| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 4,225,730 | G→A | 18.2% | T117I (ACT→ATT) | arpA ← | regulator of acetyl CoA synthetase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 4,225,730 | 0 | G | A | 18.2% | 75.4 / 10.3 | 33 | T117I (ACT→ATT) | arpA | regulator of acetyl CoA synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (10/17); new base A (4/2); total (14/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.63e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATTAAGTTTAATTCTTGGGAATTCTTTTTCTTTTCTATCTGATTTTAGGTTTAATTCTTGTTTATCAAGAGTGTCTGAGCGTTGAGGTAAAATTTCCATTAGGTATTTTTCAAATATTGGGGCAATGGTTTGAGTAAGTGT > W3110S.gb/4225660‑4225800 | aTTAAGTTTAATTCTTGGGAATTCTTTTTCTTTTCTATCTGATTTTAGGTTTAATTCTTGTTTATCAagag < 1:3833069/71‑1 (MQ=255) tAAGTTTAATTCTTGGGAATTCTTTTTCTTTTCTATCTGATTTTAGGTTTAATTCTTGTTTATCAAGAgtg > 1:1680279/1‑71 (MQ=255) aaGTTTAATTCTTGGGAATTCTTTTTCTTTTCTATCTGATTTTAGGTTTAATTCTTGTTTATCAAGAgtg < 1:4205937/70‑1 (MQ=255) aaGTTTAATTCTTGGGAATTCTTTTTCTTTTCTATCTGATTTTAGGTTTAATTCTTGTTTATCAAGAgtg > 1:2210338/1‑70 (MQ=255) aaGTTTAATTCTTGGGAATTCTTTTTCTTTTCTATCTGATTTTAGGTTTAATTCTTGTTTATCAAGAatg > 1:185875/1‑70 (MQ=255) tAATTCTTGGGAATTCTTTTTCTTTTCTATCTGATTTTAGGTTTAATTCTTGTTTATCAagag > 1:3010937/1‑63 (MQ=255) tAATTCTTGGGAATTCTTTTTCTTTTCTATCTGATTTTAGGTTTAATTCTTGTTTATCAagag > 1:2558912/1‑63 (MQ=255) tAATTCTTGGGAATTCTTTTTCTTTTCTATCTGATTTTAGGTTTAATTCTTGTTTATCAAGAGTGTCTGAg > 1:3133919/1‑71 (MQ=255) aaTTCTTGGGAATTCTTTTTCTTTTCTATCTGATTTTAGGTTTAATTCTTGTTTATCAAGAGTGTCTGAGc > 1:2405584/1‑71 (MQ=255) gggAATTCTTTTTCTTTTCTATCTGATTTTAGGTTTAATTCTTGTTTATCAAGAGTGTCTGAGCGTTGAg < 1:844469/70‑1 (MQ=255) gggAATTCTTTTTCTTTTCTATCTGATTTTAGGTTTAATTCTTGTTTATCAAGAGTGTCTGAGCGTTGAg < 1:3140546/70‑1 (MQ=255) ttctttttctttTCTATCTGATTTTAGGTTTAATTCTTGTTTATCAAGAATGTCTGAGCGTTGAGGTaaa < 1:3143697/70‑1 (MQ=255) tctttttcttttCTATCTGATTTTAGGTTTAATTCTTGTTTATCAAGAgt < 1:3659895/50‑1 (MQ=255) tttttcttttCTATCTGATTTTAGGTTTAATTCTTGTTTATCAAGAGTGTCTGAGCGTTGa > 1:4583328/1‑61 (MQ=255) tttttcttttCTATCTGATTTTAGGTTTAATTCTTGTTTATCAAGAGTGTCTGAGCGTTGAGGTAAAAttt > 1:1931794/1‑71 (MQ=255) tttttcttttCTATCTGATTTTAGGTTTAATTCTTGTTTATCAAGAGTGTCTGAGCGTTGAGGTAAAAtt > 1:2116889/1‑70 (MQ=255) tttcttttctATCTGATTTTAGGTTTAATTCTTGTTTATCAAGAGTGTCTGAGCGTTGAGGTAAAATTTc < 1:548084/70‑1 (MQ=255) tttcttttctATCTGATTTTAGGTTTAATTCTTGTTTATCAAGAGTGTCTGAGCGTTGAGGTAAAATTTc < 1:3842069/70‑1 (MQ=255) tttcttttctATCTGATTTTAGGTTTAATTCTTGTTTATCAAGAATGTCTGAGCGTTGAGGTAAAATTTc > 1:182945/1‑70 (MQ=255) tcttttctATCTGATTTTAGGTTTAATTCTTGTTTATCAAGAGTGTCTGAGCGTTGAGGTAAAATTTCCAt > 1:192047/1‑71 (MQ=255) cttttctATCTGATTTTAGGTTTAATTCTTGTTTATCAAGAGTGTCTGAGCGTTGAGGTAAAATTTCCAt < 1:737991/70‑1 (MQ=255) ttctATCTGATTTTAGGTTTAATTCTTGTTTATCAAGAGTGTCTGAGCGTTGAGGTAAAATTTCCAtt < 1:49222/68‑1 (MQ=255) tctATCTGATTTTAGGTTTAATTCTTGTTTATCAAGAGTGTCTGAGCGTTGAGGTAAAATTTCCAtt < 1:43704/67‑1 (MQ=255) ctATCTGATTTTAGGTTTAATTCTTGTTTATCAAGAATGTCTGAGCGTTGAGGTAAAATTTCCATTAGGt > 1:1051130/1‑70 (MQ=255) tGATTTTAGGTTTAATTCTTGTTTATCAAGAGTGTCTGAGCGTTGAGGTAAAAttt > 1:997154/1‑56 (MQ=255) tGATTTTAGGTTTAATTCTTGTTTATCAAGAATGTCTGAGCGTTGAGGTAAAATTTCCATTAGGTAt > 1:3255662/1‑67 (MQ=255) aTTTTAGGTTTAATTCTTGTTTATCAAGAGTGTCTGAGCGTTGAGTTAAAATTTCCATTAGGTATTTTTc > 1:485497/1‑70 (MQ=255) ttttAGGTTTAATTCTTGTTTATCAAGAGTGTCTGAGCGTTGAGGTATAATTTc < 1:1872/54‑1 (MQ=255) ttAGGTTTAATTCTTGTTTATCAAGAATGTCTGAGCGTTGAGGTAAAATTTCCATTAGGTATTTTTCaaa < 1:1692136/70‑1 (MQ=255) aGGTTTAATTCTTGTTTATCAAGAGTGTCTGAGCGTTGAGGTAAAATTTCCATTAGGTATTTTTCAAata < 1:1375199/70‑1 (MQ=255) aGGTTTAATTCTTGTTTATCAAGAGTGTCTGAGCGTTGAGGTAAAATTTCCATTAGGTATTTTTCAAata < 1:4216328/70‑1 (MQ=255) ggTTTAATTCTTGTTTATCAAGAGTGTCTGAGCGTTGAGGTAAAATTTCCATTAGGTATTTTTCAAATAtt < 1:4190255/71‑1 (MQ=255) ttAATTCTTGTTTATCAAGAGTGTCTGAGCGTTGAGGTAAAATTTc < 1:805279/46‑1 (MQ=255) ttAATTCTTGTTTATCAAGAGTGTCTGAGCGTTGAGGTAAAATTTCCATTAGGTAt < 1:4449398/56‑1 (MQ=255) ttAATTCTTGTTTATCAAGAGTGTCTGAGCGTTGAGGTAAAATTTCCATTAGGTATTTTTCAAATATTggg > 1:2512872/1‑71 (MQ=255) tAATTCTTGTTTATCAAGAGTGTCTGAGCGTTGAGGTAAAATTTCCATTAGGTATTTTTCAAATATTgggg > 1:1557502/1‑71 (MQ=255) ttCTTGTTTATCAAGAGTGTCTGAGCGTTGAGGTAAAATTTCCATTAGGTATTTTTCaaa < 1:2041333/60‑1 (MQ=255) ttCTTGTTTATCAAGAGTGTCTGAGCGTTGAGGTAAAATTTCCATTAGGTATTTTTCAAATATTGGGGCaa < 1:402805/71‑1 (MQ=255) ttGTTTATCAAGAGTGTCTGAGCGTTGAGGTAAAATTTCCATTAGGTATTTTTCaaa < 1:2793779/57‑1 (MQ=255) tATCAAGAATGTCTGAGCGTTGAGGTAAAATTTCCATTAGGTATTTTTCAAATATTGGGGCAATGGttt > 1:160537/1‑69 (MQ=255) aaGAGTGTCTGAGCGTTGAGGTAAAATTTCCATTAGGTATTTTTCAAATATTGGGGCAATGGTTTGAGTa < 1:649093/70‑1 (MQ=255) gtgtCTGAGCGTTGAGGTAAAATTTCCATTAGGTATTTTTCAAATATTGGGGCAATGGTTTGAGTAAgtgt > 1:390931/1‑71 (MQ=255) | ATTAAGTTTAATTCTTGGGAATTCTTTTTCTTTTCTATCTGATTTTAGGTTTAATTCTTGTTTATCAAGAGTGTCTGAGCGTTGAGGTAAAATTTCCATTAGGTATTTTTCAAATATTGGGGCAATGGTTTGAGTAAGTGT > W3110S.gb/4225660‑4225800 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |