| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 3,285,124 | C→T | 8.3% | G195G (GGC→GGT) | agaC → | N‑acetylgalactosamine‑specific enzyme IIC component of PTS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 3,285,124 | 0 | C | T | 8.3% | 263.1 / 10.3 | 84 | G195G (GGC→GGT) | agaC | N‑acetylgalactosamine‑specific enzyme IIC component of PTS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (43/34); new base T (4/3); total (47/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.32e-01 | |||||||||||
AGCGATGCCCGCCTGGCTGACCCACGGCTTTGAAGTGGCTGGCGGTATTCTGCCTGCCGTTGGTTTTGGCTTGCTGCTGCGCGTAATGTTCAAAGCGCAATATATCCCTTACCTGATCGCCGGTTTCCTGTTTGTTTG > W3110S.gb/3285055‑3285192 | aGCGATGCCCGCCTGGCTGACCCACGGCTTTGAGGTGGCTGGCGGTATTCTGCCTGCCGTTGGTTTTGGCt > 1:1891188/1‑71 (MQ=255) gATGCCCGCCTGGCTGACCCACGGCTTTGAAGTGGCTGGCGGTATTCTGCCTGCCGTTGGTTTTGGCTtgc < 1:1539143/71‑1 (MQ=255) aTGCCCGCCTGGCTGACCCACGGCTTTGAAGTGGCTGGCGGTATTCTGCCTGCCGTTGGTTTTGGCTtgct < 1:1100951/71‑1 (MQ=255) aTGCCCGCCTGGCTGACCCACGGCTTTGAAGTGGCTGGCGGTATTCTGCCTGCCGTTGGTTTTGGCTtgct < 1:1221775/71‑1 (MQ=255) cTGACCCACGGCTTTGAAGTGGCTGGCGGTATTCTGCCTGCCGTTGGTTTTGGCTTGCTGCTGCGCGTAAt > 1:571423/1‑71 (MQ=255) tGACCCACGGCTTTGAAGTGGCTGGCGGTATTCTGCCTGCCGTTGGTTTTGGCTtgct > 1:1984157/1‑58 (MQ=255) cACGGCTTTGAAGTGGCTGGCGGTATTCTGCCTGCCGTTGGTTTTGGCTTGCTGCTGCGCGTAATGTTCa > 1:1154225/1‑70 (MQ=255) aCGGCTTTGAAGTGGCTGGCGGTATTCTGCCTGCCGTTGGTTTTGGCTTGCTGCTGCGCGTAATGTTCa > 1:1556962/1‑69 (MQ=255) cGGCTTTGAAGTGGCTGGCGGTATTCTGCCTGCCGTTGGTTTTGGCTTGCTGCTGCGCGTAATGTTCa < 1:477636/68‑1 (MQ=255) gCTTTCAAGTGGCTGGCGGTATTCTGCCTGCCGTTGGTTTTGGCTTGCTGCTGCGCGTAATGTTCAAAgcg > 1:1528268/1‑71 (MQ=255) cTTTGAAGTGGCTGGCGGTATTCTGCCTGCCGTTGGTTTTGGCTTGCTGCTGCGCGTAATGTTCAAAgcgc < 1:3239109/71‑1 (MQ=255) tttGAAGTGGCTGGCGGTATTCTGCCTGCCGTTGGTTTTGGCt < 1:278155/43‑1 (MQ=255) tttGAAGTGGCTGGCGGTATTCTGCCTGCCGTTGGTTTTGGCTTGCTGCTGCGCGTAATGTTc < 1:1650059/63‑1 (MQ=255) tttGAAGTGGCTGGCGGTATTCTGCCTGCCGTTGGTTTTGGCTTGCTGCTGCGCGTAATGTTCAAAgcgc > 1:1985272/1‑70 (MQ=255) ttGAAGTGGCTGGCGGTATTCTGCCTGCCGTTGGTTTTGGCTTGCTGCTgcgc > 1:532423/1‑53 (MQ=255) ttGAAGTGGCTGGCGGTATTCTGCCTGCCGTTGGTTTTGGCTTGCTGCTGCGCGTAATGTTCAAAGCGCaa > 1:2601410/1‑71 (MQ=255) ttGAAGTGGCTGGCGGTATTCTGCCTGCCGTTGGTTTTGGCTTGCTGCTGCGCGTAATGTTCAAAGCGCaa > 1:2519059/1‑71 (MQ=255) tGAAGTGGCTGGCGGTATTCTGCCTGCCGTTGGTTTTGGCTTGCTGCTGCGCGTAATGTTCAAAGCGCa < 1:1973638/69‑1 (MQ=255) gAAGTGGCTGGCGGTATTCTGCCTGCCGTTGGTTTTGGCTTGCTGCTGCGCGTAATGTTCAAAGCGCAat < 1:2195921/70‑1 (MQ=255) tggctggcGGTATTCTGCCTGCCGTTGGTTTTGGCTTGCTGCTGCGCGTAATGTTCAAAGCGCAATATATc < 1:933464/71‑1 (MQ=255) tggctggcGGTATTCTGCCTGCCGTTGGTTTTGGCTTGCTGCTGCGCGTAATGTTCAAAGCGCAATATATc > 1:1590392/1‑71 (MQ=255) tggctggcGGTATTCTGCCTGCCGTTGGTTTTGGCTTGCTGCTGCGCGTAATGTTCAAAGCGCAATATATc < 1:2255403/71‑1 (MQ=255) ggctggcGGTATTCTGCCTGCCGTTGGTTTTGGCTTGCTGCTGCGCGt < 1:4096120/48‑1 (MQ=255) gctggcGGTATTCTGCCTGCCGTTGGTTTTGGCTTGCTGCTGCGCGTaa > 1:3149412/1‑49 (MQ=255) gctggcGGTATTCTGCCTGCCGTTGGTTTTGGCTTGCTGCTGCGCGTAATGTTCAAAGCGCAATATATccc > 1:2935919/1‑71 (MQ=255) gctggcGGTATTCTGCCTGCCGTTGGTTTTGGCTTGCTGCTGCGCGTAATGTTCAAAGCGCAATATATccc > 1:2941287/1‑71 (MQ=255) ggcGGTATTCTGCCTGCCGTTGGTTTTGGCTTGCTGCTGCGCGTAATGTTCAAAgc > 1:2555365/1‑56 (MQ=255) ggTATTCTGCCTGCCGTTGGTTTTGGCTTGCTGCTGCGCGTAATGTTCAAAGCGCAat < 1:821696/58‑1 (MQ=255) cgTATTCTGCCTGCCGTTGGTTTTGGCTTGCTGCTGCGCGTAATGTTCAAAGCGCAat < 1:854305/57‑1 (MQ=255) tATTCTGCCTGCCGTTGGTTTTGGCTTGCTGCTGCGCGTAATGTTCAAAGCGCAata > 1:1088583/1‑57 (MQ=255) tATTCTGCCTGCCGTTGGTTTTGGCTTGCTGCTGCGCGTAATGTTCAAAGCGCAATATATCCCtt < 1:3612063/65‑1 (MQ=255) aTTCTGCCTGCCGTTGGTTTTGGCTTGCTGCTGCGCGTAATGTTCAAAGCGCAATATATCCCTTACCTGAt > 1:11503/1‑71 (MQ=255) aTTCTGCCTGCCGTTGGTTTTGGCTTGCTGCTGCGCGTAATGTTCAAAGCGCAATATATCCCTTACCTGAt > 1:2475288/1‑71 (MQ=255) aTTCTGCCTGCCGTTGGTTTTGGCTTGCTGCTGCGCGTAATGTTCAAAGCGCAATATATCCCTTACCTGAt > 1:3460925/1‑71 (MQ=255) ttCTGCCTGCCGTTGGTTTTGGCTTGCTGCTGCGCGTAATga > 1:4153413/1‑41 (MQ=255) ttCTGCCTGCCGTTGGTTTTGGCTTGCTGCTGCGCGTAATGTTCAAAgcgc < 1:1066537/51‑1 (MQ=255) ttCTGCCTGCCGTTGGTTTTGGCTTGCTGCTGCGCGTAATGTTCAAAGCGCaa < 1:355336/53‑1 (MQ=255) ttCTGCCTGCCGTTGGTTTTGGCTTGCTGCTGCGCGTAATGTTCAAAGCGCaa < 1:1800982/53‑1 (MQ=255) ttCTGCCTGCCGTTGGTTTTGGCTTGCTGCTGCGCGTAATGTTCAAAGCGCaa < 1:4561825/53‑1 (MQ=255) ttCTGCCTGCCGTTGGTTTTGGCTTGCTGCTGCGCGTAATGTTCAAAGCGCAatat < 1:2127284/56‑1 (MQ=255) ttCTGCCCGCCGTTGGTTTTGGCTTGCTGCTGCGCGTAATGTTCAAAGCGCAatata < 1:266683/57‑1 (MQ=255) tCTGCCTGCCGTTGGTTTTGGCTTGCTGCTGCGCGTAATGTTCAAAGCGCAata < 1:3205263/54‑1 (MQ=255) tCTGCCTGCCGTTGGTTTTGGCTTGCTGCTGCGCGTAATGTTCAAAGCGCAata < 1:2840138/54‑1 (MQ=255) ctgcctgcCGTTGGTTTTGGCTTGCTGCTGCGCGTAATGTTCAAAGCGCaa > 1:1038625/1‑51 (MQ=255) ctgcctgcCGTTGGTTTTGGCTTGCTGCTGCGCGTAATGTTCAAAGCGCAATATATCCCTTACCTGATCGc > 1:2907341/1‑71 (MQ=255) ctgcctgcCGTTGGTTTTGGCTTGCTGCTGCGCGTAATGTTCAAAGCGCAATATATCCCTTACCTGATCGc > 1:1353363/1‑71 (MQ=255) ctgcctgcCGTTGGTTTTGGCATGCAGCTGCGCGTAATGTTCAAAGCGCAATATATCCCTTACCTGATCGc > 1:2584938/1‑71 (MQ=255) tgcctgccGTTGGTTTTGGCTTGCTGCTGCGCGTAATg > 1:2775052/1‑38 (MQ=255) tgcctgccGTTGGTTTTGGCTTGCTGCTGCGCGTAATGTTCAAAGCGCAatata > 1:819227/1‑54 (MQ=255) tgcctgccGTTGGTTTTGGCTTGCTGCTGCGCGTAATGTTCAAAGCGCAATATATCCCTTACCTGATCGc > 1:779107/1‑70 (MQ=255) gcctgccGTTGGTTTTGGCTTGCTGCTGCGCGTAATGTTCAAAGCGCAATATATCCCTTACCTGATCGCCg > 1:3079366/1‑71 (MQ=255) cctgccGTTGGTTTTGGCTTGCTGCTGCGCGTAATGTTCAAAGCGCAatat > 1:932253/1‑51 (MQ=255) atccgtTGGTTTTGGTTTcggttgtgaaaagttttttggt < 1:1854272‑M1/38‑23 (MQ=255) gccGTTGGTTTTGGCTTGCTGCTGCGCGTAATGTTCAAAGCGCAATATATCCCTTACCTGATCGCCGGtt < 1:1487543/70‑1 (MQ=255) ccGTTGGTTTTGGTTTcggttgtgaaaagttttttggta > 1:3248023‑M1/1‑16 (MQ=255) ccGTTGGTTTTGGTTTcggttgtgaaaagttttttgg > 1:1992951‑M1/1‑16 (MQ=255) ccGTTGGTTTTGGTTTcggttgtgaaaagttttttgg < 1:3718929‑M1/37‑22 (MQ=255) cGTTGGTTTTGGTTTcggttgtgaaaagttttttggtatgat > 1:3673668‑M1/1‑15 (MQ=255) ttGGTTTTGGCTTGCTGCTGCGCGTAATGTTCAAAGCGCaa < 1:2187241/41‑1 (MQ=255) ttGGTTTTGGCTTGCTGCTGCGCGTAATGTTCAAAGCGCAata < 1:284911/43‑1 (MQ=255) ttGGTTTTGGCTTGCTGCTGCGCGTAATGTTCAAAGCGCAATATATCCCTTAc < 1:612552/53‑1 (MQ=255) ggTTTTGGTTTcggttgtgaaaagttttttggtatgatat > 1:3484221‑M1/1‑11 (MQ=255) ggTTTTGGTTTcggttgtgaaaagttttttggtatgat < 1:4034365‑M1/38‑28 (MQ=255) ggTTTTGGCTTGCTGCTGCGCGTAATGTTCAAAGCGCAatata > 1:3678862/1‑43 (MQ=255) ggTTTTGGCTTGCTGCTGCGCGTAATGTTCAAAGCGCAATATATCCCTTa > 1:1433768/1‑50 (MQ=255) ggTTTTGGCTTGCTGCTGCGCGTAATGTTCAAAGCGCAATATATCCCTTAc > 1:1463264/1‑51 (MQ=255) ggTTTTGGCTTGCTGCTGCGCGTAATGTTCAAAGCGCAATATATCCCTTACCTGATCGCCGGTTTCCtgtt > 1:3187012/1‑71 (MQ=255) gTTTTGGCTTGCTGCTGCGCGTAATGTTCAAAGCGCAATATATCCCTTACCTGATCGCCGGTTTCCtgtt < 1:96260/70‑1 (MQ=255) ttttGGCTTGCTGCTGCGCGTAATGTTCAAAgcgc < 1:2775067/35‑1 (MQ=255) ttttGGCTTGCTGCTGCGCGTAATGTTCAAAGCGCAATATATCCCTTACCTGATCGCCGGTTTCCtgtttg < 1:4112577/71‑1 (MQ=255) ttttGGCTTGCTGCTGCGCGTAATGTTCAAAGCGCAATATATCCCTTACCTGATCGCCGGTTTCCtgtttg < 1:917125/71‑1 (MQ=255) ttGGCTTGCTGCTGCGCGTAATGTTCAAAGCGCAatata > 1:3849876/1‑39 (MQ=255) ttGGCTTGCTGCTGCGCGTAATGTTCAAAGCGCAATATATCCCTTACCTGATCGCCGGTTTcc > 1:3902583/1‑63 (MQ=255) ttGGCTTGCTGCTGCGCGTAATGTTCAAAGCGCAATATATCCCTTACCTGATCGCCGGTTTCCtgtttgtt > 1:406248/1‑71 (MQ=255) ttGGCTTGCTGCTGCGCGTAATGTTCAAAGCGCAATATATCCCTTACCTGATCGCCGGTTTCCtgtttgtt > 1:2500614/1‑71 (MQ=255) ttGGCTTGCTGCTGCGCGTAATGTTCAAAGCGCAATATATCCCTTACCTGATCGCCGGTTTCCtgtttgtt > 1:3349989/1‑71 (MQ=255) ttGGCTTGCTGCTGCGCGTAATGTTCAAAGCGCAATATATCCCTTACCTGATCGCCGGTTTCCtgtttgtt > 1:3313636/1‑71 (MQ=255) ttGGCTTGCTGCTGCGCGTAATGTTCAAAGCGCAATATATCCCTTACCTGATCGCCGGTTTCCtgtttgtt > 1:3173384/1‑71 (MQ=255) ttGGCTTGCTGCTGCGCGTAATGTTCAAAGCGCAATATATCCCTTACCTGATCGCCGGTTTCCtgtttgt < 1:1853073/70‑1 (MQ=255) ttGGCTTGCTGCTGCGCGTAATGTTCAAAGCGCAATATATCCCTTACCTGATCGCCGGTTTCCtgtttgt < 1:2945341/70‑1 (MQ=255) ggCTTGCTGCTGCGCGTAATGTTCAAAGCGCAATATATCCCTTACCTGATCGCCGGTTTCCTGtttgtttg > 1:1859792/1‑71 (MQ=255) gCTTGCTGCTGCTCGTAATGTTCAAAGCTCAATATATCCCTTACCTGATCGCCGGTTTCCTgtttgttt < 1:2573174/69‑1 (MQ=255) gCTTGCTGCTGCGCGTAATGTTCAAAGCGCAATATATccc > 1:3697230/1‑40 (MQ=255) gCTTGCTGCTGCGCGTAATGTTCAAAGCGCAATATATccc > 1:631558/1‑40 (MQ=255) | AGCGATGCCCGCCTGGCTGACCCACGGCTTTGAAGTGGCTGGCGGTATTCTGCCTGCCGTTGGTTTTGGCTTGCTGCTGCGCGTAATGTTCAAAGCGCAATATATCCCTTACCTGATCGCCGGTTTCCTGTTTGTTTG > W3110S.gb/3285055‑3285192 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |