| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 3,519,938 | A→G | 20.9% | E160E (GAA→GAG) | glpK → | glycerol kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 3,519,938 | 0 | A | G | 20.9% | 135.4 / 33.9 | 67 | E160E (GAA→GAG) | glpK | glycerol kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (25/28); new base G (3/11); total (28/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.28e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.69e-01 | |||||||||||
TTCTGGCACCAAAGTGAAGTGGATCCTCGACCATGTGGAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAATTGCTGTTTGGTACGGTTGATACGTGGCTTATCTGGAAAATGACTCAGGGCCGTGTCCATGTGACCGAT > W3110S.gb/3519869‑3520007 | ttCTGGCACCAAAGTGAAGTGGATCCTCGACCATGTGGAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAAt > 1:2570960/1‑71 (MQ=255) cTGGCACCAAAGTGAAGTGGATCCTCGACCATGTGGAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAATTg > 1:2919409/1‑71 (MQ=255) cAAAGTGAAGTGGATCCTCGACCATGTGGAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGaa > 1:2113015/1‑61 (MQ=255) cAAAGTGAAGTGGATCCTCGACCATGTGGAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAGTTGCTGTTTg > 1:481219/1‑71 (MQ=255) cAAAGTGAAGTGGATCCTCGACCATGTGGAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAATTGCTGTTTg > 1:1996542/1‑71 (MQ=255) cAAAGTGAAGTGGATCCTCGACCATGTGGAAGGCTCTAGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAGTTGCTGTTTg > 1:2479514/1‑71 (MQ=255) aaaGTGAAGTGGATCCTCGACCATGTGGAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGaa > 1:2937613/1‑60 (MQ=255) aaaGTGAAGTGGATCCTCGACCATGTGGAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGaa > 1:4384032/1‑60 (MQ=255) aaaGTGAAGTGGATCCTCGACCATGTGGAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAGTTGCTGttt > 1:2033313/1‑69 (MQ=255) aaaGTGAAGTGGATCCTCGACCATGTGGAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAGTTGCTGTTTgg < 1:4067696/71‑1 (MQ=255) aaaGTGAAGTGGATCCTCGACCATGTGGAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAGTTGCTGTTTgg < 1:3143695/71‑1 (MQ=255) aaaGTGAAGTGGATCCTCGACCATGTGGAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAAt > 1:1461894/1‑61 (MQ=255) aaaGTGAAGTGGATCCTCGACCATGTGGAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAAt > 1:4132593/1‑61 (MQ=255) aaaGTGAAGTGGATCCTCGACCATGTGGAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAATTGCTGTTTgg < 1:1339906/71‑1 (MQ=255) aaaGTGAAGTGGATCCTCGACCATGTGGAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAATTGCTGTTTgg < 1:2342016/71‑1 (MQ=255) aagtgaagtgGATCCTCGACCATGTGGAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAATTGCTGtt > 1:187050/1‑67 (MQ=255) tgaagtgGATCCTCGACCATGTGGAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAATTGCTGTTTGGTACg > 1:2546834/1‑71 (MQ=255) tgaagtgGATCCTCGACCATGTGGAAGGCTCTCGCGAGCGTGCAAGTCGTGGTGAAtt > 1:2179567/1‑58 (MQ=255) aagtgGATCCTCGACCATGTGGAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAATTGCTGTTTGGTACCGt > 1:677007/1‑71 (MQ=255) agtgGATCCTCGACCATGTGGAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAATTGCTGTTTGGTACGGtt < 1:2833674/71‑1 (MQ=255) gtgGATCCTCGACCATGTGGAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAGTTGCTGTTTGGTACGGTTg < 1:4255314/71‑1 (MQ=255) gATCCTCGACCATGTGGAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAATTGCTGTTTGGTACGGTTGAt < 1:2033955/70‑1 (MQ=255) cTCGACCATGTGGAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAGTTGCTGTTTGGTACGGTTGATACGt < 1:1736385/70‑1 (MQ=255) cTCGACCATGTGGAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAATTGCTGTTTGGTACGGtt < 1:2584985/63‑1 (MQ=255) gACCATGTGGAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAATTGCTGtt > 1:3964048/1‑50 (MQ=255) aCCATGTGGAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAGTTGCTGTTTGGTACGGTTGATACGTGGCtt < 1:3936220/71‑1 (MQ=255) aCCATGTGGAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAATTGCTGTTTGGTACGGTTGATACGTGGCtt < 1:83196/71‑1 (MQ=255) cATGTGGAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAATTGCTGTTTGGTACGGTTGATACGTGGCTTAt < 1:1013295/71‑1 (MQ=255) cATGTGGAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAATTGCTGTTTGGTACGGTTGATACGTGGCTTAt < 1:2459832/71‑1 (MQ=255) cATGTGGAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAATTGCTGTTTGGTACGGTTGATACGTGGCTTAt < 1:4610578/71‑1 (MQ=255) aTGTGGAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAATTGCTGTTTGGTAc < 1:4384277/52‑1 (MQ=255) aTGTGGAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAATTGCTGTTTGGTAc < 1:2954653/52‑1 (MQ=255) tgtgGAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAATTg < 1:2549902/40‑1 (MQ=255) tgtgGAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAATTGCTGTTTgg < 1:454520/48‑1 (MQ=255) tgtgGAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAATTGCTGTTTGGTACGGTTGATACg > 1:4369047/1‑61 (MQ=255) tgtgGAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAATTGCTGTTTGGTACGGTTGATACg > 1:795154/1‑61 (MQ=255) tgtgGAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAATTGCTGTTTGGTACGGTTGATACGTGGCTTATCt > 1:1159383/1‑71 (MQ=255) gtgGAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAATTGCTGTTTGGTACgg > 1:1738015/1‑52 (MQ=255) tgGAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAATTGCTGTTTGGTAc > 1:1345621/1‑49 (MQ=255) tgGAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAATTGCTGTTTGGTACGGTTGa < 1:1408839/55‑1 (MQ=255) gAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAGTTGCTGtt < 1:3734672/41‑1 (MQ=255) gAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAATTGCTGTTTGGTACGGTTGATACGt < 1:3233732/58‑1 (MQ=255) gAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAATTGCTGTTTGGTACGGTTGATACGt < 1:95587/58‑1 (MQ=255) aGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAATTGCTGTTTGGTACGGTTGATACGTgg > 1:3390969/1‑58 (MQ=255) ctcGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAATTGCTGTTTgg < 1:671494/37‑1 (MQ=255) ctcGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAATTGCTGTTTGGTACGGTTGATACGTGGCt < 1:2899738/55‑1 (MQ=255) tcGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAGTTGCTGTTTGGTACGGTTGATACGt < 1:39363/50‑1 (MQ=255) tcGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAGTTGCTGTTTGGTACGGTTGATACGt < 1:3136029/50‑1 (MQ=255) tcGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAATTGCTGTTTGGTACGGTTGa < 1:678487/45‑1 (MQ=255) tcGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAATTGCTGTTTGGTACGGTTGa < 1:672989/45‑1 (MQ=255) tcGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAATTGCTGTTTGGTACGGTTGATACGTGGCTTATCTGGAAAATGACt > 1:522525/1‑70 (MQ=255) gcgAGCGTGCACGTCGTGGTGAATTGCTGTTTGGTACgg > 1:962875/1‑39 (MQ=255) gcgAGCGTGCACGTCGTGGTGAATTGCTGTTTGGTACGGTTGATACGTGGCTTATCTGGAAAATGACTc < 1:3737287/69‑1 (MQ=255) gcgAGCGTGCACGTCGTGGTGAATTGCTGTTTGGTACGGTTGATACGTGGCTTATCTGGAAAATGACTCa < 1:2226146/70‑1 (MQ=255) gcgAGCGTGCACGTCGTGGTGAATTGCTGTTTGGTACGGTTGATACGTGGCTTATCTGGAAAATGACTCAg > 1:1279479/1‑71 (MQ=255) aGCGTGCACGTCGTGGTGAGTTGCTGTTTGGTACGGTTGATACGTGGCTTATCTGGAAAATGACTCAGGGc < 1:2632136/71‑1 (MQ=255) aGCGTGCACGTCGTGGTGAATTGCTGTTTGGTACGGTTGATACGTGGCTTATCTGGAAAATGACTCAGGGc > 1:4588972/1‑71 (MQ=255) gCACGTCGTGGTGAATTGCTGTTTGGTACGGTTGATACGTGGCTTATCTGGAAAATGACTCAGGGCCgtgt > 1:2452818/1‑71 (MQ=255) cACGTCGTGGTGAATTGCTGTTTGGTACGGTTGATACGTGGCTTATCTGGAAAATGAc < 1:646790/58‑1 (MQ=255) cACGTCGTGGTGAATTGATGTTTGGTACGGTTGATACGTGGCTTATCTGGAAAATGACTCAGGGCCGTGTc < 1:67037/71‑1 (MQ=255) cgtcgtGGTGAATTGCTGTTTGGTACGGTTGATACGTGGCTTATCTGGAAAATGACTc > 1:226588/1‑58 (MQ=255) gtcgtGGTGAATTGCTGTTTGGTACGGTTGATACGTGGCTTATCTGGAAAATGACTCAGGGCCGTGTCCAt > 1:2673022/1‑71 (MQ=255) gtcgtGGTGAATTGCTGTTTGGTACGGTTGATACGTGGCTTATCTGGAAAATGACTCAGGGCCGTGTCCAt > 1:1794829/1‑71 (MQ=255) cgtGGTGAATTGCTGTTTGGTACGGTTGATACGTGGCTTATCTGGAAAATGACTCAGGGCCGTGTCCAtgt > 1:1626010/1‑71 (MQ=255) tggtgAATTGCTGTTTGGTACGGTTGATACGTGGCTTATCTGGAAAATGACTCAGGGCCGTGTCCATGTGa < 1:783320/71‑1 (MQ=255) tgtgAATTGCTGTTTGGTACGGTTGATACGTGGCtt < 1:448646/35‑1 (MQ=255) gtgAATTGCTGTTTGGTACGGTTGATACGTGGCTTATCTGGAAAATGACTCAGGGCCGTGTCCATGTGAcc < 1:4211148/71‑1 (MQ=255) tgAGTTGCTGTTTGGTACGGTTGATACGTGGCTTATCTGGAAAATGACTCa < 1:4564413/51‑1 (MQ=255) tgAGTTGCTGTTTGGTACGGTTGATACGTGGCTTATCTGGAAAATGACTCa < 1:4176399/51‑1 (MQ=255) tgAATTGCTGTTTGGTACGGTTGATACGTGGCTTATCTGGAAAATGACTCAGGGCCGTGTCCATGTGAcc < 1:1524039/70‑1 (MQ=255) aaTTGCTGTTTGGTACGGTTGATACGTGGCTTATCTGGAAAATGACTCAGGGCCGTGTCCATGTGAcc < 1:1664506/68‑1 (MQ=255) aaTTGCTGTTTGGTACGGTTGATACGTGGCTTATCTGGAAAATGACTCAGGGCCGTGTCCATGTGACCGa < 1:4030915/70‑1 (MQ=255) aaTTGCTGTTTGGTACGGTTGATACGTGGCTTATCTGGAAAATGACTCAGGGCCGTGTCCATGTGACCGAt < 1:2546311/71‑1 (MQ=255) aTTGCTGTTTGGTACGGTTGATACGTGGCTTATCTGGaa < 1:2198956/39‑1 (MQ=255) aTTGCTGTTTGGTACGGTTGATACGTGGCTTATCTGGAAAATGACTCAGGGCGGTGTcc < 1:2551/59‑1 (MQ=255) aTTGCTGTTTGGTACGGTTGATACGTGGCTTATCTGGAAAATGACTCAGGGCCGTGTcc < 1:4014279/59‑1 (MQ=255) aTTGCTGTTTGGTACGGTTGATACGTGGCTTATCTGGAAAATGACTCAGGGCCGTGTCCATGTGACCGAt < 1:3920007/70‑1 (MQ=255) aTTGCTGTTTGGCACGGTTGATACGTGGCTTATCTGGaa < 1:1927429/39‑1 (MQ=255) | TTCTGGCACCAAAGTGAAGTGGATCCTCGACCATGTGGAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAATTGCTGTTTGGTACGGTTGATACGTGGCTTATCTGGAAAATGACTCAGGGCCGTGTCCATGTGACCGAT > W3110S.gb/3519869‑3520007 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |