| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 3,359,906 | T→C | 28.8% | M285T (ATG→ACG) | gltD → | glutamate synthase, 4Fe‑4S protein, small subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 3,359,906 | 0 | T | C | 28.8% | 96.6 / 49.0 | 66 | M285T (ATG→ACG) | gltD | glutamate synthase, 4Fe‑4S protein, small subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (20/27); new base C (8/11); total (28/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CCGTTCCTCATCGCCAACACCAAACAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGCGACACTGCGATGGACTGCGTGCGTA > W3110S.gb/3359836‑3359965 | ccGTTCCTCATCGCCAACACCAAACAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCAt > 1:1038056/1‑71 (MQ=255) cGTTCCTCATCGCCAACACCAAACAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATg > 1:2271936/1‑71 (MQ=255) gTTCCTCATCGCCAACACCAAACAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATg < 1:2614029/70‑1 (MQ=255) tCATCGCCAACACCAAACAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCACGGaa < 1:4247388/68‑1 (MQ=255) cATCGCCAACACCAAACAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGc > 1:1176295/1‑70 (MQ=255) ccAACACCAAACAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAAcgc > 1:256508/1‑71 (MQ=255) cAACACCAAACAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAAcgcg < 1:1928044/71‑1 (MQ=255) acacCAAACAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCgtg < 1:4404987/71‑1 (MQ=255) acacCAAACAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCgtg < 1:943930/71‑1 (MQ=255) acacCAAACAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCgtg < 1:2375154/71‑1 (MQ=255) acacCAAACAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCACGGAAGGCAAACGCgtg < 1:2008556/71‑1 (MQ=255) cacCAAACAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCACGGAAg > 1:4210147/1‑59 (MQ=255) acaaaaCAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCaaa > 1:2990798/4‑63 (MQ=255) acCAAACAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCgtggt > 1:4214245/1‑71 (MQ=255) acCAAACAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCgtggt > 1:2305725/1‑71 (MQ=255) acCAAACAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTAGTCAGCACGGAAGGCAAACGCgtggt > 1:668858/1‑71 (MQ=255) ccAAACAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCACGGAAGGCAAACGCgtggtg > 1:4014540/1‑71 (MQ=255) aaaCAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGtggtgg < 1:317458/70‑1 (MQ=255) aCAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTcc < 1:2176280/71‑1 (MQ=255) cAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCt < 1:3545667/71‑1 (MQ=255) aGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCtt < 1:4006399/71‑1 (MQ=255) gTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAgg < 1:3957459/51‑1 (MQ=255) tAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGa > 1:146508/1‑46 (MQ=255) tAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGAAGAACCGTTCGTCAGCACGGaa > 1:1268793/1‑47 (MQ=255) aaTGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGc < 1:3774926/70‑1 (MQ=255) aaTGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGc < 1:3717020/70‑1 (MQ=255) tGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCa < 1:1657424/48‑1 (MQ=255) tGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCa < 1:372532/48‑1 (MQ=255) tGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCt > 1:71409/1‑64 (MQ=255) ggCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCa < 1:4549553/46‑1 (MQ=255) gCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGc > 1:999905/1‑71 (MQ=255) gCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGc < 1:4529076/71‑1 (MQ=255) tttGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGt < 1:3191985/66‑1 (MQ=255) tttGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGCGa > 1:3844414/1‑71 (MQ=255) tGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCACGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGCGa < 1:1709769/69‑1 (MQ=255) ggTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCACGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGc < 1:4164237/66‑1 (MQ=255) aaaCCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGCGACACTGc > 1:970443/1‑70 (MQ=255) ccGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGCGACACTGCGa > 1:3680530/1‑68 (MQ=255) ccGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGCGACACTGCGa > 1:1553173/1‑68 (MQ=255) ccGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGCGACACTGCGATg < 1:2836347/70‑1 (MQ=255) cgcgACGAACCGTTCGTCAGCACGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGCGACACTGCGATGGa > 1:196306/1‑71 (MQ=255) gcgACGAACCGTTCGTCATCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGCGACACTGCGATGGAc > 1:393283/1‑71 (MQ=255) gcgACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGCGACACTGCGATGGAc > 1:3832757/1‑71 (MQ=255) cgacgaACCGTTCGTCAGCACGGAAGGCAAACGCgtggt > 1:3853501/1‑39 (MQ=255) cgacgaACCGTTCGTCAGCACGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGCGACACTGCGATGGAc > 1:2194718/1‑70 (MQ=255) acgaACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGCGACACTGCGATGGACtgc < 1:3787093/71‑1 (MQ=255) gaACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGc < 1:1917874/45‑1 (MQ=255) gaACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGc < 1:82898/45‑1 (MQ=255) gaACCGTTCGTCAGCACGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGCGACACTGc < 1:4021197/59‑1 (MQ=255) gaACCGTTCGTCAGCACGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGCGACACTGc < 1:2640517/59‑1 (MQ=255) gaACCGTTCGTCAGCACGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGCGACACTGc < 1:2014167/59‑1 (MQ=255) aCCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGCGACACTGCGATGGACtgcgtgc > 1:4482060/1‑71 (MQ=255) aCCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGCGACACTGCGATGGACtgcgtgc > 1:3239664/1‑71 (MQ=255) aCCGTTCGTCAGCACGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGCGACACTGCGa > 1:606664/1‑59 (MQ=255) ccGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGCGa > 1:2768365/1‑50 (MQ=255) ccGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGCGACACTGCGATGGACtgcgtgcg > 1:1579626/1‑71 (MQ=255) gTTCGTCAGCACGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGCGACTCTGCGATGGACTGCGTGCGTa < 1:2907387/71‑1 (MQ=255) gTTCGTCAGCACGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGCGACACTGCGATGGACTGCGTGCGTa < 1:737639/71‑1 (MQ=255) cGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGCGac < 1:2278435/46‑1 (MQ=255) cGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGCGACACt > 1:1084726/1‑49 (MQ=255) gTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGCGACACTGCGATGGACtgcg < 1:4087412/61‑1 (MQ=255) gTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGCGACACTGCGATGGACtgcg < 1:284451/61‑1 (MQ=255) tCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGc < 1:1669338/35‑1 (MQ=255) tCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGCGACACTGCGATGGACtg < 1:665519/58‑1 (MQ=255) cAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGCGACACTGCGATGGACtg < 1:2864597/57‑1 (MQ=255) cAGCACGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGCGACACTGCGATg < 1:3396196/52‑1 (MQ=255) aGCACGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGCGACACTGCGATGGACTgcgtgcgt < 1:3801288/63‑1 (MQ=255) | CCGTTCCTCATCGCCAACACCAAACAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGCGACACTGCGATGGACTGCGTGCGTA > W3110S.gb/3359836‑3359965 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |