| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 3,404,628 | A→C | 12.4% | intergenic (+315/‑663) | yhdH → / → accB | predicted oxidoreductase, Zn‑dependent and NAD(P)‑binding/acetyl CoA carboxylase, BCCP subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 3,404,628 | 0 | A | C | 12.4% | 166.4 / 25.6 | 81 | intergenic (+315/‑663) | yhdH/accB | predicted oxidoreductase, Zn‑dependent and NAD(P)‑binding/acetyl CoA carboxylase, BCCP subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (42/29); new base C (5/5); total (47/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.35e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
CGCTACGCTTAGCCCCTTACTTATTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCAATCGGTTAATTTTGCGTGCTTTAGCATTCA > W3110S.gb/3404560‑3404695 | cgctacgctTAGCCCCTTACTTATTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAAtt < 1:1981176/71‑1 (MQ=255) cgctTAGCCCCTTACTTATTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAACTTAAt < 1:442675/69‑1 (MQ=255) aGCCCCTTACTTATTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCg < 1:740058/70‑1 (MQ=255) gCCCCTTACTTATTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGaa > 1:4498584/1‑71 (MQ=255) gCCCCTTACTTATTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGa < 1:2050685/70‑1 (MQ=255) ccTTACTTATTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACaaa < 1:994374/55‑1 (MQ=255) cttacttaTTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAACTTAATCACTCGAACCTa < 1:3901037/71‑1 (MQ=255) ttacttaTTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTa > 1:890535/1‑70 (MQ=255) acttaTTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAACTTAATCACTCGAACCTAtt > 1:1747581/1‑70 (MQ=255) cttaTTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTAttt > 1:637880/1‑70 (MQ=255) cttaTTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTAttt < 1:1783620/70‑1 (MQ=255) ttaTTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTAttt < 1:283200/69‑1 (MQ=255) aTTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTaa > 1:29058/1‑69 (MQ=255) aTTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTaa > 1:2583326/1‑69 (MQ=255) aTTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTa > 1:4353038/1‑68 (MQ=255) aTTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATg > 1:2698858/1‑71 (MQ=255) ttCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTaa > 1:4541314/1‑67 (MQ=255) tCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAAc > 1:384041/1‑58 (MQ=255) tCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCt < 1:2515701/70‑1 (MQ=255) cTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTg < 1:3579894/70‑1 (MQ=255) tACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAg < 1:4022512/68‑1 (MQ=255) aCCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCAtt > 1:2084803/1‑71 (MQ=255) aCCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCAtt > 1:2898155/1‑71 (MQ=255) aCCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCAtt > 1:2574290/1‑71 (MQ=255) ccATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATg > 1:1821901/1‑61 (MQ=255) aTGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAACTTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGt > 1:2684201/1‑70 (MQ=255) aTGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGaa > 1:1623766/1‑48 (MQ=255) aTGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTaa > 1:2082787/1‑57 (MQ=255) aTGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGt > 1:3958916/1‑70 (MQ=255) tGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAACTTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCa < 1:3690309/71‑1 (MQ=255) tGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTaa < 1:4583603/56‑1 (MQ=255) tGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTaa < 1:4347821/56‑1 (MQ=255) ggggTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAACTTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCa < 1:1026568/70‑1 (MQ=255) ggggTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTaa > 1:4009007/1‑55 (MQ=255) gggTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCAAt > 1:2397520/1‑71 (MQ=255) aataatCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTAtt > 1:713448/1‑46 (MQ=255) aataatCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTAt > 1:2709476/1‑45 (MQ=255) aataatCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATg < 1:4011734/51‑1 (MQ=255) aataatCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATg < 1:1270412/51‑1 (MQ=255) aataatCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCAt > 1:3911005/1‑59 (MQ=255) aataatCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCAt > 1:3429704/1‑59 (MQ=255) aataatCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCAATCGGt > 1:2749694/1‑70 (MQ=255) ataatCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTAttt < 1:2806982/46‑1 (MQ=255) taatCTGATTTTGTTTGACTACAACTTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCAATCGGTTaa > 1:1728382/1‑71 (MQ=255) atCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCAATCGGTTAAt < 1:2556144/70‑1 (MQ=255) atCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCAATCGGTTAAt < 1:97385/70‑1 (MQ=255) tCTGATTTTGTTTGACTACAACTTAATCACTCGAACCTCTTTAAt < 1:10879/45‑1 (MQ=38) tCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGc > 1:3662417/1‑47 (MQ=255) tCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGc > 1:1351920/1‑47 (MQ=255) tCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCAATCGGTTAAttt > 1:1346102/1‑71 (MQ=255) tCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCAATCGGTTAAtt > 1:1842920/1‑70 (MQ=255) tGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTaa > 1:2700166/1‑42 (MQ=255) tGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTc < 1:745864/56‑1 (MQ=255) gATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCAATCGGTTAATTTTGc > 1:4160931/1‑71 (MQ=255) gATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCAATCGGTTAATTTTGc > 1:832460/1‑71 (MQ=255) aTTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTa > 1:3211588/1‑35 (MQ=255) aTTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCAt > 1:3206063/1‑50 (MQ=255) aTTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCAATCGGTTAATTTTGCg > 1:3155275/1‑71 (MQ=255) aTTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCAATCGGTTAATTTTGCg > 1:1981101/1‑71 (MQ=255) aTTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTAGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCAATCGGTTAAtttt < 1:1426842/68‑1 (MQ=255) tttgtttgACTACAACTTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCa > 1:1561161/1‑47 (MQ=255) tttgtttgACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCAATCGGTTAATTTTGCGTg > 1:3647373/1‑71 (MQ=255) ttgtttgACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCa > 1:2213103/1‑46 (MQ=255) ttgtttgACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCa > 1:1945159/1‑46 (MQ=255) ttgtttgACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCAATCGGTTAATTTTGCGTg < 1:2402430/70‑1 (MQ=255) tgtttgACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAg < 1:2937760/43‑1 (MQ=255) gtttgACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCAATCGGTTAATTTTGCGTGCtt > 1:910672/1‑71 (MQ=255) tttgACTACAAATTAATCACTCGAACCTTTTTAATGCTGAGCATTGTCAATCGGTTAATTTTGCGTGCttt < 1:4537285/71‑1 (MQ=255) tttgACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTg < 1:4144613/46‑1 (MQ=255) ttgACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGc < 1:1242212/41‑1 (MQ=255) gACTACAACTTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCAATCGGTTAATTTTGCGTGCTTTAg > 1:2118735/1‑70 (MQ=255) gACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCAt > 1:2082131/1‑41 (MQ=255) gACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCAATCGGTTAATTTTGCGTGCTTTAg < 1:4189186/70‑1 (MQ=255) gACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCAATCGGTTAATTTTGCGTGCTTTAg < 1:802118/70‑1 (MQ=255) gACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCAATCGGTTAATTTTGCGTGCTTTAg < 1:3757489/70‑1 (MQ=255) aCTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCAATCGGTTAATTTTGCGTGCTTTAGCa < 1:3083564/71‑1 (MQ=255) aCTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGC‑‑AGCATTGTCAATCGGTTAATTTTGCGTGCTTTAGCAtt < 1:2574349/71‑1 (MQ=255) tACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAg < 1:2606961/35‑1 (MQ=255) aCAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCAATCGGTTAATTTTGCGTGCt > 1:4319350/1‑62 (MQ=255) cAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCa > 1:3791610/1‑35 (MQ=255) cAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCa > 1:3677376/1‑35 (MQ=255) cAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCAATCGGTTAATTTTGCGTGCTTTAGCAtt < 1:4629217/69‑1 (MQ=255) aaaTTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCAATCGGTTAATTTTGCGTGCTTTa < 1:1642660/63‑1 (MQ=255) aaaTTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCAATCGGTTAATTTTGCGTGCTTTAGCATTca > 1:1913043/1‑70 (MQ=255) | CGCTACGCTTAGCCCCTTACTTATTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCAATCGGTTAATTTTGCGTGCTTTAGCATTCA > W3110S.gb/3404560‑3404695 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |