Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | W3110S.gb | 236,107 | A→C | 93.7% | E14A (GAA→GCA) | dnaQ → | DNA polymerase III epsilon subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | W3110S.gb | 236,107 | 0 | A | C | 93.7% | 3382.0 / 88.2 | 1014 | E14A (GAA→GCA) | dnaQ | DNA polymerase III epsilon subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (37/28); new base C (498/449); total (536/478) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.23e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 |
Only 100 of 1053 total aligned reads displayed.
AAACGACAAGTCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTGAGATTGGTGCCGTTGA > W3110S.gb/236038‑236176 | caactCAAGTCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGcaa > 1:1268980‑M2/6‑71 (MQ=255) aactCAAGTCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGcaa > 1:4544318‑M2/5‑70 (MQ=255) cAAGTCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAaccacc > 1:4037774/1‑71 (MQ=255) aaGTCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCg > 1:2833008/1‑71 (MQ=255) aGTCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGTTCGTTCTCGCTACCGCAACCACCgg < 1:1443504/71‑1 (MQ=255) aGTCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCgg < 1:2095509/71‑1 (MQ=255) gTCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACTCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGt < 1:595023/71‑1 (MQ=255) tGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTa < 1:3242567/69‑1 (MQ=255) aCATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTAt < 1:1136327/68‑1 (MQ=255) aCATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGa < 1:4441181/70‑1 (MQ=255) tAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATg < 1:4287636/66‑1 (MQ=255) tAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAAc < 1:3353914/69‑1 (MQ=255) aaTGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGcaa > 1:2061660/1‑53 (MQ=255) aaTGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAGCCACCGGTATGAAc > 1:1360507/1‑67 (MQ=255) aaTGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAAc > 1:1005307/1‑67 (MQ=255) aaTGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAAc > 1:1787222/1‑67 (MQ=255) aTGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAg < 1:3742230/69‑1 (MQ=255) aCCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGcaa > 1:3438436/1‑49 (MQ=255) aCCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTgg > 1:2810203/1‑71 (MQ=255) aCCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTg < 1:4314327/70‑1 (MQ=255) cGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTg > 1:183207/1‑71 (MQ=255) cTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTgcg < 1:1964541/71‑1 (MQ=255) cTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTg > 1:2529818/1‑69 (MQ=255) tATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGcaa > 1:1921956/1‑44 (MQ=255) tATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTgcg > 1:3125392/1‑70 (MQ=255) tGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTAt < 1:709084/52‑1 (MQ=255) tGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCa < 1:2640156/70‑1 (MQ=255) gCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTgg > 1:1871565/1‑61 (MQ=255) gCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTAt < 1:4152399/71‑1 (MQ=255) cACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCTCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATg < 1:928857/71‑1 (MQ=255) cACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCTCCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATg < 1:1101144/71‑1 (MQ=255) cACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATg < 1:807489/71‑1 (MQ=255) cACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATg < 1:1688375/71‑1 (MQ=255) cTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGaa < 1:2253981/71‑1 (MQ=255) tGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCa < 1:2315647/51‑1 (MQ=255) tGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCAc < 1:3794221/64‑1 (MQ=255) gCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAac > 1:4120904/1‑35 (MQ=38) gCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGaa > 1:2919383/1‑47 (MQ=39) gCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCa > 1:276069/1‑62 (MQ=255) cAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGc > 1:4179747/1‑71 (MQ=255) cAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGc > 1:3066727/1‑71 (MQ=255) aaTTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAg > 1:2386623/1‑49 (MQ=39) aaTTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGcc < 1:1190325/71‑1 (MQ=255) aTTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCca > 1:3405778/1‑71 (MQ=255) aTTACACGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCca < 1:1720205/71‑1 (MQ=255) ttACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATg < 1:2703753/63‑1 (MQ=255) ttACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCcac < 1:2211291/71‑1 (MQ=255) tACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGTTATg > 1:347734/1‑40 (MQ=255) tACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAgg > 1:1408693/1‑66 (MQ=255) tACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCcac < 1:903696/70‑1 (MQ=255) acacGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTa > 1:3286589/1‑37 (MQ=37) acacGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATg > 1:3849893/1‑39 (MQ=37) acacGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTgcg > 1:498440/1‑54 (MQ=255) acacGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCca > 1:249969/1‑68 (MQ=255) cacGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAg < 1:66576/71‑1 (MQ=255) cGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGa < 1:215393/37‑1 (MQ=37) cGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGAt < 1:1058842/71‑1 (MQ=255) gCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCTGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATc < 1:956708/71‑1 (MQ=255) gCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGaa > 1:3918483/1‑59 (MQ=255) gCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGAt > 1:4255857/1‑70 (MQ=255) gCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAACAt > 1:4592920/1‑70 (MQ=255) ccAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCa < 1:2676913/71‑1 (MQ=255) cAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCAt < 1:464752/71‑1 (MQ=255) aGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAAc < 1:847111/35‑1 (MQ=37) gATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTgg > 1:4499241/1‑42 (MQ=38) aTCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCa < 1:407695/35‑1 (MQ=37) aTCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGAt < 1:3614522/38‑1 (MQ=37) aTCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCCCAAGATCATTga < 1:1757247/71‑1 (MQ=255) aTCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTga < 1:3012303/71‑1 (MQ=255) aTCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTga < 1:2019460/71‑1 (MQ=255) aTCGTCCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATc < 1:4357746/66‑1 (MQ=255) tCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCAtt > 1:244874/1‑68 (MQ=255) tCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCAtt > 1:3517581/1‑68 (MQ=255) tCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCAtt > 1:2953816/1‑68 (MQ=255) tCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTga < 1:398280/70‑1 (MQ=255) tCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTga < 1:3315616/70‑1 (MQ=255) tCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTga < 1:1235211/70‑1 (MQ=255) cGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACaa > 1:3707967/1‑60 (MQ=255) cGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCAtt > 1:619324/1‑67 (MQ=255) gTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTa < 1:1655360/47‑1 (MQ=39) gTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTgaga < 1:1312964/70‑1 (MQ=255) gTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTGAGAt < 1:1549877/71‑1 (MQ=255) gTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTGAGAt < 1:4379027/71‑1 (MQ=255) gTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTGAGAt < 1:753954/71‑1 (MQ=255) ttCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTgg > 1:3565869/1‑37 (MQ=37) ttCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACaa < 1:3893819/58‑1 (MQ=255) ttCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATc < 1:1489431/62‑1 (MQ=255) ttCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTGAGAtt < 1:2612267/71‑1 (MQ=255) ttCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTGAGAtt > 1:534185/1‑71 (MQ=255) ttCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTGAGAt < 1:2571706/70‑1 (MQ=255) ttCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTGAGAt < 1:3175074/70‑1 (MQ=255) tctcGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCa > 1:4224066/1‑62 (MQ=255) ctcGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTgaga > 1:569753/1‑67 (MQ=255) ctcGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTGAGATTgg > 1:3677061/1‑71 (MQ=255) cgctACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGAGCATTGAGATTg < 1:2341404/65‑1 (MQ=255) gctACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTGAGATTGGt < 1:3639860/67‑1 (MQ=255) gctACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTGAGATTGGTGc > 1:2869382/3‑71 (MQ=255) ccGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCGACAAGATCATTgaga > 1:2743622/1‑60 (MQ=255) ccGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTGAGATTGGTGCCGtt > 1:2901970/1‑71 (MQ=255) gAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTGAGATTGGTGCCGTTGa < 1:1600673/71‑1 (MQ=255) | AAACGACAAGTCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTGAGATTGGTGCCGTTGA > W3110S.gb/236038‑236176 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |