| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 3,958,682 | C→T | 39.2% | A69V (GCC→GTC) | yhjJ → | predicted zinc‑dependent peptidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 3,958,682 | 0 | C | T | 39.2% | 38.2 / 53.8 | 51 | A69V (GCC→GTC) | yhjJ | predicted zinc‑dependent peptidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (16/15); new base T (8/12); total (24/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.67e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTGACCACCCCCCAGCGTCCCAGCGATCGTGTTGAAATTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGCCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGCCATCCCTCGTATTGCGCTAACGCAAAGCGGTG > W3110S.gb/3958615‑3958747 | cTGACCACCCCCCAGCGTCCCAGCGATCGTGTTGAAATTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGTCGa < 1:1451016/71‑1 (MQ=255) accaccCCCCAGCGTCCCAGCGATCGTGTTGAAATTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGTCGaa < 1:1803985/69‑1 (MQ=255) accaccCCCCAGCGTCCCAGCGATCGTGTTGAAATTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGCCGAAAg < 1:3504893/71‑1 (MQ=255) cccccAGCGTCCCAGCGATCGTGTTGAAATTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGCCGAAAGTacac < 1:2171674/71‑1 (MQ=255) cAGCGTCCCAGCGATCGTGTTGAAATTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGTCGAAAGTacac < 1:129474/67‑1 (MQ=255) aGCGTCCCAGCGATCGTGTTGAAATTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGTCGAAAg > 1:986513/1‑61 (MQ=255) gCGTCCCAGCGATCGTGTTGAAATTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGTCGa < 1:303852/57‑1 (MQ=255) tCCCAGCGATCGTGTTGAAATTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGCCTaaa > 1:2996881/1‑56 (MQ=255) ccAGCGATCGTGTTGAAATTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGTCGAAAGTACACAACAGAGCGGt < 1:4119841/71‑1 (MQ=255) ccAGCGATCGTGTTGAAATTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGCCGAAAGTACACAACAGAGCGGt > 1:4012519/1‑71 (MQ=255) aGCGATCGTGTTGAAATTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGCCGAAAGTa < 1:2490863/55‑1 (MQ=255) aGCGATCGTGTTGAAATTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGCCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTa < 1:4268884/71‑1 (MQ=255) aGCGATCGTGTTGAAATTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGCCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTa < 1:87781/71‑1 (MQ=255) cGATCGTGTTGAAATTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGCCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACa < 1:518237/71‑1 (MQ=255) gATCGTGTTGAAATTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGCCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACa < 1:1692933/70‑1 (MQ=255) gATCGTGTTGAAATTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGCCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAg < 1:3885255/71‑1 (MQ=255) aTCGTGTTGAAATTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGTCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAg < 1:2671288/70‑1 (MQ=255) aTCGTGTTGAAATTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGCCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGt < 1:4619168/71‑1 (MQ=255) tCGTGTTGAAATTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGCCGAAAGTACacaa > 1:3095366/1‑55 (MQ=255) gtTGAAATTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGTCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGc > 1:821072/1‑71 (MQ=255) gtTGAAATTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGTCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGc > 1:4608011/1‑71 (MQ=255) gtTGAAATTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGCCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGc > 1:3483240/1‑71 (MQ=255) ttGAAATTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGTCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGc < 1:1050235/70‑1 (MQ=255) ttGAAATTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGCCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGc < 1:4385041/70‑1 (MQ=255) ttGAAATTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGCCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGc > 1:1343395/1‑70 (MQ=255) gAAATTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGCCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACa > 1:2101714/1‑61 (MQ=255) gAAATTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGCCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGCCAt > 1:3393698/1‑71 (MQ=255) aaaTTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGTCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGCCATc < 1:3582467/71‑1 (MQ=255) aaTTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGTCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGCCATcc > 1:1293081/1‑71 (MQ=255) 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1:463733/56‑1 (MQ=255) aCCGGTTCGCTCGCCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGCCATCCCTCGTATTGCGCTAACGc > 1:3972795/1‑70 (MQ=255) ccGGTTCGCTCGTCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGCCATCCCTCGTATTGCGCTAAc > 1:605621/1‑67 (MQ=255) ccGGTTCGCTCGTCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGCCATCCCTCGTATTGCGCTAACGCa > 1:3818724/1‑70 (MQ=255) ccGGTTCGCTCGCCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCa > 1:569470/1‑43 (MQ=255) ccGGTTCGCTCGCCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGCCATCCCTCGTATTGCGCTAACGCaa < 1:2455982/71‑1 (MQ=255) ccGGTTCGCTCGCCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGCCATCCCTCGTATTGCGCTAACGCa > 1:366464/1‑70 (MQ=255) ccGGTTCGCTCGCCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGCCACGCCATCCCTCGTATTGCGCTAACGCa > 1:4205323/1‑70 (MQ=255) cGGTTCGCTCGCCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGCCATCCCTCGTATTGCGCTAACGCa > 1:1007504/1‑69 (MQ=255) gTTCGCTCGTCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGc < 1:2929138/43‑1 (MQ=255) gTTCGCTCGCCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGCCATCCCTCGTATTGCGCTAACGc < 1:3799148/66‑1 (MQ=255) tcgctcgtCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGCCa > 1:1245354/1‑43 (MQ=255) cgctcgcCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGCCATCCCTCGTATTGCGCTAACGCAAAGCGGt > 1:2106809/1‑71 (MQ=255) gctcgtCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGCCATCCCTCGTATTGCGCTAACGCAAAGCg < 1:856683/68‑1 (MQ=255) gctcgcCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGCCATCCCTCGTATTGCGCTAACGCAAAGCGGTg < 1:1730047/71‑1 (MQ=255) tcgcCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGCCATCCCTCGTATTGCGCTAACGCAAAGc < 1:1282457/65‑1 (MQ=255) gcCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGCCATCCCTCg < 1:1109190/44‑1 (MQ=255) gcCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGCCATCCCTCg < 1:815131/44‑1 (MQ=255) gcCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGCCATCCCTCg < 1:1103579/44‑1 (MQ=255) ccGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGCCAt < 1:1229813/37‑1 (MQ=255) | CTGACCACCCCCCAGCGTCCCAGCGATCGTGTTGAAATTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGCCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGCCATCCCTCGTATTGCGCTAACGCAAAGCGGTG > W3110S.gb/3958615‑3958747 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |