| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 4,527,342 | C→T | 8.9% | E479K (GAG→AAG) | yjhG ← | predicted dehydratase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 4,527,342 | 0 | C | T | 8.9% | 202.5 / 8.2 | 67 | E479K (GAG→AAG) | yjhG | predicted dehydratase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (29/32); new base T (4/2); total (33/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.27e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.66e-01 | |||||||||||
ACGCCAATAATGACCAGAATATCGCCCGCCTTGATCTTGTCATGTTTGATATCGTAAATCGCACTTTTCTCGGACAGATAAACCTTCGCCACACCTTTATGGTAATAGATACCTTGCTCATCAATCATCGAGGGGTC > W3110S.gb/4527272‑4527408 | aCGCCAATAATGACCAGAATATCGCCCGCCTTGATCTTGTCATGTTTGATATCGTAAATCGCACTTTtctc > 1:85696/1‑71 (MQ=255)aCGCCAATAATGACCAGAATATCGCCCGCCTTGATCTTGTCATGTTTGATATCGTAAATCGCACTTTtctc > 1:331291/1‑71 (MQ=255) cGCCAATAATGACCAGAATATCGCCCGCCTTGATCTTGTCATGTTTGATATCGTAAATCGCACTTTTCTCg < 1:3528083/71‑1 (MQ=255) gCCAATAATGACCAGAATATCGCCCGCCTTGATCTTGTCATGTTTGATATCGTAAATCGCACTTTTCTCgg < 1:949127/71‑1 (MQ=255) gCCAATAATGACCAGAATATCGCCCGCCTTGATCTTGTCATGTTTGATATCGTAAATCGCACTTTTCTCg > 1:3884042/1‑70 (MQ=255) gCCAATAATGACCAGAATATCGCCCGCCTTGATCTTGTCATGTTTGATATCGTAAATCGCACTTTTCTCg > 1:2185729/1‑70 (MQ=255) ataatGACCAGAATATCGCCCGCCTTGATCTTGTCATGTTTGATATCGTAAATCGCACTTTTCTCGGa > 1:353600/1‑68 (MQ=255) taatGACCAGAATATCGCCCGCCTTGATCTTGTCATGTTTGATATCGTAAATCGCACTTTTCTCGGa > 1:202271/1‑67 (MQ=255) taatGACCAGAATATCGCCCGCCTTGATCTTGTCATGTTTGATATCGTAAATCGCACTTTTCTCGGACAGa < 1:1517346/71‑1 (MQ=255) taatGACCAGAATATCGCCCGCCTTGATCTTGTCATGTTTGATATCGTAAATCGCACTTTTCTCGGACAGa < 1:1682390/71‑1 (MQ=255) aatGACCAGAATATCGCCCGCCTTGATCTTGTCATGTTTGATATCGTAAATCGCACTTTTCTCGGACAg > 1:3786575/1‑69 (MQ=255) aatGACCAGAATATCGCCCGCCTTGATCTTGTCATGTTTGATATCGTAAATCGCACTTTTCTCGGACAGa > 1:2769776/1‑70 (MQ=255) tGACCAGAATATCGCCCGCCTTGATCTTGTCATGTTTGATATCGTAAATCGCACTTTTCTCGGACAGATaa < 1:1279546/71‑1 (MQ=255) tGACCAGAATATCGCCCGCCTTGATCTTGTCATGTTTGATATCGTAAATCGCACTTTTCTCGGACAGATaa < 1:2987820/71‑1 (MQ=255) atatCGCCCGCCTTGATCTTGTCATGTTTGATATCGTAAATCGCACTTTTCTCGGACAGATAAACCTTCGc < 1:2871582/71‑1 (MQ=255) tatCGCCCGCCTTGATCTTGTCATGTTTGATATCGTAAATCGCACTTTTCTCGGACAGATAAAc > 1:1038095/1‑64 (MQ=255) tatCGCCCGCCTTGATCTTGTCATGTTTGATATCGTAAATCGCACTTTTCTCGGACAGATAAACCTTCGc > 1:3423392/1‑70 (MQ=255) tCGCCCGCCTTGATCTTGTCATGTTTGATATCGTAAATCGCACTTTTCTCGGa > 1:2883578/1‑53 (MQ=255) tCGCCCGCCTTGATCTTGTCATGTTTGATATCGTAAATCGCACTTTTCTCGGACAGATAAACCTTCGCcac < 1:4427658/71‑1 (MQ=255) tCGCCCGCCTTGATCTTGTCATGTTTGATATCGTAAATCGCACTTTTCTCGGACAGATAAACCTTCGCcac < 1:3036734/71‑1 (MQ=255) cgcccgccTTGATCTTGTCATGTTTGATATCGTAAATCGCACTTTTCTCGGACAGATa < 1:901121/58‑1 (MQ=255) gcccgccTTGATCTTGTCATGTTTGATATCGTAAATCGCACTTTTCTCGGACAGATAAACCTTCGCCacac < 1:2313088/71‑1 (MQ=255) cccgccTTGATCTTGTCATGTTTGATTTCGTAAATCGCACTTTTCTCGGACAGATAAACCTTc < 1:3354505/63‑1 (MQ=255) cgccTTGATCTTGTCATGTTTGATATCGTAAATCGCACTTTTCTCGGACAGATAAACCTTCGCCACACCtt > 1:2041367/1‑71 (MQ=255) cgccTTGATCTTGTCATGTTTGATATCGTAAATCGCACTTTTCTCGGACAGATAAACCTTCGCCACACCtt < 1:2069508/71‑1 (MQ=255) cgccTTGATCTTGTCATGTTTGATATCGTAAATCGCACTTTTCTCGGACAGATAAACCTTCGCCACACCtt > 1:2314670/1‑71 (MQ=255) cgccTTGATCTTGTCATGTTTGATATCGTAAATCGCACTTTTCTCGGACAGATAAACCTTCGCCACACCt > 1:1836752/1‑70 (MQ=255) ccTTGATCTTGTCATGTTTGATATCGTAAATCGCACTTTTCTCGGACAGATAAACCTTCGCCACACCTTTa < 1:2864309/71‑1 (MQ=255) cTTGATCTTGTCATGTTTGATATCGTAAATCGCACTTTTCTCGGACAGATa > 1:2529438/1‑51 (MQ=255) gATCTTGTCATGTTTGATATCGTAAATCGCACTTTTCTCGGACAGATAAACCTTCGCca > 1:3951321/1‑59 (MQ=255) gATCTTGTCATGTTTGATATCGTAAATCGCACTTTTCTCGGACAGATAAACCTTCGCCACACCTTTATgg > 1:1640575/1‑70 (MQ=255) gATCTTGACATGTTTGATATCGTAAATCGCACTTTTCTCGGACAGATAAACCTTCGCca > 1:381041/1‑59 (MQ=255) aTCTTGTCATGTTTGATATCGTAAATCGCACTTTTCTTgg > 1:4118876/1‑40 (MQ=255) aTCTTGTCATGTTTGATATCGTAAATCGCACTTTTCTTgg > 1:3030308/1‑40 (MQ=255) aTCTTGTCATGTTTGATATCGTAAATCGCACTTTTCTCGGACAGATAAACCTTCGCCACACCTTTATgg > 1:3820281/1‑69 (MQ=255) ttGTCATGTTTGATATCGTAAATCGCACTTTTCTTGGACAGATAAACCTTCGCCACACCTTTATGGTaa > 1:4368612/1‑69 (MQ=255) ttGTCATGTTTGATATCGTAAATCGCACTTTTCTCGGACAGATAAACCtt > 1:3728053/1‑50 (MQ=255) ttGTCATGTTTGATATCGTAAATCGCACTTTTCTCGGACAGATAAACCTTCGCca > 1:1012240/1‑55 (MQ=255) gTCATGTTTGATATCGTAAATCGCACTTTTCTCGGACAGATAAAcc > 1:1705218/1‑46 (MQ=255) gTCATGTTTGATATCGTAAATCGCACTTTTCTCGGACAGATAAACCTTCGCCACACCTTTATGGTAATa < 1:3869775/69‑1 (MQ=255) tCATGTTTGATATCGTAAATCGCACTTTTCTCGGACAGATAAACCTTCGCCACACCTTTATGGTAATa < 1:3537496/68‑1 (MQ=255) tCATGTTTGATATCGTAAATCGCACTTTTCTCGGACAGATAAACCTTCGCCACACCTTTATGGTAATAGa < 1:1888145/70‑1 (MQ=255) tCATGTTTGATATCGTAAATCGCACTTTTCTCGGACAGATAAACCTTCGCCACACCTTTATGGTAATAGa < 1:4260612/70‑1 (MQ=255) tCATGTTTGATATCGTAAATCGCACTTTTCTCGGACAGATAAACCTTCGCCACACCTTTATGGTAATAGAt < 1:2519033/71‑1 (MQ=255) aTGTTTGATATCGTAAATCGCACTTTTCTCGGACAGATAAACCt > 1:498209/1‑44 (MQ=255) aTGTTTGATATCGTAAATCGCACTTTTCTCGGACAGATAAACCt > 1:492787/1‑44 (MQ=255) tGTTTGATATCGTAAATCGCACTTTTCTTGGACAGATAAACCTTCGCCACACCTTTATGGTaa < 1:2549530/63‑1 (MQ=255) tttGATATCGTAAATCGCACTTTTCTCGGACAGATaaa > 1:2125712/1‑38 (MQ=255) tatCGTAAATCGCACTTTTCTCGGACAGATAAACCTTCGCCACACCTTTATGGTAATAGa < 1:1105901/60‑1 (MQ=255) gTAAATCGCACTTTTCTTGGACAGATAAACCTTCGCCACACCTTTATGGTAAt > 1:1217494/1‑53 (MQ=255) gTAAATCGCACTTTTCTCGGACAGATAAACCTTCGCCACACCttt < 1:1973812/45‑1 (MQ=255) gTAAATCGCACTTTTCTCGGACAGATAAACCTTCGCCACACCttt < 1:2846563/45‑1 (MQ=255) tAAATCGCACTTTTCTCGGACAGATAAACCTTCGCCACACCTTTATGGTAATAGAt < 1:1847748/56‑1 (MQ=255) aaTCGCACTTTTCTCGGACAGATAAACCTTCGCCACACCTTTATgg > 1:214686/1‑46 (MQ=255) aaTCGCACTTTTCTCGGACAGATAAACCTTCGCCACACCTTTATgg > 1:3256645/1‑46 (MQ=255) aaTCGCACTTTTCTCGGACAGATAAACCTTCGCCACACCTTTATGGTAATAGa > 1:380582/1‑53 (MQ=255) aTCGCACTTTTCTCGGACAGATAAACCTTCGCCACACCTTTATGGTAATAGAt < 1:3799729/53‑1 (MQ=255) tCGCACTTTTCTCGGACAGATAAACCTTCGCCACACCttt < 1:1521815/40‑1 (MQ=255) tCGCACTTTTCTCGGACAGATAAACCTTCGCCACACCTTTATGGt < 1:877829/45‑1 (MQ=255) tCGCACTTTTCTCGGACAGATAAACCTTCGCCACACCTTTATGGTAATAGATACCTTGCTCATCAatcatc < 1:3030220/71‑1 (MQ=255) tCGCACTTTTCTCGGACAGATAAACCTTCGCCACACCTTTATGGTAATAGATACCTTGCTCATCAatcatc < 1:62255/71‑1 (MQ=255) gCACTTTTCTCGGACAGATAAACCTTCGCCACACCTTTATGGTAATAGATACCTTGCTCATCAatcat > 1:2541639/1‑68 (MQ=255) gCACTTTTCTCGGACAGATAAACCTTCGCCACACCTTTATGGTAATAGATACCTTGCTCATCAATCATCg < 1:4205865/70‑1 (MQ=255) cTTTTCTTGGACAGATAAACCTTCGCCACACCTTTATGGTAATAGATACCTTGCTCATCAATCATCGAggg < 1:1939556/71‑1 (MQ=255) ttttCTCGGACAGATAAACCTTCGCCACACCTTTATg < 1:4557022/37‑1 (MQ=255) ttttCTCGGACAGATAAACCTTCGCCACACCTTTATGGTAATAGATACCTTGCtca < 1:3949119/56‑1 (MQ=255) ttttCTCGGACAGATAAACCTTCGCCACACCTTTATGGTAATAGATACCTTGCTCATCAatcatc < 1:1361207/65‑1 (MQ=255) ttCTCGGACAGATAAACCTTCGCCACACCTTTATGGTAATAGATACCTTGCTCATCAATCATCGAGGGGt > 1:3495158/1‑70 (MQ=255) ttCTCGGACAGATAAACCTTCGCCACACCTTTATGGTAATAGATACCTTGCTCATCAATCATCGAGGGGt > 1:2538973/1‑70 (MQ=255) tctcGGACAGATAAACCTTCGCCACACCTTTATGGTAATAGATACCTTGCTCATCAATCATCGAGGGGTc < 1:3209426/70‑1 (MQ=255) ctcGGACAGATAAACCTTCGCCACACCTTTATGGTAATAGa > 1:4118122/1‑41 (MQ=255) ctcGGACAGATAAACCTTAGCCACACCTTTATGGTAATAGa > 1:554980/1‑41 (MQ=255) | ACGCCAATAATGACCAGAATATCGCCCGCCTTGATCTTGTCATGTTTGATATCGTAAATCGCACTTTTCTCGGACAGATAAACCTTCGCCACACCTTTATGGTAATAGATACCTTGCTCATCAATCATCGAGGGGTC > W3110S.gb/4527272‑4527408 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |