTGCTGGCAGACAATATCGCCGGGCATATCGCTTTCGGTATGGGCTCAGGCAGCGTTcaca < 1:1082200/67‑1 (MQ=255) cgccgcTGCTGGCAGACAATATCGCCGGGCATATCGCTTTCGGTATGGGCTCAGGCAGCGTTCACAGCGt < 1:3488801/70‑1 (MQ=255) ggCAGACAATATCGCCGGGCATATCGCTTTCGGTATGGGCTCAGGCAGCGTTCACAGCGTGATGGTCAATg > 1:4299578/1‑71 (MQ=255) aCAATATCGCCGGGCATATCGCTTTCGGTATGGGCTCAGGCAGCGTTCACAGCGTGATGGTCAATGgtgt < 1:4241199/70‑1 (MQ=255) tatCGCCGGGCATATCGCTTTCGGTATGGGCTCAGGCAGCGTTCACAGCGt > 1:781347/1‑51 (MQ=255) tCGCCGGGCATATCGCTTTCGGTATGGGCTCAGGCAGCGTTCACGGCGTGATGGTCAATGGTGTGATGGTc > 1:1456104/1‑71 (MQ=255) tCGCCGGGCATATCGCTTTCGGTATGGGCTCAGGCAGCGTTCACAGCGTGATGGTCAATGGTGTGATGGt < 1:1193825/70‑1 (MQ=255) cGGGCATATCGCTTTCGGTATGGGCTCAGGCAGCGTTCACAGCGTGATGGTCAAt < 1:700042/55‑1 (MQ=255) cGGGCATATCGCTTTCGGTATGGGCTCAGGCAGCGTTCACAGCGTGATGGTCAAt < 1:3921253/55‑1 (MQ=255) cGGGCATATCGCTTTCGGTATGGGCTCAGGCAGCGTTCACAGCGTGATGGTCAATGGTGTGATGGTCTATg < 1:2272542/71‑1 (MQ=255) cGGGCATATCGCTTTCGGTATGGGCTCAGGCAGCGTTCACAGCGTGATGGTCAATGGGGTGATGGTCTATg < 1:2422696/71‑1 (MQ=255) ggCATATCGCTTTCGGTATGGGCTCAGGCAGCGTTCACAGCGt < 1:2654405/43‑1 (MQ=255) ggCATATCGCTTTCGGTATGGGCTCAGGCAGCGTTCACAGCGTGATGGTCAATGGTGTGATGGTCTATGaa < 1:432181/71‑1 (MQ=255) gCATATCGCTTTCGGTATGGGCTCAGGCAGCGTTCACAGCGTGAGGGTCAATGGTGTGATGGTCTATGAAg < 1:417100/71‑1 (MQ=255) atatCGCTTTCGGTATGGGCTCAGGCAGCGTTCACAGCGTGa > 1:1721724/1‑42 (MQ=255) tatCGCTTTCGGTATGGGCTCAGGCAGCGTTCACGGCGTg < 1:2122645/40‑1 (MQ=255) tatCGCTTTCGGTATGGGCTCAGGCAGCGTTCACGGCGTGATGGTCAATGGTGTGa < 1:4357814/56‑1 (MQ=255) tatCGCTTTCGGTATGGGCTCAGGCAGCGTTCACAGCGTGATGGTCAATGGTGTGa < 1:1639894/56‑1 (MQ=255) tCGCTTTCGGTATGGGCTCAGGCAGCGTTCACAGCGt > 1:475199/1‑37 (MQ=255) tCGCTTTCGGTATGGGCTCAGGCAGCGTTCACAGCGTGAt > 1:928764/1‑40 (MQ=255) tCGCTTTCGGTATGGGCTCAGGCAGCGTTCACAGCGTGATGGTCaa > 1:1223775/1‑46 (MQ=255) tCGCTTTCGGTATGGGCTCAGGCAGCGTTCACAGCGTGATGGTCAATGgtgt < 1:385987/52‑1 (MQ=255) tCGCTTTCGGTATGGGCTCAGGCAGCGTTCACAGCGTGATGGTCAATGgtgt < 1:4064106/52‑1 (MQ=255) tCGCTTTCGGTATGGGCTCAGGCAGCGTTCACAGCGTGATGGTCAATGGTGTGATGGTCTATGAAGACCGt > 1:3251198/1‑71 (MQ=255) tCGCTTTCGGTATGGGCTCAGGCAGCGTTCACAGCGTGATGGTCAATGGTGTGATGGTCTATGAAGACCGt > 1:1711490/1‑71 (MQ=255) cGCTTTGGGTATGGGCTCAGGCAGCGTTCACAGCGTGATGGTCaa > 1:600558/1‑45 (MQ=255) cGCTTTCGGTATGGGCTCAGGCAGCGTTCACAGCGTGATGGTCAATGGTGTGATGGTCTATGAAGACCGt > 1:3153566/1‑70 (MQ=255) gCTTTCGGTATGGGCTCAGGCAGCGTTCACAGCGTGATGGTCa > 1:3357740/1‑43 (MQ=255) cTTTCGGTATGGGCTCAGGCAGCGTTCACAGCGTGa < 1:4432056/36‑1 (MQ=255) ttCGGTATGGGCTCAGGCAGCGTTCACAGCGTGATGGTCAATGGTGTGATGGTCTATGAAGACCGTCAGtt > 1:3626595/1‑71 (MQ=255) tCGGTATGGGCTCAGGCAGCGTTCACAGCGTGATGGt < 1:60092/37‑1 (MQ=255) tCGGTATGGGCTCAGGCAGCGTTCACAGCGTGATGGt < 1:1516205/37‑1 (MQ=255) tCGGTATGGGCTCAGGCAGCGTTCACAGCGTGATGGTCaa > 1:1834481/1‑40 (MQ=255) tCGGTATGGGCTCAGGCAGCGTTCACAGCGTGATGGTCAATGGTGTGATGGTCTATGAAGACCGTCAGt < 1:1812881/69‑1 (MQ=255) cGGTATGGGCTCAGGCAGCGTTCACAGCGTGATGGTCa > 1:2598912/1‑38 (MQ=255) cGGTATGGGCTCAGGCAGCGTTCACAGCGTGATGGTCAATGGTGTGATGGTCTATGAAGACCGTCAGttt < 1:15661/70‑1 (MQ=255) cGGTATGGGCTCAGGCAGCGTTAACAGCGTGATGGTCAATGGTGTGATGGTCTATGAAGACCGTCAGttt < 1:357664/70‑1 (MQ=255) gTATGGGCTCAGGCAGCGTTCACGGCGTGATGGTCAATGGTGTGATGGTCTATGAAGACCg < 1:48195/61‑1 (MQ=255) aTGGGCTCAGGCAGCGTTCACGGCGTGATGGTCAATGGTGTGATGGTCTATGAAGACCGTc > 1:15354/1‑61 (MQ=255) aTGGGCTCAGGCAGCGTTCACGGCGTGATGGTCAATGGTGTGATGGTCTATGAAGACCGTc > 1:3396644/1‑61 (MQ=255) aTGGGCTCAGGCAGCGTTCACAGCGTGATGGTCAATGGtgtg > 1:1313011/1‑42 (MQ=255) tGGGCTCAGGCAGCGTTCACGGCGTGATGGTCAATGGTGTGATGGTCTATg < 1:2404876/51‑1 (MQ=255) tGGGCTCAGGCAGCGTTCACGGCGTGATGGTCAATGGTGTGATGGTCTATg < 1:884751/51‑1 (MQ=255) tGGGCTCAGGCAGCGTTCACAGGGTGATGGTCAATGGTGTGATGGTCTATGAAGACCGTCAGTTTAACTTc < 1:3164585/71‑1 (MQ=255) tGGGCTCAGGCAGCGTTCACAGCGTGATGGTCAATGGTGTGATGGTCTATGAAg < 1:1281474/54‑1 (MQ=255) tGGGCTCAGGCAGCGTTCACAGCGTGATGGTCAATGGTGTGATGGTCTATGAAGACCGTCAGTTTAACTTc < 1:869332/71‑1 (MQ=255) tGGGCTCAGCCAGCGTTCACAGCGTGATGGTCAATGGTGTGATGGTCTATg < 1:4084762/51‑1 (MQ=255) ggCTCAGGCAGCGTTCACAGCGTGATGGTCAATGGTGTGAt > 1:3318302/1‑41 (MQ=255) ggCTCAGGCAGCGTTCACAGCGTGATGGTCAATGGTGTGATg < 1:768884/42‑1 (MQ=255) ggCTCAGGCAGCGTTCACAGCGTGATGGTCAATGGTGTGATg < 1:1153761/42‑1 (MQ=255) ggCTCAGGCAGCGTTCACAGCGTGATGGTCAATGGTGTGATGGTCTATGaa > 1:3043374/1‑51 (MQ=255) ggCTCAGGCAGCGTTCACAGCGTGATGGTCAATGGTGTGATGGTCTATGAAGACCGTCAGTTTAACTTCg < 1:318162/70‑1 (MQ=255) ggCTCAGGCAGCGTTCACAGCGTGATGGTCAATGGTGTGATGGTCTATGAAGACCGTCAGTTTAACTTCGa < 1:742873/71‑1 (MQ=255) gCTCAGGCAGCGTTCACAGCGTGATGGTCAATGGTGTGATGGTCTATg < 1:2408019/48‑1 (MQ=255) cTCAGGCAGCGTTCACAGCGTGATGGTCAATGGTGTGATGGTCTATGAAGACCGTCAGTTTAACTTCGAt > 1:90490/1‑70 (MQ=255) cAGGCAGCGTTCACAGCGTGATGGTCAATGGTGTGATGGTCTATGAAGACCGTCAGttt < 1:4027918/59‑1 (MQ=255) ggCAGCGTTCACGGCGTGATGGTCAATGGTGTGATGGTCTATGAAGACCGTCAGTTTAACTTCGATTGCGa < 1:42606/71‑1 (MQ=255) ggCAGCGTTCACAGCGTGATGGTCAATGGTGTGATGGTCTATGAAGACCGTCAGTTTAACTTCGATTGCGa < 1:2992208/71‑1 (MQ=255) aGCGTTCACGGCGTGATGGTCAATGGTGTGATGGTCTATg > 1:2265686/1‑40 (MQ=255) aGCGTTCACGGCGTGATGGTCAATGGTGTGATGGTCTATg > 1:3499308/1‑40 (MQ=255) aGCGTTCACAGCGTGATGGTCAATGGTGTGATGGTCTATGAAGACCGTCAGTTTAACTTCGATTg > 1:4523507/1‑65 (MQ=255) gCGTTCACAGCGTGATGGTCAATGGTGTGATGGTCTATg < 1:2416369/39‑1 (MQ=255) gCGTTCACAGCGTGATGGTCAATGGTGTGATGGTCTATg < 1:2421778/39‑1 (MQ=255) gCGTTCACAGCGTGATGGTCAATGGTGTGATGGTCTATTAAGACCGTCAGTTTAACTTc < 1:2817027/59‑1 (MQ=255) gCGTTCACAGCGTGATGGTCAATGGTGTGATGGTCTATGAAg < 1:3345753/42‑1 (MQ=255) gTTCACAGCGTGATGGTCAATGGTGTGATGGTCTATGaa > 1:884959/1‑39 (MQ=255) gTTCACAGCGTGATGGTCAATGGTGTGATGGTCTATGaa > 1:75162/1‑39 (MQ=255) gTTCACAGCGTGATGGTCAATGGTGTGATGGTCTATGAAGAc > 1:428768/1‑42 (MQ=255) ttCACGGCGTGATGGTCAATGGTGTGATGGTCTATGAAGACCGTCAGttt < 1:258297/50‑1 (MQ=255) ttCACAGCGTGATGGTCAATGGTGTGATGGTCTATGAAGACCGt < 1:462731/44‑1 (MQ=255) cacgGCGTGATGGTCAATGGTGTGATGGTCTATGaa > 1:620233/1‑36 (MQ=255) cacgGCGTGATGGTCAATGGTGTGATGGTCTATGaa > 1:1351773/1‑36 (MQ=255) cacaGCGTGATGGTCAATGGTGTGATGGTCTATGaa > 1:1333170/1‑36 (MQ=255) cacaGCGTGATGGTCAATGGTGTGATGGTCTATGaa > 1:4517355/1‑36 (MQ=255) cacaGCGTGATGGTCAATGGTGTGATGGTCTATGAAGACCGTCa > 1:3243638/1‑44 (MQ=255) cacaGCGTGATGGTCAATGGTGTGATGGTCTATGAAGACCGTCAGtt < 1:3047087/47‑1 (MQ=255) cacaGCGTGATGGTCAATGGTGTGATGGTCTATGAAGACCGTCAGTTTAACTTCg > 1:4383038/1‑55 (MQ=255) cacaGCGTGATGGTCAATGGTGTGATGGTCTATGAAGACCGTCAGTTTAACTTCGATTGCGATTCCAttt > 1:4559962/1‑70 (MQ=255) cacaGCGTGATGGTCAATGGTGTGATGGTCTATGAAGACCGTCAGTTTAACTTCGATTGCGATTCCATTTa > 1:2440855/1‑71 (MQ=255) acaGCGTGATGGTCAATGGTGTGATGGTCTATGAAGACCGTCAGttt < 1:4140309/47‑1 (MQ=255) acaGCGTGATGGTCAATGGTGTGATGGTCTATGAAGACCGTCAGttt > 1:4424798/1‑47 (MQ=255) aGCGTGATGGTCAATGGTGTGATGGTCTATGAAGACCGTCAGTTTaa > 1:1417677/1‑47 (MQ=255) aGCGTGATGGTCAATGGTGTGATGGTCTATGAAGACCGTCAGTTTaa > 1:511047/1‑47 (MQ=255) | CCGACGCCGCTGCTGGCAGACAATATCGCCGGGCATATCGCTTTCGGTATGGGCTCAGGCAGCGTTCACAGCGTGATGGTCAATGGTGTGATGGTCTATGAAGACCGTCAGTTTAACTTCGATTGCGATTCCATTTA > W3110S.gb/3018951‑3019087 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |