| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 483,191 | T→C | 20.5% | D146G (GAT→GGT) | acrB ← | multidrug efflux system protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 483,191 | 0 | T | C | 20.5% | 152.3 / 36.2 | 73 | D146G (GAT→GGT) | acrB | multidrug efflux system protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (29/29); new base C (9/6); total (38/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.70e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CGTACGGCTGATGGCATCTTTCATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAGCTGCTGGATGATTTCTCAACGCTCACCCCTTGCTGCTG > W3110S.gb/483121‑483261 | cGTACGGCTGATGGCATCTTTCATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCAt > 1:3465169/1‑71 (MQ=255) cGGCTGATGGCATCTTTCATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGgt < 1:4380538/71‑1 (MQ=255) gCTGATGGCATCTTTCATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGgtg < 1:4566118/70‑1 (MQ=255) gATGGCATCTTTCATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGa > 1:3186721/1‑71 (MQ=255) tGGCATCTTTCATATTCGCCTCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGAt < 1:543816/70‑1 (MQ=255) tGGCATCTTTCATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGAt < 1:2948661/70‑1 (MQ=255) tGGCATCTTTCATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGAt < 1:4082501/70‑1 (MQ=255) tGGCATCTTTCATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGAt < 1:1343820/70‑1 (MQ=255) tGGCATCTTTCATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGAt < 1:2073890/70‑1 (MQ=255) gCATCTTTCATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAAc < 1:1475570/71‑1 (MQ=255) aTCTTTCATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGAt < 1:3476664/66‑1 (MQ=255) tCTTTCATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGcc > 1:156496/1‑71 (MQ=255) tCTTTCATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGcc > 1:2595647/1‑71 (MQ=255) cTTTCATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCACCGGTGTTGATAACGcc > 1:500207/1‑70 (MQ=255) tttCATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATaa > 1:4326669/1‑65 (MQ=255) tttCATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATaa > 1:1368509/1‑65 (MQ=255) tttCATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGa > 1:911829/1‑71 (MQ=255) tttCATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGa > 1:9508/1‑71 (MQ=255) tttCATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCACCGGTGTTGATAACGCCGa > 1:3574360/1‑71 (MQ=255) tttCATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCACCGGTGTTGATAACGCCGa > 1:1434018/1‑71 (MQ=255) tttCATATTCGCCGACACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGa > 1:459981/1‑71 (MQ=255) tCATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGAt > 1:4587544/1‑61 (MQ=255) tCATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATaa > 1:848031/1‑63 (MQ=255) tCATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACgacgac > 1:4420974/1‑70 (MQ=255) tCATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGcc < 1:3757923/67‑1 (MQ=255) tCATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGAc < 1:181134/70‑1 (MQ=255) tCATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGAc < 1:1294840/70‑1 (MQ=255) atatTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACAAc < 1:4316753/71‑1 (MQ=255) tatTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATaa < 1:2068116/60‑1 (MQ=255) ttCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGtt < 1:3034874/53‑1 (MQ=255) ttCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACAACCAt > 1:775446/1‑71 (MQ=255) ttCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACAACCAt < 1:1870787/71‑1 (MQ=255) ttCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACAACCAt > 1:3691270/1‑71 (MQ=255) cgccgcCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCACCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATc < 1:4509156/70‑1 (MQ=255) gccgccACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCACCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCa < 1:1932382/70‑1 (MQ=255) gccACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGAc < 1:3505192/59‑1 (MQ=255) gccACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCACCGGTGTTGATaa > 1:4290259/1‑52 (MQ=255) gccACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCACCGGTGTTGATa > 1:3172766/1‑51 (MQ=255) aCGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCACCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAgct > 1:518721/1‑71 (MQ=255) tAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATaa > 1:3543508/1‑46 (MQ=255) tAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATaa > 1:2761513/1‑46 (MQ=255) aGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATaa > 1:3950490/1‑45 (MQ=255) gTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGaa < 1:1099702/63‑1 (MQ=255) gTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAGctgctg < 1:3544395/70‑1 (MQ=255) gTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAGCTTCTgg < 1:3044291/71‑1 (MQ=255) ggAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAgg > 1:1112984/1‑58 (MQ=255) ggAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAGCTGCTGgatg < 1:2203348/71‑1 (MQ=255) ggAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAGCTGCTGgatg < 1:2626368/71‑1 (MQ=255) gagaTATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAGCTGCTGgatga > 1:2364438/1‑71 (MQ=255) gaTATCCTCCTGCGTCATGGTGCCACCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAGCTGCTGGATGAtt < 1:3308198/71‑1 (MQ=255) atatCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAGCTGCTGGATGAttt < 1:3142593/71‑1 (MQ=255) atatCCTCCTGCGTCATGGTGCCACCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAGCTGCTGgatga < 1:2067067/68‑1 (MQ=255) tatCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGa < 1:3563464/54‑1 (MQ=255) atCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATaa > 1:1579678/1‑35 (MQ=255) tcctccTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACa < 1:2479051/42‑1 (MQ=255) tcctccTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACCACCATCAGGAAGCTGCTGGATGATTtct > 1:67187/1‑70 (MQ=255) tcctccTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAGCTGCTGGATGATTtct > 1:1801334/1‑70 (MQ=255) tcctccTGCGTCATGGTGCCACCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAGCTGCTGGATGATTtctc < 1:4023949/71‑1 (MQ=255) ctGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAGCTGCTGgatga < 1:1232273/60‑1 (MQ=255) ctGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAGCTGCTGGATGATTTCTCaa > 1:804367/1‑68 (MQ=255) ctGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAGCTGCTGGATGATTTCTCAAc < 1:1215752/69‑1 (MQ=255) gCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAGCTGCTGgat > 1:1326875/1‑56 (MQ=255) gCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAGCTGCTGGATGATTTCTCAACGCt > 1:3189194/1‑70 (MQ=255) cGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACAAc > 1:3597864/1‑36 (MQ=255) cGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAGCTGCTGGATGATTTCTCAACGCTCa > 1:340043/1‑71 (MQ=255) cGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAGCTGCTGGATGATTTCTCAACGCTCa > 1:3707970/1‑71 (MQ=255) gTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAGCTGCTGGATGATTtctc < 1:2814423/62‑1 (MQ=255) gTCATGGTGCCACCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATc > 1:4112028/1‑39 (MQ=255) tCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAGCTGCTGGATGATTTCTCAACGCt < 1:2587053/67‑1 (MQ=255) aTGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAGCTGCTGGATGATTTCTCAACGCTCAcccc > 1:2797180/1‑71 (MQ=255) aTGGTGCCACCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAGCTGCTGGATGATTTCTCAACGCTc > 1:3251406/1‑66 (MQ=255) aTGGTGCCACCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAGCTGCTGGATGATTTCTCAACGCTCAccc < 1:2674641/70‑1 (MQ=255) tGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAGCTGCTGGATGATTTCTCAACGCTCa > 1:350964/1‑63 (MQ=255) ccACCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAGCTGCTGGATGATTTCTCAACGCTCACTCCTtgctg > 1:4284048/1‑71 (MQ=255) tCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAGCTGCTGgatgat < 1:82348/45‑1 (MQ=255) tCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAGCTGCTGgatgat < 1:87744/45‑1 (MQ=255) tCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAGCTGCTGGATGATTTCTCAACGCTCACCCCTTgctgct > 1:1083969/1‑70 (MQ=255) tCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAGCTGCTGGATGATTTCTCAACGCTCACCCCTTGctgctg < 1:2508179/71‑1 (MQ=255) | CGTACGGCTGATGGCATCTTTCATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAGCTGCTGGATGATTTCTCAACGCTCACCCCTTGCTGCTG > W3110S.gb/483121‑483261 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |