| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 4,405,345 | G→A | 22.6% | intergenic (+67/‑9) | hfq → / → hflX | HF‑I, host factor for RNA phage Q beta replication/predicted GTPase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 4,405,345 | 0 | G | A | 22.6% | 104.1 / 27.5 | 53 | intergenic (+67/‑9) | hfq/hflX | HF‑I, host factor for RNA phage Q beta replication/predicted GTPase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (28/13); new base A (6/6); total (34/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.11e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.57e-01 | |||||||||||
AGGTTTCGGGCTGTTTTTTTACACGGGGAGCCAGCGATCCTGCGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTGGTGAGCAGGCGGTACTGGTACACATCTATTTTACGCAAGA > W3110S.gb/4405278‑4405415 | aGGTTTCGGGCTGTTTTTTTACACGGGGAGCCAGCGATCCTGCGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGGTta > 1:800147/1‑71 (MQ=255)aGGTTTCGGGCTGTTTTTTTACACGGGGAGCCAGCGATCCTGCGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGGTta > 1:1728004/1‑71 (MQ=255) gggCTTTTTTTTTACACGGGGAGCCAGCGATCCTGCGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGGTTATACGCt < 1:552841/70‑1 (MQ=255) gggCTGTTTTTTTACACGGGGAGCCAGCGATCCTGCGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGGTTATACGCtt > 1:168220/1‑71 (MQ=255) tttttttACACGGGGAGCCAGCGATCCTGCGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGGTTATACGCTTGttt < 1:3868460/69‑1 (MQ=255) tttttttACACGGGGAGCCAGCGATCCTGCGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGGTTATACGCTTGttt < 1:2553517/69‑1 (MQ=255) tttttttACACGGGGAGCCAGCGATCCTGCGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGATTATACGCTTGttt < 1:565392/69‑1 (MQ=255) ttttACACGGGGAGCCAGCGATCCTGCGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCg > 1:2724360/1‑71 (MQ=255) tttACACGGGGAGCCAGCGATCCTGCGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGt > 1:940661/1‑71 (MQ=255) ttACACGGGGAGCCAGCGATCCTGCGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGt > 1:4095278/1‑70 (MQ=255) acacGGGGAGCCAGCGATCCTGCGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTat > 1:1502684/1‑71 (MQ=255) acacGGGGAGCAAGCGATCCTGCGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTat > 1:110464/1‑71 (MQ=255) cacGGGGAGCCAGCGATCCTGCGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGATTATACGCTTGTTTGACCGTTat < 1:452207/70‑1 (MQ=255) ggAGCCAGCGATCCTGCGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGATTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCt > 1:118381/1‑71 (MQ=255) gAGCCAGCGATCCTGCGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGGTTATACGCTTGttt > 1:873993/1‑55 (MQ=255) aGCCAGCGATCCTGCGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTgg > 1:2012657/1‑71 (MQ=255) aGCGATCCTGCGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGATTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGc > 1:2433011/1‑64 (MQ=255) gATGCTGCGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGATTATACGCTTGTTTGa > 1:418654/1‑49 (MQ=255) gATCCTGCGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGGTTATACGCTTGt > 1:2469828/1‑45 (MQ=255) aTCCTGCGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTGGTGAg < 1:2702008/67‑1 (MQ=255) aTCCTGCGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTGGTGAGCAgg > 1:2173881/1‑71 (MQ=255) ccTGCGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTGGTGAGCAggag > 1:2012541/1‑69 (MQ=255) ccTGCGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTGGTGAGCAGGCg > 1:2999334/1‑71 (MQ=255) cTGCGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTgg > 1:2755086/1‑60 (MQ=255) cTGCGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGATTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTGGt < 1:928924/61‑1 (MQ=255) gCGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGt > 1:3077858/1‑47 (MQ=255) gCGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGATTATACGCTTGTTTGACCGTTatga > 1:774656/1‑52 (MQ=255) cGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGATTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTGGTGAGCAGGCGGTAc > 1:4148189/1‑71 (MQ=255) gTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTGGTGAGCAGGCGGTACt < 1:3873396/71‑1 (MQ=255) gTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGATTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTGGTGAGCAGGCGGTACt < 1:923475/71‑1 (MQ=255) ttCCCCGCTGATCTATTTAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTat < 1:4302160/47‑1 (MQ=255) tCCCCGCTGATCTATTTAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTGGTGAGCAGGCGGt < 1:1853025/66‑1 (MQ=255) cGCTGATCTATTTAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTGGTGAGCAGGCGGt < 1:1512808/62‑1 (MQ=255) gCTGATCTATTTAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTa < 1:3624538/40‑1 (MQ=255) cTGATCTATTTAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTGGTGAGCAGGCGGTACTGGTAcaca > 1:2486321/1‑71 (MQ=255) cTGATCTATTTAGAGGATTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTGGTGAGCAGGCgg < 1:4327633/59‑1 (MQ=255) tCTATTTAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTGGTGAGCAGGCGGTACTGGTACACATCTa > 1:1685100/1‑71 (MQ=255) tCTATTTAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTGGTGAGCAGGCGGTACTGGTACACATCTa > 1:3443765/1‑71 (MQ=255) tCTATTTAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTGGTGAGCAGGCGGTACTGGTACACATCTa > 1:4554318/1‑71 (MQ=255) cTATTTAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTgg > 1:354070/1‑43 (MQ=255) cTATTTAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTgg > 1:3776214/1‑43 (MQ=255) tATTTAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTatgat < 1:1058308/37‑1 (MQ=255) aTTTAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTGGTGAGCAGGCGGTACTGGTACACATCTAtt > 1:2874624/1‑70 (MQ=255) tttAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGc > 1:2426785/1‑37 (MQ=255) tttAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTGGTGAGCAGGCgg < 1:457177/51‑1 (MQ=255) tttAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTGGTGAGCAGGCGGTACt > 1:4200632/1‑55 (MQ=255) tttAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTGGTGAGCAGGCGGTACTGGTACACATCTAttt < 1:983349/70‑1 (MQ=255) tttAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTGGTGAGCAGGCGGTACTGGTACACATCTAttt > 1:3748935/1‑70 (MQ=255) tttAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTGGTGAGCAGGCGGTACTGGTACACATCTAttt > 1:1349346/1‑70 (MQ=255) tAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTGGTGAGCAGGCGGTa > 1:433731/1‑51 (MQ=255) tAGAGGATTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTGGTGAGCAGGCgg < 1:344076/49‑1 (MQ=255) gagGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTGGTGAGCAGGCGGTACTGGTACACATCTATTTTACGc < 1:2542057/71‑1 (MQ=255) gagGATTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTGGTGAGCAGGCGGTa > 1:4185054/1‑49 (MQ=255) gggTTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTGGTGAGCAGGCGGTACTgg > 1:560287/1‑51 (MQ=255) ggTTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTGGTGAGCAGGCGGTACTGGTACACATCTATTTTACGCAAg < 1:345104/71‑1 (MQ=255) gTTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTGGTGAGCAGACGGTACTGGTACACATCTATTTTACGCAAGa < 1:1479756/71‑1 (MQ=255) | AGGTTTCGGGCTGTTTTTTTACACGGGGAGCCAGCGATCCTGCGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTGGTGAGCAGGCGGTACTGGTACACATCTATTTTACGCAAGA > W3110S.gb/4405278‑4405415 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |