| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 4,326,669 | A→G | 25.0% | L145S (TTA→TCA) | phnF ← | transcriptional regulator of phosphonate uptake and biodegradation |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 4,326,669 | 0 | A | G | 25.0% | 74.0 / 25.5 | 44 | L145S (TTA→TCA) | phnF | transcriptional regulator of phosphonate uptake and biodegradation |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (19/14); new base G (8/3); total (27/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.86e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GAGCCGCTGTCGAAGCGTTGCAGCGTCGGCCAGAGGGTGAGGTCCGCGAAGTAGTGGTCGATTAAACAGAGCGCGACGCCGTTGACACGACGCAGGGTGCGCAGGTGGATGACGTTCTCCCCCTCGG > W3110S.gb/4326606‑4326732 | gAGCCGCTGTCGAAGCGTTGCAGCGTCGGCCAGAGGGTGAGGTCCGCGAAGTAGTGGTCGATTGAACagag > 1:617852/1‑71 (MQ=255) aGCCGCTGTCGAAGCGTTGCAGCGTCGGCCAGAGGGTGAGGTCCGCGAAGTAGTGGTCGATTAAACAGAgc > 1:49128/1‑71 (MQ=255) aGCCGCTGTCGAAGCGTTGCAGCGTCGGCCAGAGGGTGAGGTCCGCGAAGTAGTGGTCGATTAAACAGAgc > 1:3060003/1‑71 (MQ=255) ccGCTGTCGAAGCGTTGCAGCGTCGGCCAGAGGGTGAGGTCCGCGAAGTAGTGGTCGATTAAACAGAgcgc < 1:4220076/71‑1 (MQ=255) gTCGAAGCGTTGCAGCGTCGGCCAGAGGGTGAGGTCCGCGAAGTAGTGGTCGATTAAACAGAGCGCGACGc > 1:1810711/1‑71 (MQ=255) tCGAAGCGTTGCAGCGTCTGCCAGAGGGTGAGGTCCGCGAAGTAGTGGTCGATTAAACAGAGCGCGACGc < 1:1691064/70‑1 (MQ=255) gAAGCGTTGCAGCGTCGGCCAGAGGGTGAGGTCCGCGAAGTAGTGGTCGATTAAACAGAGCGCGACGCCGt > 1:3043303/1‑71 (MQ=255) gAAGCGTTGCAGCGTCGGCCAGAGGGTGAGGTCCGCGAAGTAGTGGTCGATTAAACAGAGCGCGACGCCGt > 1:4587643/1‑71 (MQ=255) aaGCGTTGCAGCGTCGGCCAGAGGGTGAGGTCCGCGAAGTAGTGGTCGATTAAACAGAGCGCGACGCCGtt < 1:2801745/71‑1 (MQ=255) gCGTTGCAGCGTCGGCCAGAGGGTGAGGTCCGCGAAGTAGTGGTCGATTaaa > 1:3421525/1‑52 (MQ=255) cGTTGCAGCGTCGGCCAGAGGGTGAGGTCCGCGAAGTAGTGGTCGATTaaa < 1:3906550/51‑1 (MQ=255) ttGCAGCGTCGGCCAGAGGGTGAGGTCCGCGAAGTAGTGGTCGATTGAACAGAGCGCGACGCCGTTGacac > 1:443756/1‑71 (MQ=255) gCAGCGTCGGCCAGAGGGTGAGGTCCGCGAAGTAGTGGTCGATTAAACAGAGCGCGACGCCGTTGACacga > 1:1744338/1‑71 (MQ=255) gCGTCGGCCAGAGGGTGAGGTCCGCGAAGTAGTGGTCGATTAAACAGAGCGCGACGCCGTTGACACGACGc < 1:2139709/71‑1 (MQ=255) cGTCGGCCAGAGGGTGAGGTCCGCGAAGTAGTGGTCGATTAAACAGAGCGCGACGCCGTTGACACGACGCa < 1:409755/71‑1 (MQ=255) cGTCGGCCAGAGGGTGAGGTCCGCGAAGTAGTGGTCGATTAAACAGAGCGCGACGCCGTTGACACGACGCa < 1:1115198/71‑1 (MQ=255) gagGGTGAGGTCCGCGAAGTAGTGGTCGATTGAACAGAGCGCGAc > 1:3711724/1‑45 (MQ=255) gagGGTGAGGTCCGCGAAGTAGTGGTCGATTAAACAGAGCGCGACGCCGTTGACACGACGCAGGGTGCGCa < 1:1219424/71‑1 (MQ=255) gggTGAGGTCCGCGAAGTAGTGGTCGATTGAACAGAGCGCGACGCCGTTGACACGACGCAGGGTGCGCAgg < 1:769119/71‑1 (MQ=255) gggTGAGGTCAGCGAAGTAGTGGTCGATTGAACAGAGCGCGACGCCGTTGACACGACGCAgg > 1:1781478/1‑62 (MQ=255) ggTGAGGTCCGCGAAGTAGTGGTCGATTGAACAGAGCGCGACGCCGTTGACACGACGCAGGGTGCGCAgg < 1:763710/70‑1 (MQ=255) ggTGAGGTCCGCGAAGTAGTGGTCGATTAAACAGAGCGCGACGCCg < 1:3332504/46‑1 (MQ=255) ggTGAGGTCCGCGAAGTAGTGGTCGATTAAACAGAGCGCGACGCCGTTGACACGACGCAg < 1:1108658/60‑1 (MQ=255) tGAGGTCCGCGAAGTAGTGGTCGATTAAACAGAGCGCGACGCCGtt > 1:803047/1‑46 (MQ=255) tGAGGTCCGCGAAGTAGTGGTCGATTAAACAGAGCGCGACGCCGTTGACACGACGCAGGGTGCGCAgg > 1:2263319/1‑68 (MQ=255) tGAGGTCCGCGAAGTAGTGGTCGATTAAACAGAGCGCGACGCCGTTGACACGACGCAGGGTGCGCAGGTg > 1:4145056/1‑70 (MQ=255) gAGGTCCGCGAAGTAGTGGTCGATTAAACAGAGCGCGACGCCGTTGa < 1:4406449/47‑1 (MQ=255) aGGTCCGCGAAGTAGTGGTCGATTGAACAGAGCGCGACGCCGTTGACACGACGCAGGGTGCGCAgg > 1:3723778/1‑66 (MQ=255) aGGTCCGCGAAGTAGTGGTCGATTAAACAAAGCGCGACGCCGTTGACACGACGCAGGGTGCGCAGGTGGAt > 1:1777977/1‑71 (MQ=255) gTCCGCGAAGTAGTGGTCGATTGAACAGAGCGCGACGCCGTTGACACGACGCAGGGTGCGCAGGTGGATGa < 1:1466167/71‑1 (MQ=255) tCCGCGAAGTAGTGGTCGATTAAACAGAGCGCGACGCCGTTGACACGACGCAGGGTGCGCAGGTGGATGAc < 1:4263665/71‑1 (MQ=255) tCCGCGAAGTAGTGGTCGATTAAACAGAGCGCGACGCCGTTGACACGACGCAGGGTGCGCAGGTGGATGAc < 1:4580399/71‑1 (MQ=255) tCCGCGAAGTAGTGGTCGATTAAACAGAGCGCGACGCCGTTGACACGACGCAGGGTGCGCAGGTGGATGAc < 1:4000449/71‑1 (MQ=255) ccGCGAAGTAGTGGTCGATTAAACAGAGCGCGACGCCGTTGACACGACGCAGGGTgc > 1:4077411/1‑57 (MQ=255) cgcgAAGTAGTGGTCGATTAAACAGAGCGCGACGCCGTTGACACGACGCAGGGTGCGCa > 1:3922635/1‑59 (MQ=255) cgAAGTAGTGGTCGATTAAACAGAGCGCGACGCCGTTGACACGACGCAGGGTGCGCAGGTGGATGACGTtc < 1:4553753/71‑1 (MQ=255) aaGTAGTGGTCGATTAAACAGAGCGCGACGCCGTTGACACGACGCAgg > 1:1021624/1‑48 (MQ=255) gtagtGGTCGATTAAACAGAGCGCGACGCCGTTGACACGACGCAGGGTGCGCAGGTGGATGACGTTCTccc > 1:4600542/1‑71 (MQ=255) gTCGATTGAACAGAGCGCGACGCCGTTGACACGACGc > 1:2973466/1‑37 (MQ=255) gTCGATTGAACAGAGCGCGACGCCGTTGACACGACGCAGGGTGCGCAGGTGGATGACGTTCTCCCCCTCgg > 1:841163/1‑71 (MQ=255) gTCGATTAAACAGAGCGCGACGCCGTTGACACGACGCAGGGTGCGCAgg > 1:340562/1‑49 (MQ=255) gTCGATTAAACAGAGCGCGACGCCGTTGACACGACGCAGGGTGCGCAGGTGGa > 1:223056/1‑53 (MQ=255) gTCGATTAAACAGAGCGCGACGCCGTTGACACGACGCAGGGTGCGCAGGTGGATGat > 1:2260772/1‑56 (MQ=255) aTTGAACAGAGCGCGACGCCGTTGACACGACGCAGGGTGCGCAgg > 1:334129/1‑45 (MQ=255) ttAAACAGAGCGCGACGCCGTTGACACGACGCAggg > 1:3661090/1‑36 (MQ=255) ttAAACAGAGCGCGACGCCGTTGACACGACGCAggg > 1:1023258/1‑36 (MQ=255) | GAGCCGCTGTCGAAGCGTTGCAGCGTCGGCCAGAGGGTGAGGTCCGCGAAGTAGTGGTCGATTAAACAGAGCGCGACGCCGTTGACACGACGCAGGGTGCGCAGGTGGATGACGTTCTCCCCCTCGG > W3110S.gb/4326606‑4326732 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |