| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 352,300 | C→T | 27.6% | T124I (ACT→ATT) | prpE → | predicted propionyl‑CoA synthetase with ATPase domain |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 352,300 | 0 | C | T | 27.6% | 78.5 / 34.3 | 51 | T124I (ACT→ATT) | prpE | predicted propionyl‑CoA synthetase with ATPase domain |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (23/13); new base T (7/7); total (30/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.22e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.69e-01 | |||||||||||
CATTGGGTGTGCAGCGCGGCGATCGGGTGCTGGTGTATATGCCGATGATTGCCGAAGCGCATATTACTCTGCTGGCCTGCGCGCGCATTGGCGCTATTCACTCGGTGGTGTTTGGTGGATTTGCCTCGCACAGCGT > W3110S.gb/352234‑352369 | cATTGGGTGTGCAGCGCGGCGATCGGGTGCTGGTGTATATGCCGATGATTGCCGAAGCGCATATTATTctg > 1:3002201/1‑71 (MQ=255)cATTGGGTGTGCAGCGCGGCGATCGGGTGCTGGTGTATATGCCGATGATTGCCGAAGCGCATATTACTctg > 1:324220/1‑71 (MQ=255) aTTGGGTGTGCAGCGCGGCGATCGGGTGCTGGTGTATATGCCGATGATTGCCGAAGCGCATATTACTctg < 1:118622/70‑1 (MQ=255) tGGGTGTGCAGCGCGGCGATCGGGTGCTGGTGTATATGCCGATGATTGCCGAAGCGCATATTACTctgctg > 1:2513166/1‑71 (MQ=255) gggTGTGCAGCGCGGCGATCGGGTGCTGGTGTATATGCCGATGATTGCCGAAGCGCATATTATTCTGCTgg > 1:3136995/1‑71 (MQ=255) tgCAGCGCGGCGATCGGGTGCTGGTGTATATGCCGATGATTGCCGAAGCGCATATTATTctg < 1:3042828/62‑1 (MQ=255) tgCAGCGCGGAGATCGGGTGCTGGTGTATATGCCGATGATTGCCGAAGCGCATATTATTctg < 1:858975/62‑1 (MQ=255) cAGCGCGGCGATCGGGTGCTGGTGTATATGCCGATGATTGCCGAAGCGCATATTATTCTGCTGGCCTgcgc > 1:2926327/1‑71 (MQ=255) cAGCGCGGCGATCGGGTGCTGGTGTATATGCCGATGATTGCCGAAGCGCATATTATTCTGCTGGCCTgagc > 1:1905496/1‑71 (MQ=255) cAGCGCGGCGATCGGGTGCTGGTGTATATGCCGATGATTGCCGAAGCGCATATTACTCTGCTGGCCTgcgc > 1:3722342/1‑71 (MQ=255) gcgcGGCGATCGGGTGCTGGTGTATATGCCGATGATTGCCGAAGCGCATATTACTCTGCTGGCCt > 1:554934/1‑65 (MQ=255) gcggcgATCGGGTGCTGGTGTATATGCCGATGATTGCCGAAGCGCATATTACTCTGCTGGCCTgcgcgcgc < 1:2144785/71‑1 (MQ=255) gcggcgATCGGGTGCTGGTGTATATGCCGATGATTGCCGAAGCGCATATTACTCTGCTGGCCTgcgcgcg > 1:1617525/1‑70 (MQ=255) cggcgATCGGGTGCTGGTGTATATGCCGATGATTGCCGAAGCGCATATTACTCTGCTGGCCTgcgcgcgc < 1:3363439/70‑1 (MQ=255) ggcgATCGGGTGCTGGTGTATATGCCGATGATTGCCGAAGCGCATATTActct < 1:1723006/53‑1 (MQ=255) cgATCGGGTGCTGGTGTATATGCCGATGATTGCCGAAGCGCATATTACTCTGCTGGCCTGCGCGCGCATTg > 1:3517502/1‑71 (MQ=255) ggTGCTGGTGTATATGCCGATGATTGCCGAAGCGCATATTACTCTGCTGGCCTGCGCGCGCATTGGCGCTa < 1:3544260/71‑1 (MQ=255) ggTGTATATGCCGATGATTGCCGAAGCGCATATTACTCTGCTGGCCTGCGCGCGCATTgg > 1:886891/1‑60 (MQ=255) gtgtATATGCCGATGATTGCCGAAGCGCATATTACTCTGCTGGCCTGCGCGCGCATTGGCGCTATTCACt < 1:804221/70‑1 (MQ=255) gtgtATATGCCGATGATTGCCGAAGCGCATATTACTCTGCTGGCCTGCGCGCGCATTGGCGCTATTCACt < 1:1685779/70‑1 (MQ=255) tataTGCCGATGATTGCCGAAGCGCATATTATTCTGCTGGCCt < 1:3601447/43‑1 (MQ=255) tataTGCCGATGATTGCCGAAGCGCATATTACTCTGCTGGCCTGCGCGCGCATTGGCGCTa < 1:4033807/61‑1 (MQ=255) tataTGCCGATGATTGCCGAAGCGCATATTACTCTGCTGGCCTGCGCGCGCATTGGCGCTAtt < 1:1922073/63‑1 (MQ=255) tatGCCGATGATTGCCGAAGCGCATATTATTCTGCTGGCCTGCGCGCGCa > 1:2824423/1‑50 (MQ=255) tatGCCGATGATTGCCGAAGCGCATATTACTCTGCTGGCCTGCGCGCGCAt > 1:527496/1‑51 (MQ=255) tGCCGATGATTGCCGAAGCGCATATTATTCTGCTGGCCt > 1:3999883/1‑39 (MQ=255) tGCCGATGATTGCCGAAGCGCATATTACTCTGCTGGCCTg > 1:1584044/1‑40 (MQ=255) tGCCGATGATTGCCGAAGCGCATATTACTCTGCTGGCCTGCGCGCGCa > 1:1433889/1‑48 (MQ=255) tGCCGATGATTGCCGAAGCGCATATTACTCTGCTGGCCTGCGCGCGCATTGGCGCTATTCACTCggtggt > 1:3090634/1‑70 (MQ=255) cGATGATTGCCGAAGCGCATATTATTCTGCTGGCCTGCGCGCGCATTGGCGCTATTCACTCGGTGGTGttt < 1:2185349/71‑1 (MQ=255) cGATGATTGCCGAAGCGCATATTACTCTGCTGGCCTGCGCGCGCATTGGCGCTATTCACTCGGTGGTGttt < 1:370548/71‑1 (MQ=255) gatgatTGCCGAAGCGCATATTATTCTGCTGGCCTGCGCGCGCATTGGCGCTATTCACTCGGTGGTGTTtg < 1:3108461/71‑1 (MQ=255) atgatTGCCGAAGCGCATATTATTCTGCTGGCCTgcgcgcg < 1:211866/41‑1 (MQ=255) atgatTGCCGAAGCGCATATTAATCTGCTGGCCTGCGCGCGCATTGGCGCTATTCACTCGGTGGTGttt < 1:3029431/69‑1 (MQ=255) gatTGCCGAAGCGCATATTACTCTGCTGGCCTGCGCGCGCATTGGCGCTATTCACTCGGTGGTGTTtggtg > 1:846469/1‑71 (MQ=255) atTGCCGAAGCGCATATTACTCTGCTGGCCTGCGCGCGCATTGGCGCTATTCACTCGGTGGTGTTtggtg > 1:4584009/1‑70 (MQ=255) atTGCCGAAGCGCATATTACTCTGCTGGCCTGCGCGCGCATTGGCGCTATTCACTCGGTGGTGTTtggtg > 1:4400190/1‑70 (MQ=255) ttGCCGAAGCGCATATTACTCTGCTGGCCTGCGCGCGCATTGGCGCTATTCa > 1:1655321/1‑52 (MQ=255) ttGCCGAAGCGCATATTACTCTGCTGGCCTGCGCGCGCATTGGCGCTATTCACTc < 1:3256106/55‑1 (MQ=255) ttGCCGAAGCGCATATTACTCTGCTGGCCTGCGCGCGCATTGGCGCTATTCACTCGGTGGTGTTTGGTGGa > 1:3299229/1‑71 (MQ=255) gCCGAAGCGCATATTACTCTGCTGGCGTGCGCGCGCATTGGCGCTATTCa > 1:2322246/1‑50 (MQ=255) gCCGAAGCGCATATTACTCTGCTGGCCTGCGCGCGCATTGGCGCTATTCACTCGGTGGTGtt > 1:2966889/1‑62 (MQ=255) cGAAGCGCATATTATTCTGCTGGCCTGCGCGCGCATTGGCGCTATTCACTCGGTGGTGTTTGGTGGAttt < 1:4613825/70‑1 (MQ=255) tattatTCTGCTGGCCTGCGCGCGCATTGGCGCTATTCa > 1:1634537/1‑39 (MQ=255) tatTACTCTGCTGGCCTGCGCGCGCATTGGCGCTATTCACTCggtgg < 1:3403879/47‑1 (MQ=255) atTACTCTGCTGGCCTGCGCGCGCATTGGCGCTATTCGCTCGGTGGTGTTTGGTGGATTTGCCTCg < 1:4463780/66‑1 (MQ=255) atTACTCTGCTGGCCTGCGCGCGCATTGGCGCTATTCACTCGGTGGTGTTTGGTGGATTTGCCTCGCACAg > 1:4417965/1‑71 (MQ=255) atTACTCTGCTGGCCTGCGCGCGCATTGGCGCTATTCACTCGGTGGTGTTTGGTGGATTTGCCTCGCACAg > 1:1681711/1‑71 (MQ=255) ttATTCTGCTGGCCTGCGCGCGCATTGGCGCTATTCACTCGGTGGTGTTTGGTGGATTTGCCTCGCACAGc > 1:3219586/1‑71 (MQ=255) ttACTCTGCTGGCCTGCGCGCGCATTGGCGCTATTCACTCGGTGGTGTTTGGTGGATTTGCCTCGca > 1:1879215/1‑67 (MQ=255) ttACTCTGCTGGCCTGCGCGCGCATTGGCGCTATTCACTCGGTGGTGTTTGGTGGATTTGCCTCGCACAg < 1:1198186/70‑1 (MQ=255) ttACTCTGCTGGCCTGCGCGCGCATTGGCGCTATTCACTCGGTGGTGTTTGGTGGATTTGCCTCGCACAGc > 1:1554113/1‑71 (MQ=255) ttACTCTGCTGGCCTGCGCGCGCATTGGCGCTATTCACTCGGTGGTGTTTGGTGGATTTGCCTCGCACAGc > 1:506129/1‑71 (MQ=255) ctctGCTGGCCTGCGCGCGCATTGGCGCTATTCACTCGGTGGTGTTTGGTGGATTTGCCTCGCACAGCGt < 1:1019394/70‑1 (MQ=255) ctctGCTGGCCTGCGCGCGCATTGGCGCTATTCACTCGGTGGTGTTTGGTGGATTTGACTCGCACAGCGt < 1:2721707/70‑1 (MQ=255) | CATTGGGTGTGCAGCGCGGCGATCGGGTGCTGGTGTATATGCCGATGATTGCCGAAGCGCATATTACTCTGCTGGCCTGCGCGCGCATTGGCGCTATTCACTCGGTGGTGTTTGGTGGATTTGCCTCGCACAGCGT > W3110S.gb/352234‑352369 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |